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使用新生的整个外显子组测序和MassArray基因分型的巴基斯坦Pashtun种族种族中的2型糖尿病遗传风险变异：病例对照协会研究
全基因组关联研究大大增加了T2DM相关风险变异的数量，但大多数都集中在欧洲起源的种群上。在包括巴基斯坦在内的发展中国家，此类研究缺乏。巴基斯坦人口中T2DM的高流行促使我们设计了这项研究。 我们已经在Pashtun种族人口中设计了一个两个阶段（发现阶段和验证阶段）病例对照研究，其中招募了500个T2DM病例和对照，以研究T2DM遗传风险变异。 在发现阶段的整个外显子组测序（WES）中用于基于SIFT和多phen评分，并建议T2DM致病性SNP。在验证阶段，使用Massar-Ray基因分型和适当的统计检验确认了所选变体的T2DM关联。 研究结果表明，目标正相关rs1801282/ pPARG（OR = 1.24，95％Cl = 1.20–1.46，p = 0.010），rs745975/ hnf4a（OR = 1.30，95％cl = 1.06-1.38，p = 1.06–1.38，p = 0.004），或95％CLIS，RS RS RS rS rs rs = 1.252（rs rs rs rs glis） 1.07–1.66，p = 0.016），rs8192552/ mtnr1b（OR = 1.53，95％Cl = 0.56–1.95，p = 0.012）和rs1805097/ irs-2（OR = 1.27，95％cl = 1.36-1.36–1.92，p = 0.045）而RS6415788/ GLIS3，RS61788900/ NOTCH2，RS61788901/ NOTCH2和RS11810554/ NOTCH2（p> 0.05）均显示无显着关联。 识别遗传风险因素/变体可以用于定义高风险受试者评估和预防疾病。巴基斯坦人口中T2DM的高流行促使我们设计了这项研究。我们已经在Pashtun种族人口中设计了一个两个阶段（发现阶段和验证阶段）病例对照研究，其中招募了500个T2DM病例和对照，以研究T2DM遗传风险变异。在发现阶段的整个外显子组测序（WES）中用于基于SIFT和多phen评分，并建议T2DM致病性SNP。在验证阶段，使用Massar-Ray基因分型和适当的统计检验确认了所选变体的T2DM关联。研究结果表明，目标正相关rs1801282/ pPARG（OR = 1.24，95％Cl = 1.20–1.46，p = 0.010），rs745975/ hnf4a（OR = 1.30，95％cl = 1.06-1.38，p = 1.06–1.38，p = 0.004），或95％CLIS，RS RS RS rS rs rs = 1.252（rs rs rs rs glis） 1.07–1.66，p = 0.016），rs8192552/ mtnr1b（OR = 1.53，95％Cl = 0.56–1.95，p = 0.012）和rs1805097/ irs-2（OR = 1.27，95％cl = 1.36-1.36–1.92，p = 0.045）而RS6415788/ GLIS3，RS61788900/ NOTCH2，RS61788901/ NOTCH2和RS11810554/ NOTCH2（p> 0.05）均显示无显着关联。识别遗传风险因素/变体可以用于定义高风险受试者评估和预防疾病。
提高四级护理转诊中心外显子组测序的有效性：罕见神经遗传疾病中的新突变、临床表现和诊断挑战
摘要 背景 我们采用多模式方法，包括详细表型分析、全外显子组测序 (WES) 和候选基因过滤器，对三级神经病学中心转诊的个体进行罕见神经系统疾病诊断。方法 使用候选基因过滤器和严格的算法对 66 名患有神经遗传疾病的个体进行 WES，以评估序列变异。使用计算机预测工具、家族分离分析、先前的疾病关联出版物和相关生物学检测来解释致病或可能致病的错义变异。结果 39% (n=26) 的病例实现了分子诊断，其中包括 59% 的儿童期发病病例和 27% 的晚发型病例。总体而言，37% (10/27) 的肌病、41% (9/22) 的神经病变、22% (2/9) 的 MND 和 63% (5/8) 的复杂表型得到了基因诊断。已鉴定出 27 种与疾病相关的变异，包括 FBXO38、LAMA2、MFN2、MYH7、PNPLA6、SH3TC2 和 SPTLC1 中的 10 种新变异。单核苷酸变异 (n=10) 影响功能域内的保守残基和先前鉴定的突变热点。已确定的致病变异 (n=16) 表现出非典型特征，例如成人多聚葡聚糖体病的视神经病变、脑腱黄瘤病的面部畸形和骨骼异常、先天性肌无力综合征 10 的类固醇反应性虚弱。诊断出可能可治疗的罕见疾病，改善了部分患者的生活质量。结论 整合深度表型分析、基因过滤算法和生物检测提高了外显子组测序的诊断产量，发现了新的致病变异，并扩展了门诊环境中难以诊断的罕见神经遗传疾病的表型。
在77,184个外部信息中的单基质代谢条件下的外观和可变表达性的决定因素补充信息补充
GonçaloR。Abecasis 1.2，Carlos A. Aguilar-Salinas 3，David M. Altshuler 4,5,6,7,8，Gil Atzmon 9,10,111111111111，Francisco Bajas-Olos 12，Aris Baras 13，Aris Baras 13，Nir Barzilai 10，Graeeme I.贝尔14，托马斯·W·布莱克威尔1，约翰·布兰格15.16，迈克尔·博恩克17，埃里克·布威克尔18.19，洛里·邦尼卡斯尔20，埃尔温·P·鲍廷格21，唐纳德·W·鲍登22.23，22.23，jennifer A. Cenno-Cruz 12.27，John C. Chambers 28,29.30,31，Juliana Chan 32，Edmund Chan 33，Ling Chen 34，Siying Chen 17，Ching-yu Cheng 35,36,37.38 14.41, Emilio Córdova 12, Dana Dabelea 42.43, Paul S. De Vries 44, Ralph A. Defronzo 45, Freder- Iick E. Dewey 13, Lawrence Dolan 46, Kimberly L. Drews 25, Ravindranath Duggiorala 15,16, Josée Dupuis 47,48.49, but Elena Gonzalez 50，Amanda Elliott 8.34，Maria Eugenia Garay-Sevilla 51，Jason Flannick 7,8.523，Jose C. Florez 4,6,7.8，James S. Floyd 54，Philippe Frossard 55，Philippe Frossard 55，55 58.59.60，Benjamin Glaser 61，Clicerio Gonzalez 62，Niels Grarup 63，Leif Groop 64,65.66，Myron Gross 67，Christopher A. Haiman 68，Sohee Han 69，Sohee Han 69，Sohee Han 69，Craig L. Hanis Sus 70，Torben Hansen 63.71，Nancy.nancy L.nancy L.7，nandy l.nanda，nandy l。 Heckbert 73，Brian E. Henderson 68，Soo Heon Kwak 74，Anne U. Jackson 75，年轻的Jin Kim 69.76，MaritE.Jørgensen77.78.79.78.79，Megan Kelsey 25.42，Bong-jo Kim 69，Ryan Koesterer 8，Ryan Koesterer 8，Ryan Koester 8，Heikki A.Ko.ko.ko.ko.ko.s.881.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.81.8181.81。 30,31,83.84，Johanna Kuusisto 85,86.87，Markku Laakso 85,86,87.88，Leslie A. Lange 89,90.91，Joseph B.
通过整个外显子组测序的肺癌患者对原发性肿瘤和配对脑转移的比较基因组分析：一项初步研究
肺癌脑转移（BMS）频繁进行，尽管对肺癌生物学有了更好的了解和靶向疗法的发展，但仍与预后不良有关。 颅内对全身治疗的不合理反应部分是由于原发性肺肿瘤（PLT）和BMS之间的肿瘤异质性。 因此，需要更好地了解肺癌BMS生物学，以改善这些患者的治疗策略。 我们对配对BM和PLT样品的整个外显子组测序进行了研究。 BM样品中的体细胞变体和染色体改变的数量较高。 我们确定了在PLT中未发现的BMS中的复发突变。 系统发明树和棒棒糖图旨在描述它们的功能影响。 在≥1bm中突变的13个基因中，先前描述的7个与入侵过程有关，其中3个在功能域中复发突变的3个可能是治疗的未来靶标。 我们提供了有关导致BMS的机制的一些见解。 我们发现13个基因的BM样品中的复发突变。 在这些基因中，以前被描述为与癌症有关，其中3个（CCDC178，RUNX1T1，MUC2）被描述为与转移过程有关。肺癌脑转移（BMS）频繁进行，尽管对肺癌生物学有了更好的了解和靶向疗法的发展，但仍与预后不良有关。颅内对全身治疗的不合理反应部分是由于原发性肺肿瘤（PLT）和BMS之间的肿瘤异质性。因此，需要更好地了解肺癌BMS生物学，以改善这些患者的治疗策略。我们对配对BM和PLT样品的整个外显子组测序进行了研究。BM样品中的体细胞变体和染色体改变的数量较高。我们确定了在PLT中未发现的BMS中的复发突变。系统发明树和棒棒糖图旨在描述它们的功能影响。在≥1bm中突变的13个基因中，先前描述的7个与入侵过程有关，其中3个在功能域中复发突变的3个可能是治疗的未来靶标。我们提供了有关导致BMS的机制的一些见解。我们发现13个基因的BM样品中的复发突变。在这些基因中，以前被描述为与癌症有关，其中3个（CCDC178，RUNX1T1，MUC2）被描述为与转移过程有关。
泛癌药物遗传学：靶向测序面板还是外显子组测序？
目的：本研究帮助临床医生和研究人员在泛癌症药物遗传学背景下在当前市售的靶向测序面板和外显子组测序面板之间做出明智的选择。材料和方法：研究了九种当代市售的靶向泛癌症面板和 xGen Exome Research Panel v2，以确定它们在多大程度上覆盖了五个现有癌症知识库中的药物遗传学变体-药物相互作用以及癌症基因组图谱中的驱动突变和融合基因。结果：xGen Exome Research Panel v2 和 True-Sight Oncology 500 分别针对现有知识库中 71.0% 和 68.9% 的药物遗传学相互作用；以及癌症基因组图谱中 93.7% 和 86.0% 的驱动突变。所有其他研究面板的目标百分比都较低。结论：在涵盖的癌症药物遗传学变异-药物相互作用和药物遗传学癌症变异方面，外显子组测序优于泛癌症靶向测序组。
系统审查和网络荟萃分析
此预印本版的版权持有人于2020年10月21日发布。 https://doi.org/10.1101/2020.10.19.20211144 doi：Medrxiv Preprint
WMRGL实施Illumina Trusight One临床外显子的经验，以扩大我们对罕见疾病的诊断测试。
引言Illumina Trusight One临床外显子（TSO CE）于2015年12月引入了西米德兰兹区域遗传学实验室，以取代现有的下一代测序和Sanger测序服务。变化背后的驱动力是扩大测试组合并提高接送率，同时保持临床敏感性和特异性，并降低成本。在这里，我们介绍了从稀有疾病服务中选择的1604例案件的第一个队列的审查。