XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemalign
B细胞恶性肿瘤的正向和反向遗传学 硝酸盐对高血压患者口服微生物组和唾液生物标志物的影响 潮汐流与风能：与混合系统中短期存储结合使用的循环功率的值
癌症基因组测序已鉴定出数十个突变，在淋巴作用和白血病发生中起作用。验证负责B细胞肿瘤的驱动突变的验证是值得研究的突变体积以及由B细胞发育不同阶段引起的多个突变的复杂方式而变得复杂的。小鼠的正向和反向遗传策略可以提供对人类驱动基因的互补验证，在某些情况下，这些模型的人肿瘤的比较基因组学指导了对人类恶性肿瘤中新驱动因素的鉴定。我们回顾了使用插入诱变，化学诱变和外显子组测序进行的前向遗传筛选的集合，并讨论如何使用人类肿瘤基因组识别插入性诱变筛查中插入性诱变筛查中的高渗透覆盖范围如何鉴定在无法使用人类肿瘤基因组的速度下进行合作的突变。我们还比较了一组从PAX5突变小鼠中进行的独立进行的筛选，该筛网会在人类急性淋巴细胞性白血病（ALL）中观察到的一组常见突变集合。我们还讨论了使用CRISPR-CAS，ORF和SHRNA的反向遗传模型和筛选，以提供高吞吐量的体内证据，以实现致癌功能，重点是使用经体培养细胞的收养转移模型。最后，我们总结了在体内环境中提供候选基因的时间调节的小鼠模型，以证明其编码蛋白作为治疗靶标的潜力。
r e V i e W临床特征和对血液学恶性肿瘤患者的高热中性粒细胞减少症经验抗菌治疗的优化
目的：由于2011年传染病学会（IDSA）的经验治疗指南（FN），病原体概况和治疗中新兴挑战的发生了重大变化。这些包括增加多药耐药（MDR）细菌的患病率以及革兰氏阴性或革兰氏阳性细菌（GPB）的分布变化。该研究旨在更新和优化血液恶性肿瘤（HM）患者的经验治疗策略，该人群特别容易受到这些不断发展的威胁的影响。方法：在2010年1月至2023年12月在HM患者中对FN的经验治疗之间发表的研究进行了文献综述，重点是病原体特征，治疗方案和治疗持续时间。结果：大约三分之一的HM FN患者出现未知来源（FUO），而40-50％的HM患者患有临床记录的感染（CDI），有10-30％的感染含量为10-30％，具有微生物学有记录的感染（MDI），占革兰氏阴性细菌（GNB）的占主导地位（GNB）。诸如延长的中性粒细胞减少症，先前的宽光谱抗生素使用以及先前具有抗药性细菌感染的因素与MDR感染有关。头孢菌素，哌拉西林/tazobactam（PTZ）和碳青霉烯是高危HM患者的可行经验治疗，尽管头孢酸单一疗法的优势仍然不确定。。经验宽光谱抗生素可以在48小时的临床稳定性和呼吸症后安全停用。结论：正确选择经验抗生素和确定最佳治疗持续时间对于降低抗生素耐药性和改善HM FN患者的预后至关重要。这些发现强调了需要更新的临床准则，这些指南解决了不断发展的病原体特征和MDR感染的日益增长的挑战。
压力下的癌症：管理恶性脊髓压缩
迈克尔·麦凯（Michael McKay）教授最初接受了辐射肿瘤学的培训，然后从悉尼大学获得了博士学位，并从新南威尔士大学获得了医学博士学位。接下来，他在鹿特丹的细胞生物学和遗传学系接受了国际人类的癌症遗传学博士后研究金。在这里，他发现了几个人类基因，这些基因参与了人体对辐射的反应，这是他在澳大利亚墨尔本的Peter MacCallum癌症中心的转化研究平台的核心。他是该机构DNA维修实验室的负责人，已有13年了，在此期间，他建立并指导了Peter Mac家族癌症中心。后来他在澳大利亚国立大学和皇家堪培拉医院工作，在那里他担任辐射肿瘤学和分子医学教授的职位。 此外，他是悉尼大学的临床教授，目前是塔斯马尼亚大学的名誉教授。后来他在澳大利亚国立大学和皇家堪培拉医院工作，在那里他担任辐射肿瘤学和分子医学教授的职位。此外，他是悉尼大学的临床教授，目前是塔斯马尼亚大学的名誉教授。
正常细胞和恶性细胞在染色体脆性和神经节苷脂表达方面的表型差异
通过光学显微镜观察 8 名恶性肿瘤患者和 8 名健康对照者的外周血淋巴细胞的中期，检测了自发性染色体脆性。在受试患者中，与对照组相比，自发性染色体脆性的频率明显更高，尤其是在着丝粒染色体区域。特别令人感兴趣的是涉及神经节苷脂、三肽谷胱甘肽 (GSH) 的还原形式和/或肿瘤抑制蛋白 HACE1 的相互作用。在实验室培养的小鼠胚胎 3T3 成纤维细胞、小鼠恶性骨髓瘤细胞以及两种细胞类型的混合培养物的实验体外模型提取物中神经节苷脂和抗神经节苷脂抗体的平均滴度之前，先将每个提取物通过 GSH-琼脂糖柱，以“选择”所述样本中对 GSH 具有亲和力的分子。此外，还测试了肿瘤抑制基因 HACE-1 在小鼠胚胎干细胞 (mESC) 和恶性人类宫颈癌 HeLa 细胞基因组中的存在和表达，这两种细胞都含有该基因的额外拷贝，通过用含有肿瘤抑制基因拷贝的适当重组 DNA 载体转染插入。开发的实验体外模型显示了特定的分子间相互作用，可以阻止疾病的发展。此外，还展示了非淋巴细胞类型产生抗体/免疫球蛋白的可能性。因为以这种方式产生的抗体位于专门的淋巴组织和器官中的生发中心之外，所以通过小离子和分子（如神经节苷脂）控制它们的功能非常重要。
深度学习对脑电图解码的欧几里德对齐的系统评估
脑电图 (EEG) 信号经常用于各种脑机接口 (BCI) 任务。虽然深度学习 (DL) 技术已经显示出良好的效果，但它们受到大量数据需求的阻碍。通过利用来自多个受试者的数据，迁移学习可以更有效地训练 DL 模型。欧几里得对齐 (EA) 是一种越来越受欢迎的技术，因为它易于使用、计算复杂度低并且与深度学习模型兼容。然而，很少有研究评估它对共享和单个 DL 模型训练性能的影响。在这项工作中，我们系统地评估了 EA 与 DL 结合对解码 BCI 信号的影响。我们使用 EA 用来自多个受试者的数据训练共享模型，并评估了它对新受试者的可迁移性。我们的实验结果表明，它将目标受试者的解码提高了 4.33%，并将收敛时间缩短了 70% 以上。我们还为每个受试者训练了单独的模型，以用作多数投票集成分类器。在此场景中，使用 EA 可将 3 模型集成准确率提高 3.71%。但是，与使用 EA 的共享模型相比，集成准确率降低了 3.62%。
Anchorna：通过保守的锚固区域的完整病毒基因组对齐
动机：由于诸如长序列，大插入/缺失（跨越了几种100个核苷酸），大数量序列，序列差异和高计算复杂性，例如在二级结构预测的上下文中，因此全病毒基因组的多序列比对可能具有挑战性。标准比对方法通常会面临这些问题，尤其是在处理高度可变的序列或对选定子序列需要特定的系统发育分析时。我们提出了基于Python的命令行工具Anchorna，旨在在编码序列中识别保守区域或锚定。这些锚定定义分裂位置，指导复杂病毒基因组的比对，包括具有重要二级结构的那些。AnchORNA通过专注于这些关键的保守区域来提高全基因组对齐的准确性和效率。在设计培养在病毒家族中的底漆时，提出的方法特别有用。结果：AnchORNA引导的对准与3个对齐程序的结果进行了比较。利用55个代表性的Pestivirus基因组的数据集，AnchORNA确定了56个锚点，对于指导对齐过程至关重要。这些锚的合并导致了所有测试的对齐工具的显着改进，突出了Anchorna在增强对齐质量方面的有效性，尤其是在复杂的病毒基因组中。可用性：Anchorna可根据MIT许可在GitHub上的MIT许可证上，网址为https：//github.com/rnajena/anchorna，并在Zenodo上存档。该软件包包含一个带有Pestivirus数据集的教程，并且与支持Python的所有平台兼容。
组蛋白去乙酰化酶抑制剂 Largazole 抑制 SP1 和 BRD4，使一组超级增强子失活，并导致有丝分裂染色体错位
组蛋白去乙酰化酶抑制剂已被研究作为癌症和其他疾病的潜在治疗剂。已知 HDI 可促进组蛋白乙酰化，从而导致开放染色质构象并通常增加基因表达。在之前的研究中，我们报告了一组基因，特别是那些由超级增强子调控的基因，可以被 HDAC 抑制剂拉格唑抑制。为了阐明拉格唑抑制基因的分子机制，我们进行了转座酶可及染色质测序、ChIP-seq 和 RNA-seq 研究。我们的研究结果表明，虽然拉格唑治疗通常会增强染色质的可及性，但它会选择性地降低一组超级增强子区域的可及性。这些基因组区域在拉格唑存在下表现出最显著的变化，富含 SP1、BRD4、CTCF 和 YY1 的转录因子结合基序。 ChIP-seq 分析证实 BRD4 和 SP1 在染色质上各自位点的结合减少，特别是在调节基因（如 ID1、c-Myc 和 MCM）的超级增强子上。拉格唑通过抑制 DNA 复制、RNA 加工和细胞周期进程发挥作用，部分是通过抑制 SP1 表达来实现的。shRNA 消耗 SP1 可模拟拉格唑的几种关键生物学效应并增加细胞对该药物的敏感性。针对细胞周期调控，我们证明拉格唑通过干扰中期染色体排列来破坏 G/M 转换，这种表型在 SP1 消耗时也观察到。我们的结果表明，拉格唑通过抑制超级增强子上的 BRD4 和 SP1 发挥其生长抑制作用，导致细胞抑制反应和有丝分裂功能障碍。
血液系统恶性肿瘤患者的中性粒细胞减少症
引言化学疗法诱导的中性粒细胞减少症（CIN）是由化学疗法的细胞毒性作用引起的血液学毒性，可以导致嗜中性粒细胞抑制[1]。这些是在骨髓中产生的成熟的白细胞，并释放到循环的血液中，以防止感染。中性粒细胞（也称为多形核白细胞）是吞噬细胞，在保护宿主免受病原体（例如细菌和真菌）的影响方面起着重要作用[2]。绝对嗜中性粒细胞计数（ANC）通常在成年人中为1500至7000个中性粒细胞/微氧化物。，而绝对中性粒细胞计数的减少低于1500，称为中性粒细胞减少症。因此，中性粒细胞计数的降低低于此阈值可能会削弱人体的免疫力并增加对感染的敏感性，尤其是在癌症患者中[3，4]。
靶向RNA测序的表演，用于分析血液恶性肿瘤中融合转录，基因突变和表达的表达
然而，诸如全基因组测序，转座酶访问的染色质 - 序列或RNA测序（RNA-SEQ）之类的技术暴发可能通过在编码区域外部编码区外的基因组改变区域，分别为3个表面签名，4,5和Gene Cresessional cressions profiles。6在这项研究中，我们选择评估RNA-seq的诊断值，因为该技术允许探索3个遗传信息：基因序列，基因融合和基因表达。有趣的是，这些不同级别的分析都带来了有关肿瘤细胞的独立信息，因此，它们的整合应完善诊断的精度。For example, acute myeloid leukemia (AML) patients prognosis is evaluated by cytogenetics (copy number abnormalities and struc- tural variants), further refined by the analysis of the mutational status of a few genes, and could maybe be improved by transcrip- tomic signatures such as the 17-gene leukemia stem cell score (LSC17) which is a proxy of the number of leukemic stem细胞。已经描述了7种不同的RNA-seq库制备技术，从而可以分析样品的所有RNA分子，或者使用富集步骤来靶向感兴趣的基因，例如Messenger RNA或小RNA物种。值得注意的是，图书馆准备的选择应优化感兴趣的目标数量和所需的测序深度之间的平衡，以便在常规环境中保持经济负担。迄今为止，大多数涉及癌症的基因已经通过整个外显子组测序的大型程序来识别。迄今为止，大多数涉及癌症的基因已经通过整个外显子组测序的大型程序来识别。8基于这些考虑因素，我们决定评估涉及癌症生物学的1385个基因的靶向RNA-seq面板的性能。我们在这里介绍了靶向RNA-Seq检测融合转录本的分析性能，以鉴定与临床相关实体相关的转录曲线，并检测血液恶性肿瘤中临床意义的复发突变。