缩写:AEA,平均环境轴; ASI,花的时间间隔; ATC,平均测试仪坐标; DA,天数为50%; DS,天数达到50%; Easp,耳朵方面; EHT,耳朵高; EPP,每植物的耳朵; ESP1,种植后8周的Striga出现; ESP2,种植后10周的Striga出现; GCA,一般组合能力; GCA F,一般组合女性效应的能力; GCA M,一般结合男性效应的能力; GGE,基因型主要效应以及基因型X环境相互作用; IITA,国际热带农业研究所; NCD II,北卡罗来纳州设计II; PASP,植物方面; PC,主组件; PLHT,植物高度; PVA-QPM,普罗维生胺A质量蛋白玉米; QPM,质量蛋白质玉米; SCA,特定的组合能力; SDR1,Striga(宿主)种植后8周的损伤等级;种植后10周的SDR2,Striga(宿主)损伤等级; SSA,撒哈拉以南非洲; WAP,种植几周后; WCA,西部和中非。
肉牛无法维持足月妊娠已成为牛肉行业的一个经济问题。畜群管理和营养改善减轻了环境对胚胎和胎儿损失的影响,但通过基因组选择还可以获得额外的收益。本研究的目的是确定杂交肉牛小母牛中与怀孕所需交配次数 (TBRD) 和小母牛首次交配受孕率 (HCR1) 相关的基因座和基因集。来自商业肉牛场的小母牛 (n = 709) 经过一轮人工授精,然后与公牛自然交配 50 天。在繁殖季节后 35 天通过超声波确定怀孕和受孕时间。使用 GeneSeek (Lin-coln, NE) Bovine GGP50K BeadChip 对小母牛进行基因分型,然后使用 EIGENSTRAT 类模型进行全基因组关联分析 (GWAA),以确定与 TBRD 和 HCR1 相关的基因座 (P < 1 × 10 − 5)。一个基因座与 BTA19 上的 TBRD 相关 (P = 8.97 × 10 − 6),包括位置候选基因 ASIC2(该基因在生育力分类小母牛的子宫内膜中存在差异表达)和位置候选基因 SPACA3。使用 SNP(GSEA-SNP)数据进行基因集富集分析,并确定了一个基因集,即氧化还原酶活性,作用于配对供体,通过 TBRD 富集(NES = 3.15)分子氧的掺入或还原,并包含九个有助于基因集富集的前沿基因。富集的基因集参与催化氧化还原反应,这与影响妊娠成功的氧化应激源有关。没有与 HCR1 相关的基因座或富集的基因集。识别富集生育力的基因座、位置候选基因、基因集和前沿基因有助于基因组选择,使生产者能够选择繁殖能力优良的牛,降低与不育相关的成本,并增加小牛产量百分比。
1 0101.21.00 - - 纯种种畜 Sch-A 0 0 2 0101.29.00 - - 其他 Sch-A 0 0 3 0101.30.10 - - 纯种种畜 Sch-A 0 0 4 0101.30.90 - - 其他 Sch-A 0 0 5 0101.90.00 - 其他 Sch-A 0 0 6 0102.21.00 - - 纯种种畜 Sch-A 0 0 7 0102.29.11 - - - - 牛 Sch-D(SL) 3 3 8 0102.29.19 - - - - 其他 Sch-D(SL) 3 3 9 0102.29.90 - - - 其他 Sch-D(SL) 3 3 10 0102.31.00 - - 纯种种畜 Sch-A 0 0 11 0102.39.00 - - 其他 Sch-D(SL) 3 3 12 0102.90.10 - - 纯种种畜 Sch-A 0 0 13 0102.90.90 - - 其他 Sch-D(SL) 3 3 14 0103.10.00 - 纯种种畜 Sch-A 0 0 15 0103.91.00 - - 体重少于 50 公斤 Sch-D(SL) 3 3 16 0103.92.00 - - 体重为 50 公斤或以上 Sch-D(SL) 5 5 17 0104.10.10 - - 纯种种畜 Sch-A 0 0 18 0104.10.90 - - 其他 Sch-A 0 0 19 0104.20.10 - - 纯种种畜 Sch-A 0 0 20 0104.20.90 - - 其他 Sch-A 0 0 21 0105.11.10 - - - 种禽 Sch-D(SL) 5 5 22 0105.11.90 - - - 其他 Sch-D(SL) 5 5 23 0105.12.10 - - - 种火鸡 Sch-D(SL) 5 5
195 0302.73.00 - - 鲤鱼(鲤鱼属、鲫鱼属、草鱼属、鲫鱼属、卷鱼属、青鱼属、喀拉鱼属、鲫鱼属、哈氏骨鱼、鲂鱼属、鲂鱼属) )