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棉叶卷曲疾病抑制的微生物群移植⠎核心微生物组和转录组动力学
微生物群移植是管理植物性疾病的强大工具。这项研究研究了微生物群移植对棉叶毛皮疾病（CLCUD）抗性的影响，该物种长度良好，但对生物胁迫的敏感性很高。分析了抗clcud抗性物种gossypium arboreum的v3-v4 16S rRNA基因扩增子，来自根际和腓骨层的微生物馏分以及易感棉花品种。已经确定了与疾病抗性相关的独特细菌分类群。进行了种间和种内微生物群移植，然后进行CLCUD发病率分析。可以看出，从G. arboreum fdh228中移植的根际微生物群体显着抑制了G. hirsutum品种中的Clcud，表现优于外源水杨酸的施用。虽然浮游移植也降低了疾病的发生，但它们的效率不如根际移植。差异表达分析DESEQ2用于识别与Clcud抑制相关的关键细菌属，包括pseudoxanthomonas和stenotrophomonas在G. arboreum fdh228的根际中。功能途径分析揭示了耐受物种中应力反应和代谢的上调。转录组学揭示了与蛋白质磷酸化和种间根际微生物群移植中有关的基因上调。这项研究强调了微生物群移植是一种可持续的方法，用于控制CLCUD以及有助于Clcud耐药性的特定微生物和遗传机制。
算法，专家还是两者？评估特征选择方法对用户偏好和Reliance
sof umer洞穴是一个未开发的极端环境，可容纳新型微生物和潜在的遗传资源。来自洞穴的微生物组已被遗传适应以产生各种生物活性代谢产物，使它们能够生存并耐受苛刻的结合。然而，尚未探索Sof umer Cave微生物中与生物合成相关的基因簇标志。因此，使用高通量shot弹枪测序来探索sof umer Cave的微生物组中与生物合成相关的基因簇（BGC）。Geneall DNA土壤迷你试剂盒用于从均质样品中提取高分子量DNA，并使用Novaseq PE150对纯化的DNA进行测序。根据微-RN数据库，乌默洞穴中最常见的微生物属是原细菌，静脉细菌，verrucomicrobobiota和蓝细菌。对与生物合成相关的基因簇进行了注释并分类，并使用抗石和NAPDOS1预先对BGC进行预令。确定了编码广泛的二级代谢物的BGC的460个推定区域，包括RIPP（47.82％），萜烯（19.57％），NRPS（13.04％），杂种（2.18％）和其他新的注释（10.87％）com punds。此外，NAPDOS管道还从链霉菌素的链霉菌素（链霉菌素基因肌链霉菌素）中鉴定出钙依赖性的抗生素基因簇，来自链霉菌Chrysomallus的放线菌素基因簇和来自链霉菌链霉菌的博霉素基因簇。这些发现突出了Sof Umer Cave微生物组的未开发的生物合成潜力，以及其发现天然产物的潜力。
肠道微生物组在骨科中的作用
靶向微生物组的疗法的进步，包括益生菌，益生元和粪便微生物移植，为骨科护理提供了令人兴奋的可能性。益生菌，在发酵食品中发现的生物有益微生物，例如酸奶，开菲尔，酸菜，泡菜，泡菜和奶酪，有助于维持健康的肠道微生物组。益生元和富含纤维的食物，例如洋葱，大蒜和全谷物，滋养这些细菌，以支持其生长和活性。，这些疗法共同调节肠道健康，促进免疫弹性，降低感染风险并加速愈合 - 骨科结局的关键因素[1，2]。肠道微生物组是微生物的多样化生态系统，在维持整体健康方面起着关键作用[3]。超越消化，它会影响免疫调节，炎症控制和肌肉骨骼健康[4]。肠道健康显着影响骨科结局，包括感染控制，骨骼愈合和维持骨密度。这个生态系统中的不平衡，称为营养不良，可以损害恢复并增加感染风险[5]。通过饮食修饰，益生菌或益生元来支持肠道健康有可能提高患者预后[6]。
微生物组组成是兔子寿命的潜在预测因子
抽象的背景寿命和韧性是更可持续的牲畜生产的两个基本特征。这些特征密切相关，因为弹性动物往往具有更长的寿命。兔子寿命增加的有趣标准可能基于其肠道微生物组提供的信息。肠道微生物组对于调节健康并在免疫系统的发展中起着至关重要的作用。这项研究的目的是研究具有不同寿命的动物是否具有不同的微生物特征。我们从95的软粪便中测序了16S rRNA基因。首先，我们比较了两条具有不同寿命的母兔线。根据寿命标准建立的标准寿命母系线（A）和母系线（LP）：女性的小型女性为25个奇偶族，平均每平等的平均多产量为9或更多。第二，我们比较了来自LP的两组动物的肠道微生物群，其寿命不同：死亡/被两个或以下的均等（LLP）和超过15个平等（HLP）（HLP）的女性淘汰。在线A和LP之间观察到了α和β多样性的结果差异，而部分最小二平方判别分析（PLS-DA）显示了对动物的高预测准确性（> 91％），以划分为Ver-SUS LP（146 Amplicon序列变体（ASV））。PLS-DA还显示出很高的预测准确性（> 94％）将动物分类为LLP和HLP组（53 ASV）。有趣的是，PLS-DA中确定的一些最重要的分类单元与这两种比较（Akkermansia，Christensenellaceae R-7，未培养的Eubactereae等）共有，据报道与弹性和寿命有关。结论我们的结果表明，第一个平等肠道微生物组的轮廓在两个兔子母系线（A和LP）之间有所不同，并且在较小程度上，在具有不同寿命（LLP和HLP）的LP动物之间有所不同。几个属能够将动物与具有不同寿命不同的两条线和动物区分开，这表明肠道微生物组可以用作寿命的预测因素，也可以用作这些性状的选择标准。
微生物组工程
厌氧消化（AD）是将富含碳的生物量（包括木质纤维素废物）转化为能量（富含甲烷的沼气）和增值产品（例如生物肥料）的最先进的技术。富含甲烷的沼气可以通过称为生物甲基化的过程进一步升级为天然气质量。木质纤维素降解。木质纤维素是植物生物量的主要结构成分，但是由于其顽固性，这种天然物质的很大一部分被浪费了。该小组的特征是来自生物质富裕栖息地的微生物群落，目的是进一步使其用于工业应用的木质纤维素分解能力。土壤微生物组。土壤微生物组重生主要是细菌，古细菌，病毒，真菌，生物和其他小真核生物，例如硅藻。土壤微生物通过分解土壤有机物并转化重要的养分来确定农业生态系统的生产率，从而在碳和养分循环中起关键作用。此外，尽管它们在粮食安全和气候变化中的重要性，但大多数土壤微生物在很大程度上都没有表征。废水处理和去除污染物，重点是生物学过程（例如有氧颗粒状污泥反应器）或通过吸附或膜操作去除顽固化合物。
特刊 - 益生元，益生菌和肠道微生物组...
“微生物”将非常小的思想与不断发展的生物体的思想融合在一起，是微生物学学科的统一原理。Our journal recognizes the broadly diverse yet connected nature of microorganisms and provides an advanced publishing forum for original articles from scientists involved in high-quality basic and applied research on any prokaryotic or eukaryotic microorganism, and for research on the ecology, genomics and evolution of microbial communities as well as that exploring cultured microorganisms in the laboratory.
特刊 - 微生物组影响的基因组分析...
我们很高兴地宣布一个有关“微生物组对人类疾病的影响”主题的特殊问题，该问题旨在为研究人员提供一个平台，以提出其在微生物组的基因组分析领域的最新发现和进步，及其对人类健康和疾病的深远影响。人类微生物组在维持人类健康中起着至关重要的作用，并且与各种疾病的发展有关。基因组分析技术的最新进步已彻底改变了我们研究微生物组与人类疾病之间复杂关系的能力。本期特刊将着重于基因组分析工具的应用，包括宏基因组学，元文字组学和元蛋白质组学，以揭示微生物组的遗传和功能多样性及其对人类健康和疾病的影响。我们期待您对这一特殊问题的宝贵贡献，并相信其页面中共享的集体知识将极大地有助于我们对微生物组的基因组分析及其对人类健康和疾病的影响。
驯化植物会影响其微生物组，研究发现
概念模型说明了如何通过驯化的植物表型来利用对植物细菌群落的驯化作用在这项研究中利用的，我们发现了在驯化和细菌群落层次变化期间选择的植物特征之间统计关系的证据。基于本研究中测得的植物特征，与野生对应物相比，驯化的植物具有较低的表型多样性和相似的手段。因此，我们可以预期，驯化植物中细菌群落组成的差异比野生植物中的差异要弱。我们报告了支持这一假设的三层证据。首先，适合每个SV的广义线性模型的总体AIC表明，使用植物特征作为解释变量在统计学上比使用定性解释变量（生物状态）更好。第二，高斯副群模型证实了AIC分数的结果，除了Lunatus，实际上，野生和驯化植物之间的表型差异比P. vulgaris弱。最后，随机森林分类器提供了由驯化过程产生的微生物特征的证据，该过程与驯化事件无关。信用：当前的生物学（2024）。doi：10.1016/j.cub.2023.12.056
特刊 - 健康中的阴道微生物组...
阴道微生物相关的研究探索了驻留在阴道道中的微生物的复杂生态系统及其对妇女健康的影响。由于阴道微生物群在防止感染，维持阴道健康及其与各种妇科和产科结果的潜在联系中所发挥的重要作用，因此该领域引起了重大关注。健康的阴道微生物组中的主要细菌是乳酸杆菌，它们产生乳酸以保持低pH值，从而为致病细菌创造了一个不大的环境。这种平衡中的破坏（称为营养不良）会导致诸如细菌性阴道病的疾病，这与性传播感染的风险增加有关，骨盆炎性疾病和不良怀孕结果（例如早产）。本期特刊将重点介绍有关阴道菌群对妇科和产科条件的影响的最新研究，探索其发病机理和潜在的治疗方法。