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1 抗黄...的双价自扩增RNA疫苗
结果与讨论：单价疫苗对各自的黄热病毒靶标建立了持久的中和抗体反应，几乎没有交叉中和的证据。两种疫苗还引发了 36 强大的抗原反应性 CD4 + 和 CD8 + T 细胞群。值得注意的是，对 YFV saRNA-NLC 37 疫苗接种的体液反应与 YF-17D 疫苗接种动物的体液反应相当。二价制剂对两种病毒靶标建立了 38 体液和细胞反应，与 39 单价疫苗建立的体液和细胞反应相当，没有 saRNA 干扰或免疫竞争的证据。最后，40 单价和二价疫苗均完全保护小鼠和仓鼠免受致命的 ZIKV 和 YFV 41 攻击。我们提出了一种针对 YFV 和 ZIKV 的二价 saRNA-NLC 疫苗，能够诱导针对两种病毒的强大且 42 有效的中和抗体和细胞免疫反应。这些数据支持 43 开发其他基于 saRNA 的多价传染病疫苗。44
2024 年 CBER 科学研讨会海报摘要
评估 RNA 提取和 Illumina NGS 文库制备方法以从不同样本基质中检测病毒 RNA Sayma Afroj 1、Aaron Scholl 1、Binsheng Gong 2、Bingjie Li 1、Joshua Xu 2 和 Sandip De 1 * 1 美国食品药品管理局治疗产品办公室细胞治疗和人体组织办公室细胞治疗部 2 司肿瘤疫苗和生物技术处，10903 New Hampshire Avenue，Silver Spring，MD，20993；2 美国食品药品管理局国家毒理学研究中心生物信息学和生物统计学部 3900 NCTR Rd Jefferson，AR 72079。目标：当前的病原体和外来因子检测试验面临局限性，例如对某些病原体的特异性和灵敏度降低，这对 HCT/Ps 的安全使用提出了挑战。该项目旨在评估各种 RNA 提取和 NGS 文库制备方法，以实现对病原体和外来因子的快速、广泛、灵敏和特异性检测。方法：我们使用三种研究设计来评估 RNA 提取方法：将寨卡病毒 (ZIKV) 注入幼稚细胞、使用持续感染 ZIKV 的细胞系以及将持续感染的 ZIKV 细胞注入白膜样本。使用五种方法提取 RNA，并使用 qRT-PCR 对 ZIKV 进行定量分析。为了评估 RNA 文库制备方法，我们将病毒组 HEV RR.1 和 BEI-NR-59622（包含 PCV1、Reo、FeLV、RSV、EBV）注入 U937 细胞，提取总 RNA，并使用各种商业试剂盒和组合构建文库。这些文库在 Illumina NovaSeq 6000 平台上进行测序。正在分析 NGS 数据以确定病毒基因组图谱、基因组覆盖率和映射读取的百分比。结果与结论：总体而言，硅胶柱纯化的 TRIzol 提取被证明是提取病毒 RNA 的最佳方法。正如预期的那样，我们观察到不同的 NGS 文库制备方法之间存在显著差异。rRNA 耗竭有效减少了 NGS 文库中的人类 rRNA。正在进行进一步的数据分析，以研究各种文库制备方法对参考病毒 RNA 产生的 NGS 读数总数的影响。简明语言摘要：有效的病毒核酸提取和文库制备方法对于使用 NGS 技术从细胞和组织中检测不定病毒以及确保细胞和组织治疗的安全性至关重要。我们的研究评估了几种 RNA 提取方法，并观察到测试方法中病毒 RNA 提取效率的差异。总体而言，硅胶柱纯化的 TRIzol 是跨测试样本基质检测病毒最灵敏的方法。正如预期的那样，我们观察到不同的 NGS 文库制备方法之间存在显著差异。正在进行进一步的数据分析，以研究各种文库制备方法对参考病毒 RNA 产生的 NGS 读数总数的影响。
APP 抗病毒治疗的目标产品概况 (TPP)
• 临床表现 — — 急性发热性疾病 (AFI) 至出血热 • 登革热的轻微症状可能与导致 AFI 的其他疾病混淆，无论是否伴有皮疹 • 登革热病毒 (DENV) 的地理分布 — — 赤道带（中美洲和南美洲、非洲、东南亚和太平洋岛屿） • DENV 的地理分布与其他蚊媒病毒（ZIKV、YFV、CHIKV）和蚊媒热带疾病（疟疾）重叠 • 世界上几乎一半的人口，约 40 亿人，生活在有登革热风险的地区。它通常是流行地区的主要疾病原因。它在许多热门旅游目的地很常见。在美国，在气候炎热潮湿、有埃及伊蚊和白纹伊蚊的州，DENV 的有限传播导致登革热本土病例定期发生。 • 登革热可从发热期（症状出现、病毒血症高峰期~第 1 天）迅速发展到危急期（3-6 天内），随着病毒血症的减少，退热会出现严重疾病的警告信号；因此，在发热期使用潜在抗病毒药物最有效，并且应重点关注 PrEP。• 继发性登革热感染会增加严重疾病的风险，而后续感染则会降低。• 诊断 - 首选 NAAT（PCR），但受病毒血症的限制；血清学检测与相关黄病毒（最明显的是寨卡病毒）有交叉反应。诊断测试在高危地区广泛可用，但结果可能需要几天时间，限制了治疗窗口。
巴西累西腓寨卡病毒相关小头畸形儿童的早期癫痫：特征、脑电图发现和治疗
摘要 目的：估计出生后 24 个月内寨卡病毒相关小头畸形儿童癫痫的发病率；描述相关临床和电图表现；并总结治疗反应。方法：我们对一批在 2015-2016 年巴西寨卡病毒 (ZIKV) 流行期间出生的儿童进行了随访，这些儿童患有先天性小头畸形，并且神经影像学和/或实验室检查有先天性寨卡病毒感染的证据。在出生后 3、6、12、15、18、21 和 24 个月进行神经系统评估。在出生后 24 个月内进行了连续脑电图检查。结果：我们评估了 91 名儿童，其中 48 名为女孩。在本研究样本中，出生后 24 个月内癫痫的累积发病率为 71.4%，主要癫痫类型是婴儿痉挛 (83.1%)。癫痫发作的最高发病率发生在3至9个月龄之间，直到15个月龄之前，这种风险仍然很高。婴儿痉挛的发病率在4至7个月龄之间达到峰值，随后在12个月龄后，局灶性癫痫的发病率增加。所有儿童都有神经影像学结果，100％为异常。在接受计算机断层扫描评估的74名儿童中，78.4％的儿童被诊断出皮质异常，在接受磁共振成像评估的53名儿童中，100％的儿童被诊断出皮质异常。总体而言，65名患有癫痫的儿童中只有46.1％对治疗有反应。
Aditi Kanojia1、Shashank Tripathi1
黄病毒属包括几种人类致病病毒，例如登革热、黄热病、寨卡病毒、日本脑炎病毒和西尼罗病毒，它们可以在节肢动物（蚊子）中垂直传播。已经设计了几种旨在摧毁蚊子总体数量的干预措施。但从长远来看，这些措施可能会产生严重的生态影响。这一限制要求制定更好、更安全的策略，这些策略需要对黄病毒-宿主相互作用有基本的了解。我们希望应用全基因组 CRISPR 筛选来解码伊蚊宿主的泛黄病毒因子。
鉴定针对黄素病毒和冠状病毒的蛋白酶抑制剂
载体传播的黄病毒和人畜共患病的冠状病毒是重要的人类病原体，对全球公共卫生构成了严重威胁。黄病毒，在那里它们被节肢动物载体传播，每年引起数百万个感染。虽然大多数感染是轻度或无症状的，但登革热和黄热病病毒（如黄热病病毒）可能会引起潜在的致命性出血热和休克综合征。神经性黄病毒，例如西尼罗河，日本脑炎和tick虫脑炎（TBEV）会导致具有长期症状的脑膜脑炎。冠状病毒，尤其是SARS（2003）和MERS（2012）（2012年）（2012年）的人畜共患病毒，如2000年代初期一直在定期出现。最新的例子是SARS-COV-2，它在中国城市武汉引起了一系列感染后，遍布全世界，目前造成超过690万人死亡。尽管在SARS-COV-2的情况下，疫苗对于预防感染或严重疾病和住院是至关重要的，但抗病毒药是一种非常有价值的工具，可用于治疗和预防当前和未来的黄病毒和冠状病毒感染。在本文中提出的工作中，我们使用了硅和体外技术的组合来识别和测试病毒蛋白酶潜在抑制剂的活性。在我们的第一项研究（论文1）中，我们意外地鉴定出具有对ZIKV NS2B-NS3蛋白酶的体外活性的HIV蛋白酶抑制剂。Covid-19爆发后，我们将注意力转移到SARS-COV-2上。通过虚拟筛选已知蛋白酶抑制剂的库来鉴定抑制剂，该抑制剂通过分子动力学模拟评估，并最终使用基于FRET的酶促测定法对重组ZIKV蛋白酶进行了测试。还使用了分子对接和分子动力学模拟的相同组合来正确预测已知的泛氟韦蛋白酶抑制剂对TBEV蛋白酶的活性（论文2）。结果，我们是第一个报告基于肽的化合物，具有对TBEV的体外活性。我们首先测试了广谱抗病毒一氧化氮（NO）的抑制作用，并发现无释放的化合物快照对基于细胞的测定中的SARS-COV-2复制具有剂量依赖性抑制作用（论文3）。我们推测SNAP可以通过对SARS-COV-2主要蛋白酶的催化Cys145的反硝化来抑制SARS-COV-2蛋白酶，并发现SNAP对体外酶试验中的重组SARS-COV-2 MPRO蛋白酶具有剂量依赖性抑制作用。在我们的最后一项研究（论文4）中，我们通过对含有42亿种化合物的DNA编码的化学文库的亲和力筛选来确定一类新的有效SARS-COV-2蛋白酶抑制剂。所鉴定的化合物抑制了IC50低至25 nm的重组SARS-COV-2蛋白酶，并且在感染的CALU-3和CACO-2细胞系中低微摩尔范围内的剂量依赖性抗病毒作用。
抗病毒药物研发：为下一次大流行做好准备
病毒，特别是 RNA 病毒，在世界卫生组织 (WHO) 目前列出的十大全球健康威胁中占据主导地位。该名单包括人类免疫缺陷病毒 (HIV) 引起的艾滋病、全球流感大流行、登革热病毒 (DENV) 以及埃博拉病毒 (EBOV) 和其他高威胁病原体引起的病毒性疾病：各种出血热、寨卡病毒 (ZIKV)、尼帕病毒、中东呼吸综合征冠状病毒 (MERS-CoV)、严重急性呼吸综合征冠状病毒 (SARS-CoV-1) 和疾病 X（“可能导致严重流行病的未知病原体”）。1 如今，疾病 X 毫无疑问就是由 SARS-CoV-2 引起的 COVID-19，SARS-CoV-2 是一种与 SARS-CoV-1 密切相关的冠状病毒，几乎可以肯定是源自中国马蹄蝠的一种人畜共患病。 2,3 虽然应对流感大流行的计划是全球当前的优先事项，但 2014 年西非爆发的埃博拉病毒病 (EBVD) 和 2015 年巴西出现的寨卡病毒疾病迅速蔓延至全球 84 个国家，这清楚地警告了潜在的威胁以及应对 RNA 病毒爆发的准备不足。4–6 SARS-CoV-2/COVID-19 大流行进一步暴露了缺乏可快速
针对 RNA 病毒的非常规抗病毒药物的宿主细胞靶标
摘要：最近的 COVID-19 危机凸显了 RNA 病毒的重要性。该组中最突出的成员是 SARS-CoV-2（冠状病毒）、HIV（人类免疫缺陷病毒）、EBOV（埃博拉病毒）、DENV（登革热病毒）、HCV（丙型肝炎病毒）、ZIKV（寨卡病毒）、CHIKV（基孔肯雅病毒）和甲型流感病毒。除了产生逆转录酶的逆转录病毒外，大多数 RNA 病毒都编码 RNA 依赖性 RNA 聚合酶，这些聚合酶不包括分子校对工具，这是这些病毒在宿主细胞中繁殖时具有高突变能力的原因。加上它们能够以不同方式操纵宿主的免疫系统，它们的高突变频率对开发有效和持久的疫苗和/或治疗方法提出了挑战。因此，使用抗病毒靶向剂虽然是抗感染治疗策略的重要组成部分，但可能会导致选择耐药变体。宿主细胞复制和加工机制对于病毒的复制周期至关重要，并引起了人们对针对宿主机制的药物作为治疗病毒感染的治疗替代品的潜在用途的关注。在这篇综述中，我们讨论了具有抗病毒作用的小分子，它们针对许多 RNA 病毒感染周期不同阶段的细胞因子。我们强调重新利用 FDA 批准的具有广谱抗病毒活性的药物。最后，我们假设 ferruginol 类似物 (18-(邻苯二甲酰亚胺-2-基) ferruginol) 是一种潜在的宿主靶向抗病毒药物。
主机的识别和表征...
抽象的正叶病毒是节肢动物传播的单链RNA病毒，导致人类轻度至严重疾病，每年影响数百万的人，目前没有抗病毒药。该病毒属包括诸如tick传播脑炎病毒（TBEV），西尼罗河病毒（WNV）和Zika病毒（ZIKV）等病毒。正常非洲病毒具有自己的病毒蛋白，但是与其他病毒一样，它们也招募并利用几种细胞蛋白来实现其生命周期。尽管已经确定或表征了其中一些宿主因素，但其中大多数仍然不知道。在本文中，我使用了不同的工具来识别和表征与正常非病毒感染有关的新型蛋白质。了解细胞蛋白在病毒生命周期中的功能对于理解病毒的疾病机制和开发针对这些病毒的抗病毒药物很重要。在第一部分中，我们实施了蛋白质组学噬菌体显示（PROP -PD），以识别病毒和细胞蛋白之间的短线性基序（Slim）相互作用，并且该方法鉴定出多腺苷酸 - 结合蛋白1（PABP1）是许多RNA病毒的促病毒因子。在本文的第二部分中，我们通过执行抗坏血酸酯过氧化物酶（APEX）2屏幕来鉴定在TBEV NS4B附近发现的蛋白质，从而鉴定了参与TBEV感染的蛋白质。使用这种方法，我们确定了包含3（ACBD3）的酰基-COA结合域。通过修改内质网（ER）和Golgi之间的贩运，在TBEV和Langat病毒（LGTV）感染中影响病毒复制和组装的TBEV NS4B紧邻近距离发现。在论文的第三部分中，我们探讨了核孔蛋白（NUPS）在正叶病毒感染中的作用。nups是核孔复合物的基础，它是负责RNA和蛋白质在细胞核和细胞质之间运输的复合物。通过实施各种不同的分子生物学技术，我们确定NUP153和NUP98在病毒生命周期中至关重要。我们观察到，在正叶病毒感染期间，NUP153和NUP98在核中上调并从核区域募集到结合病毒RNA（VRNA）的胞质区域。我们发现NUP153调节病毒翻译，而NUP98对于病毒复制很重要，显示了该蛋白质家族在正佛病毒感染中的重要性和不同功能。此外，在本论文中，我们还评估了肽的使用来阻止这些特定的病毒宿主蛋白相互作用作为潜在的抗病毒药。我们表明，针对PABP1和NUP98的肽靶向和结合对几个正叶韦病毒是抗病毒活性的。在一起，本文中提出的发现使人们对病毒生命周期所需的特定宿主因素有了更好的了解。这些知识可用于新抗病毒药的发展。