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研究趋同进化以将基因型与行为表型联系起来
神经科学在利用不寻常的动物进行研究方面有着悠久而丰富的历史。在过去的几十年里，用于神经科学研究的物种一直存在技术驱动的瓶颈。然而，即将到来的适用于多种动物的技术浪潮有望使研究人员能够解决使用传统实验室动物无法解决的具有挑战性的科学问题。在这里，我们讨论了如何利用生理或行为表型的趋同进化来增强研究基因型与表型相互作用的映射。我们介绍了两个使用电鱼和毒蛙的案例研究，并讨论了比较工作如何教会我们了解生物组织各个层面的进化约束和灵活性。我们还就建立神经科学研究中新模型系统的潜力和陷阱提供了建议。最后，我们以讨论魅力动物在神经科学研究中的使用及其在公众宣传中的效用结束。总的来说，我们认为趋同进化框架可以帮助确定神经科学的可推广原则。
西爪哇省Pangalengan区的淡水鱼生物多样性
摘要。在本文中，采用收敛态度对自然样式农业技术进行研究和验证，以提高Agrolandscapes的生产率和碳多边形的创造。作为工作的一部分，实施了一系列实验研究，包括评估Agrolandscape潜力，对传统和自然样的耕作方法的比较分析，以及监测植物生理参数以及土壤中碳积累的动态。这项研究的结果表明，类似自然的农业技术可显着增加谷物作物的产量和质量，并提高土壤肥力及其隔离碳的能力。同时，由于自然资源的更合理使用，生产成本降低了。获得的数据表明，基于自然的农业技术的有前途的应用，以确保可持续和环境安全的农业并解决农业部门脱碳问题。
加速低温O-SOEC的发现、设计和激光融合制造
拟议的行动（或上述理由中定义的提案部分）属于 10 CFR 第 1021 部分 D 分项附录 A 或 B 中所列的行动类别。为了符合 10 CFR 第 1021 部分 D 分项附录 B 中所列的行动类别，提案必须符合以下要求：(1) 不会威胁违反适用的环境、安全和健康法定、监管或许可要求，或 DOE 或行政命令的类似要求；(2) 要求选址和建造或大规模扩建废物储存、处置、回收或处理设施（包括焚化炉），但提案可以包括明确排除的废物储存、处置、回收或处理行动或设施；(3) 扰乱环境中预先存在的危险物质、污染物、污染物或 CERCLA 排除的石油和天然气产品，从而导致不受控制或未经许可的排放； （4）有可能对环境敏感资源造成重大影响，包括但不限于《10 CFR》第1021部分D分部附录B第B（4）段所列的资源；（5）涉及转基因生物、合成生物学、政府指定的有害杂草或入侵物种，除非拟议活动在设计和操作上受到遏制或限制，以防止未经授权释放到环境中，并按照适用要求进行，例如《10 CFR》第1021部分D分部附录B第B（5）段所列的要求。
咖啡基因组提供了对咖啡因生物合成融合演化的见解
咖啡是一种有价值的饮料作物，由于其特征性的味道，香气和咖啡因的刺激作用。我们生成了该物种咖啡佳虫的高质量草稿基因组，该种类在Asterid被子植物中显示了保守的染色体基因顺序。尽管没有显示出在番茄等茄科物种中鉴定出的全基因组三重固定的迹象，但该基因组包括几种特定物种的基因家族膨胀，其中包括N-甲基转移酶（NMT）参与咖啡因生产，国防相关的基因，以及涉及碱性蛋白酶的二级混合物合成。咖啡因NMT的比较分析表明，这些基因通过可可和茶的基因独立于基因而扩展，这表明eudicots中的咖啡因是多形的起源。W
人类和人工神经网络中计算机程序的收敛表示
在理解过程中，人类大脑会表现计算机程序的哪些方面？我们通过分析程序员理解 Python 代码的功能性磁共振成像 (fMRI) 研究得出的大脑记录来研究这个问题。我们首先评估一系列静态和动态代码属性，例如抽象语法树 (AST) 相关和运行时相关指标，并研究它们与神经大脑信号的关系。然后，为了了解大脑表征是否编码了有关计算机程序的细粒度信息，我们训练了一个探测器，将大脑记录与一套在代码上训练的 ML 模型学习到的表征进行对齐。我们发现，多需求和语言系统（负责非常不同的认知任务的大脑系统）都编码了特定的代码属性，并与机器学习的代码表征唯一一致。这些发现表明至少有两种不同的神经机制介导计算机程序的理解和评估，促使设计超越静态语言建模的代码模型目标。我们将所有相应的代码、数据和分析公开发布在 https://github.com/ALFA-group/code-representations-ml-brain
通过收敛条件加速人机交互以实现法学硕士解释
本文探讨了使用大型语言模型 (LLM) 加速人机交互的问题。它通过考虑 LLM 的难以形式化的认知语义解释，超越了可解释人工智能 (XAI) 的传统逻辑范式。XAI 沉浸在一个混合空间中，在交互过程的数字化过程中，人类和机器具有关键的区别。作者的收敛方法确保了使 XAI 有目的性和可持续性的条件。该方法基于逆问题解决方法、认知建模、遗传算法、神经网络、因果循环动力学和特征形式实现。事实证明，决策者需要为信息处理创建独特的结构条件，使用 LLM 来加速集体问题解决的收敛。这些实施已在情境中心的集体战略规划期间进行。这项研究有助于在经济、科学和技术领域的许多分支中推进可解释的 LLM。
利用趋同进化获得泛癌症顺铂反应基因表达特征
CisSig 评分 IC50（连续）简单线性回归全部相关系数 0.51 CisSig 评分 IC50（连续）简单线性回归五分位数相关系数 0.74 所有基因表达 IC50（连续）弹性网线性回归全部相关系数 0.63 所有基因表达 IC50（连续）弹性网线性回归五分位数相关系数 0.79 所有基因表达 IC50（连续）L1 线性回归全部相关系数 0.63 所有基因表达 IC50（连续）L1 线性回归五分位数相关系数 0.79 所有基因表达 IC50（连续）L2 线性回归全部相关系数 0.63 所有基因表达 IC50（连续）L2 线性回归五分位数相关系数0.81 所有基因表达 IC50（二元）简单逻辑回归所有 AUC 0.79 所有基因表达 IC50（二元）简单逻辑回归五分位数 AUC 0.90 所有基因表达 IC50（二元）弹性网络逻辑回归所有 AUC 0.82 所有基因表达 IC50（二元）弹性网络逻辑回归五分位数 AUC 0.94 所有基因表达 IC50（二元）L1 逻辑回归所有 AUC 0.82 所有基因表达 IC50（二元）L1 逻辑回归五分位数 AUC 0.94 所有基因表达 IC50（二元）L2 逻辑回归所有 AUC 0.81 所有基因表达 IC50（二元）L2 逻辑回归五分位数 AUC 0.95 所有基因表达 IC50（二元）SVM（线性核）所有 AUC 0.82 所有基因表达 IC50（二元） SVM（线性核）五分位数 AUC 0.93 所有基因表达 IC50（二元）SVM（多项式核）所有 AUC 0.78 所有基因表达 IC50（二元）SVM（多项式核）五分位数 AUC 0.94 所有基因表达 IC50（二元）随机森林所有 AUC 0.81 所有基因表达 IC50（二元）随机森林五分位数 AUC 0.91
全脑建模识别出麻醉和意识障碍中导致意识丧失的不同但趋同的路径
人类大脑具有丰富的时空动态，当因麻醉或意识障碍 (DOC) 而失去意识时，这些动态会发生巨大重构。在此，我们试图确定神经生物学机制来解释短暂的药物干预和慢性神经解剖损伤如何导致神经活动的常见重构。我们开发并系统地扰动了一个神经生物学上真实的全脑血流动力学信号模型。通过结合有关 GABA 受体皮质分布的 PET 数据，我们的计算模型揭示了空间特异性局部抑制在重现使用 GABA 能药物丙泊酚麻醉期间观察到的功能性 MRI 活动方面发挥的关键作用。此外，结合从 DOC 患者获得的扩散 MRI 数据揭示了表征意识丧失的动态也可以从随机的神经解剖连接中出现。我们的结果在麻醉和 DOC 数据集之间具有概括性，展示了增加的抑制和连接组扰动如何代表通向无意识大脑特征活动的不同神经生物学路径。
新型量子和经典器件上时间信息处理的非线性收敛动力学
在研究量子库计算机之后，我们进行了理论研究，以扩大库计算机的应用。我们研究了库计算机的通用架构，其中由不同动态控制的库计算机以输出反馈配置互连。这种架构的动机是使用非线性闭环结构来更好地捕获表现出非线性反馈现象的数据，类似于用于系统识别的 Wiener-Hammerstein 反馈模型。推导出互连库计算机均匀收敛的定理。然后，我们表明具有输出反馈的均匀收敛库计算机实现了一大类非线性自回归模型。最后，我们考虑了库设计问题，并提出了一种有效的算法来优化库内部参数，并展示了在噪声状态测量下几乎肯定收敛到 Kuhn-Tucker 点。
使用基于片段的量子化学计算蛋白质-配体相互作用能量的收敛协议
基于碎片的量子化学方法提供了一种避免电子结构计算的非线性缩放的方法，因此可以使用高级方法研究大型分子系统。在这里，我们使用碎片来计算具有数千个原子的系统中的蛋白质-配体相互作用能，使用一种用于管理基于碎片的计算的新软件平台，该平台实现了屏蔽多体展开。使用最小基半经验方法 (HF-3c) 进行的收敛测试表明，使用单残基碎片和简单氢帽的二体计算足以重现使用传统超分子电子结构计算获得的相互作用能，误差在 1 kcal/mol 以内，计算成本约为 1%。我们还表明，HF-3c 结果说明了密度泛函理论在增强四倍 ζ 质量的基组中获得的趋势。碎片化的战略部署有利于融合生物分子模型系统与高质量电子结构方法和基组一起使用，将从头算量子化学引入迄今为止难以想象的规模的系统。这将有助于为机器学习应用生成高质量的训练数据。