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2025; 16（7）：2087-2102。 doi：10.7150/jca.104389研究论文胆固醇代谢相关的基因预测胃肠道的免疫浸润和预后
背景：胃癌（GC）是全球最普遍的恶性疾病之一。异常的代谢重编程，尤其是胆固醇代谢，会影响肿瘤的发展和治疗结果。这项研究研究了胆固醇代谢相关基因在胃癌患者中的预测和功能意义。方法：使用来自基因表达综合基因综合（GEO）和癌症基因组图表（TCGA）的数据集分析了胃癌中与胆固醇代谢相关的临床和基因表达数据。使用Lasso，Cox回归和GSE26889队列开发并验证了预测签名，然后使用Kaplan-Meier分析进行评估。通过将签名与临床因素和SSGSEA整合进行免疫分析来构建一个nom图。使用Western印迹，QPCR和细胞测定法研究了NPC2的作用。结果：我们对胃癌中胆固醇代谢相关的50个基因进行了生物信息学分析。使用GEO和TCGA数据集，我们确定了28个基因在胃癌患者中表达差异。随后的Cox Univariate和Lasso回归分析分析了这28摄氏度，将五个基因（APOA1，APOC3，NPC2，CD36和ABCA1）确定为独立的预后风险因素。然后，我们为胆固醇代谢基因构建了一个风险模型，表明与低风险组相比，高危组的生存率较差，并具有更严重的病例分期结果。然后，我们使用相关列图开发了一个模型来说明这些结论。我们对高危和低风险组之间的免疫细胞进行了比较分析，揭示了免疫细胞类型表达的不同变化。我们进一步研究了NPC2的生物学特征。免疫组织化学和QPCR结果表明，NPC2在胃癌组织中表现出明显的蛋白质和mRNA表达。我们使用siRNA技术来抑制NPC2，从而降低了胃癌细胞的生存力，增殖和侵袭能力，这是由CCK-8，菌落形成，伤口愈合和Transwell分析确定的。结论：使用生物信息学构建了一个包括五个胆固醇代谢相关的基因的风险签名，以估计胃癌患者的结局和治疗反应。结果表明NPC2可以作为胃癌患者的新生物标志物。
双特异性免疫细胞参与者在体外增强了CD16+ NK细胞和巨噬细胞的抗癌活性，并消除了NK人源化NOG小鼠的癌症转移
抽象背景在肿瘤微环境中发现了多种类型的产生IL-17的免疫细胞。然而，它们在CD8 +肿瘤浸润淋巴细胞（TILS）的肿瘤进展和精疲力尽中的作用尚不清楚。确定17型免疫力在肿瘤中的作用的方法，我们研究了B16F10黑色素瘤的生长以及CD8 + TIL在IL17A - / - 小鼠中的耗尽，IL17A CRE R26 DTA小鼠，RORγT抑制剂造成的小鼠，或其相应的对照组。在B16F10的先天小鼠中进行了肿瘤特异性IL-17产生的T细胞的过继转移。抗CD4或抗Ly6g抗体分别用来耗尽CD4 + T细胞或CD11b + Gr-1 HI髓样细胞的体内。通过询问TCGA数据集，评估了人类癌症中17型免疫力与T细胞衰竭之间的相关性。结果CD4 + T细胞的耗竭促进了CD8 + T细胞的耗尽，而肿瘤中产生IL-17的CD8 + T（TC17）细胞的耗尽。与产生CD8 + T（TC1）细胞不同，肿瘤浸润的TC17细胞表现出CD103 + KLRG1-IL-7RαHIHI组织驻留的记忆样表型，并且细胞溶解度不佳。产生IL-17的肿瘤特异性T细胞的产物转移增加，而产生IL-17的细胞的耗竭降低，肿瘤中PD-1 HI TIM3 + TOX +终末耗尽的CD8 + T细胞的频率。封锁IL-17或RORγT途径抑制CD8 + T细胞的耗尽，还会延迟体内肿瘤的生长。封锁IL-17或RORγT途径抑制CD8 + T细胞的耗尽，还会延迟体内肿瘤的生长。与这些结果一致，人类TCGA分析揭示了多种癌症中17型和CD8 + T细胞耗尽签名基因集之间存在很强的正相关。结论IL-17产生的细胞促进了CD8 + T细胞的末端衰竭和体内肿瘤进展，可以通过IL-17或RORγT途径的阻断来逆转。这些发现揭示了IL-17-产生细胞作为促进CD8 + T细胞耗尽的肿瘤细胞的新作用，并提出17型免疫力作为癌症免疫疗法的有希望的靶标。
深点：利用空间上下文来增强空间转录组学预测H＆E图像
空间转录组技术仍然是资源密集型的，不太可能很快被患者护理采用。这阻碍了新型的精确医学解决方案的发展，更重要的是，将研究发现的转换限制为患者治疗。在这里，我们提出了DeepSpot，这是一个深入的神经网络，它利用病理学和空间多层组织上下文中的最新基础模型来有效地预测H＆E图像的空间转录组学。DeepSpot与以前的最新ART相比，来自转移性黑色素瘤，肾脏，肺或结肠癌患者的多个数据集的基因相关性大大改善了基因相关性。使用DeepSpot，我们生成了1 792个TCGA空间转录组学样本（3700万个斑点），黑色素瘤和肾细胞癌队列。我们预计这将是生物发现的宝贵资源，也是评估空间转录组学模型的基准。我们希望DeepSpot和该数据集将刺激计算空间转录组学分析中的进一步进步。
2024; 15(13): 4417-4429. doi: 10.7150/jca.95094 研究论文TRIM28部分通过SRF/IDO1轴调控胃癌细胞增殖
背景：胃癌是全球最常见的恶性肿瘤之一，发病率和死亡率都很高。三部分基序含28（TRIM28）是影响肿瘤发生和发展的重要分子，但其在GC中的作用尚不清楚。本研究旨在探索TRIM28影响GC的分子机制。方法：在TCGA数据库的RNA-seq数据、患者肿瘤组织样本和GC细胞系中检测TRIM28的表达。通过siRNA、慢病毒介导的shRNA或质粒沉默或过表达基因。进行细胞计数试剂盒8（CCK-8）和菌落形成试验以探讨TRIM28敲低后GC细胞的增殖情况。使用RNA-seq和TCGA数据库来识别靶基因。采用荧光素酶报告基因检测来检测TRIM28与吲哚胺2,3-双加氧酶（IDO1）之间的可能机制。使用荧光测定试剂盒测定细胞上清液中色氨酸浓度。将MGC-803和746T细胞注射到小鼠体内建立异种移植动物模型。结果：TRIM28的表达与肿瘤大小和较差的预后呈正相关。在GC组织和细胞中观察到TRIM28的上调。体外实验证明敲低TRIM28可显著抑制GC细胞的增殖。然后发现TRIM28与GC细胞中IDO1的表达呈正相关。与此相符，在TRIM28敲低的GC细胞中细胞上清液中色氨酸水平升高，而过表达IDO1可以逆转这种表型。血清反应因子（SRF）是已知的IDO1的调节因子，在GC细胞中也受TRIM28的调控。在GC细胞中，TRIM28敲低引起的IDO1表达降低可以通过过表达血清反应因子（SRF）部分逆转。功能研究表明，GC中IDO1表达增加，敲低IDO1也可以抑制GC细胞的增殖。此外，过表达IDO1可以部分逆转TRIM28敲低引起的GC细胞增殖抑制。在体内实验中，敲低TRIM28显著抑制肿瘤生长，过表达IDO1和SRF均可逆转TRIM28敲低引起的增殖抑制。结论：TRIM28在GC的发生发展中起关键作用，可能通过SRF调控IDO1，TRIM28通过SRF/IDO1轴促进GC细胞增殖。
2020; 10(21): 9477-9494. doi: 10.7150/thno.45763 研究论文 BRCAness 分子特征分析确定 PARP 抑制剂 Niraparib 是一种新型
背景：晚期软组织肉瘤 (STS) 患者预后不佳，且有效的治疗选择很少。同源重组修复 (HRR) 通路缺陷会积累 DNA 修复错误和基因突变，从而导致肿瘤发生。BRCAness 描述的是缺乏种系 BRCA1/2 突变且存在 HRR 缺陷 (HRD) 的肿瘤。然而，STS 中 BRCAness 的特征仍然很大程度上未知。因此，本研究旨在利用全外显子组测序 (WES) 探索 STS 中 BRCAness 的基因组和分子图谱，以找到 STS 治疗的潜在靶点。方法：对来自中山大学附属第一医院的 22 个 STS 样本进行 WES，以揭示可能的基因组和分子特征。然后使用来自 Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库的 224 个 STS 样本的数据和体外数据验证这些特征。对 BRCAness 的潜在生物标志物进行分析。在 STS 细胞系、细胞系来源的异种移植瘤 (CDX) 和患者来源的异种移植瘤 (PDX) 中评估了 STS 的靶向药物敏感性和化疗药物的联合疗法筛选。结果：与 30 种癌症体细胞突变特征相比，使用非负矩阵分解在 22 个 STS 样本中确定了 HRD 特征的高余弦相似度 (0.75)。单核苷酸多态性表明 22 个 STS 样本中 BRCA1/2 的突变率较低（分别为 11.76% 和 5.88%）。然而，拷贝数变异分析显示染色体普遍不稳定性；此外，54.55% 的 STS 样本（12/22）携带 BRCAness 性状。随后，在来自 TCGA 和体外的 224 个 STS 样本中也检测到了相似的基因组和分子特征。聚（ADP-核糖）聚合酶（PARP）-1 可能是 HRD 和治疗反应的一个有希望的反映。此外，PAR 形成水平被发现与 PARP-1 相关。随后，确定 STS 细胞系对 PARP 抑制剂（PARPi）尼拉帕尼敏感。此外，基于五种常见 PARPis 的筛选试验和阿霉素、异环磷酰胺、达卡巴嗪和替莫唑胺（TMZ）的组合试验，尼拉帕尼和 TMZ 在 STS 细胞系中具有最强的协同作用。尼拉帕尼和 TMZ 组合的协同作用和安全性也在 CDX 和 PDX 中得到证实。
2020; 11(6): 1625-1633. doi: 10.7150/jca.39359 研究论文 LZAP 通过靶向促进宫颈癌细胞的增殖和侵袭
目的：探讨LZAP在宫颈癌发生发展中的关系及作用机制，为宫颈癌的治疗提供新的靶点和干预方法。方法：利用TCGA等在线数据库对LZAP表达水平进行数据挖掘和分析，建立稳定过表达LZAP的宫颈癌细胞株，探讨LZAP过表达对细胞增殖、侵袭、迁移及体内成瘤的影响及其作用机制。结果：研究显示，LZAP在宫颈癌中表达上调，LZAP过表达能显著促进宫颈癌细胞的增殖、集落形成、侵袭和迁移能力。裸鼠成瘤试验显示，LZAP过表达可促进宫颈癌细胞在体内的成瘤性；LZAP还能促进AKT473位点磷酸化，促进上皮间质转化（EMT）。结论：LAZP在宫颈癌中表达增高，并通过促进AKT磷酸化增强宫颈癌细胞的侵袭、转移及EMT。
2022; 18(6): 2472-2483. doi: 10.7150/ijbs.69458 研究论文 REIA：具有交互分析功能的癌症 A-to-I RNA 编辑数据库
腺苷到肌苷 (A-to-I) RNA 编辑引起的表观转录组变化有助于人类癌症的发病机制；然而，迄今为止检测到的数百万个编辑位点中，只有一小部分具有明显的功能。为了促进对编辑的更深入研究，本文提供了 REIA (http://bioinfo-sysu.com/reia)，这是一个交互式网络服务器，用于分析和可视化人类癌症与 A-to-I RNA 编辑位点 (RES) 之间的关联。作为一个综合数据库，REIA 不仅整理了来自 34 种癌症的 9,895 名患者的 8,447,588 个 RES，其中 33 个来自 TCGA，1 个来自 GEO，还整理了 13 种不同类型的癌症多组学数据。作为一个交互式服务器，REIA 为用户提供了各种选项来指定感兴趣的位点，浏览它们在癌症中的注释/编辑水平/概况，以及比较编辑组和非编辑组之间的多组学特征差异。从编辑概况中，REIA 进一步检测到 658 种肽，这些肽得到质谱数据支持，但在之前的任何研究中都还未涉及。
LncRNA NFYC-AS1 通过自噬、细胞凋亡和 MET/c-Myc 致癌蛋白促进肺腺癌的发展
Li 等人分析了来自 Cancer Genome Atlas (TCGA) 数据库的肺腺癌 (LAUD) 的 RNA-seq 数据和 miRNA-seq 数据，以鉴定关键的 lncRNA 并确定分子发病机制。核转录因子 Y 亚基 C 反义 RNA 1 (NFYC-AS1) 被揭示为一种潜在的预后生物标志物 (14)。然而，作者并没有进一步验证 NFYC-AS1 在肺癌细胞系中的作用。关于 NFYC-AS1 功能的研究很少。例如，van der Plaat 等人通过分析全基因组关联研究 (GWAS) 数据发现 NFYC-AS1 可能在从不吸烟者的气流阻塞中发挥作用 (15)。然而，作者也没有在细胞系或动物模型中进一步验证 NFYC-AS1 的功能。目前，尚无关于NFYC-AS1基因的分子功能、表型、动物模型、miRNA、转录因子靶点或HOMER转录等的数据。后续分子检测表明，NFYC-AS1可能通过自噬和凋亡以及MET/c-Myc致癌蛋白促进LAUD的增殖。
研讨会报告：癌症暴露的分子特征
缩写和首字母缩略词列表 AA 马兜铃酸 APOBEC 载脂蛋白 B mRNA 编辑催化多肽样 BCERP 乳腺癌和环境研究计划 BMI 体重指数 CIMP CpG 岛甲基化表型 COSMIC 癌症体细胞突变目录 EBV 爱泼斯坦-巴尔病毒 EWAS 表观基因组关联研究 GC-HRMS 气相色谱-高分辨率质谱法 HCC 肝细胞癌 HPLC-ICPMS 高效液相色谱-电感耦合等离子体质谱法 HTAN 人类肿瘤图谱网络 ICR 印记控制区 ICPMS 电感耦合等离子体质谱法 iPSC 诱导多能干细胞 MC-ICPMS 多接收电感耦合等离子体质谱法 MEC 多民族队列 MEF 小鼠胚胎成纤维细胞 NCI 国家癌症研究所 NIEHS 国家环境健康科学研究所 NIH 国立卫生研究院 PFAS 全氟和多氟烷基物质 RCC 肾细胞癌 SBS 单碱基置换 TCGA 癌症基因组图谱
深入了解胃癌干细胞胃癌耐药性的分子机制
分类）] [2]或四个亚型[乳头状，管状，粘液和凝聚力不佳（WHO分类）] [3]。Based on genomic and epigenomic alterations, the most well-defined molecular-based classification systems include The Cancer Genome Atlas (TCGA) classification [EBV positive (EBV), microsatellite instable (MSI), genomically stable (GS), and chromosomal instable (CIN)] [4] and the Asian Cancer Research Group (ACRG) classification [microsatellite instable (MSI),微卫星稳定的TP53非活性（MSS/TP53无活性），MSS TP53 Active（MSS/TP53 Active）和具有上皮 - 米质转变（EMT）特征（MSS/EMT）的MSS [5]。尽管GC早期诊断领域的进展，但大多数病例仍在晚期[6]诊断出患有无法切除或转移性疾病的阶段。尽管当前的全身疗法，包括手术，化学疗法，放疗，免疫疗法和靶向治疗[表1]，用于晚期GC患者，在最近几十年中，大多数患有晚期GC的患者因肿瘤复发和转移而死亡。晚期和转移性GC的预后仍然很差，5年的存活率<10％[7]。