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肺微生物组和基因表达签名区分小儿造血细胞移植候选
基线肺功能受损与小儿同种异体造血细胞转移（HCT）后的死亡率有关，但对表征预处理肺部功能的分子途径的了解有限，从而阻碍了肺部靶向的干预措施的发展。在这项研究中，我们量化了支气管肺泡灌洗（BAL）元转录组和配对的肺功能测试之间的关联，在荷兰的104名儿童的同种异体HCT之前进行了1至2周的甲麦中。异常的肺功能记录在一半以上的队列中，最常见的是限制和扩散受损，并且与HCT后全因和肺部损伤相关的死亡率都相关。在BAL微生物组中，共生型超块状类群（例如嗜血杆菌）的耗尽，例如嗜血杆菌和鼻和皮肤分类群（例如葡萄球菌），与肺活量和气体扩散的量度较差有关。此外，牙槽上皮激活，上皮 - 间质转变和下调免疫的BAL基因表达标志与肺活量受损和扩散有关，这表明后炎后纤维化反应。BAL中微生物耗竭和异常上皮基因表达的检测增强了HCT肺功能测试的预后效用，以实现HCT后死亡率的结果。这些发现表明，在HCT肺部功能障碍的发病机理中，微生物组耗竭，肺泡损伤和肺纤维化之间存在潜在可行的联系。
使用免疫信息学方法设计针对 SARS-CoV-2 的多表位肽候选疫苗
摘要 简介：目前，新型冠状病毒感染的肺炎病例数仅略有下降，已成为一项重大的公共卫生挑战。我们仍在鼓励开发针对该病毒的有效疫苗，例如从 SARS-CoV-2 的成分（包括其刺突、核衣壳和 ORF1a 蛋白）设计的多表位疫苗。由于添加包括 HABA 蛋白和 L7/L12 核糖体在内的佐剂被认为有助于提高所设计疫苗的有效性，我们建议通过两种不同的佐剂设计多表位疫苗。方法：我们使用 IEDB 服务器预测使用 VaxiJen、AllPred 和 IL-10 Prediction 等在线工具表征的 BCL 和 TCL 表位。将选定的表位进一步构建成多表位疫苗。我们还在疫苗成分中添加了两种不同的佐剂，以提高疫苗的有效性。使用 trRosetta 构建了 3D 结构的疫苗。进一步用ClusPro和PatchDock将它们与不同的Toll样受体（TLR 3、4和8）以及SARS-CoV-2的进入受体ACE2对接，并用FireDock进行精炼。所有结构均通过USCF Chimera和PyMOL可视化。结果：本研究通过添加HABA蛋白和L7/L12核糖体作为佐剂成功设计了两种不同的候选疫苗。两种疫苗的理化性质和特性几乎同样好。同样，它们与TLR3、4、8和ACE2的强相互作用表明两者的最低能级估计都在-1,000以上。疫苗与ACE2和TLR的相互作用对于激活免疫反应和产生抗体至关重要。结论：设计和构建的两种多表位疫苗具有良好的特性，可能具有激活针对SARS-CoV-2的体液和细胞免疫反应的潜力。值得考虑进一步研究以证实本研究的结果。
人工智能驱动的脑基因表达数据数据鉴定了阿尔茨海默氏病的新基因候选
图3。在额叶皮质和小脑中识别出的AD中已鉴定出的新基因候选物的摘要。在额叶皮质中，包括：信号（棕褐色），代谢过程（紫色），线粒体能量，ATP和氧化磷酸化（绿色）和线粒体细胞生物合成（棕色）（棕色）。在小脑中，途径失调包括：发育和分化（蓝色），固醇和固醇代谢过程（黄色）和细胞内转运（灰色）。每个圆表示每个网络中的一个中心基因节点。基因节点基于建模指示最高表现的候选者和候选者。
发现头颈癌的药物再利用候选药物：系统药物基因组学数据分析的见解
目前缺乏针对头颈部鳞状细胞癌 (HNSCC) 的有效治疗选择。我们利用 PRISM 再利用数据集中用 4,518 种化合物筛选的 28 种 HNSCC 细胞系的药物反应和基因组数据来发现用于 HNSCC 的再利用药物候选物。总共确定了 886 种活性化合物，包括 418 种靶向癌症化合物、404 种非肿瘤化合物和 64 种化疗化合物。靶向癌症化合物中作用机制最强的类别包括 PI3K/AKT/MTOR、EGFR 和 HDAC 抑制剂。我们已将 36 种具有丰富杀伤活性的化合物列入候选名单，用于 HNSCC 的再利用。综合分析证实，EGFR 配体（AREG、EREG、HBEGF、TGFA 和 EPGN）的平均表达与奥希替尼敏感性相关。发现新的假定反应生物标志物（包括参与免疫信号传导和细胞周期的生物标志物）分别与 MEK 抑制剂的敏感性和耐药性有关。我们还开发了一个 RShiny 网页，以促进交互式可视化，从而为 HNSCC 药物再利用提供进一步的假设生成。我们的研究提供了丰富的 HNSCC 药物敏感性资料参考数据库，为探索优先候选药物中的潜在反应生物标志物提供了机会。我们的方法还可以揭示其他癌症药物再利用的见解。
多尺度相互作用分析与脱靶药物预测相结合，揭示了人类冠状病毒病的药物重新利用候选
1。加拿大多伦多的瑞尔森大学化学与生物学系。2。加拿大多伦多大学多伦多大学计算机科学系3。 矢量研究所，加拿大安大略省多伦多，4。 Cyclica Inc.，加拿大安大略省多伦多，5。 分子医学计划，加拿大安大略省多伦多的病儿童研究所医院6. 加拿大多伦多多伦多大学生物化学系。 7。 Biofisika Institute（CSIC，UPV/EHU）和西班牙毕尔巴奥的巴斯克大学（UPV/EHU）生物化学与分子生物学系。 8。 加拿大多伦多大学医学生物物理学系9. Precision心脏病学实验室，拜耳美国有限责任公司，美国马萨诸塞州剑桥市10。 加拿大多伦多的瑞尔森大学分子科学研究生课程。 11。 phoenox Pharma，多伦多，安大略省，加拿大12。 加拿大多伦多多伦多大学药理学与毒理学系13。 基南生物医学研究中心，加拿大多伦多，圣迈克尔医院。 14。 生物医学工程，科学技术研究所（IBEST），瑞尔森大学与加拿大安大略省多伦多的圣迈克尔医院之间的合作伙伴关系。 15。 加拿大多伦多的瑞尔森大学物理系。 16。 加拿大多伦多多伦多大学外科系。 17。 免疫学系，多伦多，安大略省，加拿大，18。 彼得·穆克心脏中心，加拿大安大略省多伦多大学健康中心19.加拿大多伦多大学多伦多大学计算机科学系3。矢量研究所，加拿大安大略省多伦多，4。Cyclica Inc.，加拿大安大略省多伦多，5。 分子医学计划，加拿大安大略省多伦多的病儿童研究所医院6. 加拿大多伦多多伦多大学生物化学系。 7。 Biofisika Institute（CSIC，UPV/EHU）和西班牙毕尔巴奥的巴斯克大学（UPV/EHU）生物化学与分子生物学系。 8。 加拿大多伦多大学医学生物物理学系9. Precision心脏病学实验室，拜耳美国有限责任公司，美国马萨诸塞州剑桥市10。 加拿大多伦多的瑞尔森大学分子科学研究生课程。 11。 phoenox Pharma，多伦多，安大略省，加拿大12。 加拿大多伦多多伦多大学药理学与毒理学系13。 基南生物医学研究中心，加拿大多伦多，圣迈克尔医院。 14。 生物医学工程，科学技术研究所（IBEST），瑞尔森大学与加拿大安大略省多伦多的圣迈克尔医院之间的合作伙伴关系。 15。 加拿大多伦多的瑞尔森大学物理系。 16。 加拿大多伦多多伦多大学外科系。 17。 免疫学系，多伦多，安大略省，加拿大，18。 彼得·穆克心脏中心，加拿大安大略省多伦多大学健康中心19.Cyclica Inc.，加拿大安大略省多伦多，5。分子医学计划，加拿大安大略省多伦多的病儿童研究所医院6.加拿大多伦多多伦多大学生物化学系。 7。 Biofisika Institute（CSIC，UPV/EHU）和西班牙毕尔巴奥的巴斯克大学（UPV/EHU）生物化学与分子生物学系。 8。 加拿大多伦多大学医学生物物理学系9. Precision心脏病学实验室，拜耳美国有限责任公司，美国马萨诸塞州剑桥市10。 加拿大多伦多的瑞尔森大学分子科学研究生课程。 11。 phoenox Pharma，多伦多，安大略省，加拿大12。 加拿大多伦多多伦多大学药理学与毒理学系13。 基南生物医学研究中心，加拿大多伦多，圣迈克尔医院。 14。 生物医学工程，科学技术研究所（IBEST），瑞尔森大学与加拿大安大略省多伦多的圣迈克尔医院之间的合作伙伴关系。 15。 加拿大多伦多的瑞尔森大学物理系。 16。 加拿大多伦多多伦多大学外科系。 17。 免疫学系，多伦多，安大略省，加拿大，18。 彼得·穆克心脏中心，加拿大安大略省多伦多大学健康中心19.加拿大多伦多多伦多大学生物化学系。7。Biofisika Institute（CSIC，UPV/EHU）和西班牙毕尔巴奥的巴斯克大学（UPV/EHU）生物化学与分子生物学系。8。加拿大多伦多大学医学生物物理学系9.Precision心脏病学实验室，拜耳美国有限责任公司，美国马萨诸塞州剑桥市10。加拿大多伦多的瑞尔森大学分子科学研究生课程。11。phoenox Pharma，多伦多，安大略省，加拿大12。加拿大多伦多多伦多大学药理学与毒理学系13。基南生物医学研究中心，加拿大多伦多，圣迈克尔医院。 14。 生物医学工程，科学技术研究所（IBEST），瑞尔森大学与加拿大安大略省多伦多的圣迈克尔医院之间的合作伙伴关系。 15。 加拿大多伦多的瑞尔森大学物理系。 16。 加拿大多伦多多伦多大学外科系。 17。 免疫学系，多伦多，安大略省，加拿大，18。 彼得·穆克心脏中心，加拿大安大略省多伦多大学健康中心19.基南生物医学研究中心，加拿大多伦多，圣迈克尔医院。14。生物医学工程，科学技术研究所（IBEST），瑞尔森大学与加拿大安大略省多伦多的圣迈克尔医院之间的合作伙伴关系。15。加拿大多伦多的瑞尔森大学物理系。16。加拿大多伦多多伦多大学外科系。 17。 免疫学系，多伦多，安大略省，加拿大，18。 彼得·穆克心脏中心，加拿大安大略省多伦多大学健康中心19.加拿大多伦多多伦多大学外科系。17。免疫学系，多伦多，安大略省，加拿大，18。彼得·穆克心脏中心，加拿大安大略省多伦多大学健康中心19.加拿大多伦多大学的实验室医学与病理学系
逆钙钛矿氧气和氧化物作为
ext。0.669 0.945 0.669 T = 0.80（EV）期望。[REF] [REF] 0.668 0.945 0.669 N/A PBE 0.670 EG = 1.23（EV）
在评估 SARS-CoV-2 候选疫苗时，间接效益是一个关键考虑因素
致编辑 — 旨在遏制冠状病毒 SARS-CoV-2 传播的公共卫生干预措施仅限于非药物干预措施，包括旅行限制、隔离、接触者追踪和检疫、戴口罩和保持社交距离，在世界各地取得的成功各不相同。这些干预措施对于减缓病毒传播至关重要，但考虑到其巨大的社会、经济和政治成本，需要替代的长期解决方案。疫苗仍然是最有希望的。得益于全球大量的研究努力，疫苗开发正在顺利进行中，已有 50 多种新型候选疫苗进入临床试验。临床试验评估候选疫苗的安全性和有效性。获得许可的疫苗必须为接种者提供直接的保护作用。SARS-CoV-2 疫苗试验的终点是预防 COVID-19 疾病。除了直接保护一部分接种疫苗的人之外，疫苗接种计划还可以间接降低所有易感人群的感染风险 1 ，无论是通过减少人口中的感染人数，还是通过降低突破性病例的传染性。接种疫苗后感染的人可能病毒脱落更少、症状更少或恢复时间更快，所有这些都可以降低传播给未感染者的风险。量化疫苗接种对人群水平结果（如发病率和死亡率）的间接影响通常需要在疫苗使用一段时间后进行评估 2 。然而，数学建模可以帮助研究人员弥合这一差距，提前评估人群水平的影响，以判断是否应该进一步考虑接种疫苗，即使直接保护效果低于预期。例如，大流行性流感的疫苗分配策略建模表明，疫苗对感染的有效性提高支持优先为死亡风险最高的年龄组以外的人群接种疫苗 3 。通过类似的模型，我们已经证明，一种疫苗可以适度降低临床疾病的风险，但会大大降低
COVID-19的疫苗候选景观
新冠状病毒（SARS-COV-2）的叛乱引起了公众，当局和学者的关注。迄今为止，在临床测试中尚无化学处理能够抗击病毒。在发现可以大规模免疫人员免疫的疫苗中发现了重新开放社会经济活动的希望。根据世界卫生组织的说法，临床评估阶段有29个疫苗候选者，在临床前评估阶段有138名候选者。在发现疫苗的比赛中，有几个实验室和研究中心的举措。但是，一些国家以一系列倡议脱颖而出。这使我们质疑这种促进研究，开发和寻求创新能力是否与经济规模相关，而且与商业环境的质量有关。因此，本研究的目的是使用计量经济学方法探索创新与经济自由之间的关系（例如面板数据分析）与非参数方法（例如，数据包络分析）结合使用。我们的结果使我们能够推断出额外的经济自由如何增加国家内不同经济自由的创新。这样做，我们可以探索为什么在少数国家 /地区有集中疫苗计划，并更好地了解Covid-19的疫苗候选者的景观。
