启动减数分裂重组的DNA双链断裂(DSB)由包括Rec114和Mei4(RM)在内的进化套件形成,这些因素在空间和时间上调节了DSB形成。在体内,这些蛋白质形成了与高阶铬合成某些结构的大型免疫染色灶。在体外,它们形成了一个2:1的异三聚体配合物,该复合物与DNA结合以形成大型动态冷凝物。然而,缺乏对RM复合物的原子结构和动态DNA结合特性的理解。在这里,我们报告了由MEI4的N末端的Rec114的c末端的异三聚体复合物的结构模型,并由核磁共振实验支持。这种最小的复合物缺乏预测的Rec114内固有无序区域,足以结合DNA并形成浓度。单分子实验表明,最小的复合物可以桥接两个或多个DNA双链体,并可以通过远距离相互作用产生力来凝结DNA。alphafold2预测了不同分类单元的RM直系同源物的相似结构模型,尽管它们的序列相似程度较低。这些发现提供了对蛋白质和蛋白质 - 蛋白质 - DNA相互作用的保守网络的洞察力,这些网络可以形成冷凝水并促进减数分裂DSB的形成。
1 广东省生物医药大型动物模型重点实验室,五邑大学生物技术与健康科学学院,江门 529020;chenglingyin163@163.com(LC);wyuchemzxq@126.com(XZ);zhengyulingwy@163.com(YZ);wyuchemtcc@126.com(CT);17865815973@163.com(YL);Zheng_SW0@163.com(SZ);lichuan0718@126.com(CL);cmin0501@outlook.com(MC)2 中国科学院广州生物医药与健康研究院、华南干细胞生物学与再生医学研究所再生生物学重点实验室,广州 510530; liu_yang@gibh.ac.cn 3 广东工业大学生物医学与制药学院,广州 510643,中国;13922169135@163.com * 通信地址:lai_liangxue@gibh.ac.cn (LL);zouqj@wyu.edu.cn (QZ) † 这些作者对这项工作的贡献相同。
。cc-by 4.0国际许可(未经Peer Review尚未获得认证)是作者/资助者,他已授予Biorxiv的许可证,以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人,该版本发布于2025年1月25日。 https://doi.org/10.1101/2025.01.24.634423 doi:Biorxiv Preprint
• Trimer design • Timer expression • Timer purification- chromatography • Timer characterisation • Native PAGE and Western blot • Size distribution- DLS • Trimer stability- DSC • Ab binding-BLI Octet • Conformation- NSEM • Trimer design • Timer expression • Timer purification- chromatography • Trimer characterisation
酸性催化的三聚化涉及使用酸性催化剂将单体分子组合到三聚体中。单体官能团的质子化促进了单体之间的化学键形成。 碱催化的三聚化依赖于基本催化剂来促进单体分子之间的反应。 单体的去质子化增强了它们的反应性,从而形成了三聚产物。 金属催化剂可以通过与单体协调并促进其组装成三聚合结构来介导三聚化反应。 过渡金属(例如钯,铂或镍)通常用作金属催化剂的三聚化反应中的催化剂。 三聚体分子具有相应单体的分子量的三倍,从而增强了尺寸和质量。 与单体前体相比,三聚体分子可能表现出不同的物理特性,例如沸点,熔点,溶解度和粘度。 三聚体分子通常由于单体单元之间形成其他化学键,通常显示出增加的化学稳定性。 三聚体分子可以采用特定的单体官能团的质子化促进了单体之间的化学键形成。碱催化的三聚化依赖于基本催化剂来促进单体分子之间的反应。单体的去质子化增强了它们的反应性,从而形成了三聚产物。 金属催化剂可以通过与单体协调并促进其组装成三聚合结构来介导三聚化反应。 过渡金属(例如钯,铂或镍)通常用作金属催化剂的三聚化反应中的催化剂。 三聚体分子具有相应单体的分子量的三倍,从而增强了尺寸和质量。 与单体前体相比,三聚体分子可能表现出不同的物理特性,例如沸点,熔点,溶解度和粘度。 三聚体分子通常由于单体单元之间形成其他化学键,通常显示出增加的化学稳定性。 三聚体分子可以采用特定的单体的去质子化增强了它们的反应性,从而形成了三聚产物。金属催化剂可以通过与单体协调并促进其组装成三聚合结构来介导三聚化反应。过渡金属(例如钯,铂或镍)通常用作金属催化剂的三聚化反应中的催化剂。三聚体分子具有相应单体的分子量的三倍,从而增强了尺寸和质量。与单体前体相比,三聚体分子可能表现出不同的物理特性,例如沸点,熔点,溶解度和粘度。三聚体分子通常由于单体单元之间形成其他化学键,通常显示出增加的化学稳定性。三聚体分子可以采用特定的
动态共价键是通过可逆反应形成的,这意味着可以通过改变反应条件(例如温度、pH 值或浓度)来改变反应物和产物之间的平衡。可逆共价键的例子包括亚胺键、二硫键和硼酸酯键。这些键允许创建能够适应和响应外部刺激的材料,从而产生新的特性和功能。三聚体分子通常由于单体单元之间形成额外的化学键而表现出更高的化学稳定性。三聚体分子可以采用特定的结构排列,例如线性、环状或支链构型,具体取决于单体的几何形状和三聚化过程的性质。三聚化用于合成生物活性化合物和药物中间体。与单体相比,三聚体分子可能表现出增强的药理特性。三聚反应有助于生产具有定制特性和功能的高分子量聚合物。三聚体单体
图 1 | 使用 DNA 支架形成 Cy3 聚集体的化学方法。 (a) Cy3 (左) 共价连接到单链 DNA (ss-DNA) 脱氧核糖磷酸骨架的 3' 和 5' 端。 Cy3 修饰的 DNA 纳米结构是通过将 Cy3 修饰的 ssDNA 与规范互补的 ssDNA 链杂交而形成的,如连接到 DNA 双链体的 Cy3 单体的分子动力学快照 (中间) 和示意图 (右、上) 中蓝色椭圆表示 Cy3 所示。 Cy3 二聚体和三聚体是通过将连续的 Cy3 发色团连接到 ssDNA 并与互补链杂交而形成的 (右、中和下) (b) Cy3 单体 (棕色)、二聚体 (蓝色) 和三聚体 (绿色) 的吸光度 (实线) 和量子产率归一化的荧光光谱 (虚线)。 [DNA 双链] = 0.5 µ M,溶于 40 mM Tris、20 mM 醋酸盐、2 mM 乙二胺四羧酸 (EDTA) 和 12 mM MgCl 2 (TAE-MgCl 2 缓冲液)。(c) 双链中 Cy3 单体、二聚体和三聚体的荧光量子产量 (ΦF)。[DNA 双链] = 0.5 µ M,溶于 1 × TAE-MgCl 2 缓冲液。(d) Cy3 单体、二聚体和三聚体的圆二色性 (CD) 光谱。(e) Cy3 单体、二聚体和三聚体的荧光衰减轨迹,仪器响应函数以黑色显示。
项目描述该项目的目的是表征富含噬菌体和噬菌体的氨基酸序列(SCFV)靶向SARS-COV2抗原的物体。该项目是由IDP-MCST资助的加速项目的分支。我们通过噬菌体显示生物塑料生成了多克隆SCFV抗体群和单克隆抗体,这些抗体与SARS-COV-2 Trimer,S1,RBD或Zikav信封特异性结合。我们已经纯化了DNA,并将使用多克隆人群的牛津纳米孔技术进行长阅读的NG。Sanger测序也将用于单克隆A的身体。在此MSC期间必须设置编码SCFV的DNA序列的管道。
SARS-CoV-2 肽选择免疫信息学分析工作流程。A) SARS-CoV-2 抗原选择策略。B) SARS-CoV-2 刺突三聚体 (PDB ID 6VXX) 表面表示为灰色。每个单体的受体结合域 (RBD) 以橙色突出显示。计算机工作流程中排名靠前的表位序列以黄色 (RBD 区域) 和绿色 (其他刺突区域) 突出显示。在顶视图中,选定的肽以红色突出显示 (MHC-I
开发了一种 PK/PD 建模框架,可预测临床前生物标志物水平和肿瘤生长抑制情况,以响应 BT7480 剂量和给药方案的变化。此外,血浆和肿瘤药物浓度水平可与使用体外数据估算的目标浓度相关联 [2]。也就是说,两个目标 Kds 的平方根乘积很可能是三聚体 [T 细胞 — BT7480 — 肿瘤细胞] 达到最大活性时的游离药物浓度。