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对深度分辨的纳米级结构变化的标题研究调节细胞增殖和染色质降解
1。S. Iyer，R。M。Gaikwad，V。Subba-Rao，C。D。Woodworth和I. Sokolov，“原子力显微镜检测到正常和癌细胞表面刷的差异”，NAT。纳米技术。4（6），389–393（2009）。2。H. Knecht和S. Mai，“端粒和核结构的3D成像：基于3D纳米形态的诊断的新兴工具”，J。单元格。生理学。226（4），859–867（2011）。3。H. Subramanian，P。Pradhan，Y。Liu，I。R. Capoglu，X。Li，J。D. Rogers，A。Heifetz，A。Heifetz，D。Kunte，H。K. Roy，A。Taflove，A。Taflove和V. Backman，“用于检测组织学无效的纳米级后果的光学方法论，对生物学细胞进行了遗传替代。natl。学院。SCI。 U.S.A. 105（51），20118–20123（2008）。 4。 H. Subramanian, H. K. Roy, P. Pradhan, M. J. Goldberg, J. Muldoon, R. E. Brand, C. Sturgis, T. Hensing, D. Ray, A. Bogojevic, J. Mohammed, J. S. Chang, and V. Backman, “Nanoscale cellular changes in field carcinogenesis detected by partial wave spectroscopy,” Cancer Res. 69（13），5357–5363（2009）。 5。 R。K. Bista，T。A. Brentnall，M。P. Bronner，C。J. Langmead，R。E. Brand和Y. Liu，“使用非直肠直肠上皮细胞的光学标志物来鉴定患有溃疡性结肠炎相关的肿瘤的患者，” 肠dis。 17（12），2427–2435（2011）。 6。 K。J. Chalut，J。H. Ostrander，M。G. Giacomelli和A. Wax，“亚细胞结构的光散射测量可提供化学疗法诱导的凋亡的无创早期检测”，癌症Res。SCI。U.S.A. 105（51），20118–20123（2008）。 4。 H. Subramanian, H. K. Roy, P. Pradhan, M. J. Goldberg, J. Muldoon, R. E. Brand, C. Sturgis, T. Hensing, D. Ray, A. Bogojevic, J. Mohammed, J. S. Chang, and V. Backman, “Nanoscale cellular changes in field carcinogenesis detected by partial wave spectroscopy,” Cancer Res. 69（13），5357–5363（2009）。 5。 R。K. Bista，T。A. Brentnall，M。P. Bronner，C。J. Langmead，R。E. Brand和Y. Liu，“使用非直肠直肠上皮细胞的光学标志物来鉴定患有溃疡性结肠炎相关的肿瘤的患者，” 肠dis。 17（12），2427–2435（2011）。 6。 K。J. Chalut，J。H. Ostrander，M。G. Giacomelli和A. Wax，“亚细胞结构的光散射测量可提供化学疗法诱导的凋亡的无创早期检测”，癌症Res。U.S.A. 105（51），20118–20123（2008）。4。H. Subramanian, H. K. Roy, P. Pradhan, M. J. Goldberg, J. Muldoon, R. E. Brand, C. Sturgis, T. Hensing, D. Ray, A. Bogojevic, J. Mohammed, J. S. Chang, and V. Backman, “Nanoscale cellular changes in field carcinogenesis detected by partial wave spectroscopy,” Cancer Res.69（13），5357–5363（2009）。5。R。K. Bista，T。A. Brentnall，M。P. Bronner，C。J. Langmead，R。E. Brand和Y. Liu，“使用非直肠直肠上皮细胞的光学标志物来鉴定患有溃疡性结肠炎相关的肿瘤的患者，”肠dis。17（12），2427–2435（2011）。6。K。J. Chalut，J。H. Ostrander，M。G. Giacomelli和A. Wax，“亚细胞结构的光散射测量可提供化学疗法诱导的凋亡的无创早期检测”，癌症Res。69（3），1199–1204（2009）。7。I. Itzkan，L。Qiu，H。Fang，M。M. Zaman，E。Vitkin，I。C. Ghiran，S。Salahuddin，M。Modell，C。Andersson，L。M. Kimerer，P。B. Cipolloni，P。B. Cipolloni，K。H. H. Lim，S。D. Freedman，S。D. Freedman，I.Bigio，I.Bigio，I.B.Sachs，E。B. Sachs，E。B. Hanlon，L.Hanlon，l. t. t. t. t. t. t. pering and L. T.光谱显微镜在没有外源标签的活细胞中监测细胞器”。natl。学院。SCI。 U.S.A. 104（44），17255–17260（2007）。 8。 Z. Wang，K。Tangella，A。Balla和G. Popescu，“组织折射率为疾病标志”，J。Biomed。 选择。 16（11），116017（2011）。 9。 G. Popescu，细胞和组织的定量相成像，McGraw-Hill Biophotonics（McGraw-Hill，2011年），pp。 xx，362 p。SCI。U.S.A. 104（44），17255–17260（2007）。 8。 Z. Wang，K。Tangella，A。Balla和G. Popescu，“组织折射率为疾病标志”，J。Biomed。 选择。 16（11），116017（2011）。 9。 G. Popescu，细胞和组织的定量相成像，McGraw-Hill Biophotonics（McGraw-Hill，2011年），pp。 xx，362 p。U.S.A. 104（44），17255–17260（2007）。8。Z. Wang，K。Tangella，A。Balla和G. Popescu，“组织折射率为疾病标志”，J。Biomed。 选择。 16（11），116017（2011）。 9。 G. Popescu，细胞和组织的定量相成像，McGraw-Hill Biophotonics（McGraw-Hill，2011年），pp。 xx，362 p。Z. Wang，K。Tangella，A。Balla和G. Popescu，“组织折射率为疾病标志”，J。Biomed。选择。16（11），116017（2011）。9。G. Popescu，细胞和组织的定量相成像，McGraw-Hill Biophotonics（McGraw-Hill，2011年），pp。xx，362 p。
'SGLT2抑制剂减轻了狼疮中的足细胞损伤...
抽象目标骨关节炎是一种复杂的疾病，具有巨大的公共卫生负担。全基因组关联研究（GWAS）已经鉴定出数百个与骨关节炎相关的序列变体，但是支撑这些信号的效应基因在很大程度上仍然难以捉摸。了解三维（3D）空间中的染色体组织对于以组织特异性方式（例如，基因和调节元件之间的远处基因组特征（例如，基因和调节元件之间）之间的长距离接触至关重要。在这里，我们生成了原发性骨关节炎软骨细胞的第一个整个基因组染色体构象分析（HI-C）图，并确定了该疾病的新型候选效应基因。方法从8例膝关节骨关节炎患者收集的原发软骨细胞进行了HI-C分析，以将染色体结构与基因组序列联系起来。然后将鉴定的环与骨关节炎GWAS结果和来自原发性膝关节关节炎软骨细胞的表观基因组数据结合在一起，以通过增强子促进剂相互作用来鉴定参与基因调节的变体。结果，我们确定了与77个骨关节炎GWAS信号相关的染色质环锚固中的345种遗传变异。例如，PAPPA与胰岛素样生长因子1（IGF-1）蛋白的周转直接相关，而IGF-1是修复受损软骨细胞的重要因素。结论我们已经构建了第一张原代人软骨细胞的HI-C地图，并将其作为科学界的资源提供。这些变体中的十个直接存在于10个新描述的新描述的活跃增强子促进圈的增强区域中，并通过对公共可用的染色质免疫沉淀测序（CHIP-SEQ）进行多组学分析（CHIP-SEQ）和分析酶 - 可访问型染色体的分析（CHIP-SEQ），并使用测序对基因seeq for Generq for Negeq for Necter（ATAC-SEEQ）数据序列（ATAC-SEEQ）chornee chondeq forter（ATAC-SEEQ）序列（ch） SPRY4和PAPPA（与妊娠相关的血浆蛋白A）以及对已知参与骨关节炎的基因SLC44A2的进一步支持。通过将3D基因组学与大规模的遗传关联和表观遗传学数据整合在一起，我们确定了骨关节炎的新型候选效应基因，从而增强了我们对疾病的理解，并可以作为假定的高价值新型药物靶标。
STARD10 基因座的染色质 3D 相互作用分析揭示 FCHSD2 是胰岛素分泌的调节剂
Ming Hu,1 In ^ es Cebola,2 Gaelle Carrat,1 Shuying Jiang,1 Sameena Nawaz,3 Amna Khamis,4 Mickae¨ l Canouil,4 Philippe Froguel,4 Anke Schulte,5 Michele Solimena,6 Mark Ibberson,7 Piero Marchetti,8 Fabian L. Cardenas-Diaz,9,10 Paul J. Gadue,9,10 Benoit Hastoy,3 Leonardo Almeida-Souza,11 Harvey McMahon,12 和 Guy A. Rutter 1,13,14,* 1 英国伦敦帝国理工学院医学系细胞生物学和功能基因组学科，汉默史密斯医院，杜凯恩路，伦敦 W12 0NN，英国 2 英国伦敦帝国理工学院代谢、消化和生殖系遗传学和基因组学科，汉默史密斯医院，杜凯恩路，伦敦 W12 0NN，英国英国伦敦 Cane Road W12 0NN 3 牛津大学糖尿病内分泌与代谢中心，牛津大学丘吉尔医院，牛津海丁顿 OX3 7LE，英国 4 里尔大学，法国国立科学研究院，里尔 CHU，里尔巴斯德研究所，UMR 8199 - EGID，59000 里尔，法国 5 赛诺菲-安万特德国有限公司，65926 法兰克福，德国 6 德累斯顿工业大学医学院慕尼黑亥姆霍兹中心保罗兰格汉斯研究所，01307 德累斯顿，德国 7 Vital-IT 集团，SIB 瑞士生物信息学研究所，1015 洛桑，瑞士 8 比萨大学内分泌与代谢系，56126 比萨，意大利 9 宾夕法尼亚大学病理学与实验室医学系，费城，宾夕法尼亚州，美国10 美国宾夕法尼亚州费城费城儿童医院细胞与分子治疗中心 11 芬兰赫尔辛基赫尔辛基大学 HiLIFE 生物技术研究所和生物与环境科学学院 12 英国剑桥弗朗西斯克里克大道 MRC 分子生物学实验室 CB2 0QH 13 新加坡南洋理工大学李光前医学院 14 主要联系人 *通信地址：g.rutter@imperial.ac.uk https://doi.org/10.1016/j.celrep.2021.108703
通过终端选择器功能中的时间模块化运动神经元身份的建立和维护
摘要在胃肠道中，神经rest细胞在神经板边界处指定为PAX7表达。使用单细胞RNA测序与高分辨率原位杂交结合以识别新型的转录调节剂，我们表明染色质重塑剂HMGA1在规格之前高度表达并保持在迁移的鸡神经trest细胞中。暂时控制的CRISPR-CAS9介导的敲除在神经Crest发育中发现了HMGA1的两个不同功能。在神经板边界，HMGA1调节依赖PAX7的神经rest谱系规范。在移民阶段，第二个角色表现出HMGA1损失减少了独立于PAX7的背神经管的颅顶移民。有趣的是，这是通过稳定的ß-catenin挽救的，因此将HMGA1作为规范WNT激活剂。一起，我们的结果表明，HMGA1在神经Crest发育过程中以双峰方式起作用，以调节神经板边界的规范，然后通过规范WNT信号传导从神经管中移民。
改善了凝聚素Hichip方案和生物信息学分析，用于强大检测染色质环和条纹
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证（未获得同行评审证书）获得的是作者/资助者，他已授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。是
定量顺序染色质免疫沉淀，一种分析体内基因组区域蛋白共占蛋白的共占者的方法
顺序染色质免疫沉淀（SEQCHIP）是一种程序，其中甲醛交联，来自活细胞的蛋白质– DNA复合物受到了两个具有不同特异性抗体的顺序免疫侵蚀。seqchip已被定性地解决，是否可以同时在体内同时同时同时同时占领DNA。在这里，我们扩展了早期的工作，并描述了以定量方式执行和解释Seqchip实验的理论和实际考虑因素。我们提供了一个详细的实验程序，用于设计和执行SEQCHIP实验以及这三个可能结果的实验示例：完全共同占领，没有共占领和部分共同占领。在某些部分共同占领的情况下，Seqchip中免疫沉淀的顺序会强烈影响结果。我们在实验上确认了一个定量参数，该参数提供了在给定DNA区域上两种蛋白的同居量的度量，并提供了有关如何解释Seqchip实验结果的信息。我们对Seqchip数据的定量处理大大扩展了该技术在体内阐明分子机械的实用性。
白血病蛋白PHF6和PHIP形成一种染色质复合物，抑制髓样白血病
髓样白血病是具有多种突变景观的异质性癌症。尽管许多突变的基因属于普通蛋白质复合物，但有些缺乏已知的功能伙伴，并且具有不清楚的作用。pHF6是一种良好的染色质结合蛋白，复发突变赋予急性和慢性髓样白血病的不利预后。在这里，使用人PHF6敲除和救援，我们表明PHF6是一种转录阻遏物，可结合活性染色质并抑制茎基因程序。我们剖析了九个临床错义突变，并表明所有人都会产生不稳定的，肌莫尔的或非功能性的PHF6蛋白。在收敛的证据线指导下，我们将PHIP（一种新认识的AML突变蛋白）视为PHF6的功能合作伙伴。我们表明PHIP损失表PHF6损失，并且PHF6需要PHIP占据染色质并发挥下游转录效应。我们的工作将两个不同的白血病蛋白统一的PHF6和PHIP统一成为一种抑制AML茎的常见功能复合物。
利用机器学习预测不同编辑类型和染色质环境下的主要编辑效率
图 1 | 基于序列上下文的 pegRNA 效率表征和预测。（a）使用目标匹配的 pegRNA 文库“Library Diverse”进行筛选的示意图。（b - g）HEK293T 或 K562 中（b,c）插入、（d,e）HEK293T 或 K562 中 1-5bp 替换和（f,g）HEK293T 或 K562 中 1-15 bp 删除的编辑效率。（h,i）在 HEK293T（h）或 K562（i）细胞中安装了 2 个独立 1 bp 替换的双重编辑的编辑效率。预期编辑意味着安装了两个替换，而中间编辑意味着只安装了 2 个替换中的 1 个。距离 0 对应于单个 1 bp 编辑。 (j,k) 在 HEK293T (j) 和 K562 (k) 细胞中，在 GG PAM 序列内进行单 1bp 和双 1bp 替换（有或无编辑）的编辑效率。(d、e、hk) 条形图仅包含具有 7、10 或 15bp RTT 突出端的 pegRNA，以确保不同条件下 RTT 突出端分布相似。(bk) 条形图显示平均值，误差线表示平均值 +/- sem (l、m) PRIDICT2.0 在 Library-Diverse（5 倍交叉验证）上对 (l) HEK293T（n = 22,619）和 (m) K562（n = 22,752）细胞的性能。根据高斯 KDE，颜色渐变从深紫色到黄色表示点密度增加。 （n）PRIDICT2.0 示意图，该模型是基于两个模型的预测平均值的集成模型：（模型 A），
Lee，B。H.，Shin，H.，Rasouli，A。S.，Choubisa，H.，Ou，P.，Dorakhan，R。，...＆Sargent，E。H.（2023）。支撑的金属邻thal的超分子调整
摘要：中性粒细胞外陷阱（NET）是复杂的，基于DNA的，具有细胞毒性蛋白的网络状结构。它们在抗菌防御中起着至关重要的作用，但也与自身免疫性疾病和组织损伤有关。净形成过程（称为Netosis）是一种受调节的细胞死亡机制，涉及这些结构的释放，并且是中性粒细胞独有的。Netosis在很大程度上取决于活性氧（ROS）的产生，可以通过NADPH氧化酶（NOX）或线粒体途径产生，分别导致NOX依赖性或与NOX无关的Netosis。最近的研究表明，在不同情况下，ROS产生，DNA修复和净形成之间存在复杂的相互作用。紫外线辐射可以触发由线粒体ROS和DNA修复驱动的Netosis和凋亡的组合过程，称为凋亡。同样，在钙离子载体诱导的Netosis中，ROS和DNA修复都是关键组成部分，但仅发挥部分作用。在细菌感染的情况下，DNA修复的早期阶段是关键的。有趣的是，在无血清条件下，自发性Netosis是通过NOX衍生的ROS发生的，并具有早期DNA修复抑制可以停止该过程，而后期抑制会增加。DNA修复过程与ROS产生之间的复杂平衡似乎是调节净形成的关键因素，其不同的途径根据刺激的性质而被激活。这些发现不仅加深了我们对Netosis背后机制的理解，而且还提出了对网络有助于疾病病理学的疾病的潜在治疗靶标。
利用长读测序同时分析完整植物基因组中的染色质可及性和 DNA 甲基化
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证永久有效。它是在预印本（未经同行评审认证）下提供的，作者/资助者已授予 bioRxiv 许可，可以在该版本中显示预印本。版权持有者于 2023 年 11 月 21 日发布了此版本。；https://doi.org/10.1101/2023.11.15.567180 doi：bioRxiv 预印本