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用于预测结核分枝杆菌的 TB27 转录组模型
引言世界卫生组织 (WHO) 估计，2023 年全球将有 1080 万人患上结核病 (TB)，120 万人死于该疾病 [1]。药物敏感 (DS) 结核病需要 4 至 6 个月的标准化联合疗法 [2]。对于对利福平和异烟肼产生耐药性的结核病（定义为耐多药 (MDR) 结核病）或单独对利福平耐药的结核病（RR-TB），目前建议大多数受影响患者采用 6 个月的二线抗结核药物联合疗法 [3,4]。无论结核分枝杆菌是否对药物产生耐药性，都应对治疗效果进行监测以确保充分的治疗反应，并评估患者对接触者的传染性 [5,6]。
白纹伊蚊和马来伊蚊中肠转录组对登革热和基孔肯雅病毒的反应
登革热 (DENV) 病毒和基孔肯雅 (CHIKV) 病毒是最常见的虫媒病毒。虽然白纹伊蚊和马来伊蚊主要通过埃及伊蚊叮咬传播，但它们也是有效的媒介，并对虫媒病毒流行病学产生影响。在这里，为了填补我们对次级载体和虫媒病毒之间分子相互作用的理解空白，我们使用转录组学分析了感染后 1 天和 4 天 (dpi) 时白纹伊蚊对 CHIKV 以及马来伊蚊对 CHIKV 和 DENV 的全基因组反应。在白纹伊蚊中，1793 个和 339 个基因分别在 1 dpi 和 4 dpi 时受到 CHIKV 的显著调控。在 A. malayensis 中，在 CHIKV 感染时有 943 个和 222 个基因在 1 dpi 和 4 dpi 时显著受调控，在 DENV 感染时有 74 个和 69 个基因在 4 dpi 时显著受调控。我们报告了 81 个基因在所有 CHIKV 感染条件下持续差异调节，确定了 CHIKV 诱导的特征。我们使用从头组装的 A. malayensis 中肠转录组，确定了两种蚊子中表达的免疫基因，并描述了免疫结构。我们发现 JNK 通路在所有条件下都被激活，将其抗病毒功能推广到伊蚊。我们的全面研究为多种伊蚊媒介传播虫媒病毒提供了见解。
Bionutrients-1：利用基因组学和转录组学评估微生物在长期
1。Zwart SR，Kloeris VL，Perchonok MH，Braby L，Smith SM。在ISS上长期太空飞行后，从太空食品系统中对食品中的养分稳定性进行评估。J食品科学。2009 2。Bionutrients-1：开发长期持续任务的按需营养生产系统Natalie Ball，Hiromi Kagawa，Aditya Hindupur，Kevin Sims。ICES-2020- 119 3。 Hauserman，M.R.，Ferraro，M.J。，Carroll，R.K。等。 通过多摩卡数据分析检测到的太空飞行期间，金黄色葡萄球菌的群体传感和生理学改变了。 NPJ微重力。 2024 4。 Wilson JW，Ott CM，HönerZuBentrup K，Ramamurthy R等。 太空飞行改变了细菌基因的表达和毒力，并揭示了全球调节剂HFQ的作用。 Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 5。 Overbey，例如Saravia-Butler AM，Zhang Z，Rathi KS等。 NASA Genelab RNA-Seq共识管道：短阅读RNA-Seq数据的标准化处理。 Iscience。 2021ICES-2020- 119 3。Hauserman，M.R.，Ferraro，M.J。，Carroll，R.K。等。 通过多摩卡数据分析检测到的太空飞行期间，金黄色葡萄球菌的群体传感和生理学改变了。 NPJ微重力。 2024 4。 Wilson JW，Ott CM，HönerZuBentrup K，Ramamurthy R等。 太空飞行改变了细菌基因的表达和毒力，并揭示了全球调节剂HFQ的作用。 Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 5。 Overbey，例如Saravia-Butler AM，Zhang Z，Rathi KS等。 NASA Genelab RNA-Seq共识管道：短阅读RNA-Seq数据的标准化处理。 Iscience。 2021Hauserman，M.R.，Ferraro，M.J。，Carroll，R.K。等。通过多摩卡数据分析检测到的太空飞行期间，金黄色葡萄球菌的群体传感和生理学改变了。NPJ微重力。2024 4。Wilson JW，Ott CM，HönerZuBentrup K，Ramamurthy R等。 太空飞行改变了细菌基因的表达和毒力，并揭示了全球调节剂HFQ的作用。 Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 5。 Overbey，例如Saravia-Butler AM，Zhang Z，Rathi KS等。 NASA Genelab RNA-Seq共识管道：短阅读RNA-Seq数据的标准化处理。 Iscience。 2021Wilson JW，Ott CM，HönerZuBentrup K，Ramamurthy R等。太空飞行改变了细菌基因的表达和毒力，并揭示了全球调节剂HFQ的作用。Proc Natl Acad Sci U S A.2007 5。Overbey，例如Saravia-Butler AM，Zhang Z，Rathi KS等。NASA Genelab RNA-Seq共识管道：短阅读RNA-Seq数据的标准化处理。Iscience。2021
集成的转录组和代谢组分析...
©作者2025。Open Access本文在创意共享属性下获得许可 - 非商业 - 非洲毒素4.0国际许可证，该许可允许以任何中等或格式的任何非商业用途，共享，分发和复制，只要您与原始作者提供适当的信誉，并为您提供了符合创造性共识许可的链接，并提供了持有货物的启动材料。您没有根据本许可证的许可来共享本文或部分内容的适用材料。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问h t p：//c r e a t i v e c o m m o ns。or g/l i c e n s e s/b y-n c-n c-n c-n d/4。0/。
生长阶段特异性基因的转录组谱图...
肝发育和免疫功能的机制。使用加权基因共表达网络分析（WGCNA），我们分析了10天（n = 3），2个月（n = 10），6个月（n = 6）和10个月（n = 10）hanwoo犊牛的肝样品，以鉴定生长阶段的基因模块。我们确定了与免疫反应，代谢过程和细胞外基质组织有关的重要基因表达模式，尤其是在关键发育阶段。这些发现表明，肝功能的动态转移，尤其是早期的免疫调节，这是由于免疫相关的HUB基因DOCK2的参与而强调的，并且随着犊牛成熟而增强了代谢活性。这些结果有助于了解肝脏特异性发育和
活细胞核凝聚体的平行蛋白质组学和转录组微环境图谱 (μMap)
摘要：细胞活动在空间上由不同的细胞器组织。虽然一些结构已被充分描述，但许多细胞器的作用尚不清楚。分析生物分子组成是理解功能的关键，但在小型动态结构的背景下很难实现。光邻近标记已成为映射这些相互作用网络的强大工具，但在活细胞应用中，最大限度地提高催化剂定位并降低毒性仍然具有挑战性。在这里，我们公开了一种具有最小细胞毒性和脱靶结合的新型细胞内光催化剂，我们利用这种催化剂进行基于 HaloTag 的微环境映射 (μ Map)，以在空间上对活细胞中的亚核凝聚物进行分类。我们还专门开发了一种新的以 RNA 为中心的工作流程 (μ Map-seq)，以实现这些结构的并行转录组学和蛋白质组学分析。在验证了我们的方法的准确性后，我们生成了跨核仁、核层、卡哈尔体、副斑和 PML 体的空间图。这些结果为 RNA 代谢和基因调控提供了潜在的新见解，同时显著扩展了 μ Map 平台，以改进生物系统中的活细胞邻近标记。■ 简介
甲状腺癌进展的综合单细胞和空间转录图鉴定了预后成纤维细胞亚群
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2025年1月9日发布。 https://doi.org/10.1101/2025.01.08.631962 doi：biorxiv preprint
中脑多巴胺神经元的分子和空间转录组分类及其在帕金森氏病的LRRK2G2019S模型中的改变
。cc-by 4.0国际许可（未经Peer Review尚未获得认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2024年12月22日。 https://doi.org/10.1101/2024.06.06.597807 doi：biorxiv preprint
益生菌 Aliivibrio sp. 菌株 Vl2 对 Moritella viscosa 的拮抗机制：来自共培养和转录组分析的证据 Ma
摘要 冬季溃疡是挪威水产养殖业面临的重大挑战，其主要病原体是 Moritella viscosa。由于缺乏有效的疫苗和抗生素的使用有限，控制措施有限，这反映了全球为抗击抗生素耐药性所做的努力。最近有研究表明，益生菌 Aliivibrio spp. 定植于大西洋鲑鱼的皮肤和溃疡中，并与冬季溃疡患病率的降低有关。这些观察结果表明 M. viscosa 和 Aliivibrio spp. 可能在体内溃疡内相互作用。在本研究中，我们使用共培养和 CHSE 细胞培养研究了益生菌 Aliivibrio sp. 菌株 Vl2 如何在体外调节 M. viscosa。我们发现益生菌菌株对 M. viscosa 表现出拮抗作用，降低了其生长和对鲑鱼细胞的致病性。Aliivibrio Vl2 的转录组分析揭示了阻碍竞争病原体生长的潜在机制。总之，我们的研究结果证明了益生菌如何在体外抑制 M. viscosa，并提出了可能解释在现场观察到的冬季溃疡患病率降低的潜在机制。