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研究论文 VPS16 在肝细胞癌中的预后意义的生物信息学分析及其在药物筛选中的作用
背景 . 液泡蛋白分选16 (VPS16) 过表达近来被认为与癌症生长和耐药性有关；然而，关于 VPS16 是否在肝细胞癌 (LIHC) 中起重要作用知之甚少。方法 . 使用TIMER2在线数据库分析VPS16在泛癌中的表达，并使用Xena Browser探讨VPS16表达水平与生存时间之间的相关性。使用R语言测试TCGA数据库中374例LIHC病例的生存数据。使用DESeq2进行差异表达基因 (DEG) 分析。使用HPA数据库验证VPS16在LIHC中的表达水平。使用clusterProfiler包通过GO/KEGG富集分析分析功能和相关信号通路。利用药物敏感性分析和分子对接技术筛选出最敏感的针对VPS16分子的药物。结果 .全癌分析显示VPS16在多种肿瘤中均有高表达，尤其在LIHC中。随着LIHC的T分期和分级的增加，VPS16的表达水平也增加。VPS16的表达与LIHC患者总生存期呈负相关。分期可作为独立的预后因素。共发现63种敏感药物，其中19种药物与VPS16显示出较强的分子结合能。结论。VPS16可能是LIHC诊断和预后的潜在生物标志物。未来以VPS16为靶点的药物可能应用于LIHC的治疗。
RPS19 编辑的 Diamond-Blackfan 贫血模型...
戴蒙德-布莱克凡贫血 (DBA) 是一种遗传性血液疾病，由核糖体蛋白 (RP) 基因（最常见的是 RPS19）的杂合功能丧失突变引起。DBA 的标志性特征是婴儿发生的发育不全性贫血，但一些年龄较大的患者会出现骨髓细胞减少症和多系血细胞减少症。DBA 中贫血的机制尚不完全清楚，对于生命后期发生的全血细胞减少症的了解就更少了，部分原因是患者的造血干细胞和祖细胞 (HSPC) 难以获得，而目前的实验模型并不理想。我们通过使用 CRISPR/Cas9 编辑健康人类供体 CD34 + HSPC 来创建 RPS19 单倍体不足，从而模拟了 DBA。体外分化显示髓系生成正常和红细胞生成受损，如在 DBA 中观察到的那样。移植到免疫缺陷小鼠体内后，RPS19 +/− HSPC 的骨髓再生能力显著降低，表明造血干细胞 (HSC) 受损。RPS19 单倍体不足导致的红细胞和 HSC 缺陷可通过用表达 RPS19 的慢病毒载体转导或通过 Cas9 破坏 TP53 得到部分纠正。我们的研究结果基于对原代人类 HSPC 的基因组编辑，定义了一种可处理、生物学相关的 DBA 实验模型，并确定了一种模拟 DBA 全造血缺陷的相关 HSC 缺陷。
RPS19 编辑的 Diamond-Blackfan 贫血模型...
简介戴蒙德-布莱克凡贫血 (DBA) 是一种罕见的先天性骨髓衰竭疾病，通常在婴儿期表现为大细胞性贫血和红细胞减少症 (1, 2)。DBA 与腭裂、肾脏和心脏缺陷、生长迟缓等身体异常以及某些癌症风险增加有关 (3, 4)。虽然发育不全性贫血是儿童的主要特征，但老年患者也可能出现骨髓细胞减少、全血细胞减少和免疫缺陷，表明造血干细胞 (HSC) 受损 (5, 6)。经典的 DBA 是由 20 个小亚基或大亚基核糖体蛋白 (RP) 基因中的 1 个发生种系杂合功能丧失突变引起的，导致核糖体的生物合成和/或功能缺陷。较不常见的是，GATA1 (7)、EPO (8)、ADA2 (9) 和 TSR2 (10) 的突变会导致 DBA 样增生性贫血。最常见的 DBA 基因是 RPS19，大约 25% 的患者检测到突变。接下来最常见的突变基因是 RPL5 (~7%)、RPS26 (~7%) 和 RPL11 (~5%) (1)。目前对 DBA 的治疗方法包括铁螯合慢性红细胞输注；糖皮质激素（可促进红系祖细胞扩增）和异基因造血干细胞移植 (HSCT)，所有这些疗法都与严重毒性有关。DBA 相关红系衰竭的机制尚不完全清楚。对患者造血干细胞和祖细胞 (HSPC) 的分析显示，红系祖细胞扩增存在缺陷，并伴有红系祖细胞病理性凋亡 (1, 11–14)。可能的解释包括整体翻译受损 (15, 16)；BAG1 (17)、CSDE1 (17) 和 GATA1 (18, 19) 等红细胞生成所必需的转录本的选择性翻译受损；由于
RPS19 编辑的 Diamond-Blackfan 贫血模型...
简介戴蒙德-布莱克凡贫血 (DBA) 是一种罕见的先天性骨髓衰竭疾病，通常在婴儿期表现为大细胞性贫血和红细胞减少症 (1, 2)。DBA 与腭裂、肾脏和心脏缺陷、生长迟缓等身体异常以及某些癌症风险增加有关 (3, 4)。虽然发育不全性贫血是儿童的主要特征，但老年患者也可能出现骨髓细胞减少、全血细胞减少和免疫缺陷，这表明造血干细胞 (HSC) 受损 (5, 6)。经典的 DBA 是由 20 个小亚基或大亚基核糖体蛋白 (RP) 基因中的 1 个发生种系杂合功能丧失突变引起的，导致核糖体的生物合成和/或功能缺陷。较不常见的是，GATA1 (7)、EPO (8)、ADA2 (9) 和 TSR2 (10) 的突变会导致 DBA 样增生性贫血。最常见的 DBA 基因是 RPS19，大约 25% 的患者检测到突变。接下来最常见的突变基因是 RPL5 (~7%)、RPS26 (~7%) 和 RPL11 (~5%) (1)。目前对 DBA 的治疗方法包括铁螯合慢性红细胞输注；糖皮质激素（可促进红系祖细胞扩增）和异基因造血干细胞移植 (HSCT)，所有这些疗法都与严重毒性有关。DBA 相关红系衰竭的机制尚不完全清楚。对患者造血干细胞和祖细胞 (HSPC) 的分析显示，红系祖细胞扩增存在缺陷，并伴有红系祖细胞病理性凋亡 (1, 11–14)。可能的解释包括整体翻译受损 (15, 16)；BAG1 (17)、CSDE1 (17) 和 GATA1 (18, 19) 等红细胞生成所必需的转录本的选择性翻译受损；由于
CRISPR/Cas9 介导的非模型线虫 Panagrolaimus sp. PS1159 的基因编辑
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证下可用（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2022 年 11 月 28 日发布。；https://doi.org/10.1101/2022.09.26.509268 doi：bioRxiv 预印本
利用 CRISPR-Cas9 方法构建工程酿酒酵母，删除 GPD2、FPS1 和 ADH2，以提高乙醇产量
摘要：生物乙醇作为可再生液体燃料具有重要价值，工业生产乙醇过程中甘油和有机酸的过量积累导致乙醇含量降低。本研究利用CRISPR-Cas9方法构建了GPD2、FPS1和ADH2基因缺失的酿酒酵母工程菌株，以提高乙醇产量。通过RNA测序和转录组分析研究基因缺失对基因表达的影响。结果表明，以50g/L葡萄糖为底物，通过同时缺失GPD2、FPS1和ADH2基因构建的酿酒酵母工程菌株SCGFA乙醇产量为23.1g/L，比野生型菌株提高了0.18%，每g葡萄糖的乙醇转化率为0.462g。此外，SCGFA中甘油、乳酸、乙酸、琥珀酸含量与野生型菌株相比分别降低了22.7%、12.7%、8.1%、19.9%、20.7%。京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析显示，上调基因富集表明糖酵解、脂肪酸和碳代谢均能影响SCGFA的乙醇生产。因此，该工程菌株SCGFA在生物乙醇生产中具有巨大的潜力。
APP/PS1 小鼠早期阿尔茨海默病样病理中的运动亢进：
摘要：非认知行为和心理症状常出现在阿尔茨海默病 (AD) 患者和小鼠模型中，但确切的神经病理学机制仍不清楚。本文，我们报告了 4 月龄 APP/PS1 小鼠的多动症，且具有明显的个体间差异。病理学分析显示，与活动正常的小鼠相比，多动 APP/PS1 小鼠的额叶运动皮层中淀粉样蛋白 (A ) 的神经元内积累、谷氨酸能神经元中的 c-Fos 表达和星形胶质细胞的激活更为明显。此外，多动表型与血管周围水通道蛋白 4 (AQP4) 的错误定位和淋巴运输障碍有关。AQP4 基因的缺失增加了 4 月龄 APP/PS1 小鼠的多动症、神经元内 Aβ 负荷和谷氨酸能神经元活化，但不影响工作记忆或焦虑样行为。总之，这些结果表明，AQP4 错误定位或缺陷导致神经元内 Aβ 负荷增加和运动皮层神经元过度活跃，进而导致 APP/PS1 小鼠早期病理生理过程中运动过度活跃。因此，改善 AQP4 介导的淋巴清除可能为 AD 前驱期过度活跃的早期干预提供一种新策略。
APP/PS1的胆汁酸轮廓中的性别差异...
Wu，J.，Zhu，X.，Lin，H.，Chen，Z.，Tang，H。，＆Wang，Y。（2020）。APP/PS1转基因AD小鼠的胆汁酸轮廓中的性别差异。大脑研究公告，161，116–126。doi：10.1016/j.brainresbull.2020.05.003
减刑选项 AFPS15/AFPS05/RFPS
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Pan-STARRS PS1 和 PS2 望远镜之间的设计差异
PS2 望远镜是为哈莱阿卡拉的全景巡天望远镜和快速反应系统 (Pan-STARRS) 建造的一系列广角望远镜中的第二架。PS2 的设计基于从 PS1 吸取的经验教训逐步发展，但这些变化应该会显著改善图像质量、在有风条件下的跟踪性能并减少散射光。这架望远镜的光学元件除了涂层外都已完成，望远镜结构本身的制造也正在顺利完成并于今年年底 (2012 年) 现场安装。两架望远镜之间最显著的差异包括：副镜支撑的变化、光学抛光的改进、光学涂层的变化以提高吞吐量并减少重影、镜室内热源的去除、主镜图形控制系统的扩展、挡板设计的改变以及改进的电缆缠绕设计。本文对每一项设计变化进行了描述，并讨论了进行这些变化的动机。