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分析H4C6/SOX1-OT的诊断性能...
膀胱癌（BCA）是第二常见的泌尿外科恶性肿瘤，但是当今用于检测和监测BCA的技术经常是侵入性和/或具有不足的敏感性和特异性。因此，必须创建一个既敏感又准确的非侵入性测试，以诊断BCA。这项研究介绍并验证了基于尿液样本的BCA诊断中H4C6 / SOX1-OT基因甲基化的诊断性能，通过设计研究的两个部分：病例对照研究和前瞻性验证研究。In the case-control study, the methylation test of H4C6 / SOX1-OT achieved a sensitivity/specificity/positive predictive value (PPV)/negative predictive value (NPV) of 87.9%(95%CI, 79.4%–93.3%)/90.4%(95%CI, 80.7%–95.7%)/92.6%(95%CI, 84.8％ - 96.7％）/ 84.6％（95％CI，74.3％–91.5％）（Kappa值77.6％）。对低级，高级，TA-T1和T2-T4的敏感性为85％（17/20），88.6％（70/79），85.4％（41/48）和92.6％（25/27）。统计分析表明，测试的诊断敏感性不受性别，年龄，肿瘤等级或肿瘤阶段的影响（p> 0.05）。在前瞻性验证研究中，H4C6/SOX1-OT甲基化测试产生了总体敏感性/特异性/PPV/NPV为84.8％（95％CI，67.3％–94.3％）/90.0％（95％CI，95％CI，75.4％–96.7％）/87.5％CI（95％CI，95％CI，95％CI，95％CI，95％CI，95％CI，95％CI，95％CI，95％CI，95％CI，95％CI，95％ 70.1％–95.9％）/84.6％（95％CI，73.0％-95.4％）（Kappa值为75.0％），指示38.4％的省膀胱镜检查。这些发现突出了尿液DNA中H4C6 / SOX1-OT甲基化的潜力，这是一种有前途的分子诊断工具，用于检测BCA，尤其是对于早期肿瘤，这可能会减少对膀胱镜检查的需求。
2025; 15（8）：3532-3550。 doi：10.7150/thno.103809研究论文M6A SOX18的修饰导致
理由：败血症诱导的心肌病（SIC）是一种迅速发展的疾病，在没有有效的治疗干预的情况下预后不良。心肌细胞凋亡是导致SIC心脏功能障碍的关键因素。目前，对此机制的研究尚不清楚。方法：我们进行了LPS诱导的原代小鼠心肌模型和小鼠SIC建模。通过mRNA-Seq，我们发现SIC小鼠心脏组织中明显的凋亡。 进一步的共聚焦显微镜和免疫沉淀结果证实，PTX3是心肌细胞凋亡的重要参与者。 然后，我们使用芯片和双酸酶报告基因测定法确认SOX18对PTX3产生转录抑制作用。 M6A-SEQ和RNA稳定性测定确认，RBM15/YTHDF2介导/识别的M6A修饰是SIC中Sox18变化的关键因素。 结果：我们的实验表明，SIC中异常升高的PTX3在介导流体吞噬作用中起关键作用。 在生理条件下，PTX3转录被SOX18抑制。 然而，在败血性心肌病期间，SOX18稳定性受到RBM15/YTHDF2介导的M6A修饰的损害，从而导致PTX3水平升高，并随后诱导心肌细胞凋亡。 结论：总而言之，我们已经描述了SIC中的RBM15/YTHDF2-SOX18-PTX3轴。 它为SIC中心肌细胞凋亡的治疗提供了一种新方法，以改善预后。通过mRNA-Seq，我们发现SIC小鼠心脏组织中明显的凋亡。进一步的共聚焦显微镜和免疫沉淀结果证实，PTX3是心肌细胞凋亡的重要参与者。然后，我们使用芯片和双酸酶报告基因测定法确认SOX18对PTX3产生转录抑制作用。M6A-SEQ和RNA稳定性测定确认，RBM15/YTHDF2介导/识别的M6A修饰是SIC中Sox18变化的关键因素。结果：我们的实验表明，SIC中异常升高的PTX3在介导流体吞噬作用中起关键作用。在生理条件下，PTX3转录被SOX18抑制。然而，在败血性心肌病期间，SOX18稳定性受到RBM15/YTHDF2介导的M6A修饰的损害，从而导致PTX3水平升高，并随后诱导心肌细胞凋亡。结论：总而言之，我们已经描述了SIC中的RBM15/YTHDF2-SOX18-PTX3轴。它为SIC中心肌细胞凋亡的治疗提供了一种新方法，以改善预后。
PROX1抑制PDGF-B表达以防止心脏瓣膜的粘液性变性
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。该版本的版权持有人本版本发布于2023年5月15日。 https://doi.org/10.1101/2023.05.10.540284 doi：Biorxiv Preprint
针对 SOX10 缺陷细胞来减少休眠......
细胞可塑性导致肿瘤内异质性和表型转换，从而能够适应转移性微环境并对疗法产生耐药性。肿瘤细胞可塑性的潜在机制仍不清楚。SOX10 是一种神经嵴谱系转录因子，在黑色素瘤中异质表达。SOX10 的缺失会降低增殖，导致侵袭性，包括间充质基因和细胞外基质的表达，并促进对 BRAF 和/或 MEK 抑制剂的耐受性。我们发现细胞凋亡蛋白 1/2 (cIAP1/2) 抑制剂类可在 SOX10 缺陷细胞中选择性诱导细胞死亡。靶向治疗选择 SOX10 敲除细胞，强调其药物耐受性。将 cIAP1/2 抑制剂与 BRAF/MEK 抑制剂联合使用可延缓黑色素瘤在体内获得性耐药性的发生。这些数据表明，SOX10 介导皮肤黑色素瘤的表型转换，从而产生靶向抑制剂耐受状态，这可能是获得耐药性的前奏。此外，我们提供了一种选择性消除 SOX10 缺陷细胞的治疗策略。
PAN-CACTER分析揭示了SOX17和相关临床结果的癌症依赖性表达
摘要。背景/目标：含有基因17（SOX17）的SRY-box在癌症发作和进展中起关键作用，被认为是癌症诊断和治疗的潜在目标。然而，癌症及其临床相关性中SOX17的表达模式仍然未知。在这里，我们通过检查多种癌症类型的SOX17表达模式来探索Sox17的表达与药物反应之间的关系。材料和方法：使用单细胞和大量RNA-Seq分析来探索SOX17的表达曲线。用qPCR和免疫组织化学验证了分析结果。进行了生存，药物反应和共同表达分析，以说明其与临床结局的相关性。结果：结果表明，在多种癌症类型中，SOX17的异常表达是高度异型的，表明SOX17表现为癌症类型依赖性特征。此外，SOX17的表达模式也与
TaWRKY19 对 TaNOX10 的转录抑制会损害 ROS 的产生并增强小麦对条锈病的敏感性
1 西北农林科技大学植物保护学院，旱区作物逆境生物学国家重点实验室，陕西杨凌 712100 2 西北农林科技大学小麦抗逆改良创新中心，旱区作物逆境生物学国家重点实验室，陕西杨凌 712100 3 西北农林科技大学生命科学学院，旱区作物逆境生物学国家重点实验室，陕西杨凌 712100 4 中国科学院种子设计创新研究院，遗传与发育生物学研究所，植物细胞与染色体工程国家重点实验室，基因组编辑中心，北京 5 中国科学院大学现代农业学院，北京 6 西北农林科技大学旱区作物逆境生物学国家重点实验室，杨凌 712100
MEOX1 - 亚琛工业大学出版物
纤维化是对重要器官慢性重复性损伤的常见反应，被认为是减缓、抑制或逆转器官衰竭进展的重要治疗目标。尽管人们对开发新型抗纤维化疗法有着广泛的兴趣，但目前只有尼达尼布和吡非尼酮被批准用于治疗一种疾病的纤维化：特发性肺纤维化。2 这两种药物都会干扰促纤维化生长因子的信号传导。目前正在研究各种其他抗纤维化方法。这些包括干扰参与纤维化的不同细胞因子的小分子或抗体、抗衰老药物、针对代谢变化和巨噬细胞-成纤维细胞串扰的药物以及针对活性成纤维细胞的嵌合抗原受体 T 细胞 (CAR-T) 疗法。2 但是，这些方法都没有将抗纤维化疗法带入临床，仍然迫切需要新型疗法。最近的方法源自针对表观遗传信号蛋白的靶向抑制，这些蛋白属于溴结构域和额外末端结构域 (BET) 家族，在心脏病的临床前研究中已显示出良好的效果。3 在心力衰竭模型中，BET 抑制可抑制炎症和纤维化。去年，BETonMACE 是首个研究 BET 抑制剂对近期急性冠状动脉综合征和 2 型糖尿病患者的临床试验，未能显示 BET 抑制对心血管死亡、非致命性心肌梗死或中风等主要结果有益。3
2021; 17(2): 417-429。doi: 10.7150/ijbs.54194 研究论文 SOX13/TRIM11/YAP 轴促进 anapla 的增殖、迁移和化学耐药性
间变性甲状腺癌 (ATC) 是最具侵袭性和恶性程度的实体肿瘤之一。泛素蛋白酶体系统存在于所有真核细胞中，对细胞稳态至关重要。但其在 ATC 中的潜在作用仍不清楚。TRIM11 是一种 E3 泛素连接酶，据报道在多种人类癌症中充当致癌基因。本研究旨在揭示 TRIM11 在 ATC 中的致癌功能。使用 Western blot 测量 TRIM11 和 YAP 的蛋白表达，而使用实时 PCR 测量 YAP 靶基因。CCK8 测定用于检测细胞活力；划痕愈合试验和 transwell 测定用于测量 ATC 的迁移能力。异种移植瘤模型用于体内研究。免疫沉淀试验用于检测 YAP 和 TRIM11 之间的相互作用域。并用基于泛素的免疫沉淀实验检测YAP发生的具体泛素化方式。TRIM11的缺失显著降低了ATC细胞的增殖和迁移能力，增加了细胞对化疗的敏感性，而YAP的过表达可以进一步挽救这种效应。TRIM11的缺失降低了ATC中YAP蛋白水平和YAP/TEAD靶基因，如CTGF、ANKRD1和CYR61。这表明TRIM11是Hippo信号通路的调控因子。免疫沉淀实验表明TRIM11的RING结构域对于与YAP的WW结构域的相互作用至关重要。进一步的机制分析表明TRIM11促进YAP的单泛素化，从而延长其蛋白半衰期。此外，TRIM11启动子分析表明SOX13通过与TRIM11启动子结合来激活TRIM11的转录。综上所述，本研究揭示了TRIM11在ATC中的致癌功能，TRIM11是Hippo通路的翻译后调控因子，靶向TRIM11可能是治疗ATC的一种潜在方法。
原创文章 SOX11 的缺失和新生突变与具有 Cof-Siris 综合征特征的神经发育障碍有关
摘要 背景 SOX11 是一种转录因子，被认为在大脑发育中发挥作用。最近有报道称两例 Cofín - Siris 综合征患者出现 SOX11 突变，这表明 SOX11 与人类发育障碍有关。在这里，我们进一步研究 SOX11 变异在神经发育障碍中的作用。方法 我们使用基于阵列的比较基因组杂交和三外显子组测序来识别患有智力障碍的儿童，这些儿童的 SOX11 基因缺失或从头点突变会破坏 SOX11。使用体外基因表达报告系统评估 SOX11 突变的致病性。通过敲低 Sox11 表达在非洲爪蟾中进行了功能丧失实验。结果 我们确定了七个个体的 2p25 染色体缺失涉及 SOX11。三外显子组测序鉴定出三种新生 SOX11 变异体，两种错义（p.K50N；p.P120H）和一种无义（p.C29*）。利用体外基因表达系统评估错义突变的生物学后果。这些个体患有小头畸形、发育迟缓和与轻度 Cof - Siris 综合征相符的共同畸形特征。为了进一步研究 SOX11 的功能，我们敲除了非洲爪蟾中的直系同源基因。与对照组相比，变异体的头部尺寸显著减小。这表明 SOX11 功能丧失可能与小头畸形有关。结论因此，我们提出 SOX11 缺失或突变可能表现出 Cof - Siris 表型。