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通过 RNA 引导转座对 Anabaena sp. PCC 7120 进行基因组工程改造
摘要：在基因组工程中，传入 DNA 的整合依赖于分裂细胞产生的酶，这一直是提高 DNA 插入频率和准确性的瓶颈。最近，据报道，使用 CRISPR 相关转座酶 (CAST) 的 RNA 引导转座在大肠杆菌中非常有效且具有特异性。在这里，我们开发了 Golden Gate 载体来在丝状蓝藻中测试 CAST，并证明它在鱼腥藻属菌株 PCC 7120 中有效。含有 CAST 和工程转座子的相对较大的质粒通过使用自杀或复制质粒的结合成功转移到鱼腥藻中。编码靶标前导链但不编码反向补体链的单向导 (sg) RNA 与 sgRNA 中包含的原间隔子相关基序 (PAM) 序列有效。在对两个不同靶位点进行分析的六种病例中，有四种的插入位点位于 PAM 之后正好 63 个碱基处。复制质粒上的 CAST 具有毒性，可用于治愈质粒。在分析的所有六种情况下，只有由从左到右元素的序列定义的转座子货物被插入目标位点；因此，RNA 引导的转座是由剪切和粘贴引起的。没有内源转座子通过暴露于 CAST 酶而重新动员。这项工作为通过 RNA 引导的转座在丝状蓝藻中进行基因组编辑奠定了基础，无论是在培养中还是在复杂群落中。关键词：鱼腥藻、CRISPR 相关转座子 (CAST)、基因组工程、RNA 引导的转座、minion 测序、从头基因组组装 ■ 简介
PCC 人工智能和机器学习战略规划任务组负责：
2023 年 11 月 3 日，PCC 政策委员会在 PoCo 年度会议上关于“人工智能 (AI) 和机器学习对 PCC 成员元数据操作的影响”的会议上讨论了 PoCo AI 调查结果。PoCo 决定委托一个短期任务组进行环境扫描并提供建议。这些建议将帮助 PoCo 确定下一步行动，例如在我们的战略方向中添加一个或多个与 AI 相关的行动项目并组建一个新的长期任务组。
Synechocystis sp的代谢工程。 PCC 6803用于改善苯丙烷的产生
©作者2024。Open Access本文是根据Creative Commons Attribution 4.0 International许可获得许可的，该许可允许以任何媒介或格式使用，共享，适应，分发和复制，只要您对原始作者和来源提供适当的信誉，请提供与创意共享许可证的链接，并指出是否进行了更改。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问http：//创建ivecommons。org/licen ses/by/4。0/。Creative Commons公共领域奉献豁免（http：//创建ivecommons。Org/publi cdoma in/Zero/1。0/1。0/）适用于本文中提供的数据，除非在数据信用额度中另有说明。
蓝藻聚球藻 PCC 7002 中基因表达的光遗传学控制
光合蓝藻可在生物技术中用作环境可持续的细胞工厂，将二氧化碳转化为多种生物化学物质。然而，缺乏可用于精确和动态控制基因表达的分子工具，阻碍了代谢工程，并导致产品滴度低。光遗传学工具能够以高可调性和可逆性实现光调节的基因表达控制。到目前为止，它们在蓝藻中的应用有限，物种之间的可转移性仍不清楚。在本研究中，我们在聚球藻 PCC 7002 中表达了蓝光抑制的 YF1/FixJ 和绿/红光响应的 CcaS/CcaR 系统，并使用 GFP 荧光测定和 qRT-PCR 表征了它们的性能。非蓝藻来源的 YF1/FixJ 系统表现出较差的性能，最大动态范围为 1.5 倍，尽管采取了几个步骤来改进这一点。相比之下，源自蓝藻 Synechocystis sp. PCC 6803 的 CcaS/CcaR 系统对光波长和强度反应良好，在绿光照射 30 分钟后观察到蛋白质荧光输出增加 6 倍。监测 GFP 转录水平使我们能够量化转录激活和失活的动力学，并测试多个绿光/红光和光/暗循环对系统性能的影响。最后，我们通过对 pCpcG2 输出启动子进行有针对性的遗传修饰，提高了绿光下 CcaS/CcaR 系统的活性。本研究详细描述了 Synechococcus sp. PCC 7002 中 CcaS/CcaR 系统的行为，并强调了跨物种转移光遗传学工具的复杂性。
最终报告：PCC 人工智能和机器学习战略规划任务组
2023 年 12 月，PCC 编目和元数据人工智能和机器学习任务组受命对 PCC 社区进行环境扫描，收集当前活动快照以及人工智能对编目和元数据操作的影响。调查于 2024 年 3 月进行，共收到 193 份回复。根据这些回复，任务组为 PCC 制定了一系列建议和潜在行动项目，以支持、教育和协调围绕人工智能和编目的工作。此外，任务组还收集了一组关于人工智能和编目的初始资源，将通过 PCC Wiki 共享。我们设想这个 wiki 空间成为使用人工智能和机器学习 (ML) 的编目从业者之间的交流和协作场所。在我们的工作过程中，任务组确定了一些总体主题，这些主题将在 PCC 在该领域的工作进展过程中加以考虑。这些主题为任务组提出的建议和行动项目的制定提供了参考。
PCC 常见问题解答：使用人工智能 (AI) 软件生成的资源编目
2.我们如何对待编写或操作用于生成资源的 AI 软件的代理？如果已知，则将负责操作、提示、编译和/或编辑所编目资源中命名 AI 或生成计算机程序的输出的人员或集体代理记录为相关代理。与 AI 生成的资源相关的人类代理通常可以表示为作者、编辑、编译者或提示者，也可以不具名。负责开发、编程或托管 AI 软件的代理也可以被视为与所编目资源相关的代理。这些代理也可以在软件标题的权威记录中记录为相关代理（参见示例 8）。如果与资源相关的代理的具体角色不明确，请使用通用元素名称，例如“创建者”或“贡献者”，或者不分配关系指示符。另请参阅《在书目记录中应用关系指示符的培训手册》中的准则 4 和 5。如果需要，请在注释中澄清归属。3.人工智能的名称可以被视为人类代理的假名吗？
PCC AI和机器学习战略规划任务组：初步报告
PCC AI/ML任务小组在2024年1月5日星期五举行了我们的第一次会议，我们设定了每两周的会议时间表。在首次会议上，我们审查了我们的指控，以确认对TG的目标和可交付成果的共同理解。我们已经启动了一份文档收集信息，我们当前知道有关可能的合作伙伴，实施，项目和资源，以作为环境扫描的框架。但是，我们认为对更广泛的PCC社区的扩展调查将是收集最全面信息的主要工具。我们已经与一些POCO成员接触，他们对AI的初步调查做出了回应，以了解有关他们参与的项目或计划的更多信息，并输入了调查的下一次迭代。我们仍在收集此反馈。
选择Anabaena sp。 PCC 7938作为火星生物ISRU的蓝细菌模型
预计将在即将到来的12月举行的摘要船员任务。短期住宿后，希望永久存在能够实现大量的科学发现。这将需要为工作人员提供生命支持的消耗品，数量太大而无法从地球进口。这些消耗品的一部分可以在现场生产生物处理，但是不必进口原料。正在考虑的解决方案在于使用重18zotrophic，岩石 - 酸性蓝细菌作为主要生产者：喂养现场自然可用的材料，它们将提供其他生物所需的营养。这个概念最近已经取得了动力，但是由于缺乏贡献团队的一致性，尤其是共享模型有机体，进步会减慢进步。希望解决这个问题，我们介绍了为选择当前模型所做的工作。我们从怀旧家族的预选菌株开始。对Anabaena sp的基因组进行了测序。PCC 7938（唯一尚未可用的人）我们比较了菌株的基因组数据，以确定其相关性并提供对其生理学的见解。然后，我们评估并比较了相关特征：Chie ply，它们利用Martian Regolith营养素的能力，它们对高氯的耐药性（Regolith中存在的有毒化合物）以及作为中学生产者的原料（在这里是异养细菌和较高植物）。这导致选择了Anabaena sp。PCC 7938，我们建议作为模型蓝细菌，用于开发基于火星的Natu-Natu-lal资源。
诱导型 CRISPR/Cas9 可在集胞藻 PCC 6803 中进行多重和快速分离的单靶基因组编辑
诱导型 CRISPR/Cas9 可在 Synechocystis sp. PCC 6803 中进行多路复用和快速分离的单目标基因组编辑 Ivana Cengic a、Inés C. Cañadas b、Nigel P. Minton b、Elton P. Hudson a * a 瑞典皇家理工学院化学、生物技术和健康工程科学学院、生命科学实验室，斯德哥尔摩，瑞典 b BBSRC/EPSRC 合成生物学研究中心 (SBRC)、诺丁汉大学生命科学学院，诺丁汉，NG7 2RD，英国 * 通讯作者：huds@kth.se 摘要 建立各种合成生物学工具对于开发用于生物技术的蓝藻至关重要，尤其是那些允许以时间高效的方式进行精确和无标记基因组编辑的工具。这里我们描述了一个核糖开关诱导的 CRISPR/Cas9 系统，该系统包含在一个单一的复制载体上，用于模型蓝藻 Synechocystis sp. PCC 6803。茶碱反应性核糖开关可以严格控制 Cas9 表达，从而能够将 CRISPR/Cas9 载体可靠地转化为 Synechocystis 。CRISPR/Cas9 的诱导介导了各种类型的基因组编辑，特别是不同大小的删除和插入。编辑效率因目标和预期编辑而异；较小的编辑总体上表现更好，例如，将 FLAG 标签插入 rbcL 时达到 100%。重要的是，本文描述的单载体 CRISPR/Cas9 系统还被证明可以在 Synechocystis 中同时介导多达三个目标的多重编辑。所有单靶和几个双靶突变体在第一轮诱导后也完全分离，增加了该系统的实用性。此外，由镍单独诱导并包含在 CRISPR/Cas9 载体本身上的载体固化系统将固化效率提高了大约 4 倍，使最终的突变体真正成为无标记的。关键词：CRISPR、Cas9、蓝藻、可诱导、核糖开关、多重引言
普韦布洛社区学院 (PCC) 健康专业与公共安全专业学生和医学与行为健康专业学生，您收到此消息是因为
普韦布洛社区学院 (PCC) 健康职业与公共安全专业学生和医学与行为健康专业学生，您收到此消息是因为您已注册 PCC 的 2021 年秋季课程。根据您的学术或证书课程，此信息可能适用于您，也可能不适用于您，但如果您正在考虑健康途径，了解这些信息很重要。PCC 很自豪能够提供卓越的医疗保健计划，这些计划需要在当地医疗机构（如医院和长期护理机构）进行临床实践。PCC 目前不要求将 COVID-19 疫苗作为入学条件，但随着 FDA 批准辉瑞疫苗，越来越多的临床社区合作伙伴正在宣布其医疗保健专业人员的疫苗接种要求。此外，科罗拉多州卫生委员会有监管权力实施自己的疫苗接种要求，并且可能会出台针对这些要求的规则。目前，有些设施要求学生完成临床时间，因为设施中服务的是弱势群体，所以要求设施中服务的任何人都接种疫苗。我们的许多健康计划都需要临床时间。一些营业场所可能会基于医疗和宗教原因承认豁免，但医疗保健行业的临床社区合作伙伴不承认基于确保患者及其服务对象的健康和安全的豁免（医疗和/或宗教）。PCC 不控制诊所或潜在雇主接受免疫接种/豁免的决定。不幸的是，目前我们无法预测某些诊所的疫苗要求和不允许豁免的决定是否会改变。此外，如果州卫生委员会实施要求医疗保健专业人员和在医疗保健环境中工作的人员接种疫苗且不允许豁免的规则，学院必须遵守这些规定。PCC 将继续监测可能影响临床站点的州和国家卫生管理机构的建议。考虑到学期的时间安排，我们希望 PCC 学生能够掌握这些信息，并能够在您的课程需要临床实习时做出明智的决定。如果您参加的课程需要在需要接种疫苗且不保证豁免的项目领域进行临床学习，并且您无法接种疫苗，您可能需要咨询您的项目主席或临床协调员以了解替代方案。虽然 PCC 目前不强制要求将 COVID-19 疫苗接种作为入学条件，但 PCC 鼓励所有入学学生接种疫苗。PCC 在整个学期提供免费疫苗接种诊所，预定日期为 8 月 31 日（提供 2 张 20 美元的 Chipotle 礼品卡）和 9 月 17 日，位于学生中心底层，未来还有更多日期。9 月 1 日前接种疫苗的学生可参加抽奖，赢取十份价值 1,000 美元的奖学金（抽奖截止日期为 9 月 1 日）。您对学生的权利和责任有疑问？请查看 PCC 的学生手册，了解政策和程序，包括有关民权的信息。