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体细胞多倍体在发育中的功能后果
简介多倍体一词是指包含两组以上染色体的细胞。在多个细胞物质中，当生殖细胞经历全基因组重复（WGD）并引起完整的多倍体生物，或者在亚生物下，只有在否则二倍体生物体中的体细胞中，就可以在生物水平上发现多倍体。在这些不同类型的多倍体之间，多倍体化的后果可能会有显着差异。在这里，我们重点介绍多倍体在亚生物水平上的后果，概述了正常生理和疾病中体细胞的功能。在发现染色体后不久，在十九世纪后期对多倍体细胞进行了第一次观察（Wilson，1925年）。在过去的一个世纪中，对植物和昆虫的研究极大地有助于我们理解体细胞多倍体的出现，在其他地方进行了广泛的审查（Almeida等，2022; Edgar等，2014; Hua and Orr-Weaver，2017）。总而言之，体细胞可以通过细胞融合或经过非规范细胞周期复制其DNA，但不分为两个子细胞。Many terms have been used to describe these non-canonical cell cycles but, in essence, they can be divided into two types: non-canonical cell cycles in which cells alternate between S and G phase, which we refer to as ‘ endoreplication cycles ' , and non-canonical cell cycles in which cells undergo all phases of the canonical cell cycle but exit M phase before the initiation orcompletion
细菌群体传感信号是在全球丰富的emiliania huxleyi
海洋浮游植物，病毒和细菌之间的相互作用驱动生物地球化学循环，塑造海洋营养结构并影响全球气候。微生物产生的化合物已成为影响真核生理学的关键参与者，进而重塑微生物群落结构。这项工作旨在揭示细菌群体传感分子2- heptyl-4-喹诺酮（HHQ），该分子是由海洋γ-帕特罗氏菌杆菌spps spp。生成的，可阻止病毒诱导的cocimopol cocicocipol hh hhh cocicocipocipocipocipocipol hh spp。先前的工作已经建立了烷基素醇作为二羟基脱氢酶（Dhodh）的抑制剂，这是一种基本酶，促进了嘧啶生物合成和潜在的抗病毒药物靶标的第四步。huxleyi dhodh的N末端截断版在大肠杆菌中异源表达，纯化和动力学表征。在这里，我们显示HHQ是E. huxleyi Dhodh的有效抑制剂（2.3 nm的K I）。E。huxleyi细胞暴露于brequinar（典型的人类dhodh抑制剂）中，经历了直接但可逆的细胞停滞，这种作用反映了先前观察到的HHQ诱导的细胞静止。然而，brequinar治疗缺乏在HHQ暴露的赫uxleyi中观察到的其他显着影响，包括细胞大小，叶绿素荧光的显着变化以及免受病毒诱导的裂解的保护，表明HHQ具有尚未发现的尚未发现的生理靶标。一起，这些结果表明细菌群体传感分子在海洋生态系统中三方相互作用中的新颖而复杂的作用，为探索微生物化学信号传导在Algal Bloom调节和宿主肺病动力学中的作用开辟了新的途径。
筛查和鉴定糖尿病肾脏疾病及其并发症中关键生物标志物：来自生物信息学和下一代测序数据分析的证据
糖尿病患者容易患糖尿病性肾脏疾病（DKD），可能导致心血管损伤，高血压和肥胖症，并降低生活质量。结果，患者的生活质量大大降低。然而，糖尿病肾病（DKD）的发病机理尚未完全阐明，目前的治疗仍然不足。因此，探索DKD的分子机制及其并发症至关重要。下一代序列（GSE217709）数据集从基因表达综合（GEO）数据库中获得。通过R软件挑选出差异表达的基因（DEG）。然后，通过人类整合蛋白质蛋白质相互作用参考（Hippie）数据库构建了GEGS的profiler数据库（pPI）的基因本体论（GO）和Reactome途径富集分析。模块分析是通过Cytoscape插件Pewcc进行的。随后，miRNET数据库和NetworkAnalyst数据库进行了miRNA-HUB基因调节网络和TF-HUB基因调节网络。最后，通过接收器操作特征（ROC）曲线分析对中心基因进行验证，以预测集线器基因的诊断有效性。总共确定了958摄氏度，包括479个加速和479个受调节基因。GO和DEG的途径富集变化主要富含生物调节，多细胞生物过程，GPCR和细胞外基质组织的信号传导。生物信息学分析是探索DKD及其并发症的分子机制和发病机理的有用工具。与DKD相关的十个集线器基因（HSPA8，HSPA8，HSPA5，HSPA5，SDCBP，HSP90B1，VCAM1，MYH9，MYH9，FLNA，MDFI和PML）及其并发症及其并发症。确定的枢纽基因可能参与DKD的发作和发展及其并发症，并作为治疗靶标。
自然语言处理在毒理学中提取机械信息
研究化合物诱导不良影响的方式，毒理学家一直在构建不良结果途径（AOPS）。AOP可以被视为一种务实的工具，可以捕获和可视化任何类型的压力源会影响不同类型的毒性的机制，并描述关键实体之间的相互作用，从而导致多个组织生物学水平的不利结果。AOP的构建或优化是一个劳动密集型过程，目前取决于手动搜索，收集，审查和综合可用科学文献。但是，可以使用自然语言处理（NLP）在很大程度上促进此过程，以从系统，客观和快速的方式中提取科学文献中包含的信息，从而提高准确性和可重复性。这将支持研究人员通过替换NLP提取的数据进行的批判性审查来收集证据收集的时间来投资于AOP的实质性评估。作为案例示例，我们选择了在肝脏中观察到的两个频繁的逆境：即分别表示胆汁和脂质的积累，胆汁淤积和脂肪变性。我们使用深度学习语言模型来识别文本中感兴趣的实体，并在其之间建立因果关系。我们演示了NLP管道如何将命名实体识别和基于规则的关系提取模型组合在一起，有助于筛选文献中与肝脏逆境有关的化合物，同时也提取机械信息，以了解从分子到生物体的分子发展的方式。最后，我们提供了一些最新语言模型的进展以及将来如何使用这些观点。我们提出这项工作带来了两个主要贡献：1）概念证明NLP可以支持从现代毒理学文本中提取信息的信息； 2）模板开源
用于同步多模式记录的实验室流媒体层
摘要——准确记录人类或其他生物与其环境或其他媒介的相互作用需要通过多种仪器同步数据访问，这些仪器通常使用不同的时钟独立运行。主动的硬件介导解决方案通常不可行或成本过高，无法在任意输入系统集合中构建和运行。实验室流层 (LSL) 提供了一种基于软件的方法，用于根据每个样本的时间戳和跨公共 LAN 的时间同步来同步数据流。LSL 专为神经生理应用而构建，设计可靠，提供零配置功能并考虑网络延迟和抖动，从而实现连接恢复、偏移校正和抖动补偿。这些功能可确保精确、连续的数据记录，即使在遇到中断的情况下也是如此。截至 2024 年 2 月，LSL 生态系统已发展到支持 150 多个数据采集设备类，并与使用多种编程语言编写的客户端软件建立了互操作性，包括 C/C++、Python、MATLAB、Java、C#、JavaScript、Rust 和 Julia。 LSL 的弹性和多功能性使其成为多模态人类神经行为记录的主要数据同步平台，现在它得到了各种软件包的支持，包括主要的刺激呈现工具、实时分析包和脑机接口。除了基础科学、研究和开发之外，LSL 还被用作从艺术装置到舞台表演、互动体验和商业部署等场景中的弹性和透明后端。在神经行为研究和其他神经科学应用中，LSL 促进了使用公共时间基上的多个数据流捕获生物动态和环境变化的复杂任务，同时捕获每个数据帧的时间细节。
2024-2025 CWU 高中学院课程描述和先决条件科学学院 ANTH 107：人性：过去和现在 (5)。
2024-2025 CWU 高中课程描述和先决条件科学学院 ANTH 107：人类：过去和现在 (5)。使用考古学、生物学、文化和语言人类学方法和观点探索从最早的人类祖先到今天世界各地的人类。BIOL 101：生物学基础 (5)。介绍应用于人类、社会和环境的分子、细胞、有机体、群落和生态系统层面的科学研究和生物学基本原理。BIOL 201：人体生理学 (5)。介绍人体细胞、器官和器官系统与健康和福祉、当前发展和社会的关系。ENST 201：地球作为生态系统 (5)。介绍我们的星球是一个有限的环境，具有某些对生命至关重要的特性，并将探索地球的物理、化学、地质和生物过程的动态性质及其相互关联的“系统”。ENST 202：环境与社会（5）。环境问题的物理和文化维度，特别强调生态系统、基本资源、人口动态和文化之间的相互作用。GEOG 101：世界区域地理（5）。介绍世界主要地区的动态景观，研究社会经济、政治、人口、文化和环境模式、过程和问题。GEOG 107：我们的动态地球（5）。复杂的天气、气候、水、地貌、土壤和植被构成了地球在空间和时间上的物理环境。结合地图解释和科学分析来了解各种景观以及人类对这些景观的影响。GEOG 111：地图的力量（4）。探究地图和定位技术（包括在线地图、GPS、地理信息系统 (GIS)、Google Earth 和虚拟现实）的解决问题潜力和社会影响。讨论批判性地图阅读、隐私和社会正义制图。
海洋生命发现和描述的原位数字综合策略
引言深海环境是鲜为人知的，更难研究地球上的生态系统之一，与地球深海相比，火星表面的地图更好（1）。尽管人类已经能够进入数千年的各种陆地生态系统，但自从人类具有探索和研究海洋的能力以来，已经几百年了。最现代的技术进步，可促进与深海生活相互作用的互动，例如配备了钛机操纵器的远程操作的车辆（ROV），是由工业部门和与国防相关的工业推动的（2）。然而，近年来，软机器人技术等领域的进步将更多地集中在与海洋生物学家合作并为益处合作而开发的脆弱海洋生物操纵上（3-8）。与先进的水下想象技术相结合（9），它扩大了生物学询问，只有在受控的实验室环境中才有可能对深海的精致动物进行。在这项研究中，我们结合了机器人的跨学科协同作用，深海标本封装，定量的三维（3D）成像和分子生物学，以收集可用于识别，描述和进一步了解深海组织的丰富数据。通过结合水下成像和移动机器人平台，我们解锁了新机制，以实现深海海洋生物群的定量观察（10）。这些探险中的第一个我们报告了一个工作流程和技术套件，其中包括结构化成像，封装，原位保存和基因组测序，以提供有关有机体系统的大量信息。该项目涉及两次研究探险队在Schmidt海洋研究所的R/V Falkor上，以及ROV Subastian，这是一个4500 m评级的工作级ROV系统。
细胞死亡和癌症和正常生理学的生存
细胞如何死亡是细胞生物学的一个基本方面，因此，现实地假设，尽管对各种细胞死亡的各种模式和途径进行了数十年的研究，但我们仍在学习很多。也许是矛盾的，细胞死亡的领域仍然充满活力，这是由于这个分子和细胞生物学领域的频繁进步和出版物所证明的。从一开始就可以考虑三种一般类型的细胞死亡（我与I型，II和III型的早期描述；我在此不使用的术语）。我们首先可以考虑“谋杀”，也就是说，该牢房被积极杀死。谋杀的一些例子是冻融，低渗性休克，补体介导的裂解和细胞毒性细胞杀死。这些不需要简单（冻融），而可以包括垂死细胞的参与（细胞毒性细胞杀死），并且可以在有机生物学中起重要作用。第二种要考虑的类型是“破坏”，也就是说，细胞生存所必需的过程的破坏。这也可能涉及细胞的积极参与 - 就像如果机器不运行的话，木制鞋子不会被工业织机破坏一样。（虽然通常建议此图像是“ Sabot”或木制鞋的“破坏”一词的起源，但该术语实际上源于删除Sabot或Railroad Tie的效果，以损害移动的火车。在任何一种情况下，销毁积极参与其自身破坏的东西的效果都充分传达了这里的重点）。如果我们认为许多基因及其产品对于细胞至关重要细胞破坏的一个例子是铁凋亡的过程，还有许多其他命名的细胞死亡方式可以以这种方式进行分类。第三种类型可以被视为“自杀”，即至少在参与时导致细胞死亡的途径的激活。这些是细胞凋亡，坏死和凋亡的充分描述的过程，可能还有其他。罗伯特·霍维茨（Robert Horwitz）多年前，在第一次关于细胞死亡的会议上，在第一次会议上指出，可能有很多方法可以杀死细胞，并且通过扩展，一个细胞可能会自杀。
使用生物信息学和下一代测序数据分析筛选和鉴定与子宫内膜异位相关的关键生物标志物
子宫内膜异位症是子宫内膜型粘膜在子宫腔外的常见原因，如疼痛时期，慢性骨盆疼痛，性交和不育的疼痛等症状。但是，还限制了子宫内膜异位症的早期诊断。本研究的目的是识别和验证子宫内膜异位症的关键生物标志物。下一代测序（NGS）数据集GSE243039是从基因表达综合（GEO）数据库中获得的，并确定了子宫内膜异位症和正常对照样品之间差异表达的基因（DEGS）。进行了DEG，基因本体（GO）和Reactome途径富集分析后。此外，构建了蛋白质蛋白质相互作用（PPI）网络，并使用人类积分蛋白质蛋白相互作用参考（HIPIE）数据库和Cytoscape软件分析模块，并鉴定出集线器基因。随后，使用miRNET和网络分析员工具构建了miRNA和集线器基因之间的网络，并预测了可能的关键miRNA和TFS。最后，使用接收器工作特性曲线（ROC）分析来验证集线器基因。在子宫内膜异位和正常对照样品之间筛选了总共958摄氏度，其中包括479个高度调节的基因和479个下调的基因。go and reactome途径富集分析的958摄氏度表明它们主要参与多细胞生物过程，发育过程，GPCR和肌肉收缩的信号传导。这项研究使用了生物信息学技术来探索潜在和新颖的生物标志物。对PPI网络和模块的进一步分析确定了10个中心基因，包括VCAM1，SNCA，PRKCB，ADRB2，FOXQ1，MDFI，ACTBL2，PRKD1，DAPK1和ACTC1。可能的目标miRNA，包括HSA-MIR-3143和HSA-MIR-2110以及包括TCF3和时钟在内的目标TFS。这些生物标志物可能会为子宫内膜异位症的早期诊断，治疗和监测提供新的想法和方法。
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1 德国莱比锡亥姆霍兹环境研究中心 – UFZ，环境化学品研究科，2 德国莱比锡大学医学院，3 挪威公共卫生研究所 – NIPH，化学毒理学系，挪威奥斯陆，4 德国杜塞尔多夫莱布尼茨环境医学研究所 IUF，5 德国杜塞尔多夫 DNTOX GmbH，6 瑞士巴塞尔大学应用人体毒理学中心，瑞士巴塞尔，7 瑞典乌普萨拉大学生物系，8 芬兰赫尔辛基欧洲化学品管理局 (ECHA)，9 德国柏林德国联邦风险评估研究所 (BfR)，10 波尔多大学国立卫生与医学研究院 (INSERM)，罕见疾病：遗传和代谢（MRGM），法国佩萨克，11 奥斯陆大学，药理学和药物生物科学系，药学系，挪威奥斯陆，12 荷兰国家公共卫生与环境研究所（RIVM），健康保护中心，荷兰比尔特霍芬，13 伯明翰大学，环境研究与正义中心，英国伯明翰，14 挪威生命科学大学（NMBU），兽医学院，挪威奥斯特，15 格但斯克大学，环境化学信息学实验室，波兰格但斯克，16 汉诺威兽医大学，基金会，食品质量与食品安全研究所，德国汉诺威，17 康斯坦茨大学，体外毒理学和生物医学/CAAT-Europe，德国康斯坦茨，18 AIT 奥地利技术研究所有限公司，分子诊断能力单位，健康与生物资源中心，奥地利维也纳， 19 多瑙河私立大学，牙科和医学院，医学系，克雷姆斯，奥地利， 20 乌普萨拉大学和生命科学实验室，药物生物科学系，瑞典乌普萨拉， 21 卡洛斯三世健康研究所 (ISCIII)，国家环境卫生中心 (CNSA)，环境毒理学单位，马亚达洪达，西班牙