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UWGB LLI目录秋季2024
在曼尼托瓦克县（Manitowoc County）的死亡概述期间，在同盟大流行时期...........................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................................
epiGBS 与 WGBS 结果比较
DNA 胞嘧啶甲基化是一种表观遗传机制，参与调节植物对生物和非生物胁迫的反应，其改变能力随胞嘧啶出现的序列环境（CpG、CHG、CHH，其中 H = 腺嘌呤、胸腺嘧啶、胞嘧啶）而变化。模型植物物种中的 DNA 甲基化定量通常通过全基因组亚硫酸盐测序（WGBS）进行，这需要高质量的参考基因组。精简代表性亚硫酸盐测序 (RRBS) 是一种经济有效的潜在替代方案，适用于基因组资源有限且实验设计规模大的生态研究。在本研究中，我们首次全面比较了 RRBS 和 WGBS 的输出，以表征 DNA 甲基化对给定环境因素的反应变化。具体而言，我们使用 epiGBS（最近优化的 RRBS）和 WGBS 来评估 Populus nigra cv. 无性系中昆虫和人工食草后的整体和序列特异性差异甲基化。 'italica'。我们发现，在两种食草处理中的任何一种之后，CHH 中的全局甲基化百分比都会增加，并且只有 epiGBS 检测到这种转变具有统计学意义。至于食草引起的位点特异性差异甲基化（epiGBS 中的胞嘧啶和 WGBS 中的区域），两种技术都表明昆虫和人工食草引起的反应具有特异性，并且 CpG 中的低甲基化和 CHH 中的高甲基化频率更高。当存在于 CpG 和 CHG 中时，甲基化变化主要发现在基因体和基因间区域，而在 CHH 环境中则发现在转座因子和基因间区域。因此，epiGBS 成功地表征了伦巴第杨对食草反应的全局全基因组甲基化变化。我们的研究结果支持 epiGBS 在旨在探索非模型植物物种对多种环境因素反应的表观遗传变化的大型实验设计中特别有用。
使用WGBS中的CNN模型召回低覆盖部位的DNA甲基化水平
DNA甲基化是基因转录的重要调节剂。WGB是DNA甲基化定量碱基分辨率的金标准方法。它需要较高的测序深度。许多CPG位点在WGBS数据中覆盖不足，导致单个位点的DNA甲基化水平不足。提出了许多图案计算方法来预测缺失值。但是，许多方法都需要其他OMICS数据集或其他跨样本数据。，其中大多数仅预测DNA甲基化状态。在这项研究中，我们提出了RCWGB，可以将相邻侧面DNA甲基化水平的缺失（或低覆盖率）值算。深度学习技术被用于准确的预测。H1-HESC和GM12878的WGBS数据集被下采样。RCWGB预测的12×深度的DNA甲基化水平之间的平均差异分别在H1-HESC和GM2878细胞中> 50倍深度的平均差异分别小于0.03和0.01。rcwgb的表现都比Methimpute更好。我们的工作将有助于处理低测序深度的甲基化数据。对于研究人员来说，通过计算方法节省了测序成本并改善数据利用是有益的。