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实验水培系统中种植绿叶蔬菜的微生物群落的宏基因组分析
水培是一个正在发展的食品生产行业，尤其是在绿叶蔬菜领域。由于绿叶蔬菜是食源性疾病的主要来源之一，水培被认为是减少病原体爆发的一种工具。虽然水培和其他受控环境农业系统消除了土壤和户外种植系统中的许多污染源，但污染的风险并未消除。先前对水培的研究表明，细菌病原体（STEC、沙门氏菌和李斯特菌）在水培系统中生长并迅速传播，而且水培农产品的细菌病原体内化率高于土壤种植的植物1-3。事实上，近几个月来，由于沙门氏菌和李斯特菌的污染，水培绿叶蔬菜已被多次召回。尽管如此，与土壤系统相比，有关这些系统的微生物学信息仍然有限。
博士学位 - 葡萄牙国家数字图书馆
干草和单核细胞增生李斯特氏菌的基因型异质性 Maria Manuela Mendes Guerra 博士：动物科学与技术顾问：Fernando Manuel d' Almeida Bernardo 博士 测试完成于：2003 年 7 月 11 日 摘要 在 61 份 (9%) 的干草中检测到单核细胞增生李斯特氏菌。 673 个食品样本和 123 个环境样本中的 5%。在 29 个样品中同时分离出一种以上李斯特菌 (4%)。结合传统分型技术来表征 95 个单核细胞增生李斯特菌分离株，识别出 17 个不同的群体。在四种情况下，发现从同一样本中获得的一些分离株属于不同的血清型。 AFLP 技术的首次评估是使用 Eco R1 对 84 个单增李斯特菌分离株进行 DNA 消化，获得了对流行病学分型有用的更精细、更可重复的区分。在 31 个菌株中，37°C 时对 NaCl 的最大耐受性为 8% 至 13%，25°C 时为 10% 至 14%，5°C 时为 11% 至 14%。一些菌株的最低耐受 pH 值在 4.0 至 4 之间。 25°C 和 37°C 温度下为 3，5°C 下为 3.9 至 4.3。防腐剂（硫柳汞）的 MIC 谱相对较宽。单增李斯特菌 Scott A 细胞先前暴露于应激因子可能会为它们提供保护，使其免受随后的乳链菌肽暴露。单核细胞增生李斯特菌的表型和基因型异质性 摘要 在 61 (9%) 或
lib 4641鉴定共同富集沙门氏菌的通用富集汤
1。al-Zeyara，S.A.，B。Jarvis和B.M.Mackey。2011。天然菌群对食物的抑制作用对富集肉汤中李斯特氏菌生长的生长。int。J.食物微生物。145：98 115。2。Andrews，W.H.，H。Wang，A。Jacobson和T. Hammack，细菌分析手册，第5章。 沙门氏菌。 2017。 3。 Bailey，J.S。 和N.A. Cox。 1992。 普遍的普遍肉汤，用于同时检测食品中沙门氏菌和李斯特菌。 J. 食物蛋白质。 55：256-259。 4。 Baranyi，J。和T.A. 罗伯茨。 1994。 一种动态方法来预测食物中细菌的生长。 int。 J. 食物微生物。 23：277-294。 5。 Brehm-Stecher，B.，C。Young，L.A。Jaykus和M.L. tortorello。 2009。 样本准备：被遗忘的开始。 J. 食物蛋白质。 72：1774-1789。 6。 Chen，J。，J。Tang，J。Liu，Z。Cai和X.Bai。 2012。 多路复用PCR的开发和评估，用于同时检测五种食源性病原体。 J. Appl。 微生物。 112：823-830。 7。 Chen，J。，J。Tang，A.K。 Bhunia，C。Tang，C。Wang和S. Hui。 2015。 开发多种病原体富集肉汤，以同时生长五种常见的食源性病原体。Andrews，W.H.，H。Wang，A。Jacobson和T. Hammack，细菌分析手册，第5章。沙门氏菌。 2017。 3。 Bailey，J.S。 和N.A. 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Jinneman，细菌学分析手册，第4A章。 腹泻大肠杆菌。 2017。 13。 Gasanov，U.，D。Hughes和P.M.汉斯布罗。 2005。 剖析和鉴定李斯特氏菌和单核细胞增生李斯特菌的方法：综述。 fems微生物。 修订版 29：851–875。 14。 Gehring，A.G.，D.M。 Albin，又名 Bhunia，H。Kim，S.A。Reed和S. Tu。J. Gen. Appl。微生物。61：224-231。8。Cheng，C.M。，K。Van，W。Lin和R.M. 红宝石。 2009。 实时PCR 24小时快速方法检测食品中沙门氏菌的实时验证。 J. 食物蛋白质。 72：945-951。 9。 Cheng，C.M.，W。Lin，K.T。 van，L。phan，n.n。 tran和D. Farmer。 2008。 使用实时PCR快速检测食品中沙门氏菌。 J. 食物蛋白质。 71：2436-2441。 10。 国内和进口产品分配2014财年DFP＆G＃14-05/14-06。 “在木瓜方法中检测沙门氏菌的样品制备” pg。 50。http://inside.fda.gov:9003/downloads/programsinitiatives/food/fieldprograms/ucm400671.pdf11。 Doran，T。Hanes，D.，Weagent，S.，Torosian，S.，Burr，D.，Yoshitomi，K.，Jinneman，K.，Penev，R.，Adeyemo，O.，Williams-Hill，D。和P. Morin。 2013。 蕨类植物念珠筛查方法。 Fern-Mic.0004.02。 12。 冯，P.，S.D。 Weagant和K. Jinneman，细菌学分析手册，第4A章。 腹泻大肠杆菌。 2017。 13。 Gasanov，U.，D。Hughes和P.M.汉斯布罗。 2005。 剖析和鉴定李斯特氏菌和单核细胞增生李斯特菌的方法：综述。 fems微生物。 修订版 29：851–875。 14。 Gehring，A.G.，D.M。 Albin，又名 Bhunia，H。Kim，S.A。Reed和S. Tu。Cheng，C.M。，K。Van，W。Lin和R.M.红宝石。2009。实时PCR 24小时快速方法检测食品中沙门氏菌的实时验证。J.食物蛋白质。72：945-951。9。Cheng，C.M.，W。Lin，K.T。 van，L。phan，n.n。 tran和D. Farmer。 2008。 使用实时PCR快速检测食品中沙门氏菌。 J. 食物蛋白质。 71：2436-2441。 10。 国内和进口产品分配2014财年DFP＆G＃14-05/14-06。 “在木瓜方法中检测沙门氏菌的样品制备” pg。 50。http://inside.fda.gov:9003/downloads/programsinitiatives/food/fieldprograms/ucm400671.pdf11。 Doran，T。Hanes，D.，Weagent，S.，Torosian，S.，Burr，D.，Yoshitomi，K.，Jinneman，K.，Penev，R.，Adeyemo，O.，Williams-Hill，D。和P. Morin。 2013。 蕨类植物念珠筛查方法。 Fern-Mic.0004.02。 12。 冯，P.，S.D。 Weagant和K. Jinneman，细菌学分析手册，第4A章。 腹泻大肠杆菌。 2017。 13。 Gasanov，U.，D。Hughes和P.M.汉斯布罗。 2005。 剖析和鉴定李斯特氏菌和单核细胞增生李斯特菌的方法：综述。 fems微生物。 修订版 29：851–875。 14。 Gehring，A.G.，D.M。 Albin，又名 Bhunia，H。Kim，S.A。Reed和S. Tu。Cheng，C.M.，W。Lin，K.T。van，L。phan，n.n。tran和D. Farmer。2008。使用实时PCR快速检测食品中沙门氏菌。J.食物蛋白质。71：2436-2441。10。国内和进口产品分配2014财年DFP＆G＃14-05/14-06。“在木瓜方法中检测沙门氏菌的样品制备” pg。50。http://inside.fda.gov:9003/downloads/programsinitiatives/food/fieldprograms/ucm400671.pdf11。Doran，T。Hanes，D.，Weagent，S.，Torosian，S.，Burr，D.，Yoshitomi，K.，Jinneman，K.，Penev，R.，Adeyemo，O.，Williams-Hill，D。和P. Morin。2013。蕨类植物念珠筛查方法。Fern-Mic.0004.02。12。冯，P.，S.D。Weagant和K. Jinneman，细菌学分析手册，第4A章。腹泻大肠杆菌。2017。13。Gasanov，U.，D。Hughes和P.M.汉斯布罗。 2005。 剖析和鉴定李斯特氏菌和单核细胞增生李斯特菌的方法：综述。 fems微生物。 修订版 29：851–875。 14。 Gehring，A.G.，D.M。 Albin，又名 Bhunia，H。Kim，S.A。Reed和S. Tu。Gasanov，U.，D。Hughes和P.M.汉斯布罗。2005。剖析和鉴定李斯特氏菌和单核细胞增生李斯特菌的方法：综述。fems微生物。修订版29：851–875。14。Gehring，A.G.，D.M。 Albin，又名 Bhunia，H。Kim，S.A。Reed和S. Tu。Gehring，A.G.，D.M。Albin，又名 Bhunia，H。Kim，S.A。Reed和S. Tu。Albin，又名Bhunia，H。Kim，S.A。Reed和S. Tu。Bhunia，H。Kim，S.A。Reed和S. Tu。2012。大肠杆菌O157：H7，单核细胞增生李斯特菌，肠道沙门氏菌和小肠结肠炎的混合培养物富集。食物控制。26：269-273。15。Hitchins，A.D。，K。Jinneman和Y. 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生物安全水平的生物安全表
细菌剂BSL ctceticetus 2 actinobacillus sp。2 actinomyces sp。 2 Aeromaonas sp。 2芳基丙酸酯2杆菌2芽孢杆菌* 2杆菌* 2杆菌杆菌。 2 Bartonella sp。 2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 actinomyces sp。2 Aeromaonas sp。 2芳基丙酸酯2杆菌2芽孢杆菌* 2杆菌* 2杆菌杆菌。 2 Bartonella sp。 2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Aeromaonas sp。2芳基丙酸酯2杆菌2芽孢杆菌* 2杆菌* 2杆菌杆菌。2 Bartonella sp。 2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Bartonella sp。2 Bordetella sp。 2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Bordetella sp。2 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。 2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Bordetella tustussis 2 Borrelia sp。2 Brucella sp。 * 2/3弯曲杆菌胎儿。 空肠2 camplobacter sp。 2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。 2嗜血杆菌sp。 2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Brucella sp。* 2/3弯曲杆菌胎儿。空肠2 camplobacter sp。2衣原体psittaci 2 2/3肺炎衣原体3氯菊3梭菌* 2/3 tetani 2/3 tetani 2 Corynebacterium diphartheriam diphtheriae 2 Corynenebacterium 2 Corynebacterium Equii 2 Corynebacterium 2 Corynebacterium 2 Corybacterium 2 corybactu corybactu corybactium 2 corynebacterstrosisonsersomentium haememelynemolysormontersistristristion toseromisosistersis Corynebacterium pysogenes 2 Corynebacterium肾脏2肠杆菌科所有其他2个Erysipelothrix rhusiopathiae 2 Escherichia coli 2 Escherichia coli K12衍生物1 francisella dularcisella tularemis* 2/3 fusobacterium sp。2嗜血杆菌sp。2个klebsiella sp。 2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。 2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22个klebsiella sp。2型肺炎军团2/3 leptospira edgeogans ass servars ass servars 2 listeria sp。2 Moraxella sp。 2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。 2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22 Moraxella sp。2鸟分枝杆菌2牛分枝杆菌3麻风分枝杆菌2分枝杆菌。2结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。 2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。 22结核分枝杆菌2/3分枝杆菌sp。2淋病奈瑟氏菌2/3 Neisseria menegitidis 2/3 Nocardia sp。2
广谱抗CRISPR蛋白促进水平基因转移
CRISPR-Cas 适应性免疫系统保护细菌和古细菌免受入侵的遗传寄生虫（包括噬菌体/病毒和质粒）的侵害。为了应对这种免疫力，许多噬菌体都具有抑制 CRISPR-Cas 靶向的抗 CRISPR (Acr) 蛋白。迄今为止，抗 CRISPR 基因主要在噬菌体或原噬菌体基因组中发现。在这里，我们使用李斯特菌 acrIIA1 基因作为标记，发现了厚壁菌中存在的质粒和其他接合元件上的 acr 基因座。在李斯特菌、肠球菌、链球菌和葡萄球菌基因组中发现的四个已识别基因可以抑制 II-A 型 SpyCas9 或 SauCas9，因此被命名为 acrIIA16-19。在粪肠球菌中，Cas9 靶向质粒的结合通过源自肠球菌结合元件的抗 CRISPR 得到增强，凸显了 Acrs 在质粒传播中的作用。相互共免疫沉淀表明，每个 Acr 蛋白
在奥兰治县的零售店出售的酸橘汁腌鱼，oke和寿司的微生物安全和质量
RAW，即食（RTE）海鲜产品，例如酸橘汁腌鱼，Poke和Sushi，在全球范围内经历了增长的需求；但是，这些产品有可能被食源性病原体污染。这项研究的目的是确定在美国加利福尼亚州奥兰治县的零售一级出售的酸橘汁腌鱼，poke和寿司菜的Escher Ichiacoli /Coliforms，沙门氏菌和李斯特菌的普遍存在。在测试过程中检测到的其他生物。从加利福尼亚州奥兰治县的餐馆和杂货店收集了总共105种原始的酸橘汁腌鱼，oke和寿司样品。样品使用食品药品监督管理局（FDA）BACTE RIOLICOGALICY手册（BAM）的方法测试了沙门氏菌和李斯特菌。大肠杆菌和总大肠菌列，利用3 M petrifilm板进行了列举。总体而言，普通大肠杆菌的两个样品（1.9％）为阳性，范围为5-35 cfu/g。在85个样品（81％）中检测到大肠菌群，范围为5-1710 CFU/g。根据Kruskal-Wallis H测试，酸橘汁腌鱼样品中的平均大肠菌水平明显高于寿司样品（95 cfu/g）的水平（95 cfu/g）。oke样品中的大肠菌属水平（196 cfu/g）与酸橘汁腌鱼或寿司中的大肠杆菌水平没有显着差异。根据RTE海鲜的标准，所有级别的大肠杆菌和大肠菌群都被认为是可以接受的或Satis工厂/边界。均未对沙门氏菌或单核细胞增生李斯特菌呈阳性的样品；然而，在包括李斯特菌属的17个样品中检测到其他微生物。，Proteus mirabilis，Providencia rettgeri和Morganella Morganii。这项研究的结果是新颖的，因为它们介绍了在美国零售业出售的酸橘汁腌鱼，oke和寿司菜肴的微生物安全和质量的数据，并提供了三种RAW，RTE海鲜的Com Parison。
罕见疾病细胞和基因治疗的监管灵活性
• 体外转基因细胞、非病毒载体（如质粒）、复制缺陷型病毒载体（如腺病毒、腺相关病毒、慢病毒）、复制能力强的病毒载体（如麻疹、腺病毒、牛痘）、微生物载体（如李斯特菌、沙门氏菌）