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中心氧气
SNV：单核苷酸变体； Indels：小插入/删除； CNV：副本编号变化； UPD：单亲疾病； mtDNA：线粒体DNA * CNV检测软件灵敏度> 95％；但是，对于重复和同源区域（例如伪基因）以及跨越两个或更少外显子的事件，可能会降低这种敏感性。**质量低和/或不清楚的变体通过正交方法确认：SNV和Indels通过Sanger测序； CNVs by Multiplex ligation-dependent probe amplification (MPLA), quantitative polymerase chain reaction (qPCR) or chromosomal microarray (CMA) *** Screening of UPD is performed using an in-house algorithm for Mendelian Inheritance Errors (MIE) to detect runs of homozygosity (ROH) for the well-known clinically relevant chromosomal regions Guaranteed internal必要时使用CMA进行验证测试。
Curriculum Vitae Sarah A. Tishkoff博士日期
Reviewer) 2008-2010 FTC Portugal (national science council), Portugal (Grant Reviewer) 2008 Wellcome Trust, UK, Grant Reviewer 2010 Wellcome Trust, UK, Sanger Institute Programme Reviewer 2013-present Faculty of 1000 (F1000) (Contributing Member) National: 2000-present American Association for Anthropological Genetics 2000-present American Association for the Advancement of Science (Member) 2000-present美国物理人类学家协会（成员）2000年至上的美国人类遗传学学会（成员）2000年至上国家科学基金会，物理人类学（临时审稿人）2000-至上的分子生物学与进化学会（成员）2000-2007进化研究学会（成员）2003-2005国家人类基因研究Institute of National Genome Institute（NARM GRGRI，NHHGRI）
cGMP sgRNA：用于基因和细胞治疗中优化基因编辑的样品杂质鉴定和评估的战略方法
为了进一步确定最终产品中各杂质的最大可容忍残留水平，且不增加脱靶编辑，我们分别以差异比例将脱靶风险最高的杂质A02U和U17A添加到FLP中。我们利用这些样本在原代T细胞中进行CRISPR基因编辑，并用Sanger测序评估每个样本在OT1位点（这两个杂质样本中脱靶率最高的位点）的编辑效率（图1）。结果显示，杂质A02U的残留水平为50%，杂质U17A的残留水平为10%会导致脱靶编辑显著增加。当杂质水平低于4%时，本例中观察到的脱靶效应最小。
通过体内碱基编辑改善 Snijders Blok-Campeau 综合征小鼠模型的行为
CHD3 33 中的新生变异和遗传变异。CHD3 蛋白中几处基因突变位置的示意图（图 1a）。使用上海交通大学医学院新华医院获得的一名 SNIBCPS 儿童及其未受影响的父母的基因组 DNA 进行全外显子组测序，我们在 CHD3 基因中发现了一个新生 SNV（c.C3073T，NM_001005271.3；p.R1025W，NP_001005271.2），并使用 Sanger 测序进行了验证（图 1b）。新生变异引起的氨基酸变化（R1025W）位于 CHD3 蛋白的解旋酶 ATP 结合结构域和解旋酶 C 末端结构域之间（图 1a）。 gnomAD 数据库 (http://gnomad.broadinstitute.org) 中的数据表明，该变异 (CHD3，17号染色体：7803967) 在东亚人群中不存在，这表明它是一种罕见变异。
gitelman综合征的独特表现，在
结果：症状和实验室检查确认了GS的临床诊断。由Sanger测序验证增强的全面全外生态测序显示，EXON 5和C.2398G> A中的Exon 5和C.676G中的SLC12A3基因（c.1108g> c c.676G> c in Exon 20中）中的复合杂合突变（C.1108G> c）。OGTT Afirmed糖尿病和胰岛素抵抗增强，与我们评估过的GS患者不同。进一步的遗传分析确定了PDX1基因内的错义杂合突变（外显子1中的c.97c> g），该突变源自没有GS的患者的糖尿病母亲。此外，患者的兄弟，葡萄糖耐受性受损但规则的钾水平也有这种突变，暗示了PDX1基因突变对葡萄糖代谢调节的其他影响，超出了GS的已知影响。
知识交换：
Sanger Institute的知识交流包括各种活动，包括研究所内外的合作，共享我们的研究结果和数据，并通过培训在全球范围内共享知识。我们的研究人员和技术专家与该研究所的Wellcome Connection Science计划紧密合作，以共享知识，设计和提供培训。Wellcome连接科学的使用学习和培训在全球范围内扩大我们科学的影响和影响力。他们确定了由基因组技术的快速发展引起的新兴领域的培训需求，并通过对技术技能和方法论，创建教育材料和学校参与活动的培训，为全球能力建设做出了持续的贡献。wellcome连接科学还为公共论述提供了有关基因组科学的论述，并衡量了公众对基因组科学的态度。基因组学培训
II型糖尿病和脂质调节中Nat2遗传变异的Nat2遗传变化的临床意义
背景：N-乙酰基转移酶2（NAT2）酶是一种代谢不同化合物的II期药物代谢酶。Nat2中遗传变异会影响酶的活性，并可能导致某些疾病的发展。 目的：本研究旨在研究NAT2变体与约旦患者的II型糖尿病（T2DM）和脂质概况的风险。 方法：我们使用Sanger的方法在45名约旦T2DM患者和50名对照组的样本中使用Sanger的方法对整个蛋白质编码区进行了测序。 此外，我们分析了患者的脂质谱，并检查了与Nat2变体的任何潜在关联。 结果：这项研究表明，在T2DM（44％）中，杂合NAT2*13 C/T基因型比非T2DM受试者（23.5％）更为常见（P = 0.03）。 此外，与非T2DM受试者（11％）相比，T2DM患者的纯合NAT2*13 T/T基因型的频率明显更高（P = 0.03）（26.7％）。 在T2DM患者（11.1％）中仅观察到杂合Nat2*7 g/A基因型，在对照非T2DM组中不存在。 此外，在T2DM患者中，具有纯合NAT2*11 T/T基因型的患者在甘油三酸酯（381.50±9.19 ng/dl）中表现出明显更高的水平，P值为0.01，与具有杂合NAT2*11 C/T（136.23-.23-23-yg 2 ng或wriel of nat2*11 c/t）相比C/C（193.65±109.89 ng/dl）基因型。 结论：这项研究的发现表明，Nat2基因是约旦人中T2DM发展和甘油三酸酯水平变化的潜在生物标志物。遗传变异会影响酶的活性，并可能导致某些疾病的发展。目的：本研究旨在研究NAT2变体与约旦患者的II型糖尿病（T2DM）和脂质概况的风险。方法：我们使用Sanger的方法在45名约旦T2DM患者和50名对照组的样本中使用Sanger的方法对整个蛋白质编码区进行了测序。此外，我们分析了患者的脂质谱，并检查了与Nat2变体的任何潜在关联。结果：这项研究表明，在T2DM（44％）中，杂合NAT2*13 C/T基因型比非T2DM受试者（23.5％）更为常见（P = 0.03）。此外，与非T2DM受试者（11％）相比，T2DM患者的纯合NAT2*13 T/T基因型的频率明显更高（P = 0.03）（26.7％）。在T2DM患者（11.1％）中仅观察到杂合Nat2*7 g/A基因型，在对照非T2DM组中不存在。此外，在T2DM患者中，具有纯合NAT2*11 T/T基因型的患者在甘油三酸酯（381.50±9.19 ng/dl）中表现出明显更高的水平，P值为0.01，与具有杂合NAT2*11 C/T（136.23-.23-23-yg 2 ng或wriel of nat2*11 c/t）相比C/C（193.65±109.89 ng/dl）基因型。结论：这项研究的发现表明，Nat2基因是约旦人中T2DM发展和甘油三酸酯水平变化的潜在生物标志物。T2DM纯合NAT2*12 g/g基因型的患者的甘油三酸酯水平明显高于甘油三酸酯水平（275.67±183.42 ng/dl）比杂合子Nat2*12 a/g（140.02±49.53 ng/dl）和109. 12 a/g（140.02±49.53 ng/dl） ng/dl）。但是，重要的是要注意我们的样本量有限。因此，需要进行较大队列的进一步临床研究以验证这些发现。关键字：II型糖尿病，N-乙酰基转移酶2，Nat2，甘油三酸酯，遗传变异，约旦人口
梅兰妮·古利
威康基金会桑格研究所 – 硕士论文 使用 prime editing 随机化基因调控区域 通过分析全基因组染色质数据集并将研究结果与文献检索相结合，确定了有趣的增强子区域。 使用 CRISPR prime editing 将多个重组酶识别序列插入这些基因的增强子簇中。 创建了具有稳定 prime editor 表达的细胞系，可实现 loxP 位点 80% 以上的插入效率（这些细胞系现在被实验室中的其他人广泛使用）。 在实验室中建立了具有 Cas9 富集的靶向牛津纳米孔测序。 与帝国理工学院的一个团队合作学习该方法。 在 2022 年国际哺乳动物合成生物学会议上以海报形式展示了我的工作。 2021 年 11 月 12 日，法国斯特拉斯堡
phd-course-work-syllabus-2021b.pdf
Cell biology, General Approaches in cell cycle and cell death Molecular biology, genetic engineering techniques Cell culture- Culture and maintenance of cell lines, Primary cell culture Primary Cell culture methods in Cardiovascular research Transgenics and KOs Real Time PCR and droplet digital PCR (Lecture + demo - 2 hrs) Microarray applications (1 hr), Microarray demo-(1hr) Sanger sequencing & genotyping （1小时）下一代测序，各种平台和应用，iLumina，nanopore等分子诊断概论，多样化的诊断平台和应用核能学：宏基因组学的标准步骤，元基因组分析的常规步骤（元素分析）（Metagenomic DNA的隔离，多个元素群体，构图，构成了元素的启用，构成了元素，启用了元素，构成了元素，构成了元素的构造，对元素的产生，对元素的产生，对元素分析，构成了元素，启用了元素，构成了元素的启用，构成了元素的生成，对元素分析的产生，对元素分析的产生，对元素分析的产生，对元基因组学的介绍，对元素分析的产生，对元素分析的生成，构图