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分离、鉴定及抗生素敏感性模式...
尼日利亚扎里亚 SHIKA 艾哈迈杜贝洛大学教学医院患者伤口相关细菌的分离、鉴定和抗生素敏感性模式* Abdullahi B. 和 Lawal FB 尼日利亚扎里亚艾哈迈杜贝洛大学微生物学系 *通讯作者 电子邮箱：albishir13@gmail.com 电话：+2348054527359 摘要 伤口感染会影响生活质量，并降低伤口愈合率。本研究旨在从伤口中分离细菌并确定其抗生素敏感性模式。共采集了尼日利亚扎里亚艾哈迈杜贝洛大学教学医院伤口患者的 100 份伤口拭子样本。对样本进行培养，并使用生化测试鉴定所得分离物。使用琼脂纸片扩散法对鉴定出的细菌进行抗生素敏感性试验。在收集的 100 个伤口样本中，有 43 个感染了细菌；导致细菌性伤口感染的总患病率为 43%。在 43 种分离的细菌中，58.1% 为金黄色葡萄球菌，18.6% 为克雷伯氏菌属，而 23.3% 被鉴定为假单胞菌属。女性患者细菌性伤口感染的患病率（47.3%）高于男性患者（37.8%）。21-40 岁年龄组的感染患病率最高（48.3%），10-20 岁年龄组的感染患病率最低（33.3%）。所有风险因素均与感染无显著相关性（p>0.05）。所有分离株对氧氟沙星均 100% 敏感。所有分离株对青霉素均 100% 耐药。所有假单胞菌属均为 100% MDR。金黄色葡萄球菌是最常见的细菌，氧氟沙星是治疗伤口感染的首选药物。关键词：伤口；细菌感染；抗生素敏感性；MDR 简介伤口是皮肤破裂并因皮肤完整性丧失而暴露的皮下组织，为微生物的定植和增殖提供了潮湿、温暖和有利的环境（Esebelahie 等人，2013 年）。皮肤容易受到伤害、划伤并与外界环境接触，因此更容易受到病原体的定植（Simões 等人，2018 年）。由于伤口定植最常见的是多种微生物，涉及可能致病的不同微生物，因此任何伤口都存在感染的风险（Simões 等人，2014 年）。患者所呈现的伤口因情况而异，包括急性手术伤口、意外事故后发生的创伤性伤口、烧伤伤口或慢性伤口，如糖尿病足、腿和压疮。所有伤口都受到微生物的污染，这些微生物是皮肤腐生菌群的一部分，这些微生物的类型和数量因伤口而异（Cooper 和 Lawrence，1996 年）。
全面鉴定、分离和培养人类乳腺细胞类型
组织由多种不同类型的细胞形成和塑造，并通过无数相互作用进行协调。因此，要解读组织的生物复杂性，需要在细胞水平上进行研究，从而探索和彻底剖析不同细胞类型的分子和生化特征。不幸的是，缺乏全面的方法来识别、分离和培养来自许多组织的各种细胞类型，阻碍了进展。在这里，我们提出了一种用于研究构成人类乳房的多种细胞类型的方法。长期以来，我们的目标一直是了解每种不同乳腺细胞类型的本质，揭示解释其内在特征、相互作用的后果及其对组织的贡献的潜在生物学原理。这种生物学探索需要细胞纯化、深度 RNA 测序以及彻底剖析定义每种细胞类型的基因和途径。虽然分子分析在另一篇文章中介绍，但我们在这里对人类乳房进行了详尽的细胞解剖，并探索了其细胞组成和组织学组织。此外，我们引入了一种新型 FACS 抗体组和严格的门控策略，能够将 12 种主要乳腺细胞类型分离至纯度。最后，我们描述了从几乎每种乳腺细胞类型（其中一些是同类中的第一个）创建原代细胞模型，并将其作为研究乳腺组织和肿瘤内动态细胞相互作用的关键工具。总之，这项工作提供了对乳腺的独特视角，揭示了其细胞、分子和生化组成的见解。
质粒分离与提取 什么是质粒DNA
质粒是一种自主复制的染色体外环状 DNA 分子，不同于正常的染色体 DNA，在非选择性条件下对细胞存活并非必需。细菌质粒是双链 DNA 的闭合环状分子，大小从 1 到 >200 kb 不等。它们存在于多种细菌物种中，在这些细菌物种中，它们表现为独立于细菌染色体遗传和复制的额外遗传单位。质粒通常含有编码酶的基因，这些酶在某些情况下对宿主细胞有利。编码的酶可能与抗生素耐药性、对环境中的毒素（例如复杂的有机化合物）的耐药性或细菌自身产生的毒素有关。质粒一词最早由美国分子生物学家 Joshua Lederberg 于 1952 年提出。同年，J. Lederberg 回顾了细胞遗传方面的文献，并建议将所有染色体外的遗传决定因素称为“质粒”。与细菌染色体相比，质粒的尺寸非常小，较老的质粒仅为大肠杆菌染色体尺寸的 0.8%，尽管存在其他比这个尺寸小的质粒，但 Pl. DNA 和 Ch. DNA 非常相似，环状结构为一个二进制字符串，但在细胞内，与染色体不同，质粒牢固地缠绕在自身周围，形成所谓的超卷曲质粒或共价闭合环状 (CCC)。如果已知质粒的表型标记（例如抗生素抗性），建议在选择压力下培养细胞以避免质粒丢失。
社论：放线菌天然产品：隔离，结构阐明，生物学活性，生物合成和产量改善
Natural products from Actinobacteria,Hsi commonly known as actinomycetes, have historically provided humans with numerous antibiotics (e.g., streptomycin, gentamicin, and vancomycin) ( Schatz et al., 1944 ; Cooper and Yudis, 1967 ; Rake et al., 1986 ), anticancer agents (e.g., doxorubicin, bleomycin, and Calicheamicins（Shastri等，1971; Maiese等，1989）和Agrochemicals（例如Avermectin和pinosad）（West，1996; Molinari et al。，2010）。应强调，所有认可的抗生素中约有三分之二来自放线菌，主要由链霉菌物种衍生出来，强调了这些微生物的重要性（Barka等，2016）。从放线菌对新天然产物的发现和生物学评估是后基因组时代的无尽领域，主要是由微生物基因组学和合成生物学的进步驱动。了解放线菌天然产物的生物合成不仅阐明了自然如何从小型构件（例如氨基酸和酰基-COA）中构建这些复杂分子，而且还为提高工业发展的产量提供了基础。一些天然产品具有前所未有的结构支架和令人印象深刻的生物学活动，激发了合成和药物化学家设计和综合药物的下一代。此外，放线菌具有通过发酵技术实现天然产物的优势。
使用基于过滤器的试剂盒和冷却方法对黑曲霉 DNA 进行质量和数量分离 Renatasya Silviana Herningtyas、Muhammad Taufiq Qur
提交日期：2023 年 11 月 13 日 修订日期：2024 年 4 月 6 日 接受日期：2024 年 6 月 22 日 摘要 聚合酶链式反应 (PCR) 是提高检测真菌感染（例如由黑曲霉引起的感染）灵敏度的重要技术。纯 DNA 和 DNA 分离技术的可用性是实施 PCR 的重要因素。本研究旨在比较使用基于过滤器的试剂盒方法和冷却分离黑曲霉 DNA 的质量和数量。实验研究设计使用琼脂糖凝胶电泳 (1.5%) 对 DNA 分离物进行定性测试，使用紫外可见分光光度计 (波长为 260 nm 和 280 nm) 进行定量 DNA 测试。数据分析比较了两种方法分离的 DNA 的定性和定量结果。结果表明，两种分离方法中都存在 DNA 带，基于过滤器的试剂盒方法中的带较粗使用基于过滤器的试剂盒分离后的 DNA 平均浓度 (6,478 ng/μl) 高于冷却方法 (5,994 ng/μl)。基于过滤器的试剂盒中的 DNA 纯度 (1.7) 也高于冷却方法 (1.1)。基于过滤器的试剂盒方法含有支持成功分离 DNA 的化学成分。可以得出结论，基于过滤器的试剂盒方法比冷却方法产生的黑曲霉 DNA 分离物质量更好、数量更多。这些发现意味着基于过滤器的试剂盒可能是实验室应用中分离黑曲霉 DNA 的更好选择。关键词：黑曲霉；冷却方法；基于过滤器的试剂盒 1. 简介
质粒 DNA 的自动分离和质量控制
图 1. 质粒 QC 工作流程说明。从过夜细菌培养物开始，可使用 KingFisher 系统纯化 DNA。为了精确测定数量，在进行后续步骤之前，通过限制性消化将纯化的 DNA 线性化。对于无液滴数字 PCR (dPCR) 定量，将线性化的 DNA 与 Applied Biosystems ™ TaqMan ™ 检测试剂混合，装入 Applied Biosystems ™ QuantStudio ™ Absolute Q ™ MAP16 板中，并在 QuantStudio Absolute Q 数字 PCR 系统上运行。为了验证质粒序列，使用 Applied Biosystems ™ BigDye ™ Terminator 循环测序试剂盒对线性化的 DNA 进行循环测序。然后在 CE 和分析之前使用 Applied Biosystems ™ BigDye XTerminator ™ 纯化试剂盒清理反应物。或者，使用 Applied Biosystems ™ BigDye ™ 直接循环测序试剂盒对 DNA 进行扩增和测序。在 CE 和分析之前，使用 BigDye XTerminator 纯化试剂盒清理这些反应。
微生物的隔离和表征
抽象的香蕉水果是全球数百万人的主食食物来源，这导致全球对水果的需求增加。然而，它们容易受到各种形式的恶化，这通常归因于微生物的活性，包括细菌，真菌和酵母菌，它们可能导致各种类型的变质，例如变色，纹理变化，口味，口味，等等，并可能导致救助后的损失。这项研究是为了隔离和鉴定与香蕉水果恶化有关的微生物。分别通过连续稀释，接种并分别在营养琼脂和Sabouraud右旋糖琼脂上培养了总共4个样品的真菌和细菌。将两个培养的板在37 0 C下孵育24小时和28±1°C，分别孵育五天，并分别培养。进行了真菌物种的宏观检查和微观检查，并通过与标准真菌鉴定指南进行了比较研究形态学特征并用于真菌鉴定。还进行了形态学检查，革兰事染色和生化测试以鉴定细菌。细菌计数范围为4.5 x 105至1.21 x 106 cfu/ml，表明被宠坏的样品中细菌种群较高。fusarium spp，Rhizopus spp和Candida spp是来自新鲜香蕉水果中最孤立的真菌，出现（2）25％，而曲霉和念珠菌SPP则最少孤立，出现（1）12.5％。分离株的存在可能是由于香蕉水果的粗心处理和储存条件所致烟曲霉，根茎spp，粘液spp和念珠菌spp是来自变质的香蕉水果中最孤立的真菌，出现（2）20％，而富沙属spp和spergillus flavus则是最少的，而呈（1）10％。金黄色葡萄球菌和链球菌是来自新鲜香蕉水果的最不分离的细菌，出现为（1）25％，而大肠杆菌的发生最分离的是（2）50％。金黄色葡萄球菌和链球菌是从变质的香蕉果实中分离出的细菌，出现为（1）25％，而大肠杆菌的发生最多的是（2）50％。
从葡萄藻生物质中分离高分子量基因组DNA的方法
开发非模型物种的高分子量 (HMW) 基因组 DNA (gDNA) 提取方案对于充分利用长读测序技术以生成有助于解答有关这些生物的复杂问题的基因组组装至关重要。获取足够的高质量 HMW gDNA 对这些物种来说可能具有挑战性，尤其是对于富含多糖的组织，例如来自葡萄藻属内物种的生物质。基于柱式 DNA 提取和生化裂解试剂盒的现有方案效率低下，并且由于生物质多糖含量的变化可能没有用。我们开发了一种优化的方案，用于从葡萄藻生物质中有效提取 HMW gDNA，以用于长读测序技术。该方案利用山梨糖醇作为初始洗涤步骤去除多糖，并产生浓度高达 220 ng/μL 的高纯度 HMW gDNA。然后，我们证明了从该方案中分离出的 HMW gDNA 适用于在 Oxford Nanopore PromethION 平台上对三种葡萄藻进行长读测序。我们的方案可用作在富含多糖的微藻中高效提取 HMW gDNA 的标准，并可适用于其他具有挑战性的物种。
鉴定，分离和提取从卵中产生细菌并用于染色的色素的
本研究旨在将细菌从白色的卵中分离出来，这些细菌可以产生颜料，并可能在纺织工业中用作染料。通常，细菌出于各种原因产生色素，并且起着重要作用。细菌产生的一些色素显示出针对病原体的抗菌活性。这些细菌产生的这些抗菌剂或物质成功地用于预防和治疗微生物疾病。诸如类胡萝卜素，黑色素，黄素，维紫素，protigiosin之类的色素对许多致病细菌显示出明显的抗菌作用。被污染的卵可能会产生细菌，例如沙门氏菌属，proteus spp。，bacillus spp。，pseudomonas spp。和葡萄球菌属，它们的鞭毛可以使它们穿过毛孔。通过使用有机溶剂提取这些细菌，并以薄层色谱法进行纯化和特征，并优化为染色参数。获得的染料是化学染料的替代来源。
Citrinum及其细胞切换伴侣Meyerozyma guilliermondii的共隔离
图2：14天后接种后应力时生长的比较。 a）来自p的孢子。 暴露于-80°C后，柠檬酸HEK1在milliq水中。 b）在a中的培养物的放大。 Citrinum HEK1和酵母菌菌株HEK2（红色圆圈）可以观察到。 c）在A中使用的相同初始孢子悬浮液中的培养，但重悬于生理水中而不是Milliq水作为对照。 d）在C中的培养物放大，其中只有p。 可以观察到 Citrinum HEK1（菌丝和孢子）。图2：14天后接种后应力时生长的比较。a）来自p的孢子。柠檬酸HEK1在milliq水中。b）在a中的培养物的放大。Citrinum HEK1和酵母菌菌株HEK2（红色圆圈）可以观察到。c）在A中使用的相同初始孢子悬浮液中的培养，但重悬于生理水中而不是Milliq水作为对照。d）在C中的培养物放大，其中只有p。Citrinum HEK1（菌丝和孢子）。