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天花粉-当归-乳香-没药治疗乳腺癌的药物-靶点-疾病网络分析杨金清 1 ,†
摘要 本研究旨在利用网络药理学和分子对接方法探讨瓜蒌-当归-乳香-没药（TAFM）治疗乳腺癌的关键活性成分、潜在靶点及其分子机制。利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）数据库获取TAFM的化学成分和相关靶点；利用GeneCards、OMIM、Drugbank和治疗靶点数据库（TTD）等数据库识别乳腺癌相关靶点；利用Cytoscape 3.9.1软件和STRING（Search Tool for the Retrieval of Interaction Gene/Proteins）数据库可视化药物成分-靶点-疾病和蛋白质相互作用网络，筛选核心成分和关键靶点。使用DAVID（Database for Annotation, Visualization and Integrated Discovery）数据库进行基因本体论（GO）和京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析，使用AutoDock和PyMOL软件进行分子对接。发现TAFM在治疗乳腺癌中的关键活性成分包括β-谷甾醇、豆固醇、鞣花酸、天竺葵素和矮牵牛素，共鉴定出ESR1、VEGFA、PTGS2、HSP90AA1、CASP3等38个关键靶点和枢纽基因。分子对接结果证实豆固醇和胱天蛋白酶3（CASP3）是相关最密切的靶点。GO富集分析显示，参与的生物学过程主要包括药物反应、凋亡过程的正向调控和基因表达双向调控等。KEGG通路分析揭示了与癌症、炎症及感染相关疾病相关的通路的参与。研究结果提供了支持性证据，表明β-谷甾醇、豆固醇、鞣花酸、天竺葵素和矮牵牛素代表TAFM的关键生物活性成分，通过调节雌激素受体α（ESR1）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、前列腺素-内过氧化物合酶2（PTGS2）、热休克蛋白90α（HSP90AA1）和CASP3在治疗乳腺癌中表现出抗乳腺癌活性。
基于图神经网络预测 lncRNA 与药物的关联
LncRNA 是一类重要的非编码 RNA，据报道与多种人类病理状况有关。越来越多的证据表明药物可以调节 lncRNA 的表达，这使得将 lncRNA 开发为治疗靶点成为可能。因此，开发预测 lncRNA-药物关联 (LDA) 的计算机方法是开发基于 lncRNA 的疗法的关键步骤。在本研究中，我们使用基于 lncRNA 和药物相似性网络的图卷积网络 (GCN) 和图注意力网络 (GAT) 来预测 LDA。结果表明，我们提出的方法在五个数据集上取得了良好的性能（平均 AUC > 0.92）。此外，案例研究和 KEGG 功能富集分析进一步证明该模型可以有效识别新型 LDA。总体而言，本研究提供了一个基于深度学习的预测新型 LDA 的框架，这将加速针对 lncRNA 的药物开发进程。
预测与重度抑郁症症状测量的遥感技术参与的预测因素
PSIPRED工作台是生物科学数据存储库和Web服务的全球生态系统的一部分。这些涵盖了主要数据存储库，例如NCBI，EBI和RCSB PDB（1-3），派生的数据资源，例如字符串，CATH，KEGG，INTERPRO和UNIPROT（4-8），以及诸如EBI WebServices，NCBI Webservices，NCBI Webservices等网络服务。可以通过Elixir Biotools网站（https：//bio.tools/）（9）来发现大量的工具和服务作为代码和网络服务。我们已经开发了Psipred Workbench已有近25年了。我们的网站服务提供了各种基于机器学习的工具，专注于表征蛋白质的结构和功能特征。近年来，我们在整合新的基于深度学习的工具和技术方面取得了重大进展。在2018年，我们替换了网络服务器中的每一条代码，并显着改进了这两个工具运行
原创文章 通过详细的生物信息学和分子实验方法揭示骨质疏松症的未知新特征
摘要：背景：骨质疏松症 (OP) 是一种影响全球老年人的常见骨病。确定可靠的诊断标记对于 OP 的临床管理至关重要。方法：利用 GEO 数据库 (GSE35959)，我们获取了 OP 和正常样本的表达谱。通过 STRING、GEO2R 和 Cytoscape 确定差异表达基因 (DEG) 和中心基因。使用 miRTarBase、miRDB 和 MiRcode 数据库构建竞争内源 RNA (ceRNA) 网络。通过 DAVID 进行基因本体论 (GO) 和 KEGG 通路富集分析。验证涉及来自巴基斯坦人群的临床 OP 样本，使用实时定量聚合酶链反应 (RT-qPCR) 评估中心基因表达。结果：在 GSE35959 中，OP 和正常样本之间共鉴定出 2124 个差异表达基因 (DEG)。这些 DEG 中选定的枢纽基因是剪接因子 3a 亚基 1 (SF3A1)、Ataxin 2 样 (ATXN2L)、热休克蛋白 90 Beta 家族成员 1 (HSP90B1)、分化簇 74 (CD74)、DExH-Box 解旋酶 29 (DHX29)、ALG5 多萜醇磷酸 β-葡萄糖基转移酶 (ALG5)、NudC 结构域含 2 (NUDCD2) 和 Ras 相关蛋白 Rab-2A (RAB2A)。在巴基斯坦 OP 患者中对这些基因的表达验证显示，在 OP 患者中，SF3A1、ATXN2L 和 CD74 显着上调，而 HSP90B1、DHX29、ALG5、NUDCD2 和 RAB2A 显着 (P <0.05) 下调。受试者工作特征（ROC）分析显示这些枢纽基因对OP的诊断准确率较高。枢纽基因的ceRNA网络分析揭示了一些重要的枢纽基因调控miRNA和lncRNA。通过KEGG分析发现，枢纽基因在N-糖生物合成、甲状腺激素合成、IL-17信号通路、前列腺癌、AMPK信号通路、剪接体、雌激素信号通路、流体剪切应力和动脉粥样硬化等通路中富集。结论：本研究鉴定出的8个枢纽基因可以可靠地区分OP患者和正常个体，这可能为OP的诊断研究提供新的思路。
原创文章 腺样囊性癌中确定的潜在靶点为进一步研究指明了新方向
摘要：头颈部腺样囊性癌（AdCC）起源于涎腺，具有较高的复发和转移风险，患者预后较差。本研究旨在筛选与AdCC相关的关键基因，以进一步研究其诊断和预后意义。本研究以基因表达综合（GEO）数据库中的AdCC样本数据集GSE36820，GSE59702和GSE88804为样本，探究与正常组织相比，AdCC中基因的异常共表达情况。通过GEO2R和FunRich软件筛选，共获得115个DEG。经Enrichr功能注释分析，这些DEG主要富集在SOX2、AR、SMAD和MAPK信号通路中。利用相互作用基因检索工具 (STRING) 建立了 DEG 的蛋白质-蛋白质网络，并通过基于 WEB 的基因集分析工具包 (WebGestalt) 进行注释，结果显示，DEG 中富集了参与心肌细胞增殖和细胞外基质组织的蛋白质。京都基因与基因组百科全书 (KEGG) 分析显示，ITGA9、LAMB1 和 BAMBI 与 PI3K-Akt 和 TGF-β 通路相关。此外，通过 OncomiR 和 miRNA 通路词典数据库 (miRPathDB) 鉴定出 36 个潜在的靶 miRNA。总之，富集分析显示 SLC22A3、FOXP2、Cdc42EP3、COL27A1、DUSP1 和 HSPB8 起着关键作用；KEGG 分析显示，ITGA9、LAMB1 和 BAMBI 参与了重要通路； ST3Gal4是所有获得的DEGs的PPI网络的关键组成部分；SPARC、COL4A2和PRELP在泛癌症研究中与多种恶性肿瘤高度相关；hsa-miR-29-3p、hsa-miR-132-3p和hsa-miR-708-5p是AdCC中的潜在调控因子。所涉及的通路、生物学过程和miRNA已被证明在AdCC的发生、生长、侵袭和转移中发挥重要作用。在本研究中，这些鉴定的DEG被认为对AdCC具有潜在影响，但尚未在该疾病中进行研究。分析结果有助于我们了解AdCC的分子机制和生物学过程，这可能有助于靶向治疗或诊断。
积分酶抑制剂对性别男性的肠道菌群的特定影响
图5：在MSM的三个队列中发现的功能术语。上图：用picrust2获得了aNCOM-BC2组之间的kegg，并根据其对数折叠变化（LFC）选择。A.比较Prepep和HIV+ Lowcd4 Preart之间的KO项。B.比较HIV+ Lowcd4 Postart和HIV+ Highcd4 Postart之间的KO项。C.在Prepep与Postpep之间的KO术语比较。较低的图像：使用picrust2获得的EC项，与ANCOM-BC2组相比，并根据其LFC选择。D.在Prepep和HIV+ Lowcd4 Preart之间进行EC项的比较。E. HIV+ LOWCD4 POSTART和HIV+ HIGHCD4 POSTART之间的EC项比较。F.在Prepep与Postpep之间的EC项比较。注意：红色的属在参考组中具有阳性LFC（较高的丰度）。蓝色的属在参考组中具有负LFC（较低的丰度）。
西米棕榈（Metoxylon sagu Rottboll）首个高质量基因组组装数据
西米棕榈（Metoxylon sagu Rottboll）是一种全能型棕榈树，它既是热带耐盐生淀粉生产棕榈树，也是观赏植物。最近，利用 Illumina 测序平台对这种棕榈树进行了基因组调查，但 BUSCO 基因组完整性非常低（21.5%），其中大多数（~78%）是碎片化或缺失的。因此，在本研究中，利用可产生更长读取量的 Nanopore 测序平台进一步提高了西米棕榈基因组的完整性。进行了混合基因组组装，结果是一个更完整的西米棕榈基因组，其中 BUSCO 完整性高达 97.9%，其中只有~2% 是碎片化或缺失的。在本研究中，西米棕榈的估计基因组大小为 509,812,790 bp。从西米棕榈基因组中共发现了 33,242 个蛋白质编码基因，其中约 96.39% 的基因已进行了功能注释。对碳水化合物代谢 KEGG 通路的研究还发现，淀粉合成是西米棕榈的主要活动之一。这些数据对于未来的分子进化和全基因组关联研究必不可少。
1064 科学文摘
结果：共获得2670个DEGs和371个TSPJ靶点，其中重叠基因52个，41个基因存在蛋白相互作用，可用于构建PPI网络。KEGG富集分析结果包括VEGF和HIF-1信号通路。对VEGF和HIF-1信号通路中DEGs的相关性分析，获得7个负相关基因和16个正相关基因。SRC原癌基因、非受体酪氨酸激酶（SRC）和信号转导和转录激活因子3（STAT 3）在PPI中具有较高的程度值，并且在通路中表现出显著相关性，被视为重点靶点。与CIA模型组相比，TSPJ显著降低了AI和组织学评分。此外，血清或脾脏中 VEGF-A、HIF-1 α、IL-1 β 和 IL-17A 的表达呈剂量依赖性显著降低。结论：本研究表明，SRC 和 STAT 3 可能是 TSPJ 作用于 VEGF 和 HIF-1 信号通路的关键靶点，从而抑制血管生成并改善 RA。利益披露：未声明 DOI：10.1136/annrheumdis-2021-eular.3496
原文 通过 CRISPR/Cas9 消除 CNE2 鼻咽细胞中的 microRNA-21 可抑制增殖并通过靶向 PI3K/A 诱导细胞凋亡
摘要：背景：探讨CRISPR/Cas9介导的microRNA 21（miR-21）敲除对鼻咽癌CNE2细胞生物学特性的影响及可能的作用机制。方法：设计针对miR-21基因的sgRNA，构建CRISPR/Cas9慢病毒系统并通过T7EN1酶切检测编辑效率。通过CCK-8、Transwell侵袭实验和流式细胞术检测miR-21敲除对CNE2细胞生物学特性的影响。通过生物信息学分析和免疫印迹研究其作用机制。结果：获得了靶向敲低miR-21基因的CRISPR/Cas9系统，miR-21敲除明显抑制CNE2细胞的生长、克隆形成、侵袭和迁移能力，从而诱导细胞凋亡。生物信息学分析共鉴定出28个KEGG。进一步的免疫印迹分析显示，miR-21敲除后，PI3K/AKT/mTOR信号通路相关蛋白的表达降低。结论：miR-21敲除可抑制CNE2细胞的生长增殖并诱导其凋亡，其机制可能与抑制PI3K/AKT/mTOR信号通路有关。
利用 CRISPR-Cas9 方法构建工程酿酒酵母，删除 GPD2、FPS1 和 ADH2，以提高乙醇产量
摘要：生物乙醇作为可再生液体燃料具有重要价值，工业生产乙醇过程中甘油和有机酸的过量积累导致乙醇含量降低。本研究利用CRISPR-Cas9方法构建了GPD2、FPS1和ADH2基因缺失的酿酒酵母工程菌株，以提高乙醇产量。通过RNA测序和转录组分析研究基因缺失对基因表达的影响。结果表明，以50g/L葡萄糖为底物，通过同时缺失GPD2、FPS1和ADH2基因构建的酿酒酵母工程菌株SCGFA乙醇产量为23.1g/L，比野生型菌株提高了0.18%，每g葡萄糖的乙醇转化率为0.462g。此外，SCGFA中甘油、乳酸、乙酸、琥珀酸含量与野生型菌株相比分别降低了22.7%、12.7%、8.1%、19.9%、20.7%。京都基因与基因组百科全书(KEGG)分析显示，上调基因富集表明糖酵解、脂肪酸和碳代谢均能影响SCGFA的乙醇生产。因此，该工程菌株SCGFA在生物乙醇生产中具有巨大的潜力。