机构名称：
¥ 1.0
了解物种间染色质构象的进化对于阐明基因组的结构和可塑性至关重要。线性远距离基因座的非随机相互作用以物种特异性模式调节基因功能，影响基因组功能、进化，并最终影响物种形成。然而，来自非模式生物的数据很少。为了捕捉脊椎动物染色质构象的宏观进化多样性，我们通过 Illumina 测序、染色体构象捕获和 RNA 测序为两种隐颈龟 (cryptodiran，藏颈龟) 生成从头基因组组装：Apalone spinifera (ZZ/ZW，2 n = 66) 和 Staurotypus triporcatus (XX/XY，2 n = 54)。除了在线性基因组中检测到的融合/裂变事件外，我们还检测到龟类的三维 (3D) 染色质结构与其他羊膜动物存在差异。也就是说，全基因组比较揭示了龟类染色体重排的不同趋势：（1）鳖科（Trionychidae）的基因组改组率较低，而鸡（可能是龟类的祖先）与核型高度保守；（2）动胸龟科（Kinosternidae）和翠龟科（Emydidae）的融合/裂变率中等。此外，我们还发现了一种染色体折叠模式，这种模式使以前在龟类中未检测到的“着丝粒 - 端粒相互作用”成为可能。“着丝粒 - 端粒相互作用”（本文发现）加上“着丝粒聚集”（之前在蜥蜴类中报道过）的组合龟类模式对于羊膜动物来说是新颖的，它反驳了以前关于羊膜动物 3D 染色质结构的假设。我们假设，在龟类中发现的不同模式起源于羊膜动物祖先状态，该状态由核结构定义，微染色体之间存在广泛的关联，这些关联在线性基因组改组后得以保留。
两种隐龟的从头基因组组装
主要关键词
相关文件推荐
