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通过肿瘤非正式启发1
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证。是根据作者/资助者提供的预印本（未经同行评审认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2025年2月5日发布的此版本中显示此版本的版权持有人。 https://doi.org/10.1101/2025.02.05.636605 doi：Biorxiv Preprint
通过肿瘤-正常启发推进微生物比较基因组学 1
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它以预印本形式提供（未经同行评审认证），作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权所有者于 2025 年 2 月 5 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2025.02.05.636605 doi：bioRxiv 预印本
274 例胸腺上皮肿瘤的全面基因组分析揭示了致癌途径和预测生物标志物
摘要背景：胸腺恶性肿瘤是一类罕见的异质性胸部癌症，根据世界卫生组织的组织病理学分类，胸腺恶性肿瘤可分为胸腺瘤和胸腺癌。文献中关于这些肿瘤生物学的数据有限，绝大多数数据是使用早期疾病的手术标本获得的。同时，晚期难治性胸腺肿瘤的治疗目前依赖于化疗，疗效有限。晚期难治性肿瘤的综合基因组分析 (CGP) 将为创新治疗开辟一些机会。患者和方法：共纳入 90 名和 174 名连续的胸腺瘤或胸腺癌患者，对他们的复发性难治性肿瘤的福尔马林固定石蜡包埋标本进行了测序。使用杂交捕获、基于接头连接的文库对多达 315 个癌症相关基因加上 28 个癌症中经常重排的基因的 37 个内含子进行测序，平均覆盖深度为 >500 倍。结果：胸腺瘤的基因组改变频率低（平均 1.8/肿瘤）且 TMB 水平低。超过 10% 的病例中发现的基因组改变是 CDKN2A/B 和 TP53 基因。在一例无法切除的 III 期 B3 型胸腺瘤中发现 NTRK1 基因扩增。胸腺癌的改变频率明显较高，为 4.0/肿瘤（P < .0001）。在 CDKN2A、KIT 和 PTEN/PI3K/MTOR 通路中观察到临床相关的基因组改变。胸腺癌中 TMB 升高并不常见，仅 6% 的病例具有 ≥ 10 个突变/Mb。结论：我们的队列是迄今为止最大的队列，报告了晚期疾病背景下胸腺上皮肿瘤的 CGP。在 KIT 、 PI3K 、 CDKN2A/B 或 NTRK 基因中识别出临床相关的基因组变异为使用靶向药物的潜在精准医疗方法提供了强有力的理由。一部分胸腺癌显示出高肿瘤突变负担，这可能是免疫检查点抑制剂疗效的预测因素。关键词：胸腺瘤；胸腺癌；靶向治疗；化疗；免疫治疗。
物体检测可改善罕见脑肿瘤 MR 图像中的肿瘤分割
摘要：肿瘤病变分割是从 MR 神经放射图像中研究和描述癌症的关键步骤。目前，许多深度学习分割架构已被证明在它们所训练的特定肿瘤类型上表现良好（例如，大脑半球的胶质母细胞瘤）。然而，在给定肿瘤类型上进行大量训练的高性能网络可能在没有标记病例允许训练或迁移学习的罕见肿瘤类型上表现不佳。然而，由于常见肿瘤和罕见肿瘤在病变内和周围存在一些视觉相似性，因此可以将问题分为两个步骤：物体检测和分割。对于每个步骤，在常见病变上训练过的网络可以按照域自适应方案用于罕见病变，而无需额外的微调。这项工作提出了一种弹性肿瘤病变描绘策略，该策略基于实现检测和分割的已建立的基本网络的组合。我们的策略使我们能够在训练期间对位于未见肿瘤背景区域中的罕见肿瘤实现稳健的分割推断。以弥漫性内生性脑桥胶质瘤 (DIPG) 为例，我们无需进一步训练或网络架构调整即可实现 0.62 的平均骰子分数。
肿瘤突变负荷对健康的影响的系统评价和荟萃分析
。CC-BY-NC 4.0 国际许可 它是永久可用的。 是作者/资助者，已授予 medRxiv 许可以显示预印本（未经同行评审认证）预印本 此版本的版权所有者于 2025 年 2 月 5 日发布。；https://doi.org/10.1101/2025.02.03.25321619 doi：medRxiv 预印本
免疫原性细胞应激和死亡使肿瘤对免疫疗法敏感
HAL 是一个多学科开放存取档案库，用于存放和传播科学研究文献，无论这些文献是否已出版。这些文献可能来自法国或国外的教学和研究机构，也可能来自公共或私人研究中心。
使用动态光学造影剂成像（DOCI）的基于机器学习的肿瘤分割和分类
t yler v asse 1，2†，y Azeed a lhiyari Ph.d 1†，l auran k。e Vans M.D.3，4，Ramesh Shori Ph.D 3。 m aie s t。 J OHN MD。 ph.d 1,4,6（*），T uan V o -d inh Ph.d 1，2，5（*）1 Fitzpatrick Photonics，Duke University;美国北卡罗来纳州达勒姆市27708，美国2杜克大学生物医学工程系；美国北卡罗来纳州达勒姆市27708，美国3头颈外科，加利福尼亚大学戴维·格芬医学院；洛杉矶，美国加利福尼亚州90025，美国4头和颈癌计划；洛杉矶大学；洛杉矶，加利福尼亚州90025，美利坚合众国5杜克大学化学系；美国北卡罗来纳州达勒姆市27708，美国6 Jonsson综合癌症中心，洛杉矶大学医学中心；美国美国加利福尼亚州洛杉矶90025†这些作者同样为这项工作做出了同样的贡献。3，4，Ramesh Shori Ph.D 3。m aie s t。J OHN MD。ph.d 1,4,6（*），T uan V o -d inh Ph.d 1，2，5（*）1 Fitzpatrick Photonics，Duke University;美国北卡罗来纳州达勒姆市27708，美国2杜克大学生物医学工程系；美国北卡罗来纳州达勒姆市27708，美国3头颈外科，加利福尼亚大学戴维·格芬医学院；洛杉矶，美国加利福尼亚州90025，美国4头和颈癌计划；洛杉矶大学；洛杉矶，加利福尼亚州90025，美利坚合众国5杜克大学化学系；美国北卡罗来纳州达勒姆市27708，美国6 Jonsson综合癌症中心，洛杉矶大学医学中心；美国美国加利福尼亚州洛杉矶90025†这些作者同样为这项工作做出了同样的贡献。
利用新合成的黄烷酮衍生化合物 MLo1302 靶向治疗生殖细胞肿瘤，有效降低肿瘤细胞活力并诱导细胞凋亡和细胞周期停滞
1 癌症生物学和表观遗传学组、IPO 波尔图研究中心 (GEBC CI-IPOP)、葡萄牙波尔图肿瘤研究所 (IPO Porto) 和波尔图综合癌症中心 (P.CCC)、R. Dr.安东尼奥·贝尔纳迪诺·德阿尔梅达，4200-072波尔图，葡萄牙； jpedro.lobo@ipoporto.min-saude.pt （JL）; ana.almeida.cardoso@ipoporto.min-saude.pt （ARC）; vera.miranda.goncalves@ipoporto.min-saude.pt (VM-G.) 2 葡萄牙波尔图肿瘤研究所 (IPOP) 病理学系，R. Dr. António Bernardino de Almeida，4200-072 波尔图，葡萄牙 3 波尔图大学阿贝尔萨拉萨尔生物医学科学研究所（ICBAS-UP）病理学和分子免疫学系，Rua Jorge Viterbo Ferreira 228，4050-513 波尔图，葡萄牙 4 Princess M á xima 儿科肿瘤中心，Heidelberglaan 25，3584 CS 乌得勒支，荷兰； l.looijenga@prinsesmaximacentrum.nl 5 波尔图大学 Abel Salazar 生物医学科学研究所 (ICBAS-UP)，Rua Jorge Viterbo Ferreira 228, 4050-513 Porto, 葡萄牙 6 蒙彼利埃大学 CNRS Max Mousseron 生物分子研究所 (IBMM)，ENSCM UMR 5247，34296 Montpellier, 法国； marie.lopez@cnrs.fr 7 表观遗传化学生物学，巴斯德研究所，CNRS UMR3523，75724 巴黎，法国； paola.arimondo@cnrs.fr * 通信地址：henrique@ipoporto.min-saude.pt (HR); carmenjeronimo@ipoporto.min-saude.pt （CJ）;电话：+351-222-2508-4000（人力资源和 CJ）；传真：+351-225-084-199 (HR 和 CJ) † 第一作者共享。 ‡ 联合资深作者。
患者衍生的瘤和人源化小鼠
作为精确医学和个性化疗法指导生物医学研究，患者衍生的瘤和人源化小鼠提供了对肿瘤生物学和药物反应的开创性见解。在2024年在海得拉巴举行的第4届国际研究和进步会议植根于3RS的原理（替代，减少和精致），探讨了生物医学研究的创新替代方案，重点是患者衍生的肿瘤和人类化小鼠。该事件在三个主要会议上进行了演讲，重点是Invitro模型，2D至3D细胞培养系统的演变，患者衍生的肿瘤类似以及人源化小鼠在临床前研究中的作用。研究人员强调了传统的2D细胞培养物和动物模型的局限性，主张模仿人类肿瘤微环境的3D细胞培养系统。人性化的小鼠具有人类免疫系统，作为传统动物模型与人类临床结果之间的有前途的桥梁。这次会议以引人入胜的“我们与他们”的辩论 - 风格的面板，比较和对比Invitro模型和人源化的小鼠的优点，并刺激了临床前研究未来方向的对话。该事件展示了持续向更相关的模型的转变，证明了现代研究中对3RS原则的全球承诺，从而促进了传统动物实验的道德和科学强大的替代方案。
肿瘤组织切片体外处理作为评估肾癌患者靶向治疗的预测性临床前方法
1 格勒诺布尔阿尔卑斯大学、法国国家健康与医学研究院、CEA、IRIG-癌症和感染生物学、UMR_S 1036、F-38000 格勒诺布尔、法国； caroline.roelants@inovarion.com （CR）; qfranquet@chu-grenoble.fr（QF）; csarrazin1@chu-grenoble.fr （客户服务） nicolas.peilleron@gmail.com （NP）; sofiagiacosa@gmail.com（新加坡）; laurent.guyon@cea.fr （LG）; claude.cochet@cea.fr (CC) 2 Inovarion, 75005 巴黎，法国 3 格勒诺布尔阿尔卑斯大学，INSERM，CEA，IRIG-大规模生物学，UMR 1038，F-38000 格勒诺布尔，法国； catherine.pillet@cea.fr 4 格勒诺布尔阿尔卑斯大学医院，CS 10217，38043 格勒诺布尔 CEDEX 9，法国； lafontanell@chu-grenoble.fr（AF）; g.fiard@ucl.ac.uk （GF）; JALong@chu-grenoble.fr（J.-AL）; jldescotes@chu-grenoble.fr (J.-LD) * 通信地址：odile.filhol-cochet@cea.fr;电话：+ 33-(0)4-38785645；传真：+ 33-(0)4-38785058