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Pogostemon Cablin的综合代谢组和转录组分析为Pogostone的完整生物合成途径提供了新的灯光
pogostemon cablin（Patchouloi）是一种著名的多年生草本植物，用于中药，其主要的生物活性化合物是Patchouloulolol和Pogostone。Patchouli的生物合成途径已经很早就解决了，而Pogostone的生物合成途径由于缺乏直接合成Pogostone的末端酶而无法完全解决。在这里，本研究旨在通过综合转录组和代谢组分分析来预测Pogostone生物合成的末端酶，并重建其最可能的完整生物合成。广香叶的代谢组和转录组纤维与根和茎的叶子大致不同。广圆紫胶类似物（如广宁酸酯和叶氨基烯）主要积聚在叶片中，而pogostone含量的根部含量更高。基于对差异表达的基因和代谢产物的综合分析，我们重建了广丘洛尔的生物合成途径，并预测了pogostone的最可能完整的生物合成途径。此外，我们还鉴定了29个涉及广patlouli的新辛托比底基因组Pogostone生物合成的高表达基因，并且它们的大多数表达水平与Pogostone含量密切相关。尤其是Patcholi Bahd-DCR酰基转移酶（BAHD-DCR）在系统发育上远离但与其他已知的植物Bahd酰基转移酶相似，但结构上相似。他们中的大多数具有保守的催化基序HXXXD，催化中心可以与4-羟基-6-甲基-2-吡酮和4-甲基化甲基-COA和Pogostone的产物分子的广泛认识的底物分子结合。因此，建议广pation胶根中高表达的bahd-dcrs是直接合成pogostone的末端酶。这里的发现提供了更多支持的证据
转录组状态在癌症中的定义和应用
摘要癌症的分类已经在数千年中演变而成，几个世纪的工作为现代癌症分类奠定了基础，随着我们对癌症生物学的理解，随着技术，工具和框架的改进，这种分类的发展继续发展。本文通过整合单细胞转录组方法来探索癌症的分子复杂性和肿瘤内异质性（ITH），建立在癌症分类的历史遗产上。通过定义和分析三种侵袭性癌症类型的多种转录态（GB），三个阴性乳腺癌（TNBC）（TNBC）和弥漫性中线胶质瘤（DMG） - 这项工作可提供更精良和精确的透镜，从而使象征性的策略更加精确。使用高分辨率的单细胞RNA测序（SCRNA-SEQ），空间分辨的转录组学（SRT）和患者衍生的类器官模型，我们确定了塑造肿瘤进展，耐药性和患者结果的不同元图。从DMG开始，我们使用空间转录组学来映射肿瘤特异性表型，发现与肿瘤微环境相互作用的新型神经干细胞样种群。由关键祖细胞标记定义的这种表型表现出可塑性，可能导致DMG对治疗的抗性。通过研究DMG微环境中的非恶性细胞，我们提出特定的细胞类型支持肿瘤生长和进化，强调潜在的治疗干预措施。然后，我们将SCRNA-SEQ应用于GB，揭示了多个元图的存在，包括与茎状特性，侵袭和免疫逃避相关的元图。这些元图提供了有关GB细胞如何根据其微环境适应和进化的见解，从而发现了这种高度抗性癌症的潜在治疗靶标。在TNBC中，我们通过整合来自患者活检的单细胞数据库来开发全面的TNBC-MAP，从而确定了九个核心恶性元图。这些元图涵盖了生物学过程，例如免疫调节，上皮到间质转变（EMT）和血管生成模仿。通过将这些元图与患者存活相关联，我们确定了分子活性的不同模式，可以指导TNBC的更个性化和有效的治疗方法的发展。在这些研究中，我们评估了元数据分析剖析癌症异质性的能力，从而更深入地了解驱动肿瘤进展的功能状态。此知识可以识别患者特定的分子特征，为精确医学方法铺平了道路。本论文为基于元图的癌症诊断奠定了基础，并为未来的多摩尼克精度医学策略整合奠定了基础，该策略以特定的癌细胞状态为目标，最终改善了患者的结果。
综合转录组和代谢组分析揭示了orychophragmus vileaceus
结果和讨论：基于代谢组数据，总共鉴定了152个氟代谢物，其中大多数是槲皮素和kaempferol。对三个氟样品中代谢产物的比较分析表明，两种花色苷，peonidin-3-葡萄糖苷和delphinidin 3-（6'' - malonyl-葡萄糖苷）是颜料最有可能造成O. Violeaceus的花瓣的颜色。随后的转录组分析显示，在三组流量中，有5,918个差异表达的基因，其中87个编码了花青素生物合成途径中的13个关键酶。在紫色流中，两个转录因子OVMYB和OVBHHH的高表达表明它们在花青素生物合成的调节中的作用。通过整合代谢组和转录组数据，编码花青素合酶的卵子在紫色流中显着上调。卵形是负责将无色白细胞蛋白酶转化为彩色花青素的酶。这项研究提供了对O. violaceus颜色发育的分子机制的新见解，为浅色颜色育种奠定了基础。
基因组，转录组和代谢组分析的氨基化albus albus提供了对南部疫病病原体的进化和抗性的见解
结果和讨论：在这里，我们组装并注释了A. albus的完整基因组，提供了一个染色体级的组件，总基因组大小为5.94 GB，而Cortig N50为5.61 MB。A. albus基因组组成了19,908个基因家族，其中包括467个独特的家族。与A. konjac相比，A. albus的基因组大小稍大，可能受到了最近的全基因组重复事件的影响。转录和代谢分析揭示了参与苯基 - 丙型生物合成的差异表达基因（DEG）和差异积累的代谢产物（DEG）的显着富集，植物激素信号传递，苯基丙氨酸代谢，苯丙氨酸的代谢和生物合成的生物合成，苯基烷胺，Tyroptanin和Tyropt。这些发现不仅提高了对A. albus的遗传和进化特征的理解，而且还为未来研究Konjac对南部疫病疾病的抗性机制的研究奠定了基础。
遗传，转录组，代谢和神经精神上的基础皮质功能梯度
图1：不同数据集中的遗传力（H 2）地图。a。显示低维空间，其颜色由功能网络编码34。b。显示了三个组织轴的本征图，该轴是根据人类连接组项目（HCP）35的函数连接模板22计算得出的。所有个人都与此组级模板保持一致。我们使用单个梯度和谱系/基因型信息来计算单核苷酸多态性（SNP）基于双核苷酸多态性（C），基于Twin的HCP（D）和基于TWIN的QTAB（E）的每个梯度的遗传力（H 2）。f。每两个遗传力图之间的空间相关性。空间自相关被认为使用测量距离变化函数图将图置入图，并且基于1000个排列获得了P变化图值。
研究论文在2型糖尿病小鼠中的骨质疏松症的整合表型和转录组分析
1。西北大学生命科学学院，西安，Shaanxi 710069，中国。 2。 国家颌面重建和再生的国家主要实验室，国家口腔疾病临床研究中心，Shaanxi International International International口腔疾病联合研究中心，纸巾工程中心，口腔学院，第四届军事医学院，第四届军事医学院，XI'AN，Shaanxi 710032，中国。 3。 XI'AN的主要细胞和再生医学主要实验室，西北理工大学医学研究所，XI'AN，Shaanxi 710072，中国。 4。 牙齿牙科学院牙本质学院，第四届军事医科大学，西安克斯，Shaanxi 710032，中国。 5。 中国第四届军事医科大学的口腔植入学系，口腔植入学院，中国西安克西710032。 6。 中国北京100039北京中国PLA综合医院第一医疗中心的口腔学系。 7。 中国西部的资源生物学和生物技术的主要实验室，西北大学医学院，西安，西安克斯，Shaanxi 710069，中国。 8。 基础医学院，Shaanxi TCM物理宪法研究的关键研究实验室，预防与治疗，Shaanxi中医大学，Xianyang，Shaanxi 712046，中国。 9。 中医系，第四届军事医科大学第一家附属医院，中国西安克斯710032。西北大学生命科学学院，西安，Shaanxi 710069，中国。2。国家颌面重建和再生的国家主要实验室，国家口腔疾病临床研究中心，Shaanxi International International International口腔疾病联合研究中心，纸巾工程中心，口腔学院，第四届军事医学院，第四届军事医学院，XI'AN，Shaanxi 710032，中国。3。XI'AN的主要细胞和再生医学主要实验室，西北理工大学医学研究所，XI'AN，Shaanxi 710072，中国。 4。 牙齿牙科学院牙本质学院，第四届军事医科大学，西安克斯，Shaanxi 710032，中国。 5。 中国第四届军事医科大学的口腔植入学系，口腔植入学院，中国西安克西710032。 6。 中国北京100039北京中国PLA综合医院第一医疗中心的口腔学系。 7。 中国西部的资源生物学和生物技术的主要实验室，西北大学医学院，西安，西安克斯，Shaanxi 710069，中国。 8。 基础医学院，Shaanxi TCM物理宪法研究的关键研究实验室，预防与治疗，Shaanxi中医大学，Xianyang，Shaanxi 712046，中国。 9。 中医系，第四届军事医科大学第一家附属医院，中国西安克斯710032。XI'AN的主要细胞和再生医学主要实验室，西北理工大学医学研究所，XI'AN，Shaanxi 710072，中国。4。牙齿牙科学院牙本质学院，第四届军事医科大学，西安克斯，Shaanxi 710032，中国。5。中国第四届军事医科大学的口腔植入学系，口腔植入学院，中国西安克西710032。6。中国北京100039北京中国PLA综合医院第一医疗中心的口腔学系。7。中国西部的资源生物学和生物技术的主要实验室，西北大学医学院，西安，西安克斯，Shaanxi 710069，中国。8。基础医学院，Shaanxi TCM物理宪法研究的关键研究实验室，预防与治疗，Shaanxi中医大学，Xianyang，Shaanxi 712046，中国。9。中医系，第四届军事医科大学第一家附属医院，中国西安克斯710032。
基于计算遗传学和转录组学研究的一项提名慢性疼痛治疗的药物重新利用候选者
对基因表达作用相反作用的药物，慢性疼痛表现出负相连通性评分。签名映射得分通常显示出乙状结肠分布，其中一部分测试药物对基因表达的疾病表达强烈或相反的影响，分别对应于高度正面或负相关得分。
基于计算遗传学和转录组学研究的一项提名慢性疼痛治疗的药物重新利用候选者
对基因表达作用相反作用的药物，慢性疼痛表现出负相连通性评分。签名映射得分通常显示出乙状结肠分布，其中一部分测试药物对基因表达的疾病表达强烈或相反的影响，分别对应于高度正面或负相关得分。
云，空气中微生物的绿洲 - 元基因组学/ metatranscriptomics分析云和清晰的大气情况 div
细菌细胞和真菌孢子可以在大气中雾化并悬浮几天，暴露于水的限制，氧化和缺乏营养素。使用比较宏基因组学/metatranscriptomics，我们表明云与20种空气中微生物（包括真菌孢子发芽）的20种代谢功能的激活相关。整个现象反映了通过雨水重新吹干土壤中微生物活性的快速恢复，称为“桦木效应”。云滴中的营养资源不足会导致饥荒，使细胞结构可以减轻。云中微生物的代谢活性恢复可能有利于沉积后的表面侵袭，但在云蒸发后也可能有25次妥协进一步的生存。在任何情况下，云都显示为浮动生物活性水生系统。