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由药用植物的内生细菌产生的酶的定性和定量估计
ISSN印刷：2617-4693 ISSN在线：2617-4707 IJABR 2024; 8(8): 164-170 www.biochemjournal.com Received: 07-05-2024 Accepted: 12-06-2024 VR Chavda Department of Biotechnology, College of Agriculture, Junagadh Agricultural University, Junagadh, Gujarat, India SB Bhatt Department of Biotechnology, College of Agriculture, Junagadh Agricultural University,印度印度古吉拉特邦的贾纳加德，贾纳加德农业大学生物技术系生物技术系Junagadh农业大学，贾纳加德，古吉拉特邦，印度，印度VR Umaretiya生物技术系，农业学院，Junagadh农业大学，朱贾拉特，朱贾拉特，SM Padhiyar junagadh junagadh junagadh农业学院，印度少年，印度少年，印度少年少年少年贾加拉特。印度古吉拉特邦Junagadh农业大学农业学院生物技术学院
DNA修复酶中显著基因多态性对帕金森病的影响
帕金森病 (PD) 是一种慢性进行性脑神经退行性疾病，与多巴胺能神经元的丢失有关。其发病机制尚不清楚；但活性氧 (ROS) 造成的氧化性 DNA 损伤被认为在 PD 的病因中起主要作用。DNA 修复系统可以减轻氧化性 DNA 损伤并有助于维持基因组稳定性，从而防止神经元死亡。然而，DNA 修复酶的基因多态性可能会改变酶的功能并增加 PD 的风险。本研究旨在调查土耳其人群中 97 名 PD 患者和 102 名对照者的 OGG1 、 XRCC1 和 MTH1 基因多态性与 PD 风险之间的可能联系。我们利用聚合酶链式反应-限制性片段长度多态性进行的基因分型研究表明，两个基因多态性（ OGG1Ser326 Cys 和 MTH1Val83Met ）与 PD 风险之间没有关系。携带 XRCC1 变异基因型的受试者罹患 PD 的风险比对照组高出 2 至 3.5 倍（分别为 p = 0.046，OR = 1.910，95 % CI= [1.013 – 3.603] 和 p = 0.006，OR = 3.742，95 % CI= [1.470 – 9.525]）。我们的研究结果表明 XRCC1 Arg399Gln 多态性是 PD 的风险因素。
基础编辑酶，用于用同时基因敲入和敲除
价值主张成功的细胞疗法的开发需要多重编辑和有效的CMC流程，但是对多个平台和连续处理步骤的需求通常会导致复杂性和成本增加。BEKI基因编辑策略通过结合敲入和敲除其他基因的插入，降低毒性和靶向效果的效果来提供解决方案（图1a）。不需要的副作用，例如染色体易位的发生，将其降低至几乎不可检测的最小值（图。1C）。这种方法可以增强安全性，最大程度地减少原代细胞的损失，降低GMP成本并简化优化和验证过程，从而使其成为细胞治疗开发的有吸引力的选择。
使用定量质谱法
1 Max Planck复杂技术系统动态研究所，德国Magdeburg 39106 2系统微生物学，莱布尼兹生物工程系，莱布尼兹农业工程和生物经济研究所科学，柏林TechnischeUniversität，Ernst-Reuter-Platz 1，10587柏林，德国4研究所4农业和城市生态项目，柏林洪堡大学（IASP），Philippstr。 13，13，10115德国柏林5个生物系统工程部，洪堡大学，伯林大学，阿尔布雷希特 - 阿尔布雷希特--weg 3，3，14195柏林，德国6柏林6号糖科学司，化学科学工程科学学院化学科学，化学，生物技术和健康（CBH）的化学科学学院，鲁斯（CBH）。 21, 10691 Stockholm, Sweden 7 Bioprocess Engineering, Otto von Guericke University Magdeburg, Universitätsplatz 2, 39106 Magdeburg, Germany 8 Applied Biosciences and Process Engineering, Anhalt University of Applied Sciences, Bernburger Straße 55, 06366 Köthen, Germany * Correspondence: benndorf@mpi-magdeburg.mpg.de†这些作者对这项工作也同样贡献。Max Planck复杂技术系统动态研究所，德国Magdeburg 39106 2系统微生物学，莱布尼兹生物工程系，莱布尼兹农业工程和生物经济研究所科学，柏林TechnischeUniversität，Ernst-Reuter-Platz 1，10587柏林，德国4研究所4农业和城市生态项目，柏林洪堡大学（IASP），Philippstr。 13，13，10115德国柏林5个生物系统工程部，洪堡大学，伯林大学，阿尔布雷希特 - 阿尔布雷希特--weg 3，3，14195柏林，德国6柏林6号糖科学司，化学科学工程科学学院化学科学，化学，生物技术和健康（CBH）的化学科学学院，鲁斯（CBH）。 21, 10691 Stockholm, Sweden 7 Bioprocess Engineering, Otto von Guericke University Magdeburg, Universitätsplatz 2, 39106 Magdeburg, Germany 8 Applied Biosciences and Process Engineering, Anhalt University of Applied Sciences, Bernburger Straße 55, 06366 Köthen, Germany * Correspondence: benndorf@mpi-magdeburg.mpg.de†这些作者对这项工作也同样贡献。Max Planck复杂技术系统动态研究所，德国Magdeburg 39106 2系统微生物学，莱布尼兹生物工程系，莱布尼兹农业工程和生物经济研究所科学，柏林TechnischeUniversität，Ernst-Reuter-Platz 1，10587柏林，德国4研究所4农业和城市生态项目，柏林洪堡大学（IASP），Philippstr。 13，13，10115德国柏林5个生物系统工程部，洪堡大学，伯林大学，阿尔布雷希特 - 阿尔布雷希特--weg 3，3，14195柏林，德国6柏林6号糖科学司，化学科学工程科学学院化学科学，化学，生物技术和健康（CBH）的化学科学学院，鲁斯（CBH）。 21, 10691 Stockholm, Sweden 7 Bioprocess Engineering, Otto von Guericke University Magdeburg, Universitätsplatz 2, 39106 Magdeburg, Germany 8 Applied Biosciences and Process Engineering, Anhalt University of Applied Sciences, Bernburger Straße 55, 06366 Köthen, Germany * Correspondence: benndorf@mpi-magdeburg.mpg.de†这些作者对这项工作也同样贡献。Max Planck复杂技术系统动态研究所，德国Magdeburg 39106 2系统微生物学，莱布尼兹生物工程系，莱布尼兹农业工程和生物经济研究所科学，柏林TechnischeUniversität，Ernst-Reuter-Platz 1，10587柏林，德国4研究所4农业和城市生态项目，柏林洪堡大学（IASP），Philippstr。 13，13，10115德国柏林5个生物系统工程部，洪堡大学，伯林大学，阿尔布雷希特 - 阿尔布雷希特--weg 3，3，14195柏林，德国6柏林6号糖科学司，化学科学工程科学学院化学科学，化学，生物技术和健康（CBH）的化学科学学院，鲁斯（CBH）。 21, 10691 Stockholm, Sweden 7 Bioprocess Engineering, Otto von Guericke University Magdeburg, Universitätsplatz 2, 39106 Magdeburg, Germany 8 Applied Biosciences and Process Engineering, Anhalt University of Applied Sciences, Bernburger Straße 55, 06366 Köthen, Germany * Correspondence: benndorf@mpi-magdeburg.mpg.de†这些作者对这项工作也同样贡献。Max Planck复杂技术系统动态研究所，德国Magdeburg 39106 2系统微生物学，莱布尼兹生物工程系，莱布尼兹农业工程和生物经济研究所科学，柏林TechnischeUniversität，Ernst-Reuter-Platz 1，10587柏林，德国4研究所4农业和城市生态项目，柏林洪堡大学（IASP），Philippstr。13，13，10115德国柏林5个生物系统工程部，洪堡大学，伯林大学，阿尔布雷希特 - 阿尔布雷希特--weg 3，3，14195柏林，德国6柏林6号糖科学司，化学科学工程科学学院化学科学，化学，生物技术和健康（CBH）的化学科学学院，鲁斯（CBH）。 21, 10691 Stockholm, Sweden 7 Bioprocess Engineering, Otto von Guericke University Magdeburg, Universitätsplatz 2, 39106 Magdeburg, Germany 8 Applied Biosciences and Process Engineering, Anhalt University of Applied Sciences, Bernburger Straße 55, 06366 Köthen, Germany * Correspondence: benndorf@mpi-magdeburg.mpg.de†这些作者对这项工作也同样贡献。
有机和化肥对不同成分土壤酶活性的影响
1。引言在植物培养中获得高质量和高收率是由许多因素决定的，其中最重要的是肥料（Azadi等，2022； Lavic等，2023）。使用矿物质肥料会导致高收益的增加，但它会不利地影响土壤的物理，化学和生物学特性，并导致土壤污染和效率低下（Uyanöz等，2004； Jia等，2022）。由于全世界人口的迅速增长和Türkiye，化学肥料被广泛而无意间用于从单位区域获得额外的收益率。结果，人类健康恶化，环境污染发生。考虑到这些缺点，有机起源的肥料用于可持续农业（Altindag等，2006; Channabasana等，2008; Erturk等，2012; Naghman等，2023）。
关键字：过氧化酶，根际细菌，UIN校园2的实验室
由四个血红素组组成。血红素与过氧化物化合物反应。过氧化氢将导致细菌死亡，无法裂解H 2 O的毒性含量。酶过氧化酶在细胞裂解过程中起作用（Pulungan和Diana，2018）。需要知道酶过氧化酶对土壤和植物有显着有益。酶过氧化酶对植物的好处之一是通过总体报告证明了该酶位于过氧化物酶体中，该酶在植物生长，发育和压力反应中起重要作用也与水果成熟有关（Wang等，2019）。Kaushal等人（2018）的研究结果表明，酶过氧化酶可以是生物化的指标，尤其是对油粉土壤的修复。通过去除水中含有过氧化氢污染的水，酶过氧化酶也在净化纺织废物污染的水中起作用。
新型QSAR模型，用于预测细胞色素P450酶的可逆和时间依赖性抑制
carboxamid e carboxylate carboxylic acid ether halide hydrazine hydroxylamine imine iminomethyl ketone nitrile quinones sulfide sulfonamide sulfone sulfoxide urea CYP3A4 4.673 -1.657 1.259 -0.5551 -2.915 5.568 1.027 9.7 0.22 3.645 1.812 -8.266 -3.206 -0.72 4.486 -2.023 3.258 -1.178 -4.696 -1.171 0.2793 2.299 2.656 2.656 -2.057 -2.223 4.487 CYYP3A4 MBI COPT 1.056 1.124 -3.735 3.305 2.279 -0.2916 -0.5531 1.76 -1.762 -1.122 0.0924 -1.604 -0.185 0.7485 -0.8378 -1.71 -2.679 CYP2C9 -1.714 -1.019 0.5386 -1.888 -0.4591 -4.956 0.6673 -1.543 -5.244 -1.749 -2.953 -2.057 1.877 2.274 -3.064 0.9572 1.215 -0.9967 -2.176 1.688 -1.019 -0.5739 5.121 5.445 -1.431 -1.756 CYP2C19 -2.273 -1.076 2.023 -1.003 0.6657 -0.6112 0.8963 -7.442 -2.295 -0.02369 -3.314 0.04706 -1.89 -2.443 0.2077 0.062 -1.207 -3.293 -0.1096 1.859 4.388 -0.701 -2.874 -2.715 -3.454 CYP2D6 5.566 -1.377 -3.444 -3.224 -2.803 10.12 -0.9736 -1.175 -16.24 -7.884 -2.954 -11.59 -0.9727 -2.91 -4.197 -1.804 0.6502 -3.126 -2.019 -0.9496 -1.377 3.191 -4.559 -3.354 -1.54 1.906
单个酶的功能分析，将可编程分子电路与液滴基微流体
对单分子水平的蛋白质的分析发现了在合奏平均技术中掩盖的异质行为。传统上，酶的数字定量涉及通过促荧光底物的转化将单个分子划分为微室的单分子的观察和计数。基于线性信号扩增的策略仅限于几种酶，其周转率足够高。在这里我们表明，通过将指数分子放大器的敏感性与DNA-酶电路的模块化和液滴读数结合，允许在单分子水平上特异性检测几乎任何D（R）NA与NA相关的酶促活性。该策略（表示为数字PUMA）已通过十几种不同的酶进行了验证，其中包括许多催化速率缓慢的酶，并降低到Pyogenes cas9的明显单周转极限。数字计数独特地产生绝对摩尔定量，并在所有经过测试的商业制剂中揭示了很大一部分非活性催化剂。通过实时监测单个酶分子的扩增反应，我们还提取了催化剂种群中活性的分布，从而揭示了各种应力下的替代失活途径。我们的方法极大地扩大了可以从单分子分辨率下的定量和功能分析中受益的酶的数量。我们预计数字puma将作为一种多功能框架，用于在诊断或生物技术应用中进行准确的酶定量。这些数字测定也可以用于研究蛋白质功能异质性的起源。
筛选采用半自动细胞表达和硝基苯基探针
无细胞表达（CFE）显示了原型酶的最新效用用于发现工作。在这项工作中，CFE被证明是筛选假定的聚酯降解酶序列的有效工具，这些酶序列来自对飞机和车辆上烟的元基因组分析的生物膜分析。具有控制温度块的自动化流体处理程序用于组装大量30μLCFE反应，以提供对人组装的更一致的结果。总的来说，使用内部大肠杆菌提取物和最小线性模板表达了13种来自生物膜生物的假定水解酶以及先前验证的聚酯降解切丁蛋白。然后，使用硝基苯基偶联的底物在提取物中直接测试酶的酯酶活性，从而显示出对较短底物（4-硝基苯基己酸酯和4-硝基苯基脱脂）的最高敏感性。本屏幕确定了10种针对这些底物具有统计学意义的活性的酶；然而，所有在CFE体积的相对活性中，所有这些都较低，均与已建立的切蛋白酶对照。这种方法预示着使用CFE和报告基因探针快速原型，屏幕和设计，用于从环境联盟中降解酶的合成聚合物降解酶。图形摘要
通过结合机器学习和超高通量筛选，工程高度活跃和多样化的核酸酶酶
设计酶以在新型化学环境中起作用是合成生物学具有广泛应用的核心目标。使用机器学习（ML）引导蛋白质设计有可能通过精确导航坚固的健身景观来加速发现高性能酶。在这项工作中，我们描述了ML引导的运动，以设计Nuclease NucB，该核定是一种酶，该酶在治疗慢性伤口的酶降解生物膜，以治疗慢性伤口。在多发酶演化活动中，我们将超高通量功能筛选与ML相结合，并将其与平行的电脑内定向进化（DE）和硅内命中重组（HR）策略进行了比较。ML引导的运动发现了数百种高度活跃的变体，最多有19倍的核酸酶活性改善，而DE的最佳变体提高了12倍。此外，ML设计的命中率距离NUCB WildType高达15个突变，在命中率和多样性方面远远超过了HR方法。我们还表明，仅在进化数据上训练的模型而无需访问任何实验数据，就可以比传统的初始图书馆生成方法以明显高的速率设计功能变体。为了推动ML引导设计的未来进展，我们策划了一个55K多种变体的数据集，这是迄今为止最广泛的基因型 - 表型酶活性景观之一。数据和代码可在以下网址提供：https：//github.com/google-deepmind/nuclease_design。