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肠道少生型和血清代谢产物的特征变化：多词分析
抽象的慢性耳鸣是一种中枢神经系统疾病。当前，肠道菌群对耳鸣的影响仍未探索。为了探索肠道菌群与耳鸣之间的联系，我们在70名耳鸣和30名健康志愿者的患者组中进行了16S rRNA测序，对粪便菌群和血清代谢组分分析进行了16s rRNA测序。我们使用加权基因共表达网络方法来分析肠道菌群与血清代谢产物之间的关系。随机森林技术被用来选择代谢物和肠道分类单元来构建预测模型。耳鸣组中明显的肠道营养不良，其特征是细菌多样性降低，富公司/细菌的比率增加，并且包括气或细菌在内的一些机会性细菌富含。相比之下，一些有益的肠道益生菌减少了，包括乳杆菌和乳杆菌科。在血清MIC分析中，耳鸣患者和这些差异代谢产物的血清代谢障碍富含神经炎症，神经递质活性和突触功能的途径。预测模型在测试集中表现出出色的诊断性能，达到0.94（95％CI：0.85-0.98）和0.96（95％CI：0.86-0.99）。我们的研究表明，肠道微生物群的变化可能会影响耳鸣的发生的出身和慢性，并通过血清代谢产物的变化发挥调节作用。总体而言，这项研究提供了对肠道微生物群和血清代谢产物在耳鸣的发病机理中潜在作用的新看法，并提出了“肠道 - 脑耳 - 耳朵”的概念，作为耳鸣的病理机制，具有明显的临床诊断含义和治疗潜力。
使用共培养策略探索来自海洋微生物的多种生物活性二级代谢产物
摘要：越来越多的二级代谢产物的隔离和鉴定具有独特的骨骼，并具有来自海洋微生物的多种生物活性，从而赢得了许多天然产物化学家的利益。越来越强调如何培养微生物以增强代谢物的化学多样性并避免重新发现已知的化学物质。鉴于次生代谢产物作为微生物之间的交流方式的重要性，已经引入了微生物共培养。通过模仿自然栖息地中微生物群落的生长模式，预计共培养策略可以刺激在传统的实验室培养条件下保持休眠状态的生物合成基因簇，从而诱导新的二级代谢产物的产生。与以前的评论不同，主要关注发酵条件或来自海洋衍生的共同生产菌株的代谢物多样性，涵盖了从20122年到2022年的海洋来源的共培养微生物，并转向特定的讨论，突出了针对海洋衍生的微生物的选择，尤其是在选择的途径，尤其是在海上衍生的疾病。为了方便而快速检测新型代谢物，因为这些代谢物在共培养中很重要。最后，还讨论了分子的结构和生物活性多样性。对作者的观点的行为讨论了共同文化的挑战和前景。
DNA甲基化 - 环境相互作用在人类基因组中
背景：甲状腺激素（Th）是大脑发育和功能所必需的。浸泡9个大脑和脊髓的脑脊液（CSF）含有自由或经甲状腺素（TTR）结合。中枢神经10系统中的紧密甲状腺激素水平调节对于控制神经发生，髓鞘形成和突触发生的发育基因表达至关重要。这一综合的11个功能强调了开发精确和可靠的方法评估CSF中TH水平的重要性。方法：我们报告了12种基于LC-MS的方法，用于测量啮齿动物CSF和血清中的甲状腺激素，适用于新鲜和冷冻样品。13结果：我们发现怀孕大坝与非妊娠成年人以及胚胎与成人CSF的CSF甲状腺激素有着明显的差异。14此外，靶向的LC-MS代谢分析发现了这些人群中CSF中的不同中央碳代谢。结论：相关代谢途径的第15次检测和代谢物分析开放了对CSF甲状腺激素16的严格研究的新途径，并将为正常发育过程中CSF的代谢改变的未来研究提供信息。17 18
由TLR7和TLR9介导的氧化态和先天免疫的作用在狼疮肾炎中
摘要：中粒细胞和蓝细菌具有广泛的生物技术应用。然而，对生物活性分子的工业需求和这些分子的冗余需求导致需要增强生产和发现专门代谢物的新方法。共培养是作为解决这些挑战的一种有希望的方法。在这种情况下，这项工作旨在描述涉及中性和极端光合微生物的共培养方法的最新技术，并讨论这种方法的优势，挑战和局限性。共培养被定义为一种生态学驱动的方法，其中涉及蓝细菌和微观的各种共生相互作用可用于探索新的化合物和增强的产生。通过基于共培养的研究支持该想法，关于新的生物活性代谢物表达和增加产量的有希望的结果。此外，光合微生物在极端环境中壮成长的代谢多样性和进化适应可以通过允许实施这些微生物来提高共培养的效率。然而，生态相互作用的复杂性以及缺乏共培养方案的标准化是其成功和科学验证的障碍。使用 - 组和基因工程进行共生互动的进一步研究，以及为了克服这些局限性的共生设计和共同培养的预测实验设计。
重点和深入了解合成生物学介导的经济重要真菌的底盘，用于生产高价值代谢物
摘要：已经取得了实质性进步，并在合成生物学的生物学生物学工程中涉及的知识差距，以产生高价值代谢产物。基于生物的产品进行了广泛的探索，这归因于它们在工业部门，医疗保健和食品应用中的新兴重要性。可食用的真菌和多种真菌菌株的可食用组定义了包括食品添加剂，颜料，染料，工业化学物质和抗生素（包括其他化合物）的高价值代谢物的有吸引力的生物学资源。在这个方向上，合成生物学介导的真菌菌株的遗传底盘增强/增加生物学起源的新化学实体的价值正在开放真菌生物技术中的新途径。在经济可行的真菌（包括酿酒酵母）的遗传操纵中取得了巨大成功，在产生社会经济相关性代谢物中，知识差距/障碍需要得到补救，以使有价值的Fungal菌株完全剥削。在本文中，主题文章讨论了来自真菌的生物基产品的新属性以及创建高价值的真菌菌株，以促进产量，生物功能和社会经济价值代谢物的增值。已经努力讨论真菌底盘的现有局限性以及合成生物学的进步如何提供合理的解决方案。
胆汁酸代谢物预测多发性硬化症的进展和补充是安全性疾病
。cc-by-nc-nd 4.0国际许可证是根据作者/资助者提供的，他已授予Medrxiv的许可证，以永久显示预印本。（未通过同行评审认证）
肠道衍生代谢产物的未靶向代谢组学来自Garambullo的体外结肠发酵（Myrtillocactus GeoMetrizans）
Garambullo是一种多酚和富含纤维的水果，但是在体外发酵过程中的表现和潜在的衍生健康益处尚未探索。这项研究旨在通过对加拉布洛体外结肠发酵衍生的代谢产物进行富集分析，进行非靶向的代谢组学。此外，由于其生物学相关性，对短链脂肪酸（SCFA）进行了识别和量化。通过未靶向的代谢组学分析了发酵提取物（0、6和24 H发酵）。鉴定了总共50种代谢产物，例如苯，吲哚，苯酚和脂肪酸。丁酸是其中一种生产的SCFA，在24小时后增加（p <0.05）。结肠代谢产物的代谢组富集分析表明了几种条件的调节。这些结果表明，Garambullo结肠代谢产生的生物活性分子可能会对肠道和全身健康产生有益的影响。尽管应谨慎地解释富集分析的结果，但它们值得进一步研究Garambullo的健康益处。
二级代谢物具有由高海拔热液系统嗜热细菌产生的抗菌活性
嗜热微生物具有多种适应性在高温下繁殖的适应性，这反映为蛋白质和可热稳定分子的生物合成，隔离和培养代表了巨大的挑战，因此，高吞吐量测序可以使整个细菌基因组的筛查能够筛选出功能潜力，从而为识别和成本化的培养物进行识别，以识别鉴定和成本化的培养物。在这项研究中，我们从Atacama沙漠中的微生物垫中分离了两个与芽孢杆菌LB7和链霉菌LB8相对应的嗜热细菌菌株。通过结合基因组挖掘，靶向培养物和生化特征，我们旨在确定其与抗菌特性合成生物活性化合物的能力。此外，我们确定了在受控的体外测定下产生生物活性化合物的能力，并通过通过薄层色谱/质谱法（TLC/MS）确定其质量来检测。总体而言，这两种分离株都可以产生抗菌剂（例如，粘胺C副产物）和抗氧化剂（例如二羟基丙氨酸，酰胺生物素和黄酮副产物）化合物。Bacillus LB7菌株具有更多样化的曲目，其中51.95％的总代谢产物无与伦比，而链霉菌LB8主要偏爱抗氧化剂，但未分类的化合物中有70％以上，突显了研究和阐明新颖化合物结构的必要性。基于这些结果，我们假设未经文化或
根部代谢物调节有益微生物的模式如何随着不同的放牧压力而变化？
放牧干扰可改变植物根际微生物群落结构，从而改变反馈机制，促进植物生长或诱导植物防御。然而，人们对这种变化在不同放牧压力下如何发生和变化，以及根部代谢物在改变根际微生物群落组成中的作用知之甚少。本研究研究了不同放牧压力对微生物群落组成的影响，并利用代谢组学方法探索了不同放牧压力改变根际微生物组的机制。放牧改变了微生物群落的组成、功能和共表达网络。在轻度放牧（LG）下，一些腐生真菌，如香菇属、Ramichloridium 属、Ascobolus 属。和 Hyphoderma sp. 显著富集，而在重度放牧 (HG) 下，潜在有益的根际细菌，如 Stenotrophomonas sp.、Microbacterium sp. 和 Lysobacter sp. 显著富集。有益的菌根真菌 Schizothecium sp. 在 LG 和 HG 中均显著富集。此外，所有富集的有益微生物都与根系代谢物呈正相关，包括氨基酸 (AA)、短链有机酸 (SCOA) 和生物碱。这表明这些显著富集的根际微生物变化可能是由这些差异性根系代谢物引起的。在放牧压力下，推测根系代谢物，尤其是氨基酸如L-组氨酸，可能调控特定的腐生真菌参与物质转化和能量循环，促进植物生长。此外，为了缓解高放牧压力，提高植物的防御能力，推测根系在放牧干扰下会主动调节这些根系代谢物如氨基酸、中链氨基酸和生物碱的合成，然后分泌它们来促进一些特定的促进植物生长的根际细菌和真菌的生长。总之，禾本科植物可以通过改变根系代谢物的组成来调控有益微生物，在典型的草原生态系统中，不同的放牧压力下，其响应策略也不同。
肌电脑炎患者和健康志愿者的色氨酸代谢物的非靶向代谢组学和定量分析：使用高分辨率质谱法
摘要：肌腱脑脊髓炎/慢性疲劳综合征（ME/CFS）是一种慢性，复杂的疾病，其特征是严重且经常使身体和精神疲劳失败。到目前为止，科学家还没有完全指出疾病的生物学原因，但它影响了全球数百万的人。为了更好地了解ME/CFS，我们将38个ME/CFS患者血浆中的代谢网络与24名健康对照参与者进行了比较。除了测量包括色氨酸及其代谢产物在内的靶向物质以及酪氨酸，苯丙氨酸，B族维生素和harbosoxanthine的测量外，这涉及一种未靶向的代谢组学方法。我们观察到几种代谢途径的显着改变，包括维生素B3，精氨酸 - 丙啉和天冬氨酸 - 天冬酰胺途径，在未靶向的分析中。与对照组相比，有针对性的分析表明，ME/CFS患者中3-羟基氰酸，3-羟基基硝酸，低黄嘌呤和苯丙氨酸的水平变化。这些发现表明ME/CFS患者的免疫系统反应和氧化应激的潜在改变。关键词：高分辨率质谱，肌电脑脊髓炎（ME/CFS），神经退行性疾病，代谢组学，靶向分析，未靶向分析，生物标志物