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World File Search SystemRMSD
构象命令行文档2.3
配置： - keep-Input-sd-tag [= arg（= 1）]保留构象的输入SD标签。- -max-nof-conf arg（= 1）设置要生成的最大构象数。-rmsd-ensemble [= arg（= 1）]计算集合内的最小RMSD。仅当要求2构象异构体带有-max-nof-conf时可用。暗示 - Write-Log-File。-RMSD输入[= arg（= 1）]计算输入构象最接近的集合成员的最小RMSD。暗示 - Write-Log-File。- Write-log-file [= arg（= 1）]编写一个日志文件，其中包含有关构象异构体计算结果的其他信息（例如，每个分子的构象异构体数，如果要求，RMSD）。以相同的基本名称和“ .log”扩展名的输出文件旁边放置日志文件。
![dibenzo [a，c]苯嗪衍生的异构体](/simg/g:\will\search\icon\source\7\7b859a20290432315b8cc37e91d67f021e8f0ca1.webp)
Sharmin等人的线粒体由驱动蛋白3 ...
图3（a）：针对HMPV（PDB ID：5WB0）的抗病毒化合物和对照的分子动力学仿真结果（2000 ns）。模拟图表示平均（a）RMSD和（b）RMSF值，表明结构稳定性和灵活性。模拟图显示（D）SASA，（E）氢键形成和（F）结合自由能，说明了相互作用强度和分子暴露。循环（c）循环（rog）值的平均（c）半径被注释以突出结合的紧凑性。在测试的化合物中，Remdesivir展示了最稳定，最有效的结合，由低RMSD，高氢键和强结合自由能的支持。
印度尼西亚活性海洋化合物的分子对接研究
1 农业研究计划，艾哈迈德达兰大学农业学院，印度尼西亚 *通讯作者：ikhymanno97@gmail.com 摘要 背景：许多天然和合成疗法被用于帮助 COVID-19（2019 冠状病毒病）患者的康复，但抑制这种病毒的有效性仍需进一步研究。 目的：预测海参中的硫酸软骨素化合物是否对 COVID-19 具有抗病毒活性。 方法：使用分子对接方法，基于硫酸软骨素与 6LU7 和 2GTB 蛋白（COVID-19 中发现的主要蛋白酶 (M pro)）的相互作用，测试其对 COVID-19 的抗病毒活性。研究阶段包括准备6LU7和2GTB蛋白质结构数据库，使用Biovia Discovery Studio应用程序准备和优化3D硫酸软骨素结构，以及使用Autodock 4.2应用程序验证6LU7和2GTB蛋白质上的分子对接和硫酸软骨素对接方法。结果：硫酸软骨素与6LU7蛋白具有较高的亲和力并形成氢键，其对6LU7受体的亲和力值为（-9.5 kcal/mol），RMSD Ib为（0.000），RMSD ub为（0.000），而2GTB蛋白的亲和力较低，即对2GTB受体的亲和力值为（-7.7 kcal/mol），RMSD Ib为（0.000），RMSD ub为（0.000）。结论：根据分子对接研究结果，硫酸软骨素具有抗病毒潜力，因为它与 6LU7 和 2GTB 蛋白具有亲和力，可以抑制 COVID-19 病毒的感染途径。关键词：COVID-19，硫酸软骨素，6LU7 和 2GTB 受体，分子对接
针对雄激素受体无序转录激活域的小分子诱导折叠螺旋状态的形成
Cα HN N C' Cβ 无偏 Tau-5 R2_R3 MD 集合 RMSD (ppm) 0.47 0.23 1.06 0.45 0.37 相关性 0.991 -0.558 0.954 0.915 1.000 Cα 重加权最大熵 Tau-5 R2_R3 集合 RMSD (ppm) 0.29 0.21 0.88 0.38 0.33 相关性 0.997 -0.312 0.968 0.934 1.000 表 1. 使用 a99SB- disp 力场对 Tau-5 R2_R3 进行 74μs 无偏 REST2 MD 模拟的 300K 副本以及最大熵计算和实验 NMR 化学位移之间的一致性使用 Cα NMR 化学位移作为约束得出的重加权集合。化学位移使用 SPARTA+ 57 计算。EPI-7170 对 Tau-5 R2_R3 的亲和力高于 EPI-002。
计算机模拟药物再利用，靶向 SARS-CoV-2 Mpro
图 1 (a) C α 均方根偏差图，(b) 最后 100 纳秒的平均 RMSD 值。接下来，对最后 100 纳秒轨迹进行聚类分析（图 2），并得出代表性
医疗保健的分子建模和生物信息学
准备系统：使用gromacs/namd/amber分析轨迹运行MD模拟的蛋白质，配体和溶剂设置轨迹：RMSD，RMSF，氢键和SASA自由能计算（MM-PBSA/MM-GBS）和案例研究
尼日利亚卫生系统上的人力资本祸害
摘要。这项工作旨在对Gabapentin（GPN）（GPN）的Mn（II），Co（ii），Ni（ii）和Cu（II）复合物进行计算研究，并将其配置为[M（GPN）（H 2 O）3（Cl）]。n H 2 O复合物（其中n = 2-6），使用DFT方法。它们以前是合成和表征的。DFT计算与实践研究非常吻合。金属络合物的键长降低或增加，而不是由于络合而不是配体的键长。复合物的键角预测中央金属离子周围的八面体环境预测SP 3 D 2或D 2 SP 3杂交。计算出的能量参数为负，表明金属复合物的稳定性。化合物的小能带间隙预测了电子转移的较高生物学活性和高趋势。理论和实验IR的可比频率可能归因于测量的不同阶段。药物的分子相互作用（GPN）及其金属（II）络合物的诱导拟合对接SP G得分表明，所有研究的化合物都与音白氨酸受体5-HT2C和D2多巴胺受体蛋白具有良好的相互作用。co（ii）-GPN与静脉受体5-HT2C的活性位点残基相互作用，其出色的码头得分为-7.370 kcal/mol，rmsd =1.581Å。另一方面，Ni（ii）-GPN的最佳码头得分为-6.638 kcal/mol，RMSD =1.995Å，D2多巴胺受体。
ProStruc：使用同源性建模的3D结构预测的开源工具
方法：ProSTRUC是一种基于Python的同源性建模工具，旨在通过直观的，自动化的管道来简化蛋白质结构的预测。集成了用于序列对齐的生物繁殖，用于模板识别的BLAST和promod3用于结构生成，ProStruc简化了复杂的工作流入到用户友好的界面中。该工具使研究人员能够输入蛋白质序列，从蛋白质数据库（PDB）等数据库中识别同源模板，并生成具有最小计算专业知识的高质量3D结构。ProStruc实现了两个阶段的Vsquarealidation过程：首先，它使用TM-Align进行结构比较，评估均平均偏差（RMSD）和针对参考模型的TM分数。第二，它通过qmeandisco评估模型质量，以确保高精度。