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根据转录组学与转移性实体肿瘤患者生存期的相关性识别关键预后基因的中心网络枢纽
摘要背景：癌症中失调的通路可能对枢纽依赖。识别这些失调的网络并加以靶向可能会带来新的治疗选择。目标：考虑到中心枢纽与致死率增加相关的假设，识别中心网络中的关键枢纽靶标可能有助于开发出对晚期转移性实体瘤疗效更高的新型药物。设计：探索 WINTHER 试验（N = 101 名患有各种转移性癌症的患者）的转录组数据（22,000 种基因产物），其中肿瘤和正常器官匹配的组织均可用。方法：对转录组中的所有基因进行回顾性计算机模拟分析，以识别肿瘤和正常组织之间表达不同的基因（配对 t 检验），并使用生存分析（Cox 比例风险回归算法）确定它们与生存结果的关联。根据已识别基因的生物学相关性，然后确定中心网络内感兴趣的枢纽靶标。根据这些基因的表达水平对患者进行分组（ K 均值聚类），并检查这些组与生存期的关联（Cox 比例风险回归算法、森林图和 Kaplan-Meier 图）。结果：我们确定了四个关键的中心枢纽基因 - PLOD3、ARHGAP11A、RNF216 和 CDCA8，与类似的正常组织相比，它们在肿瘤组织中的高表达与较差的结果具有最显著的相关性。这种相关性与肿瘤或治疗类型无关。这四种基因的组合显示出最高的显著性和与较差结果的相关性：总体生存率（风险比（95% 置信区间 (CI)）= 10.5（3.43–31.9）p = 9.12E-07 在 Cox 比例风险回归模型中的对数秩检验）。在独立队列中验证了结果。结论：PLOD3、ARHGAP11A、RNF216 和 CDCA8 的表达结合起来可构成一种预后工具，与肿瘤类型和既往治疗无关。这些基因是拦截各种癌症中枢网络的潜在靶点，为新型治疗干预提供了途径。
人脑成年海马神经发生的空间转录组分析
在25年前大约在25年前首次提出了人齿状回（DG）的成年海马神经发生（DG）。1成年人类脑中的成年海马神经起源已得到广泛研究，但主要采用免疫组织化学方法，得出了高度不一致的结论。2–9文献中关于人脑中成年海马神经发生的程度的争议可以归因于广泛的因素，包括大脑标本10-12的差异以及用于鉴定用于鉴定抗体的神经源性细胞类型的免疫组织化学方案，用于识别人类Neuurogense的4,13，该协议识别4,13。11这些差异最终导致了关于成年人类海马中标记的不同神经源细胞免疫的结论。例如，在各种免疫组织化学研究中已广泛使用双核（DCX）抗体来表征
具有工程性病毒样颗粒的活细胞转录组学
隶属关系1美国麻省理工学院和哈佛大学，马萨诸塞州剑桥市02142，美国2哈佛大学卫生科学和技术部，马萨诸塞州马萨诸塞州技术研究所，剑桥，马萨诸塞州剑桥，美国3号，美国3美国血液学/肿瘤科，马萨诸塞州波士顿儿童，马萨诸塞州波士顿儿童0211 5马萨诸塞州马萨诸塞州科技研究所生物工程研究所，马萨诸塞州剑桥市02139，美国6机械工程系，马萨诸塞州马萨诸塞州技术研究所，剑桥，马萨诸塞州02139，美国7助产士研究中心，马萨诸塞州科技研究所，马萨诸塞州，马萨诸塞州，美国马萨诸塞州医学院82139美国92115，美国9号发展和再生生物学计划，哈佛医学院，马萨诸塞州波士顿02115，美国10 Koch综合癌症研究所，马萨诸塞州理工学院，马萨诸塞州剑桥市，马萨诸塞州02139，美国，美国†这些作者为这项工作 *相当贡献。电子邮件：pblainey@broadinstitute.org
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每烷基物质（PFA）是在组织中生物累积的普遍环境污染物，并对人类健康构成风险。越来越多的证据将PFA与神经退行性和行为障碍联系起来，但其对神经元功能的影响的潜在机制在很大程度上尚未探索。在这项研究中，我们利用了分化为神经元样细胞的SH-SY5Y神经母细胞瘤细胞，研究六种PFAS化合物的影响 - 全氟辛基酸（PFOA），全氟二氨基甲硫酸含量8：2荧光素体磺酸盐（8：2 fts）和8：2荧光素体醇（8：2 FTOH） - 神经元健康。在30 µm暴露24小时后，PFA的积累范围为100–7500 ng/mg的蛋白质。转录组分析显示，跨处理（P ADJ <0.05）721个差异表达的基因（DEG），在所有PFAS暴露之间共有11次DEG，表明神经元PFAS毒性的潜在生物标志物。PFOA处理的细胞显示与突触生长和神经功能有关的基因下调，而PFO，PFDS，8：2 fts和8：2 FTOH暴露导致与低氧反应和氨基酸代谢相关的基因上调。脂质组分析进一步表明，PFDA，PFD和8：2 fts的脂肪酸上调显着，并在8：2 FTOH的情况下与三酰基甘油的下调一起。这些发现表明，PFA的神经毒性在结构上依赖性，从而对可能导致PFAS诱导的神经元功能障碍的分子过程提供了见解。
开放访问于2024年10月31日发布，R.，Ryan，Z。等，2024。
摘要帕金森氏病（PD）是全世界第二常见的神经退行性疾病，其特征是运动障碍，包括震颤，显微照片，启动和停止运动，僵硬，便秘，便秘，疲劳，疲劳，厌食，厌食，厌食，肌肉骨骼疼痛，肌肉骨骼疼痛和对临床的无效性和无效性的影响，并丧失无效。许多患有PD的人也会发展痴呆症。疾病的发作通常在生命的第6个十年开始。PD的神经病理学的特征是底本质的多巴胺能神经元逐渐丧失，其在Lewy身体和Lewy神经突的形式下以细胞内积累为标志。虽然多巴胺促进药物是减轻症状的治疗的主要手段，但无法治愈。死亡的主要原因是肺炎，平均预期寿命为14。5年。我们最近报道了细胞骨架微管蛋白基因tuba4a和tubb1与退化性中枢神经系统疾病的模具相关，包括阿尔茨海默氏病，PD和肌萎缩性侧索硬化症（ALS），使用转录诊断对白细胞的表达方式，用于基于nimna的表达：MRNA的表达：MRNA的表达：MRNA的表达：转录组学的使用可以更好地理解介导疾病表达的基因组基础以及神经退行性疾病中基因环境相互作用之间的关系。在一项小型研究中，用已发表的CIRS方案进行治疗纠正了许多症状和三重阳性，从而调节正常基因表达。本文报告了我们对独特的转录组指纹的发现，包括微管蛋白基因，在有症状的PD患者中发现了密集，并且症状较少的年轻患者。分组由簇蛋白（CLU）和一组凝血（COAG）基因表示，称为“三重阳性”，在慢性炎性反应综合征（CIRS）患者的子集中始终发现，与年龄无关，但与至少三个上调的COAG基因的患者无关。该指纹支持PD文献中类似转录组学的报告，但第一个使用市售药物在PD中成功分辨出差异表达的基因的报告。在没有MPTP（MPTP）的有毒化合物的情况下，在50岁以下的CIRS患者中找到三重阳性，而是通过暴露于WDB而引发的，如果在神经退行性变化进行之前开始干预之前，请提高PD神经保护的可能性。虽然已经探索了许多推定的PD原因，但疾病起始和表达的基因组介导的模型已经出现，支持了有关PD的潜在范式转移。我们的工作在与受污染的室内生活空间相关的PD人群中提供了统一的环境互动框架，我们将其称为CIRS-PD。
naltrexone-bupropion组合不影响可卡因自我
胰腺导管腺癌（PDAC）预计将成为2040年（1）年的癌症死亡的第二大原因。在被诊断为局部化的患者（分别为14％和3％）中观察到的生存率明显更高，这强调了早期检测和拦截策略的需求以改善患者的结果（2）。导管内粘液性肿瘤（IPMN）是产生粘蛋白的胰腺囊肿最常见的类别，可以由主要的胰管或一个或多个分支管道引起。IPMN是PDAC的真正的前体病变，〜5-10％的非侵入性囊性病变发展为浸润性腺癌（3,4）。基于异型的程度，IPMN的衬里上皮分为低级（LG）或高级（Hg）发育异常，后者具有更大的进展倾向，即侵入性肿瘤的进展倾向（5）。此外，基于来自其他胃肠道器官的上皮细胞的形态特征和相似之处，IPMN的衬里上皮也已分为胃，肠或胰腺纤维 - 毛线亚型（6）。胃子类型是迄今为止最常见的IPMN亚型，主要是在分支管道内引起的，通常与LG发育不良有关。相比之下，肠道和胰腺珠子亚型的IPMN可以在主管或分支管道中出现，通常对应于Hg IPMN。否则，表征最常见的IPMN类别的放松调节的转录程序，即胃部亚型，主要是一个谜。继续进行辩论，肠道和胰腺细胞亚型的系统发育，一些研究表明，胃IPMN代表了这两种类别的Hg病变（7,8）的共同前体（7,8），而另一些则是胃和胰腺iPMNS的开发物具有9个不同的Intelinal Inteltient（9均与9个不同之处）。识别IPMN上皮内胃分化的驱动因素不仅会促进对这些早期囊性病变的发病机理的见解，而且还将为对HG IPMN进一步发展的分类改变提供基础，并最终伴随着癌症。
小谷子对非生物胁迫的转录组响应
由于气候变化的迅速和有害影响，全球粮食和营养安全正受到干旱、盐碱、寒冷和炎热等非生物胁迫的威胁。小米是一种极具前景的农作物，因其对气候变化和营养食品和饲料日益增长的需求的适应能力，有可能确保全球粮食安全。小米是一种多样化的小种子 C4 禾本科植物，考虑到其对气候变化的持久性和对营养食品和饲料日益增长的需求，在保障世界粮食供应方面具有巨大的潜力。随着通过微阵列和下一代测序获得的基因组信息迅速增加，转录组学促进了对非生物胁迫带来的变化的广泛检查和量化。这规定了一种确定重要基因表达的必要方法。这项技术进步旨在破译支撑分子机制/途径的基因表达模式。其他技术，例如全基因组表达分析（可深入了解控制细胞过程的调控网络）、全基因组位置分析（可阐明转录调控蛋白对基因的控制）和基因组选择，可增强小米育种群体中抗逆性预测的可靠性。本综述通过整理小米中对非生物应激反应特有的差异表达基因 (DEG) 和转录因子 (TF)，强调了转录组学对小米改良的影响，这可以为培育具有气候适应力的品种开辟有利的途径和令人着迷的机会。
meti：通过整合细胞形态和空间转录组学的深度分析肿瘤生态系统
空间转录组学（ST）技术的最新进展为肿瘤微环境（TME）内细胞相互作用提供了宝贵的见解。但是，大多数分析工具都缺乏对组织学特征的考虑，并且依赖于匹配的单细胞RNA测序数据，从而限制了它们在TME研究中的有效性。为了解决这个问题，我们介绍了形态增强的空间转录组分析集成仪（Meti），这是一个端到端框架，绘制癌细胞和TME成分，层状细胞类型和状态，并分析细胞的共同定位。通过整合空间转录组学，细胞形态和策划的基因特征，可以增强我们对组织内部骨骼景观和细胞相互作用的理解。我们评估了从各种肿瘤组织产生的ST数据（包括胃，肺和膀胱癌）以及前态组织中产生的ST数据的性能。我们还对现有的聚类和细胞反卷积工具进行了定量比较，证明了Meti的稳健性和一致的性能。
利用肌萎缩性侧向硬化症的转录学信号鉴定新药物并增强风险预测
a Maurice Wohl Clinical Neuroscience Institute, Department of Basic and Clinical Neuroscience, Institute of Psychiatry, Psychology and Neuroscience, King ' s College London, London, United Kingdom b Wellcome Centre for Human Genetics, Nuffield Department of Medicine, Old Road Campus, University of Oxford, Oxford, United Kingdom c Core Unit Bioinformatics (CUBI), Berlin Institute of Health, Charit ´ e – Universit �柏林柏林，德国柏林D MaxDelbrück分子医学中心在赫尔姆霍尔兹协会，柏林，德国，德国e多发性硬化症和帕金森的组织库，伦敦帝国科学系，伦敦帝国科学系，英国，英国，联合国，结构生物学家实验室。波兰h埃克塞特大学华沙大学化学，英国埃克塞特大学，英国埃克塞特大学I艾伦·图灵研究所，伦敦，英国，英国J Lifearc，Stevenage，英国k k k级生物统计学和健康信息部，精神病学院，心理学和神经科学研究所，伦敦国王伦敦伦敦国王研究所，伦敦国王伦敦和国王研究所。基金会信托基金会和国王学院伦敦，伦敦，英国