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与Hybrid de Bruijn代码的高静态自由空间量子通信的时机和同步
抽象的基于卫星 - 长距离 - 无距离 - 空间量子密钥分布有可能实现全球量子安全通信网络。检测从空间发送的微弱量子光脉冲需要高度准确且健壮的经典计时系统才能从噪声中挑出信号，并允许对发送和接收的钥匙位进行对帐。对于这种高损耗应用，提出了基于DE Bruijn序列的断层 - 耐受性同步信号编码和解码方案。在实验室条件下测试了代表性的同步时间系统，并且即使在高损失下，它也证明了误差校正算法的高容差。还讨论了该解决方案的性能限制，并分析了方案和估计的计算开销的最大误差耐受性，从而可以在实际的时间系统上实现 - 芯片上实现。该解决方案不仅可以用于同步高损耗通道，例如卫星和地面站之间的通道，而且还可以扩展到具有低损耗，较高误差率的应用，而且需要可靠的同步，例如量子和非量子通信在地面上的自由行空间或光纤空间上。
引用Bouwman，P.，Heijden，I。van der，Gulden，H。van der，Bruijn，R。de，Braspenning，M。E.，Moghadasi，S.，…Jonkers，J。（2020）。功能性CATE
摘要◥目的：因为BRCA1是一种高风险的乳腺/卵巢癌敏感性基因，所以不确定的临床意义（VUS）的BRCA1序列变体使遗传咨询变得复杂。大多数VU是罕见的，可靠的基于临床和遗传数据的分类。然而，所有病原BRCA1变体都分析了有缺陷的同源重组DNA修复（HRR）。因此，BRCA1 VU可以根据其对该途径的功能影响进行分类。Experimental Design: Two hundred thirty-eight BRCA1 VUS — comprising most BRCA1 VUS known in the Netherlands and Belgium — were tested for their ability to complement Brca1- de fi - cient mouse embryonic stem cells in HRR, using cisplatin and olaparib sensitivity assays and a direct repeat GFP (DR-GFP) HRR assay.使用25个已知良性和25个已知
审查国际证据关于摄取Covid-19疫苗的信念和意图的证据
3 Anderson，R。M.，Vegvari，C.，Truscott，J。，＆Collyer，B。S.（2020）。 通过大规模疫苗接种对SARS-COV-2感染产生牛群的挑战。 柳叶刀，396（10263），1614-1616。 4 Bish，A.，Yardley，L.，Nicoll，A。，＆Michie，S。（2011）。 与对大流行性流感的疫苗接种相关的因素：系统评价。 疫苗，29（38），6472-6484。 Rhodes，R。E.和De Bruijn，G。J. （2013）。 体育锻炼意图 - 差距有多大？ 使用动作控制框架进行元分析。 英国健康心理学杂志，18（2），296-309。 Schmid，P.，Rauber，D.，Betsch，C.，Lidolt，G。，＆Denker，M。L.（2017）。 流感疫苗接种意图和行为的障碍 - 流感疫苗犹豫的系统评价，2005- 2016年。 PLOS ONE，12（1），E0170550。3 Anderson，R。M.，Vegvari，C.，Truscott，J。，＆Collyer，B。S.（2020）。通过大规模疫苗接种对SARS-COV-2感染产生牛群的挑战。柳叶刀，396（10263），1614-1616。4 Bish，A.，Yardley，L.，Nicoll，A。，＆Michie，S。（2011）。与对大流行性流感的疫苗接种相关的因素：系统评价。疫苗，29（38），6472-6484。Rhodes，R。E.和De Bruijn，G。J.（2013）。体育锻炼意图 - 差距有多大？使用动作控制框架进行元分析。英国健康心理学杂志，18（2），296-309。Schmid，P.，Rauber，D.，Betsch，C.，Lidolt，G。，＆Denker，M。L.（2017）。流感疫苗接种意图和行为的障碍 - 流感疫苗犹豫的系统评价，2005- 2016年。PLOS ONE，12（1），E0170550。
非二进制字母上的可定向序列
本文涉及到有限序列的周期性序列，其元素是从有限字母的属性中绘制出的，该特性对于正整数n（阶）（阶）的任何子序列（n-元组）的任何子序列仅在一个时期出现一次。此类序列的一个重要的极端类是de bruijn序列 - 例如，请参见[10，20]。这些序列有时被称为移位寄存器序列（请参见Golomb，[12]），已经进行了广泛的研究，并具有一系列应用，包括在编码和加密中。这里特定相关性的一种应用是位置位置。这涉及将这样一个序列编码到线性表面上，该序列仅通过检查序列的连续n个连续条目就可以在表面上的任何位置进行编码（例如，参见burns和Mitchell [4，5]和Petriu [18]）。有关位置序列使用序列的最新工作包括B Chris J. Mitchell me@chrismitchell.net
早期预警、早期行动的实践 - Government.nl
如果没有荷兰外交部和国防部的资金支持，本报告不可能完成。作者感谢本研究的参与者，他们愿意在圆桌会议期间分享他们对非洲各国脆弱性的看法。特别感谢 Melle Brinkman、Thiery van der Horst、Meike de Goede（外交部）以及 Sonja van der Meer、Arend Krijger、Rob Sinterniklaas 和 Judith van den Boogert（国防部），感谢他们在执行本项目期间的积极参与和支持。特别感谢项目团队，没有他们，这个项目就不可能实现：Kars de Bruijne、Adaja Stoetman、Kenneth Lansoen、Peter Haasbroek、Guido Lanfranchi、Kendra Parry、Nils de Mooij、Andrew Lebovich (Clingendael) 和 Liesl Louw-Vaudran (安全研究所)，以及 Harmen van der Veer、Aniek de Bruijn 和 Jeroen de Groot（DatalabFabriek）。最后，作者感谢两国部委地区部门的观察员参加圆桌会议。
索引所有人生的已知生物序列
（‡等等贡献。∗应向谁解决。）9公共存储库中可用的生物测序数据量正在成倍增长，形成了10个宝贵的生物医学研究资源。然而，使其在11种生活和数据科学中的研究人员可以访问且易于访问是一个未解决的问题。在这项工作中，我们利用了最近开发的，非常有效的12个数据结构和算法来表示序列集。我们在所有13个生命的进化枝中制作了DNA序列的石柄，包括病毒，细菌，真菌，植物，动物和人类，都可以完全搜索。我们的索引可供研究社区免费使用。在单个消费者硬盘驱动器（≈100USD）上，输入序列（最多15 5800×）的高度压缩表示形式，使使用可使用的有价值的资源成本效益和16个易于运输。我们提出了一种基本的方法论框架，称为Metagraph，该框架使我们使用注释的DE Bruijn图可缩减索引非常大的DNA或蛋白质序列。我们证明了18个可行性，即索引现有的测序数据的全部范围，并提出新的方法，以实现高效和成本-19有效的全文搜索，按点数为0.10美元，每个查询的MPB $ 0.10。我们探索了几个实际用例20，以挖掘现有的档案，以进行有趣的关联，并证明了我们对综合21分析的索引的实用性。22
失败的零强迫和定向图上的关键集
摘要让D为简单的Digraph（有向图），带有顶点s v（d）和弧集a（d），其中n = | v（d）| ，每个弧都是有序的一对不同的顶点。如果（v，u）∈A（d），则u被视为d中V的邻居。最初，我们将每个顶点指定为已填写或为空。然后，应用以下颜色更改规则（CCR）：如果一个填充的顶点V具有一个空的邻居U，则U将被填写。如果V（d）中的所有顶点最终都在CCR的重复应用下填写，则初始集合称为零强迫集（ZFS）；如果不是，那是失败的零强迫集（FZFS）。我们在Digraph上介绍了零强迫f（d），这是任何FZF的最大基数。零强制数z（d）是任何ZF的最小基数。我们表征具有f（d） 我们还用f（d）= n -1，f（d）= n -2和f（d）= 0表征挖掘，这导致了任何顶点是ZFS的挖掘物的表征。 最后，我们表明，对于任何整数n≥3和具有k我们还用f（d）= n -1，f（d）= n -2和f（d）= 0表征挖掘，这导致了任何顶点是ZFS的挖掘物的表征。最后，我们表明，对于任何整数n≥3和具有k
坏死性到凋亡信号轴是炎症性肠病的基础
摘要。在测序相似序列的混合物时，重建单倍型很重要。长阅读测序可以将遥远的等位基因连接到分解类似的单倍型，但是处理误差需要专门的技术。我们提出了Devider，这是一种用于单倍序列（例如病毒或基因）的算法。Devider使用在信息性等位基因的字母表上使用序列到图形对准的位置de bruijn图，以提供与各种长阅读测序技术兼容的快速组装启发的方法。在包含七个HIV菌株的合成纳米孔数据集上，Devider恢复了97％的单倍型内容的97％，即下一个最佳方法的86％，同时服用<4分钟和1 GB的存储器，以> 8000×覆盖范围。基准对抗微生物耐药性（AMR）基因的合成混合物的基准测试表明，分离器恢复了83％的单倍型，比下一个最佳方法高23个百分点。在实际PACBIO和NANOPORE数据集上，Devider在几秒钟内概括了先前已知的结果，从而消除了具有> 10个菌株的细菌群落和HIV-1共感染数据集。我们使用Devider来研究富含AMR基因的长读牛肠元素的宿主内多样性，发现TET（Q）Tetracycline抗性基因具有13种不同的单倍型，具有> 18，000倍覆盖量和6个单倍型的cfxa2 beta-beta-beta-lacta-lacta-lacta-lacta抗体基因。我们发现了这些AMR基因单倍型的清晰重组块，展示了Devider揭示异质混合物生态信号的能力。
卡尔·皮乔塔
2024 Justin Jee * , Christopher Fong * , Karl Pichotta * , Thinh Ngoc Tran * , Anisha Luthra * , Michele Waters, Chenlian Fu, Mirella Altoe, Si-Yang Liu, Steven B Maron, Mehnaj Ahmed, Susie Kim, Mono Pirun, Walid K de Brula, Jamie Artika, Ben-Kin, Artika s, Brooke Mastrogiacomo, Tyler J Aprati, David Liu, JianJiong Gao, Marzia Capelletti, Kelly Pekala, Lisa Loudon, Maria Perry, Chaitanya Bandlamudi, Mark Donoghue, Baby Anusha Satravada, Axel Martin, Ronglai Shen, Yuan Chen, A Rose Brannon, Jason Braun, Lion, Anton, Sorton, Anton m, Pablo Sanchez- Vela, Clare Wilhelm, Mark Robson, Howard Scher, Marc Ladanyi, Jorge S Reis-Filho, David B Solit, David R Jones, Daniel Gomez, Helena Yu, Debyani Chakravarty, Rona Yaeger, Wassim Abida, Wungki Park, Eileen M O'Reilly, Julio-Aguilar, Nicholas-V, Sanchez-V. Zhang, Peter D Stetson, Ross Levine, Charles M Rudin, Michael F Berger, Sohrab P Shah, Deborah Schrag, Pedram Razavi, Kenneth L Kehl, Bob T Li, Gregory J Riely, Nikolaus Schultz.自动化的真实世界数据集成改善了癌症结果预测。自然 。 2024年。
关于从头桥接配对 - 末端RNA-seq数据-NSF-PAR
高通量的短读RNA-seq协议通常会产生成对的末端读数，其中片段的中部未延迟。我们探索是否可以在没有参考基因组的情况下从测序的两个末端重建全长片段，这是我们称为从头桥接的问题。解决此问题提供了更长，更具信息性的RNA-seq读取，并有益于下游RNA-Seq分析，例如转录本组装，表达量化和拼接不同分析。然而，由于替代剪接，成绩单噪声和测序错误，从头桥接是一项挑战且复杂的任务。尚不清楚数据是否为准确的桥接提供了SU CIENT信息，更不用说确定真正桥梁的E CIENT算法了。方法已被提出在存在参考基因组（称为基于参考的桥接）的情况下桥接成对的末端读取，但是由于后者使用的基础组合de Bruijn图（CDBG），算法远离从头桥接的缩放范围，后者通常包含数百万个角色和Edges和Edges和Edges和Edges。我们为此问题设计了一种新的截断的Dijk- Stra的算法，并提出了一种新型算法，该算法将最短的路径树重复使用，以避免从scratch中运行所有顶点的截断的di-jkstra的算法，以进一步加速。这些创新技术会产生可扩展的算法，这些算法可以在CDBG中桥接所有配对端的读数，并具有数百万个顶点。我们的实验表明，成对的RNA-seq读数可以在很大程度上准确地桥接。所得工具可在https://github.com/shao-group/rnabridge-denovo上免费获得。