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（发行日期）2022-03（资源类型）期刊文章（版本）接受手稿（权利）这是以下文章的同行评审版本
纤维化，以及四个主要驱动基因（KRAS，TP53，CDKN2A /P16，SMAD4）的改变。结果使用QPCR和ISH将肿瘤内细菌的存在固定在52个肿瘤中（32％）。16S元基因组测序揭示了这些肿瘤内的特征性剖面，包括蛋白质细菌和坚果类的门。比较良好和预后良好的病例之间的细菌核对文件表明，较短的生存时间与厌氧细菌（例如bacte-roides，乳酸杆菌和peptoniphilus）之间存在显着的正相关。这些细菌的丰度与CD4，CD8和CD45RO阳性的肿瘤浸润T细胞的减少相关。结论厌氧菌细菌（例如菌孢子，乳酸杆菌和peptoniphilus）的肿瘤内感染与抑制的抗PDAC免疫和不良预后有关。
胰腺癌的遗传学、基因组学和新兴分子疗法
简单总结：这篇评论文章总结了目前关于胰腺癌遗传学的知识状况，并介绍了反映基因组医学进展和个性化医疗方法的可能治疗方案。几种致癌基因的体细胞变化会导致肿瘤的发展，包括基因 BRCA1/2 和 PALB2、TP53、CDKN2A、SMAD4、MLL3、TGFBR2、ARID1A 和 SF3B1，这些基因与胰腺癌有关。4% 到 10% 的胰腺癌患者会在这些基因之一中发生突变。6% 的胰腺癌患者有 NTRK 致病融合。据估计，24% 到 44% 的胰腺癌表现出同源重组缺陷 (HRD)。 HRD 最常见的原因是调节该 DNA 修复系统的基因发生失活突变，主要是 BRCA1 和 BRCA2，但也有 PALB2、RAD51C 和其他几十种基因。
对分选的食管腺癌细胞进行靶向测序揭示了分离亚群中的已知和新突变
结果 38 个 EAC 中有 35 个携带至少一种基质细胞中不存在的体细胞突变；73.7%、10.5% 和 10.5% 分别携带肿瘤蛋白 53、细胞周期蛋白依赖性激酶抑制剂 2A 和 SMAD 家族成员 4 的突变。此外，在 38 例病例中的 2 例中发现了肝细胞核因子-1α 的 2 个新突变。肿瘤蛋白 53 基因异常比 p53 IHC 更具信息量。相反，SMAD4 的缺失在 IHC 中更常见（53%）并且与更高的复发率相关（P=0.015）。仅通过细胞分选，我们才能检测到 7 个 EAC 中存在超二倍体和伪二倍体亚克隆，它们表现出不同的突变负荷和/或额外的拷贝数扩增，表明这些癌症具有高度的遗传异质性。
引用本文：Castillo P、Marginet M、Jares P、García M、Gonzalvo E、Arance A 等。实施 NGS 面板用于临床实践
结果：共对 155 个样本进行了分子分析，但 40 个样本（25.8%）不适合进行测序。在 29 个样本中比较了 BRAF V600 实时聚合酶链反应和靶向 NGS 的临床实用性，观察到非常好的一致性（Kappa = 0.89，95% 置信区间 0.68 ± 1.05）。通过 NGS 在 75 个样本（65%）中发现了致癌突变，其中 53% 是需要个性化治疗的候选人。最常见的突变基因是 BRAF（39%）、TP53（23%）和 NRAS（14%）。其他发生率较低（< 5%）的基因是：PIK3CA、ERBB4、CTNNB1、STK11、FGFR1、SMAD4、KRAS、FGFR3、PTEN 和 AKT。 40% 的样本检测到致癌突变同时发生。在已识别的突变中，TP53 在男性中明显更普遍（男性 31.8% 对比女性 12.2%，P = 0.03），NRAS 在女性中明显更普遍（男性 9.1% 对比女性 24.4%，P = 0.03）。
荟萃分析揭示与先天性心脏缺陷和颌面裂相关的转录因子和 DNA 结合域变异
先天性心脏缺陷 GATA6 0.174 3 2 0 0 0 2.5×10 -5 3.5×10 -6 KMT2A 0.065 5 0 1 0 0 3.2×10 -4 5.0×10 -5 ADNP 0.123 4 0 0 0 1 5.8×10 -4 3.1×10 -4 KDM5B a 0.572 4 0 0 2 4 0.012159 5.2×10 -4 NR2F2 0.217 2 1 0 0 0 0.014122 0.002103 FOXP1 a 0.175 2 1 0 0 0 0.029404 0.003100 TBX5 0.135 1 1 0 1 0 0.031389 0.053298 GATA4 0.527 2 0 0 2 1 0.040077 0.050796 TCF12 0.372 1 1 0 2 1 0.051542 0.068473 ZEB2 0.107 1 1 0 1 0 0.058741 0.131609 KLF2 a 0.710 1 1 0 0 0 0.204573 0.032261 SMAD4 0.222 0 2 0 0 0 0.209108 0.035057 MEIS2 a 0.184 2 0 0 0 0 0.271015 0.055872 CTCF a 0.148 0 2 0 0 0 0.278293 0.058374 颌面裂 SATB2 0.091 7 5 0 0 0 3.86×10 -14 5.77×10 -15 TFAP2A 0.261 2 3 0 1 0 2.84×10 -6 7.70×10 -6 CTCF b 0.148 0 3 0 0 0.011737 0.001484 IRF6 0.132 1 0 3 1 0 0.002951 0.007637 TP63 0.267 1 1 0 3 0 0.003631 0.072430 SOX5 b 0.188 1 1 0 1 0 0.018728 0.058691 ADNP b 0.123 2 0 0 0 1 0.092444 0.088307 GRHL2 b 0.270 2 0 0 0 0 0.328840 0.076571 213
胰腺癌通过TGF-β– ...
胰腺导管腺癌（PDAC）是一种致命疾病，由于诊断晚期而无法治愈，这使任何具有治疗性干预措施具有挑战性。大多数PDAC患者减轻了从头糖尿病，这会加剧其发病率和死亡率。PDAC如何触发糖尿病仍在展开。使用KRAS G12D驱动的PDAC的小鼠模型，该模型忠实地概述了人类疾病的进展，我们观察到β细胞的大量和选择性耗竭，很早就出现在癌性病变的阶段。从机械上讲，我们发现PDAC pRogres-sion期间TGFβ（TGF-β）信号传导增加导致β细胞质量通过凋亡侵蚀。通过TGF-β免疫中性化或遗传通过删除SMAD4或TGF-βII型受体（TβRII）在药理学上按下TGF-β信号传导，从而对PDAC驱动的β-Cell Depetion提供了实质性保护。从转化的角度来看，TGF-β信号传导的激活和β细胞的耗竭经常出现在人类PDAC中，为PDAC患者的糖尿病发病提供了一种机械解释，并进一步暗示新的糖尿病是PDAC的潜在预后标记。
OncoTrack 液体
ABL1、ABL2、AKT1、ALK、APC、AR、ARAF、ARID1A、ARID1B、ATM、ATR、ATRX、BAP1、BARD1、BRAF、BRCA1、BRCA2、BRIP1、C11orf65、CCND1、CDH1、CDK12、CDK4、CDKN2A、CDX2、CHEK1、CHEK2、CSF1R、CTNNB1、DDR2、EGFR、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERCC2、ESR1、EZH2、FANCL、FBXW7、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、FOXA1、FOXL2、GATA3、GNA11、GNAQ、GNAS、HNF1A、HRAS、IDH1、IDH2、INPP4B、 JAK1、JAK2、JAK3、KDM5C、KDM6A、KEAP1、KIT、KRAS、MAP2K1、MAP2K2、MAPK1、MET（外显子 14 跳跃）突变）、MLH1、MPL、MSH2、MSH6、MTOR、MUTYH、MYC、MYCN、MYD88、NF1、NF2、NOTCH1、NPM1、NRAS、NTRK1、NTRK3、PALB2、PBRM1、PDGFRA、PIK3CA、PMS2、POLD1、POLE、PPP2R2A、PTCH1、PTEN、PTPN11、RAD51B、RAD51C、RAD51D、RAD54L、RAF1、RB1、RET、RHEB、RHOA、RIT1、ROS1、SETD2、SF3B1、 SMAD4、SMARCB1、SMO、SPOP、SRC、STK11、TERT、TP53、TSC1、TSC2、VHL
认可参数列表 Oncoscreen Jena v5.xlsx
Oncomine Comprehensive Assay v3 DNA 组：AKT1、AKT2、AKT3、ALK、AR、ARAF、ARID1A、ATM、ATR、ATRX、AXL、BAP1、BRAF、BRCA1、BRCA2、BTK、CBL、CCND1、CCND2、CCND3、CCNE1、CDK12、CDK2、CDK4、CDK6、CDKN1B、CDKN2A、CDKN2B、CHEK1、CHEK2、CREBBP、CSF1R、CTNNB1、DDR2、EGFR、ERBB2、ERBB3、ERBB4、ERCC2、ESR1、EZH2、FANCA、FANCD2、FANCI、FBXW7、FGF19、FGF3、FGFR1、FGFR2、FGFR3、FGFR4、FLT3、 FOXL2、GATA2、GNA11、GNAQ、GNAS、H3-3A、HIST1H1E、HNF1A、HRAS、IDH1、IDH2、IGF1R、JAK1、JAK2、JAK3、KDR、KIT、KNSTRN、KRAS、MAGOH、MAP2K1、MAP2K2、MAP2K4、MAPK1、MAX、MDM2、 MDM4、MED12、MET、MLH1、MRE11A、MSH2、MSH6、MTOR、MYC、MYCL、MYCN、MYD88、NBN、NF1、NF2、NFE2L2、NOTCH1、NOTCH2、NOTCH3、NRAS、NTRK1、NTRK2、NTRK3、PALB2、PDGFRA、PDGFRB、PIK3CA、 PIK3CB, PIK3R1、PMS2、POLE、PPARG、PPP2R1A、PTCH1、PTEN、PTPN11、RAC1、RAD50、RAD51、RAD51B、RAD51C、RAD51D、RAF1、RB1、RET、RHEB、RHOA、RICTOR、RNF43、ROS1、SETD2、SF3B1、SLX4、SMAD4、SMARCA4、SMARCB1、SMO、SPOP、SRC、STAT3、STK11、TERT、TOP1、TP53、TSC1、TSC2、U2AF1、XPO1
分析结直肠的多基因分子面板...
简介：最常见的癌症之一结直肠癌（CRC）是全球主要的公共卫生问题，尤其是在西方国家。在波兰，无论是男性和女性，CRC都是一种癌症，发病率和死亡人数率很高，占据了第二–3 –3的位置。由于分子分析中的里程碑以及对分子途径的深入了解，现在可以进行个性化处理。下一代测序（NGS）技术可实现许多基因检测，因此可以鉴定患有癌症的突变的人。研究的目的：在当前的研究中，我们分析了≤50岁患者的CRC的分子研究。材料和方法：我们将没有事先放射和化学疗法的患者纳入纳入标准。我们与FFPE分离了DNA。我们使用了包含50个基因（700个扩增子）的Illumina热点癌面板。结果：年龄的中位数为43岁。女性比率为1：1。我们记录了以下突变频率：TP53 76％，APC 57％，KRAS 43％，NRAS 29％，SMAD4 9％，PIK3CA 14％和FBXW7 5％。我们注意到20％的患者的共发生APC/ KRAS/ TP53突变。结论：在86％的患者中发现了突变的共发生，最常见于2或3。IDH1仅在预后更好的患者中发现，而TP53，APC和KRAS突变的预后患者的发生频率更高。
TGF-β和生长抑素信号的串扰...
尽管影响人胰腺的绝大多数癌症是胰腺导管腺癌（PDAC），但还有其他几种源自该器官的非分泌细胞的癌症类型，即，胰腺神经内分泌肿瘤（Pannet）。PDAC和PANNET的基因组分析表明，某些信号传导途径，例如通过转化生长因子B（TGF-B）触发的信号传导途径经常改变，突出了它们在胰腺肿瘤发展中的关键作用。在PDAC中，TGF- B起双重作用，在健康组织和肿瘤发育的早期阶段充当肿瘤抑制剂，但在后期肿瘤进展的启动子。该肽生长因子充当上皮到间质转变（EMT）的有效诱导剂，这是一种发展程序，将其他固定的上皮细胞转化为具有增强转移潜力的侵入性间质细胞。tgf- b通过涉及受体调节的SMAD蛋白，SMAD2和SMAD3的规范SMAD途径以及常见者SMAD，SMAD4以及SMAD独立的途径，即，ERK1/2，PI3K/AKT和Somatotatin（SST）。积累证据表明TGF-B和SST信号之间的串扰不仅在PDAC中，而且最近在Pannet中也是如此。在这项工作中，我们回顾了两种途径之间有关信号相互作用的可用证据，我们认为这具有潜在的潜力，但尚未完全理解对胰腺癌发展和/或进展以及新型治疗方法的重要性。