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西米棕榈(Metoxylon sagu Rottboll)是一种全能型棕榈树,它既是热带耐盐生淀粉生产棕榈树,也是观赏植物。最近,利用 Illumina 测序平台对这种棕榈树进行了基因组调查,但 BUSCO 基因组完整性非常低(21.5%),其中大多数(~78%)是碎片化或缺失的。因此,在本研究中,利用可产生更长读取量的 Nanopore 测序平台进一步提高了西米棕榈基因组的完整性。进行了混合基因组组装,结果是一个更完整的西米棕榈基因组,其中 BUSCO 完整性高达 97.9%,其中只有~2% 是碎片化或缺失的。在本研究中,西米棕榈的估计基因组大小为 509,812,790 bp。从西米棕榈基因组中共发现了 33,242 个蛋白质编码基因,其中约 96.39% 的基因已进行了功能注释。对碳水化合物代谢 KEGG 通路的研究还发现,淀粉合成是西米棕榈的主要活动之一。这些数据对于未来的分子进化和全基因组关联研究必不可少。

西米棕榈(Metoxylon sagu Rottboll)首个高质量基因组组装数据

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