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小麦串联激酶和NLR对赋予对多种真菌病原体的抗性
（未通过同行评审认证）是作者/资助者。保留所有权利。未经许可就不允许重复使用。此预印本版的版权持有人于2024年8月30日发布。 https://doi.org/10.1101/2024.08.30.610185 doi：Biorxiv Preprint
在BRAF中获得的耐药性耐药性的体内建模
抗性作物的抽象育种是控制疾病的可持续方法，并依赖于新型抗性基因的引入。在这里，我们测试了如何使用小麦转基因的三种策略来实现对现场真菌病原体的持久抗性。首先，我们在多年的长期野外试验中测试了春季小麦品种Bobwhite的高效，过表达的单转基因PM3E。与先前的结果一起，这表明转基因小麦系PM3E＃2在总共九个野外季节中赋予了完全白粉病的耐药性，而不会对产量产生负面影响。此外，当越过精英小麦品种菲奥琳娜（Fiorina）时，PM3E过表达的PM3E对白粉病分离株的抗性对白粉病分离株有抗性。第二，我们在品种Bobwhite的背景下将四个超表达的转基因PM3A，PM3B，PM3D和PM3F上升，并表明在五个田间季节中，金字化线PM3A，B，D，F，B，D，F，F，b，d，f完全抵抗白粉病。第三，我们在三个野外季节中使用了三条大麦线的三条大麦线进行了现场试验，这些大麦线表达了成人的植物抗性基因LR34。Line GLP8在控制病原体诱导的HV-GER4C启动子的控制下表达LR34，并在该场中提供了部分大麦白粉病和抗叶锈蚀，对可能需要补偿性繁殖的产量组件产生了微小的负面影响。总的来说，我们的研究表明并讨论了三种成功的策略，以使用小麦的转基因在田间实现小麦和大麦的真菌疾病抗性。如果以可持续的方式应用，这些策略可能会赋予长期抵抗。
大麦 MLA 免疫受体被真菌非核糖体肽效应物激活，从而增加疾病易感性
大麦 Mla 基因座含有功能多样化的基因，这些基因编码细胞内核苷酸结合的富含亮氨酸重复受体 (NLR)，并赋予针对活体营养和半活体营养真菌病原体的菌株特异性免疫力。在本研究中，我们分离了一个大麦基因 Scs6 ，它是 Mla 基因的等位基因变体，但赋予对死体营养真菌 Bipolaris sorokiniana 分离株 ND90Pr (Bs ND90Pr) 的敏感性。我们生成了 Scs6 转基因大麦品系，并表明 Scs6 足以赋予天然缺乏受体的大麦基因型对 Bs ND90Pr 的敏感性。 Scs6 编码的 NLR（SCS6）被 Bs ND90Pr 产生的非核糖体肽（NRP）效应物激活，从而诱导大麦和本氏烟细胞死亡。MLA 和 SCS6 之间的域交换表明，SCS6 亮氨酸富集重复域是 NRP 效应物激活受体的特异性决定因素。Scs6 在野生和驯化大麦种群中均有保留。我们的系统发育分析表明 Scs6 是大麦特有的创新。我们推断 SCS6 是一种真正的免疫受体，很可能被 Bs ND90Pr 的非核糖体肽效应物直接激活，从而导致大麦易患疾病。我们的研究为未来开发不易受死体营养病原体修饰的作物合成 NLR 受体奠定了基础。
在同时存在网络中，与沙漠植物微生物组，细菌和真菌共生体结构和分类性联系
记录的版本：该预印本的一个版本于2024年9月2日在环境微生物组发布。请参阅https://doi.org/10.1186/s40793-024-00610-4。
利用纳米孔靶向测序技术在临床实践中实现同一天同时诊断细菌和真菌感染
保留所有权利。未经许可不得重复使用。 （未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 medRxiv 永久展示预印本的许可。
慢性过敏真菌鼻鼻塞炎与α-1抗胰蛋白酶缺乏之间是否存在联系？案例报告
慢性过敏真菌鼻炎（AFRS）是一种非Inva Sive亚型，其特征是典型的CT和MRI发现，对真菌抗原和嗜酸性粘液粘蛋白具有疾病性，表明对真实性疾病的抗炎性反应表明对真实性疾病的真实性疾病[1]。某些暗示此诊断的特征包括一名年轻的IM竞争者单侧或不对称的患者涉及旁那鼻鼻窦；特应性，鼻息肉和鼻cast的存在史和缺乏明显的疼痛[2]。当前的这种情况治疗方案通常涉及一种联合医学和外科手术方法。alpha-1-抗抗蛋白酶（AAT）缺乏是由SERPINA1基因突变引起的遗传疾病，通常是肺和/或肝脏受累。患者可以呈现不同的基因型和表型。di抗衰变量通过抗抗蛋白酶的血清水平降低来确认
在Harcourt Nigeria港出售的卷心菜和凹槽南瓜的营养成分和真菌变质
真菌越来越牵涉到经济上重要的水果和蔬菜变质的药物。这项研究的目的是确定负责卷心菜（甘蓝橄榄石）和凹槽南瓜（Telfairia occidentalis）叶片的真菌物种，在尼日利亚港口哈科特港的不同市场中出售。总共分析了50个样品，分析了肉体和南瓜的肉体学，近端和矿物质成分。分别从白菜和南瓜获得了总共170和128个真菌分离株。被宠坏的卷心菜样品的真菌计数范围从5.1×10 5 cfu/g到7.2×10 6 cfu/g/g，来自Rumuokoro和Mile 1市场的样品分别具有最高和最低计数。南瓜的真菌计数范围从2.8×10 4 cfu/g到2.4×10 5 cfu/g，rumuokoro和d/line市场分别产生最高和最低计数。所鉴定的真菌是青霉，尼日尔曲霉，cladosporium sp。，Rhizopus sp。，Aspergillus flavus，fusarium sp。，Trichophyton sp。和Saccharomyces sp。aspergillus sp。的患病率最高（88％），其次是Saccharomyces sp。（84％），penicillium sp。（44％）和根茎sp。（44％）。蔬菜中含有大量的粗蛋白和碳水化合物，而脂肪含量则低。蔬菜富含Na，Mg，Ca，K，Cu和Zn。这项研究表明，隔离的真菌与卷心菜和南瓜叶的变质有关，可以追溯到糟糕的处理和出售市场的卫生状况。
使用前瞻性代表性数据
目的：本研究使用来自印度南部的前瞻性代表性数据集来开发和评估多模式机器学习模型，以区分细菌和真菌性角膜炎。设计：机器学习分类器培训和验证研究。参与者：印度马杜赖（Madurai）的Aravind Eye Hospital诊断出患有急性感染性角膜炎的五百九十九名受试者。方法：我们使用了前瞻性的，连续收集的，代表性的数据集（Madurai数据集）收集的前瞻性，连续收集的代表性数据集，并比较了3种预测模型，以区分细菌和真菌角膜炎。这些模型包括一个临床数据模型，使用效率网状结构的计算机视觉模型以及将成像和临床数据都结合在一起的多模式模型。我们将Madurai数据集分为70％的火车/验证和30％的测试集。进行了模型训练，并进行了五重交叉验证。我们还比较了由Madurai训练的计算机视觉模型的性能与具有相同架构的模型，但对从多个先前的细菌和真菌性角膜炎随机临床试验（RCT）（RCT训练的计算机视觉模型）进行了培训。主要结果指标：主要评估度量是Precision-Recall曲线（AUPRC）下的面积。二级指标包括接收器操作特征曲线（AUROC），准确性和F1分数下的区域。与计算机视觉模型相比，多模式模型并不能显着提高性能。眼科科学2025; 5：100665ª2024，美国眼科学会。结果：由Madurai训练的计算机视觉模型优于临床数据模型和持有测试集的RCT训练的计算机视觉模型，其AUPRC 0.94（95％的置信间隔：0.92 E 0.96），AUROC 0.81（0.76 E 0.85）（0.76 E 0.85）（0.76 E 0.85），精度为77％和F1 0.85。结论：传染性角膜炎的表现最佳的机器学习分类是使用Madurai数据集训练的计算机视觉模型。这些发现表明，基于图像的深度学习可以显着增强感染性角膜炎的诊断能力，并强调使用前瞻性，连续收集的，代表性的机器学习模型培训和评估的重要性。财务披露：本文末尾的脚注和透视性可以在脚注和验证中找到。这是CC BY-NC-ND许可证（http://creativecommons.org/licenses/by-nc-nd/4.0/）下的开放访问文章。
真菌漆中的位置定向突变：对氧化还原电位，活动和pH值的影响
漆酶是在各种植物和真菌生物中发现的代表性的“蓝色”多型氧化酶（有关最近的评论，请参见[1-12]）。基于针对具有已知晶体结构的CU蛋白进行的广泛比较研究（包括序列 - 同学分析），据认为，漆酶中的CU位点的协调位点与在西葫芦抗坏血酸抗坏血酸抗坏血酸抗压酸氧化酶（ZAO）和人血清ceruloplasmlasmin（HCP）[6,13,13,13,14]中相似。已经生成了各种模型，以将CU位点结构和漆酶的分子特性相关联。尤其是据推测，1（T1）Cu的协调几何形状和配体可能会确定氧化还原电位（E！）[8,15]，在ZAO（M157）和HCP（M690和M1031）中与T1 Cu-ligating蛋氨酸相对应的位置的苯丙氨酸的存在可能是高E的责任！ (0.8 V) observed in Trametes ( Polyporus or Coriolus ) ersicolor laccase [6,9,16], and that exogeneous small molecules (such as O # , H # O, OH − or F − ) are capable of binding to the type 2 (T2) Cu and inhibiting enzyme activity by regulating the internal electron transfer from the T1 Cu to the T2 } type 3 （T3）Cu簇[6,8-10]。 然而，尽管已知大约30个laccase的主要序列，但尚未通过定点诱变来研究这些假设。 最近，我们研究了几个真菌lac酶关于它们的氧化还原和动力学特性[17]。 试图将属性与这些漆酶的结构相关联，我们注意到这些[8,15]，在ZAO（M157）和HCP（M690和M1031）中与T1 Cu-ligating蛋氨酸相对应的位置的苯丙氨酸的存在可能是高E的责任！(0.8 V) observed in Trametes ( Polyporus or Coriolus ) ersicolor laccase [6,9,16], and that exogeneous small molecules (such as O # , H # O, OH − or F − ) are capable of binding to the type 2 (T2) Cu and inhibiting enzyme activity by regulating the internal electron transfer from the T1 Cu to the T2 } type 3 （T3）Cu簇[6,8-10]。然而，尽管已知大约30个laccase的主要序列，但尚未通过定点诱变来研究这些假设。最近，我们研究了几个真菌lac酶关于它们的氧化还原和动力学特性[17]。试图将属性与这些漆酶的结构相关联，我们注意到这些
评估内部转录序列（其）作为DNA条形码的有效性以估计真菌多样性
通用系统发育标记，例如核核糖体内部转录序列（ITS），特别是ITS1和ITS2，通常用于估计环境样品中的真菌多样性。然而，许多研究报告了ITS1和ITS2在记录真菌多样性方面的性能和功效上的差异。为了更好地理解使用ITS1与ITS2的含义，需要对多种真菌分类群的全面表示，对于对它们在多个真菌分类单元中使用的荟萃分析是必要的。为了解决这个问题，进行了详尽的文献综述，以比较和对比ITS1和ITS2作为有效的DNA条形码。公开可用的数据集用于合成代表多种真菌分类群的模拟真菌群落，并测试了两个扩增子的功效，并将其与完整的效果进行了比较。这项研究假设ITS1和ITS2对于解决真菌分类单元的分辨率同样有效。具体来说，当比较系统发育分辨率的ITS1和ITS2时，通过两种方法都确定了一组重叠的分类单元，而某些分类单元则由单个其扩增子更好地解决。此处介绍的评估应使读者可以更好地理解ITS1与ITS2在研究真菌多样性和生态学方面的用途和局限性，并使他们能够开发出改进的方法，以更好地分类分辨率，并有助于识别潜在的新物种。