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一组练习
练习1（i）本练习的目的是研究处理生物信息学问题的各种软件工具。更具体地说，您应该调查（不求解）页面上列出的软件工具的示例https://rosalind.info/problems/list-view/？location = biioinformatics-rosalind（https：//rosalind..info/problems/locations/）和小报告的bioinformatics-markory（（ii）有许多可自由访问的工具用于多个序列对齐。在本报告中，您将比较NCBI和EBI数据库中的工具。访问NCBI和EBI网站，并报告其多分配工具的关键功能。对于NCBI，关键工具在链接中：https：//www.ncbi.nlm.nih.gov/project/project/projects/msaviewer/，httpps://wwwwwwwwwww.ncbi.ncbi.nlm.nih.gov/tools/cobalt/cobalt/cobalt/cobalt/cobalt/re_cobalt.cgi and yan manip on manip in yebience in hanip in yebience https://www.ebi.ac.uk/jdispatcher/msa/确保访问大量工具。提示：因此，简单地使用各种工具，而不是解决上述问题是足够的。也就是说，该练习的目的是与一些现成的工具保持联系，而不是经验丰富的工具。练习2 1（i）访问NCBI数据库，以链接https://www.ncbi.nlm.nih.gov/sars-cov-2/研究SARS-COV-2冠状病毒。使用SARS-COV-2序列数据的记录https://www.ncbi.nlm.nih.gov/nuccore/nc_045512下载冠状病毒尖峰蛋白序列。报告最终结果。然后使用http://ekhidna.biocenter.helsinki.fi/dali/的DALI工具比较两种蛋白质的结构。Then from the link https://www.uniprot.org/uniprotkb/A0A6B9WHD3/entry download the Bat-RaTG13 coronavirus spike protein sequence (https://en.wikipedia.org/wiki/RaTG13) and implement the classic dynamic programming global alignment algorithm with appropriate weights to identify their最长的常见子序列。(ii) View the structure of the two proteins of the previous query using the ab-initio swiss- modeller tool ( https://swissmodel.expasy.org/interactive ) and download the .pdb files (a textual file format describing the three-dimensional structures of molecules held in the Protein Data Bank (textual file of three-dimensional structures of in Protein Data Bank)).使您观察到序列和结构的相关性。子问题（iii）（无评分贡献的子问题）：如果某人想深入研究，他们可以访问https://biologicalmodeling.org/coronavirus/home网站，带有类似（但不完全相同）的问题。子问题（IV）（无评分贡献的子问题）：尝试通过各种新机器学习（https://www.nature.com/articles/s41592-023-01790-6）算法来解决蛋白质结构预测问题。 https://www.ebi.ac.uk/tools/sss/fasta/，https://colab.research.google.com/github/github/deepmind/alphafold/alphafold/blob/main/notebooks/notebooks/alphafold.i pynb（Esmfold.i pynb）和esmfold（ https://www.science.org/doi/10.1126/science.ade2574，https://esmatlas.com/resources?action=fold）。
毕业典礼
田纳西大学西南分校的 Vernie A. Stembridge 医学博士学术权杖在游行队伍中被高举，并在典礼场合展示。这一象征着授予学位的权威的权杖，就像我们目前的许多学术盛会一样，可以追溯到中世纪。Stembridge 权杖是由田纳西大学西南分校的一位校友设计的，以纪念 Vernie A. Stembridge 医学博士，他是田纳西大学西南分校 1959 年至 2000 年间备受钦佩和尊敬的教职员工。设计由 Wm. B. Schieffer 工作室执行；工作于 2003 年完成。Stembridge 权杖的顶部是一颗希腊紫水晶。紫水晶传统上与心灵、身体和精神的治疗以及服务和谦逊有关。这颗紫水晶的一些晶面仍然粗糙自然，而其他晶面则光滑抛光，以暗示教育对人类属性的影响。斯坦布里奇权杖的头部有七个浮雕：医神权杖代表医术；交织的星星表示医疗保健专业、医疗团队和孤星州之间的密切关系；黎明预示着新的开始或“毕业典礼”；金字塔象征着创造性智慧；德克萨斯州的轮廓（标有达拉斯）代表着我们州和城市对教育的承诺，以及学生和教师为我们的城市和州服务的共同责任；双螺旋（DNA分子）代表现代生物医学发现；卷轴象征着知识在几代人之间从老师传给学生。斯坦布里奇权杖的整体形状暗示着学习的火炬。木柄由美国黑胡桃木制成，车削并塑造成经典的凹槽柱形。
开学练习
西南的弗尼·A·斯蒂姆布里奇（Vernie A. Stembridge）像我们当前的许多学术盛宴一样，教师授予学位的权威的象征可以追溯到中世纪。STEMBRIDGE MACE是由UT西南校友设计的，以纪念M.D. Vernie A. STEMBRIDGE，这是1959年至2000年UT西南学院的备受钦佩和受人尊敬的成员。设计的执行是由WM进行的。B.Schieffer Studio;这项工作于2003年完成。在Stembridge狼牙棒的顶部坐着希腊紫水晶。紫水晶传统上与心灵，身体和精神的治愈有关；以及服务与谦卑。这些紫水晶的一些结晶面保持粗糙和自然，而其他紫水晶则保持平稳而抛光，以暗示教育对人类属性的影响。Stembridge狼牙棒与七个浮雕的客串展示了一个头：Aesculapian的工作人员代表康复艺术；编织的星星表示卫生保健专业，卫生保健团队和孤星州的密切关系；黎明提供了一个新的开始或“开业”的承诺；金字塔象征着创造性的智力。得克萨斯州的轮廓（与达拉斯指示）代表我们的州和城市对教育的承诺，以及学生和教职员工为我们的城市和州服务的同时责任；双螺旋（DNA分子）体现了现代生物医学发现。卷轴象征着几代人从老师到学生的知识传递。Stembridge Mace的整体配置表明了学习的火炬。木制轴由美国黑胡桃木制成，转化为经典的凹槽柱状形式。
蛋白质组学练习
使用Proteome Central上的链接转到此数据的Pride条目（https://www.ebi.ac.uk/pride/archive/archive/project/projects/pxd043985）。阅读提交的详细信息，以查看您期望看到的样本。有一个查看，看看数据最初是如何处理和分析的。使用哪个程序进行搜索？查看可下载的文件列表。您可以识别原始原始数据和量化结果吗？有多少个样本，您可以将它们与顶部文本中描述的那些匹配？在这项研究中，有一个“实验Designtemplate.txt”文件，这不是必需的文件。可以查看此文件的内容，以查看是否有助于解释哪个文件是哪个文件。如果您想要有关研究的更多详细信息，那么您可以找到描述这项研究的论文。
神经塑性实践和练习
神经塑性练习可以帮助改善认知功能，从脑损伤中恢复并增强学习和记忆。这是一些神经可塑性练习的例子，以及对相关研究的参考：精神刺激，创造力和学习学习新语言：学习新语言通过形成新的神经途径挑战大脑。一项发表在“神经病学”中的研究发现，与单语个体相比，双语个体的认知能力下降延迟（Biallystok等，2007）。演奏乐器：学习弹奏乐器具有各种认知功能，包括记忆，注意力和运动技能。像“人类神经科学领域”中的研究表明，音乐训练可以导致结构性大脑变化（Hanna-Pladdy＆Mackay，2011年）。它可能会增加大脑区域之间的连通性，并且像学习新语言一样，可能有助于创建新的神经途径。视频游戏：改善运动协调，反应时间，记忆力，空间导航，推理，决策，解决问题的技能和韧性。（注意：带有明亮照明和快速动画的视频游戏可能过度刺激从规定的药物受伤和戒断中恢复过来。）其他游戏和难题：提高记忆力，解决问题的技能，大脑连接性，提高视觉空间的关注。