实时 TaqMan PCR 及其在兽医学中的应用 Christian M. Leutenegger 加利福尼亚大学医学和流行病学系,美国加利福尼亚州戴维斯 95616。简介 聚合酶链式反应 (PCR) 于 1985 年首次描述,是一种用于检测核酸的高灵敏度和特异性技术 [55]。该技术的发明者因其成就获得了诺贝尔奖 [43,44],该成就彻底改变了研究和诊断的可能性。定性 PCR 是一种成熟且简单的技术,但对样本中存在的特定核酸进行量化是一项艰巨的任务。样品制备、储存或反应过程中可能发生的许多变化阻碍了准确的定量。反应条件中的微小变化也会因 PCR 扩增的指数性质而大大放大。可以通过将特定模板的 PCR 产物量相对于内部参考模板进行标准化来部分克服这些变化。考虑到已发表的数百篇关于定量 PCR 使用的论文,存在各种各样的协议也就不足为奇了。这些方法几乎仅限于研究使用,因为它们有两个共同点:难以执行且运行成本高昂。为满足更快、更准确、更经济且具有高通量能力的系统的需求,三个关键词对于下一代 PCR 系统的开发变得非常重要:自动化、标准化和小型化。通过将计算机辅助 PCR 与激光技术相结合,开发过程得到了加速,因此现在借助所谓的 TaqMan 探针对 PCR 产物进行激光引导检测,以及每个 PCR 循环的荧光数据点的实时积累几乎取代了耗时的后扩增步骤。此外,使用国际标准化的 96 孔微量滴定板格式可以在几个小时内筛选大量样本。TaqMan 原理在 Applied Biosystems (ABI) 棱镜序列检测设备(Applied Biosystems,美国加利福尼亚州福斯特城)中实现,这是目前最先进的技术之一,为进一步开发提供了独特的平台。
简单的工作流程以快速结果Taqman SNP基因分型测定构成了最简单的SNP基因分型技术。我们以您选择的格式输送您的现成SNP基因分型测定法:单管,96或384孔板(自定义电镀服务)或Applied Biosystems™Taqman™OpenArray™板(图3)。其余的很容易。只需将测定与Applied Biosystems™Taqman™基因分型Master Mix或Taqman™通用PCR Master Mix和您纯化的DNA样品结合使用。无需优化探针,底漆,盐浓度或温度,因为所有测定法都使用通用试剂浓度和热循环条件。使用热循环器或实时PCR仪器生成端点后,不需要转移,洗涤或其他试剂,并且板保持密封;只需阅读板并分析基因型即可。这有助于减少污染,样本混合和样本损失的机会。化学的简单性使您可以轻松地自动化反应以进行大规模平行的基因分型研究,很容易增加测定的数量,样品数量或两者兼而有之。此外,分析软件允许您自动使用基因型,从而最大程度地减少手动工作。
在1980年代中期开发的聚合酶链反应(PCR)是DNA分析中的快速且非常敏感的方法(1)。这是一种通过特定的引物定义的酶促的酶促在体外复制,其中重复循环实现了目标序列的相邻指数扩增。尽管实验室工作的柚木有明显的缓解,但这种甲基易于自动化的甲基含量意味着对PCR产品的敏感,可重现和特定的检测仍然意味着大量的时间和工作:南部,点和反向点的方法,包括几种固定和固定和固定和固定和固定和固定和固定点(2、3、4)洗手步骤。其他技术依次,例如限制性分析,需要额外的孵育和凝胶电泳工作。除了这些技术和其他技术的大量时间外,有时还会有很高的试剂和污染的风险。
兰花是重要的观赏植物,其病毒感染会导致大量经济损害。Cymbidium Mosaic病毒(Cymmv),Odontoglossum Ringspot病毒(ORSV)和Cymbidium Ringspot病毒(CYMRSV)代表三种重要且普遍存在的兰花病毒。本研究中提出的检测系统使用三QMAN定量实时PCR测定法以同时方式识别CYMMV,ORSV和CYMRSV。我们为Cymmv,ORSV和CYMRSV设计了特定的引物和探针,分别为156 bp,148 bp和145 bp的放大序列。cymmv和cymrsv的三重QRT-PCR分析的最小检测极限为1拷贝/测定,最小检测极限为ORSV的10副本/测定。CYMMV,ORSV和CYMRSV的最小稳定检测极限分别为10、10 2和10 2拷贝/分析。因此,该系统比RT – PCR具有更高的灵敏度(约10至10 4倍)。CQ值的内部和跨间隙CV分别小于0.55和0.95%,这表明三重测定法是高度可靠且准确的。此外,使用已建立的测定和基因芯片分析了来自五个不同兰花属的66个样品。检测结果表明,与基因芯片相比,三重探针QRT-PCR具有更高的灵敏度,表明可以将三重实时PCR分析用于检测现场样品。我们的发现表明,三元实时RT – PCR检测系统代表了一种快速,简单,准确的工具,用于在兰花上检测Cymmv,ORSV和CYMRSV。
冠状病毒家族[1]。病毒基因组(约29 kb)包含11个开放式阅读框,它们编码四个结构蛋白和7种非结构性(NS)蛋白质。FCOV根据其致病性分为两种生物型:猫肠病毒(FECV)和猫感染性骨膜炎病毒(FIPV)[2]。FECV感染主要限于肠道,导致轻度,自限制的胃肠道疾病。FIPV会导致致命的多系统,免疫介导的疾病,该疾病是大坝老化的各种组织和器官,腹膜炎甚至死亡是损害的最典型迹象[2,3]。fipv被认为是FECV的突变体,导致病毒致病性和向性欲的变化。然而,可以解释FECV和FIPV的不同致病性的遗传差异仍然不清楚[1,4,5]。根据病毒抗原>
底漆设计:对于在快速循环条件下有效扩增,我们建议在80bp和200bp之间的扩增子长度。与所有制造商主人混合了较短的扩增子长度,反应可以循环越快。放大长度不得超过400bp。引物应使用默认引物3设置(https://bioinfo.ut.ee/primer3/)的预测熔点约为60°C。对于Taqman®探针,选择接近5'底漆的探针,避免终末鸟苷残基。对于Taqman®探针,选择接近5'底漆的探针,避免终末鸟苷残基。
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