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用于手指小米的新型基于GBS的SNP标记及其在遗传多样性分析中的使用
eleusine coracana（L。）Gaertn。（通常称为纤维小米）是一种用于食物和饲料的多功能作物。基因组工具对于作物基因库的表征及其基因组主导的繁殖需要。基于高通量测序的表征代表多种农业生态学的纤维细胞种质，被认为是确定其遗传多样性的有效方法，从而提出了潜在的繁殖候选者。在这项研究中，使用基因分型（GBS）方法同时鉴定新型的单核苷酸多态性（SNP）标记和基因型288纤维小米辅助量，从埃塞俄比亚和津巴布韦收集。使用5,226个BI-Callelic SNP在个人和组水平上进行表征，最小等位基因频率（MAF）高于0.05，分布在2,500个纤维小米参考基因组的2,500支支架上。SNP的多态性信息含量（PIC）平均为0.23，其中四分之一的PIC值超过0.32，这使得它们非常有用。基于地理位置的288个加入分为七个种群和种质交换的潜力显示，观察到的杂合性范围狭窄（HO; 0.09 - 0.11）和预期的杂合性（HE），其范围超过了Twofold，从0.11到0.26。等位基因在不同群体中独有的等位基因也得到了识别，这值得进一步研究其与理想性状的潜在关联。在AMOVA，群集，主要坐标和人口结构分析中，埃塞俄比亚和津巴布韦附属之间的高遗传分化很明显。分子方差的分析（AMOVA）揭示了基于地理区域，原产国，流动式，泛质类型和易耐受性的种类群之间的高度显着遗传分化（p <0.01）。菲格尔小米附属的遗传多样性水平在埃塞俄比亚内部的位置中适度变化，北部地区的加入水平最低。在邻居加入聚类分析中，这项研究中包括的大多数改进的品种都非常紧密，这可能是因为它们是使用遗传学上不同的种质和/或以类似性状（例如谷物产量）选择的。通过来自两国不同地区的跨植物上不同的遗传学加入来重组等位基因，可能会导致出色品种的发展。
晶粒形状基因编辑对勃起的外观质量的影响
抽象的长谷物Geng/japonica大米由于其出色的外观质量而具有较高的市场偏好。密集和勃起的键盘1（DEP1）基因已被广泛用于中国高产的Geng/Japonica水稻品种的繁殖。但是，该基因会导致短而圆形的形状，从而使其在全球大米市场中的吸引力降低。因此，通过将DEP1与重大效应的谷物形状基因合并到水稻工业中，将高收益长颗粒Geng/Japonica水稻品种繁殖。到目前为止，在勃起的型木制基因/japonica水稻的背景下，已经清楚地阐述了多种谷物形状基因的效应机制，因此需要进一步阐明主要谷物形状基因对外观质量的影响，因为详细的报告受到限制。利用CRISPR/ CAS9技术，一系列近乎遗传的线（NILS）（YF47 DEP1 -GW8，YF47 DEP1 -GS3，YF47 DEP1 -GL7，YF47 DEP1 -QGL3和YF47 DEP1和YF47 DEP 1 -TGW6）在Yanfeng 47（YF47 Dep1）中创建了。All the results revealed that pyramiding dep1 with major-effect grain shape alleles was an effective approach to improving the appearance quality of erect-panicle geng/japonica rice, owning to both of the appearance quality and yield improvement, GS3 and TGW6 alleles can be applied directly for breeding long-grain shape geng/japonica rice, and editing GW8 resulted in excellent appearance quality but low yield, therefore, this gene would be难以直接使用，但可以将其视为核心种质资源。关键字：大米，谷物形基因，外观质量，基因编辑，分子设计繁殖谷物的外观和产量成分分析表明：（1）与YF47 DEP1相比，所有NIL的晶粒长度与宽度比都显着增加，除YF47 DEP1 -GS3，（2）所有NIL的nils and yf47 dep1 -gwest and greent yf48 grest greent greent greent greent and greent yf47 dep1 -gs gs3，（2）粉笔性程度，（4）胶细胞的组成和填充特性是两个关键因素，分别有助于晶粒形状和谷物粉笔变化，并且v）拥有千粒重量的大幅度增加，yf47 dep1 -gs3和yf47 dep1 -tgw6的产量大于yf47 dep1 -tgw6均高于yf1 yf1 yf1 yf1 yf1 yf1 yf1，由于有效的圆锥体数量急剧下降和千粒重量，因此表现出最低的收率。
_____________________________________________________________________________________________________ *Corresponding author: E-mail: navyashreeshakti
通过CTAB方法提取，这是一种获得高质量DNA的公认方案。量化DNA样品，以确保通过25 SSR引物扩增的一致模板浓度。PCR扩增，然后进行琼脂糖凝胶电泳，以分离和可视化SSR带模式，然后根据频带的存在或不存在二进制矩阵格式记录。在所使用的SSR引物中，有9个是多态性的，产生了13个可记分标记，突出了基因型之间的遗传变异性。跨SSR基因座的多态性信息含量（PIC）值，XTXP145基因座的最高PIC值为0.998，表明其在基因型之间区分的高歧视能力和信息性。遗传相似性指数，并通过使用算术平均值（UPGMA）方法对数据进行群集分析。所产生的树状图将基因型分为七个主要簇，以50％的相似性阈值分组，强调了所研究的高粱基因型中存在的遗传多样性。群集I包含单个基因型SVD-1272R，而群集II包括七个具有亚集群形成的基因型。群集III包括一个未分组的基因型SPV-486。群集IV包括八种基因型，而簇V，VI和VII均包含一个单一的未分组基因型。该树状图说明了高粱基因型之间的遗传多样性和关系，基于相似性指数。1。这项研究的结果证实了SSR标记在评估遗传多样性方面的功效，并强调了它们在旨在提高干旱耐受性的繁殖计划中的潜在效用。关键字：高粱； SSR;图片底漆；相似性指数。简介高粱[高粱双色（L.）Moench]，被称为“小米之王”，其谷物尺寸较大，是Kharif（Rainy）和Rabi（Postrainy）季节种植的一种关键谷物作物。在印度，马哈拉施特拉邦，卡纳塔克邦和安得拉邦是产生高粱的主要国家，占国家产出的80％，占全球生产的约16％。尽管只有5％的高粱区域被灌溉，但毛毛高粱对于印度半岛的雨林地区至关重要。干旱应力对高粱的生理和生化过程产生负面影响，需要改善干旱耐受性特征，例如根生长，叶片发育和用水效率[2]。然而，由于谷物填充和圆锥花槽大小的应力程度相互作用，这些特征的表型选择是复杂的[3]。要应对这些挑战，评估高粱基因型的遗传多样性[4]和干旱耐受性至关重要[5]。栽培物种中的遗传多样性是提高作物生产率和质量以及发展耐药性品种的宝贵资源。分子标记物，尤其是简单的序列重复（SSR），为评估遗传变异和鉴定耐旱基因型提供了强大的方法[6]。SSR标记，由于其高可重现性和多重变化，对于基因组映射和标记 -