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等位基因特异性 CRISPR/Cas9 编辑使与胶原蛋白 1 相关的单核苷酸变体失活
105 并且也可根据 CC0 许可使用。（未经同行评审认证）是作者/资助者。本文是美国政府作品。根据 17 USC，它不受版权保护
HPV阴性宫颈癌
虽然目前的急性白血病治疗方案可以显着改善患者的生存，但仍有改善的余地。由于其在细胞分化，细胞存活和凋亡信号传导中的作用，环状AMP（CAMP）途径的调节为血液恶性肿瘤提供了有意义的靶标。几项研究表明，与急性白血病患者相关的各种凋亡因子的培养基cAMP活性或与cAMP途径相关的各种凋亡因子的下调相关的基因表达谱图显而易见。以前增加了白血病细胞内营地的工作，重点是使用cAMP类似物，通过跨膜相关的腺苷酸循环酶刺激cAMP产生，或通过抑制磷酸二酯酶活性来减少营地降解。但是，通过ATP结合盒（ABC）转运蛋白靶向环状核苷酸外排是一种未开发的方法，用于调节细胞内环状核苷酸水平。初步研究表明，抑制营地的抑制可以刺激白血病细胞分化，细胞生长停滞和凋亡，这表明靶向营地的靶向营地可能对未来的治疗发育显示出希望。此外，抑制环状核苷酸转运蛋白活性也可能通过减少恶性细胞中细胞外促生存信号传导来造成多种抗癌益处。因此，可能存在一些用于靶向环状核苷酸转运蛋白的药物重新利用的机会。
基于基因组编辑的功能评估和BRCA2单核苷酸变体的临床分类
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2023年12月15日发布。 https://doi.org/10.1101/2023.12.14.571597 doi：Biorxiv Preprint
在人类细胞中进行碱基编辑以产生单核苷酸变体克隆细胞系
碱基编辑技术能够在哺乳动物细胞的目标基因组位点引入点突变，其效率和精度高于采用 DNA 双链断裂的传统基因组编辑方法，例如锌指核酸酶 (ZFN)、转录激活因子样效应核酸酶 (TALEN) 和 CRISPR-Cas9（成簇的规律间隔的短回文重复序列-CRISPR 相关蛋白 9）系统。这可以更省时省资源地生成单核苷酸变异同源细胞系（即基因组序列仅在单个编辑核苷酸处彼此不同的细胞系）。这些单核苷酸变异克隆细胞系是评估遗传变异在天然细胞环境中的功能作用的有力工具。因此，碱基编辑可以在受控实验室环境中促进基因型到表型的研究，可用于基础研究和临床应用。在这里，我们提供优化的协议（包括实验设计、方法和分析）来设计碱基编辑构建体、转染粘附细胞、批量量化碱基编辑效率以及生成单核苷酸变体克隆细胞系。
微生物学年度回顾 CBASS、Pycsar、Thoeris 和 CRISPR 抗噬菌体防御中的核苷酸免疫信号传导
细菌编码了多种防御噬菌体感染的系统。许多流行的抗噬菌体防御系统有一个共同的主题，即使用专门的核苷酸信号作为第二信使来激活下游效应蛋白并抑制病毒传播。在本文中，我们回顾了控制四大抗噬菌体防御系统家族中核苷酸免疫信号的分子机制：CBASS、Pycsar、Thoeris 和 III 型 CRISPR 免疫。对连接噬菌体检测、核苷酸信号合成和下游效应功能的各个步骤的分析揭示了信号传导的共同核心原理，并揭示了用于增强免疫防御的系统特定策略。我们比较了最近发现的噬菌体用来逃避核苷酸免疫信号的机制，并强调了影响宿主-病毒相互作用的趋同策略。最后，我们解释细菌抗噬菌体防御和真核抗病毒免疫之间的进化联系如何定义支配所有生命界核苷酸免疫的基本规则。
靶向高通量测序可检测 CRISPR/Cas9 基因编辑生物中的单核苷酸变异
摘要：与传统基因工程产生的转基因生物 (GMO) 类似，在欧盟市场上销售的基因编辑 (GE) 生物及其衍生的食品/饲料产品属于欧盟指令 2001/18/EC 的范围。因此，主管当局要求转基因执法实验室在食品/饲料链中控制它们，以保证食品/饲料的安全性和可追溯性 (2003/1829/EC；2003/1830/EC)。然而，它们的检测在分析和解释层面都可能具有挑战性，因为这需要能够针对和检测引入 GE 生物的特定单核苷酸变异 (SNV) 的方法。在本研究中，我们提出了一种有针对性的高通量测序方法，包括 (i) 先前的基于 PCR 的富集步骤以扩增感兴趣的区域，(ii) 测序步骤，以及 (iii) 数据分析方法来识别感兴趣的 SNV。为了研究这种靶向高通量测序方法的性能是否与转基因检测领域中使用的性能标准兼容，我们准备并分析了几个含有不同百分比的转基因水稻品系（携带单个腺苷插入 OsMADS26）的样本。无论百分比高低，都可以成功检测出含有转基因水稻品系的样本中感兴趣的 SNV。未观察到与食品加工或其他作物物种存在相关的影响。本概念验证研究使我们能够提供第一个基于实验的证据，表明拟议的靶向高通量测序方法将来可能成为一种特定且灵敏的工具，用于支持携带 SNV 的转基因植物的食品/饲料链的安全性和可追溯性。
方法，一种简单有效的方法，可在T7 RNA聚合酶转录的RNA的3 9个末端减少非伪装的核苷酸添加
在体外通过T7 RNA聚合酶在体外进行转录是最广泛使用的方法，用于生产用于多种应用的RNA，包括结构和生化研究以及潜在的治疗学（Mil- Liligan等，1987; Turek＆gold，1990; Symensma等，1996; Siegel et al +，1996; ity of the T7 polymerase products and necessitate the careful purification of the desired RNAs + These reac- tions include the synthesis of oligonucleotides aborted during the initiation of transcription (Martin et al +, 1988 ; Moroney & Piccirilli , 1991) , polymerase slippage (Mac- Donald et al +, 1993) , the use of alternative template initiation sites (Pleiss et al +, 1998; Krupp，1988） +以前，Moran等人（1996）证明了DNA模板
测试伯氏疟原虫 ApiAP2 转录因子的单核苷酸多态性对小鼠实验性脑疟的影响
脑疟疾 (CM) 是最致命的严重疟原虫感染形式。目前，我们对疟原虫诱发 CM 的机制了解有限。由啮齿动物寄生虫伯氏疟原虫 ANKA (Pb ANKA) 感染引起的 CM 小鼠模型实验性 CM (ECM) 已被广泛用于研究 CM 的病理生理学。最近的基因组分析表明，Pb ANKA 和密切相关的伯氏疟原虫 NK65 (Pb NK65)（不会引起 ECM）的编码区仅在 21 个单核苷酸多态性 (SNP) 上有所不同。因此，含有 SNP 的基因可能有助于 ECM 的发病机制。虽然这些 SNP 中的大多数位于功能未知的基因中，但有一个 SNP 位于疟原虫 ApiAP2 转录因子家族成员的 DNA 结合位点，我们最近发现它作为毒力因子发挥作用，改变宿主对寄生虫的免疫反应。在这里，我们研究了这种 SNP 对 ECM 发育的影响。我们使用 CRISPR-Cas9 工程寄生虫的结果表明，尽管它具有免疫调节功能，但 SNP 既不是诱导 ECM 的必要条件也不是充分条件，因此无法解释寄生虫菌株在 ECM 表型方面的具体差异。
2′-O-甲基修饰的向导RNA增强CRISPR-Cas12a系统的单核苷酸多态性(SNP)鉴别能力
成簇的规律间隔的短回文重复序列 (CRISPR) 和 CRISPR 相关 (Cas) 蛋白是细菌和古菌所特有的，构成了针对外来移动遗传元素的适应性免疫系统。1,2 CRISPR-Cas 系统分为第 1 类（使用多个 Cas 蛋白）和第 2 类系统（使用单个多结构域 Cas 蛋白），根据复杂性和特征蛋白又细分为六种类型（I 型至 VI 型）。3 作为第 2 类系统的成员，II-A 型 CRISPR-Cas9 得到了最广泛的研究和开发，成为基因组编辑和治疗工具。 4 Cas9 具有两个核酸酶位点——His – Asn – His (HNH) 和 RuvC 样结构域，可在双 CRISPR RNA (crRNA) 和反式激活 crRNA (transcrRNA) 向导介导的特定位点实现双链 DNA (dsDNA) 的精确切割。5,6
使用单核苷酸多态性标记
对近交系的遗传距离和组成的分析是父母选择和利用植物育种计划中的杂种的先决条件。 这项研究旨在评估玉米种质面板的遗传多样性和种群结构，其中包括182个创始人线和866个使用单核苷酸多态性（SNP）标记物衍生的近交系，以识别用于杂化育种的遗传独特系。 用1201个SNP对创始人线进行基因分型，并用1484个SNP进行派生线。 中等遗传变异，遗传多样性范围从0.004至0.44，平均为0.25，为创始人线记录，而派生线的相应值为0.004至0.34，平均值为0.13。 杂合性值范围为0.00至0.24，两条线的平均值为0.08。 使用的SNP标记的，1201个标记中的82％和1484个标记中的84％表现出多态性信息含量，范围为0.25至0.50。 分子方差的分析表明，在创始人和衍生线中种群中的人群中和内部之间存在显着的遗传差异（p 0.001）。 分别归因于创始人和派生线中的种群中最多的变化，即97％和88.38％。 种群结构分析确定了创始人线之间的三个不同的亚群，在衍生线中确定了两个。 所选的线在遗传上是不同的，建议用于标记辅助杂化玉米繁殖以利用有益等位基因的频率。对近交系的遗传距离和组成的分析是父母选择和利用植物育种计划中的杂种的先决条件。这项研究旨在评估玉米种质面板的遗传多样性和种群结构，其中包括182个创始人线和866个使用单核苷酸多态性（SNP）标记物衍生的近交系，以识别用于杂化育种的遗传独特系。用1201个SNP对创始人线进行基因分型，并用1484个SNP进行派生线。中等遗传变异，遗传多样性范围从0.004至0.44，平均为0.25，为创始人线记录，而派生线的相应值为0.004至0.34，平均值为0.13。杂合性值范围为0.00至0.24，两条线的平均值为0.08。，1201个标记中的82％和1484个标记中的84％表现出多态性信息含量，范围为0.25至0.50。分子方差的分析表明，在创始人和衍生线中种群中的人群中和内部之间存在显着的遗传差异（p 0.001）。分别归因于创始人和派生线中的种群中最多的变化，即97％和88.38％。种群结构分析确定了创始人线之间的三个不同的亚群，在衍生线中确定了两个。所选的线在遗传上是不同的，建议用于标记辅助杂化玉米繁殖以利用有益等位基因的频率。Cluster analysis sup- ported the population structure The following genetically distant founder and derived inbred lines were selected: G15NL337 and G15NL312 (Cluster 1), 15ARG152 and RGS-PL44 (Cluster 2), RGS-PL44 and 15ARG149 (Cluster 2), and RGS-PL33 and RGS-PL44 (Cluster 2), 分别。这项研究为玉米育种计划提供了宝贵的见解，实现了有益的等位基因的开发，并通过混合育种为改善农作物产量和粮食安全做出了贡献。