图 1:酶动力学模型示意图。蛋白质以橙色矩形表示单体 (M),或一对重叠的绿色圆角矩形表示二聚体 (D)。水平或倾斜箭头上方的物种向右添加/向左移除。垂直箭头右侧的物种向下添加/向上移除。平衡常数 (K) 表示导致更复杂物种的方向,其中 K d 表示二聚化,KI 表示抑制剂结合,KS 表示底物结合。速率常数 k cat 取决于二聚化和配体结合。
图1:酶动力学模型的示意图。蛋白显示为单体(M)的橙色矩形或二聚体(D)的一对重叠的绿色圆形矩形。在水平或倾斜箭头上方的物种被添加向右/移除向左移动。在垂直箭头右侧的物种向下添加/去除。平衡常数(k)是导致更复杂物种的方向前进的,k d用于二聚化,k i用于抑制剂结合,而k s则用于底物结合。速率常数K CAT取决于二聚化和配体结合。
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根据与C242结合的化合物的确切性质抑制或促进结合。这让人联想到以前的工作报告,在P110的RBD中,单个残基的不同突变可以抑制(K227A)或激活(K227E)PI3K活性(6,27)。虽然抑制剂及其在癌症治疗中的可能作用是当前工作的主要重点,但RAS/PI3K相互作用的诱导者也可能具有激活PI3K 45
抑制或促进结合取决于与 C242 结合的化合物的精确性质。这让人想起以前的研究报告,p110 RBD 中单个残基的不同突变可以抑制 (K227A) 或激活 (K227E) PI3K 活性 (6, 27)。虽然抑制剂及其在癌症治疗中的可能作用是当前研究的主要重点,但 RAS/PI3K 相互作用的诱导剂也可能具有激活 PI3K 的临床效用 45
摘要 COVID-19 的病原体 SARS-CoV-2 的基因组复制涉及由非结构蛋白 (nsps) 12、7 和 8 组成的多亚基复制复合物。虽然该复合物的结构已知,但亚基与 RNA 相互作用的动态行为尚不清楚。本文我们报告了一种单分子蛋白诱导荧光增强 (SM-PIFE) 检测方法,以监测重组或共表达的复制复合物与 RNA 之间的结合动力学。在 nsp8-nsp12 混合物中以及在含有所有三种蛋白质的重组混合物中,观察到结合时间按此顺序增加。在后一种情况下记录了不稳定、瞬时和稳定的结合模式,表明复合是动态的,必须先实现正确的构象才能发生稳定的 RNA 结合。值得注意的是,共表达的蛋白质即使在低浓度下也能产生稳定的结合,而重组的蛋白质表现出不稳定的结合,表明与减少的蛋白质的复合效率低下。SM-PIFE 测定法区分了影响蛋白质结合的抑制剂和阻止复制的抑制剂,如苏拉明和瑞德西韦分别证明的那样。数据揭示了结合寿命/亲和力与蛋白质活性之间的相关性,并强调了共表达与重组混合物之间的差异,表明存在可能无法发展为有效结合的捕获构象。简介
Tyrobp TMD在膜上旋转蓝色。从T18和T25控制质粒获得的颜色背景来自偶然的细胞质结合。b)与空质粒相比,相对强度的中值,四分位数和范围值。在不同配置下对X-GAL滴的半定量分析(T18/T25 N = 99; ZIP :: T18/ZIP :: T25 N = 81; TREM2TMD :: T18/Tyrobp TMD :: T25 :: T25 N = 57)。25
标题 真核核糖体中药物结合残基的天然变异 作者 Lewis I. Chan 1,& 、Chinenye L. Ekemezie 1,& 、Karla Helena-Bueno 1 、Charlotte R. Brown 1 、Tom A. Williams 2,* Sergey V. Melnikov 1,* 附属机构 1 纽卡斯尔大学生物科学研究所,英国泰恩河畔纽卡斯尔,NE2 4HH 2 布里斯托尔大学生物科学学院,英国布里斯托尔,BS8 1TQ & 贡献相同 通讯 * 通讯地址:tom.a.williams@bristol.ac.uk 和 sergey.melnikov@newcastle.ac.uk 摘要 针对真核核糖体的药物作为研究工具和针对癌症、真菌和其他致病性的潜在疗法正变得越来越重要真核生物。然而,由于缺乏比较研究,我们目前不知道有多少真核生物拥有与人类相同的核糖体药物结合位点,以及有多少与人类有显著差异。目前,这种知识上的差距因真核生物基因组中存在假基因而加剧,由于我们无法区分真正的突变、假基因和测序伪影,使得这些比较分析具有挑战性。在本研究中,我们通过使用一种利用物种间进化关系的新方法解决了这个问题。使用这种方法,我们确定了 8,563 种代表性真核生物中 58 种核糖体药物结合残基的序列变体,追溯了这些变异的进化历史,从 20 亿年前真核生物的出现到它们随后分化成不同的谱系。出乎意料的是,我们发现酵母和人类(通常用作研究核糖体/药物相互作用的模型真核生物)与大多数其他真核生物不同,因为 rRNA 替换主要发生在动物和真菌中,但在大多数其他真核生物中不存在。此外,我们证明了以前在常见病原体利什曼原虫和疟原虫中发现的结构变异,这些变异被视为少数真核生物物种所特有的,但实际上为大量真核生物所共有。值得注意的是,一些真核生物谱系的核糖体药物结合位点与人类的差异比人类与细菌的差异更大。总体而言,我们的研究提供了真核生物核糖体药物结合位点进化的最完整概述(在单个物种、单个残基和单个药物的水平上),确定了与人类相比具有结构不同的核糖体药物结合位点的真核生物谱系。这些发现为利用核糖体靶向药物作为研究工具和开发针对真核寄生虫的谱系特异性抑制剂开辟了新的途径。
摘要 H-铁蛋白 (HFn) 纳米载体正成为一种有前途的肿瘤诊断和治疗平台,它可以通过结合转铁蛋白受体 1 (TfR1) 特异性靶向肿瘤细胞。这促使我们研究 TfR1 在 GC 中的治疗功能。采用基于磁-HFn 纳米粒子的免疫组织化学方法评估了 178 个 GC 组织中 TfR1 的临床意义。在 TfR1 阳性 GC 患者来源的异种移植 (GC-PDX) 模型上评估了载阿霉素的 HFn 纳米载体 (HFn-Dox) 的治疗效果。通过体外和体内试验研究了 TfR1 的生物学功能。TfR1 在 GC 组织中上调 (73.03%),并与患者结果呈负相关。 TfR1 阴性分选细胞表现出肿瘤起始特征,这增强了肿瘤形成和迁移/侵袭,而 TfR1 阳性分选细胞表现出显著的增殖能力。GC 细胞中 TfR1 的敲除也增强了细胞侵袭。当受到 IFN-γ 处理时,TfR1 缺陷细胞通过上调 PD-L1 、 CXCL9 和 CXCL10 表现出免疫逃逸。Western blot 结果表明,TfR1 敲除 GC 细胞上调了 Akt 和 STAT3 信号传导。此外,在 TfR1 阳性 GC-PDX 模型中,与游离 Dox 组相比,HFn-Dox 组显著抑制了肿瘤生长,并提高了小鼠的存活率。 TfR1 可能是 GC 的潜在预后和治疗生物标志物:(i) TfR1 与患者结果呈负相关,其阴性细胞具有肿瘤侵袭性特征;(ii) TfR1 阳性细胞可被 HFn 药物纳米载体杀死。鉴于 GC 的异质性,HFn 药物纳米载体与其他针对 TfR1 阴性细胞的疗法(如小分子或免疫疗法)相结合将成为 GC 治疗的新选择。
摘要 H-铁蛋白 (HFn) 纳米载体正成为一种有前途的肿瘤诊断和治疗平台,它可以通过结合转铁蛋白受体 1 (TfR1) 特异性靶向肿瘤细胞。这促使我们研究 TfR1 在 GC 中的治疗功能。采用基于磁-HFn 纳米粒子的免疫组织化学方法评估了 178 个 GC 组织中 TfR1 的临床意义。在 TfR1 阳性 GC 患者来源的异种移植 (GC-PDX) 模型上评估了载阿霉素的 HFn 纳米载体 (HFn-Dox) 的治疗效果。通过体外和体内试验研究了 TfR1 的生物学功能。TfR1 在 GC 组织中上调 (73.03%),并与患者结果呈负相关。 TfR1 阴性分选细胞表现出肿瘤起始特征,这增强了肿瘤形成和迁移/侵袭,而 TfR1 阳性分选细胞表现出显著的增殖能力。GC 细胞中 TfR1 的敲除也增强了细胞侵袭。当受到 IFN-γ 处理时,TfR1 缺陷细胞通过上调 PD-L1 、 CXCL9 和 CXCL10 表现出免疫逃逸。Western blot 结果表明,TfR1 敲除 GC 细胞上调了 Akt 和 STAT3 信号传导。此外,在 TfR1 阳性 GC-PDX 模型中,与游离 Dox 组相比,HFn-Dox 组显著抑制了肿瘤生长,并提高了小鼠的存活率。 TfR1 可能是 GC 的潜在预后和治疗生物标志物:(i) TfR1 与患者结果呈负相关,其阴性细胞具有肿瘤侵袭性特征;(ii) TfR1 阳性细胞可被 HFn 药物纳米载体杀死。鉴于 GC 的异质性,HFn 药物纳米载体与其他针对 TfR1 阴性细胞的疗法(如小分子或免疫疗法)相结合将成为 GC 治疗的新选择。