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人Dickkopf-3（DKK-3）在发育，免疫调节和癌症中的多面作用
对诱导的，特定于频率的神经活动的经典分析通常在试验中平均带限制功率。 最近，已广泛理解的是，在个别试验中，β频段活性是作为瞬态爆发而不是振幅调节的振荡而发生的。 大多数Beta爆发研究将它们视为单一，并具有刻板印象的波形。 但是，我们表明爆发形状各不相同。 使用爆发产生的生物物理模型，我们证明了波形可变性是通过产生β爆发的突触驱动器的可变性来预测的。 然后，我们使用一种新颖的自适应爆发检测算法来识别基于操纵杆的到达任务中记录的人类MEG传感器数据的爆发，并应用主成分分析以爆发波形来定义一组维度或图案，以最能解释波形方差。 最后，我们证明了特定范围的波形图案的突发，生物物理模型未完全解释的波形基序，差异化有助于运动相关的β动力学。 感觉运动β爆发不是均匀的事件，并且可能反映了不同的计算过程。对诱导的，特定于频率的神经活动的经典分析通常在试验中平均带限制功率。最近，已广泛理解的是，在个别试验中，β频段活性是作为瞬态爆发而不是振幅调节的振荡而发生的。大多数Beta爆发研究将它们视为单一，并具有刻板印象的波形。但是，我们表明爆发形状各不相同。使用爆发产生的生物物理模型，我们证明了波形可变性是通过产生β爆发的突触驱动器的可变性来预测的。然后，我们使用一种新颖的自适应爆发检测算法来识别基于操纵杆的到达任务中记录的人类MEG传感器数据的爆发，并应用主成分分析以爆发波形来定义一组维度或图案，以最能解释波形方差。最后，我们证明了特定范围的波形图案的突发，生物物理模型未完全解释的波形基序，差异化有助于运动相关的β动力学。感觉运动β爆发不是均匀的事件，并且可能反映了不同的计算过程。
CBAF产生的亚核小体，扩展Oct4结合和功能，超出增强剂的DNA基序
规范BRG/BRM相关因子（CBAF）复合物对于在哺乳动物细胞中增强剂的染色质开放至关重要。但是，开放染色质的性质尚不清楚。在这里，我们表明，除了产生无组蛋白的DNA外，CBAF还会产生稳定的半糖体样中核小体颗粒，这些核小体颗粒含有与50-80 bp的DNA相关的四个核心组蛋白。我们的全基因组分析表明，CBAF通过靶向和分裂脆弱的核小体来制造这些颗粒。在小鼠胚胎干细胞中，这些亚核体成为主转录因子OCT4的体内结合底物，而与OCT4 DNA基序的存在无关。在增强子处，与在无组蛋白DNA上占据的区域相比，OCT4 – subnuceosoms相互作用增加了Oct4占用率，并将OCT4结合的基因组间隔放大至一个数量级。我们提出，CBAF依赖性亚核体策划了一种分子机制，该分子机制在其DNA基序以外的染色质开放中发挥了OCT4功能。
“DNA序列基序识别”博士后奖学金
目的：本研究项目涉及特定基因座的序列表征，旨在识别具有功能意义的 DNA 序列基序，以支持肌肉骨骼软组织损伤风险。申请征集和学术标准：我们邀请符合条件的候选人申请。成功的候选人必须在过去两年内获得分子遗传学、生物信息学、生理学、细胞生物学博士学位，并且不得担任任何永久专业职位（特别是学术职位）。候选人应具有分子遗传学、生物信息学、细胞生物学、生物统计学（特别是遗传关联研究）方面的经验，并在肌肉骨骼软组织损伤领域的同行评审期刊上发表过文章，并强烈建议提供研究生指导和教学的证据。该奖学金将在开普敦大学健康科学学院人类生物学系的“通过体育活动、生活方式和运动促进健康 (HPALS) 研究中心”内进行。该奖学金将重点应用下一代测序技术和生物信息学工具以及细胞生物学方法来识别和表征 DNA 功能基序，以支持肌肉骨骼软组织损伤风险。 奖励条件 欢迎申请一项博士后研究奖学金，该奖学金将于 2025 年开始，为期一年。成功的任职者将有望对涉及使用下一代测序数据、分子遗传学、生物信息学、细胞生物学和统计分析的跨学科项目做出重大贡献。我们将优先考虑在所有这些研究重点方面拥有经验的候选人，以及在肌肉骨骼软组织损伤风险分析方面有已发表研究成果的候选人。作为培训的一部分，任职者预计将对一个或多个合作机构进行研究访问。研究任务还包括在定期项目会议和研讨会上以及在进度报告中报告研究成果，以及准备科学论文以供发表。对参与本研究的研究生进行有限的共同监督将成为发展培训的一部分。研究生培训和/或教学经验将大有裨益。成功的在职人员必须遵守开普敦大学批准的博士后部门政策、程序和惯例。
在细菌纳米孔测序数据中发现甲基化的DNA基序
抽象细菌DNA甲基化参与了各种细胞功能，从基因表达的调节，DNA修复和限制性化系统来防御病毒和其他异物DNA。甲基分析确定细菌染色体中甲基化的位点，揭示了可能由天然限制酶靶向的基序。因此，对这些基序的识别对于使生物体具有遗传诱因至关重要，其中模仿大肠杆菌中的甲基甲基模式允许保护质粒DNA免受目标生物体的限制，因此可以极大地提高转化效率。 牛津纳米孔技术（ONT）测序可以在测序过程中检测甲基化的碱基，但是需要软件来识别数据中相应的甲基化基序。 在这里，我们开发了Mijamp（Mijamp只是一个甲基床解析器），该软件包是为了从ONT的Modkit的输出或甲基床格式中的其他数据中发现甲基化基序而开发的软件包。 Mijamp采用了人为驱动的改进策略，从经验上验证了针对全基因组甲基化数据的所有基序，从而消除了错误，未解释或过度解释的基序。 Mijamp还可以在特定的，用户定义的主题上报告甲基化数据。 使用Mijamp，我们确定了对照菌株（野生型大肠杆菌）和picosynecococcus sp中的甲基化基序。 菌株PCC7002，为改善该生物体转化的基础奠定了基础。 Mijamp可从https://code.ornl.gov/alexander-public/mijamp/获得。对这些基序的识别对于使生物体具有遗传诱因至关重要，其中模仿大肠杆菌中的甲基甲基模式允许保护质粒DNA免受目标生物体的限制，因此可以极大地提高转化效率。牛津纳米孔技术（ONT）测序可以在测序过程中检测甲基化的碱基，但是需要软件来识别数据中相应的甲基化基序。在这里，我们开发了Mijamp（Mijamp只是一个甲基床解析器），该软件包是为了从ONT的Modkit的输出或甲基床格式中的其他数据中发现甲基化基序而开发的软件包。Mijamp采用了人为驱动的改进策略，从经验上验证了针对全基因组甲基化数据的所有基序，从而消除了错误，未解释或过度解释的基序。Mijamp还可以在特定的，用户定义的主题上报告甲基化数据。使用Mijamp，我们确定了对照菌株（野生型大肠杆菌）和picosynecococcus sp中的甲基化基序。菌株PCC7002，为改善该生物体转化的基础奠定了基础。Mijamp可从https://code.ornl.gov/alexander-public/mijamp/获得。
在细菌纳米孔测序数据中发现甲基化的DNA基序
抽象细菌DNA甲基化参与了各种细胞功能，从基因表达的调节，DNA修复和限制性化系统来防御病毒和其他异物DNA。甲基分析确定细菌染色体中甲基化的位点，揭示了可能由天然限制酶靶向的基序。因此，对这些基序的识别对于使生物体具有遗传诱因至关重要，其中模仿大肠杆菌中的甲基甲基模式允许保护质粒DNA免受目标生物体的限制，因此可以极大地提高转化效率。 牛津纳米孔技术（ONT）测序可以在测序过程中检测甲基化的碱基，但是需要软件来识别数据中相应的甲基化基序。 在这里，我们开发了Mijamp（Mijamp只是一个甲基床解析器），该软件包是为了从ONT的Modkit的输出或甲基床格式中的其他数据中发现甲基化基序而开发的软件包。 Mijamp采用了人为驱动的改进策略，从经验上验证了针对全基因组甲基化数据的所有基序，从而消除了错误，未解释或过度解释的基序。 Mijamp还可以在特定的，用户定义的主题上报告甲基化数据。 使用Mijamp，我们确定了对照菌株（野生型大肠杆菌）和picosynecococcus sp中的甲基化基序。 菌株PCC7002，为改善该生物体转化的基础奠定了基础。 Mijamp可从https://code.ornl.gov/5g6/mijamp/获得。对这些基序的识别对于使生物体具有遗传诱因至关重要，其中模仿大肠杆菌中的甲基甲基模式允许保护质粒DNA免受目标生物体的限制，因此可以极大地提高转化效率。牛津纳米孔技术（ONT）测序可以在测序过程中检测甲基化的碱基，但是需要软件来识别数据中相应的甲基化基序。在这里，我们开发了Mijamp（Mijamp只是一个甲基床解析器），该软件包是为了从ONT的Modkit的输出或甲基床格式中的其他数据中发现甲基化基序而开发的软件包。Mijamp采用了人为驱动的改进策略，从经验上验证了针对全基因组甲基化数据的所有基序，从而消除了错误，未解释或过度解释的基序。Mijamp还可以在特定的，用户定义的主题上报告甲基化数据。使用Mijamp，我们确定了对照菌株（野生型大肠杆菌）和picosynecococcus sp中的甲基化基序。菌株PCC7002，为改善该生物体转化的基础奠定了基础。Mijamp可从https://code.ornl.gov/5g6/mijamp/获得。
b'Abstract：在石墨烯纳米结构中掺入非苯并丁基基序会显着影响其特性，从而使其对碳基电子中的应用有吸引力。但是，了解特定的非苯并结构如何影响其性质仍然有限，并且需要进一步的研究以充分理解其含义。在这里，我们报告了一种表面合成策略，用于制造非偶氮纳米仪，其中含有五角形和七型环的不同组合。通过扫描隧道显微镜和光谱法研究了它们的结构和电子特性，并得到了计算研究的补充。在Au（111）表面上的前体P热激活后，我们检测到了两种主要的纳米摄影产物。纳米谱A A A A嵌入了通过甲基取代基的氧化环闭合形成的两个叠氮单元，而A A S则包含一个叠氮单元和一个石 - 孔缺陷，由氧化环闭合型和骨架环形反射反应组合形成。 A A A表现出一种抗铁磁基态，其磁性含量最高的磁交换耦合最高的含量含有纳米谱，与副产品并存，副产品与封闭的壳构型共存，这是由环闭合型和环型重新训练反应组合（B A，B A A A，B A S，B A S，B S，B S-S-A和B S）。我们的结果提供了对新型NGS
b'Abstract：在石墨烯纳米结构中掺入非苯并丁基基序会显着影响其特性，从而使其对碳基电子中的应用有吸引力。然而，了解特定的非苯基结构如何影响其性质仍然有限，并且需要进一步的研究以充分理解其含义。在这里，我们报告了一种地面合成策略，用于制造非偶氮纳米仪，其中包含五角形和七型甲环的不同组合。通过扫描隧道显微镜和光谱检查研究了它们的结构和电子特性，并补充了计算研究。在AU（111）表面的前体P的热激活后，我们检测到了两种主要的纳米摄影产物。纳米谱烯A A A A嵌入了通过甲基取代基氧化环闭合形成的两个叠氮烯单元，而A A S包含一个叠氮单元和一个石 - 孔缺陷，由氧化环盘纤维和骨骼环形反应组合形成。a a A表现出抗铁磁基态，其磁性交换耦合最高的含量最高的含量含量为纳米谱，并与副产品并存，副产品具有封闭的壳构型，这是由环封元型和环型重新计算反应组合的（b a a a，b a s s s s，b a，b a s，b a，b a s s，b a s s，b s-a和b s s）。我们的结果提供了对包含非苯甲酸基序及其量身定制的电子/磁性的新型NG的单个金原子辅助合成的见解。
通过机器学习的DNA I -MOTIF的预测-UCL Discovery
摘要i-motifs（IMS）是在富含细胞质的DNA序列中形成的次级str uct uct uct，在基因组中的多个功能中均在v olv中。尽管Putativ e Im forming序列被广泛分布在人类基因组中，但推定的IMS的折叠状态和强度变化了。muc h先前的研究IM已重点是使用生物含量xperiments评估IM折叠特性。ho w e v er，没有专门的计算工具来预测IM结构的折叠状态和强度。在这里，我们介绍了一条机器学习管道，即IM-Weeker，以预测DNA IMS的折叠状态和结构性折叠状态。该程序Im-seeker结合了一个平衡的随机森林分类器，该森林分类器在全基因组IMAB抗体基于基于IMAB的剪切和标记测序数据中训练，以预测折叠状态和极端的梯度增强回归器，以根据文献生物物理数据和我们的内部生物物理实验来估算折叠强度。im-seeker以81％的分类精度预测DNA IM F旧状态，并在测试集上以0.642的确定系数（R 2）估算了F旧强度。模型的解释证实，富含C的序列的核苷酸组成显着影响Im stabilit Y，与含有胞嘧啶和胸腺氨酸的序列具有正相关，并且与鸟嘌呤和腺嘌呤的负相关。
揭示多个神经元种群中并发信号的基序
现代记录技术现在使我们能够从不同大脑网络中不同神经元群体中记录。但是，尤其是当我们考虑多个（超过两个）人群时，需要新的概念和统计框架来表征这些人群中信号的多维，同时流动。在这里，我们开发了一个确定每个潜在维度所描述的人群的子集，（2）这些人群之间信号流的方向，以及（3）这些信号在实验试验内部和整个实验试验中如何演变。我们在模拟中说明了这些特征，并通过将其应用于猕猴视觉区域V1和V2中神经元种群的先前研究的录音来进一步验证该方法。然后，我们研究了与多个Neuropixels探针同时记录的区域V1，V2和V3D区域跨层隔室的相互作用。我们的方法揭示了与视网膜一致性相关的这三个领域的选择性交流的签名。这项工作推进了多个神经元种群中并发信号的研究。
基于喹酮和吡嗪图案的有机阴极材料的设计
尽管有机阴极材料场迅速扩张，但仍然缺乏通过易于合成的材料，具有稳定的循环和高能量密度。在此，我们报告了可以用作阴极材料的市售前体中的小有机分子的两步合成。氧化的四喹氧化物毒素（OTQC）是通过将附加的奎诺酮氧化氧化氧化氧化氧化氧化氧化氢活性中心引入结构中的四喹啉氧化菌（TQC）衍生而来的。修饰增加了材料的电压和容量。OTQC的高特异性容量为327 MAHG -1，平均电压为2.63 V，而Li -Ion电池中的Li/Li +。对应于材料水平上860 WHKG -1的能量密度。此外，该材料表现出极好的循环稳定性，在400个循环后的容量保持量为82％。同样，使用水解物中的TQC与TQC相比，OTQC表现出增加的平均电压和特异性能力，达到326 MAHG -1的特异性容量，平均电压为0.86 V，Vs. Zn/Zn 2+。除了良好的电化学性能外，这项工作还对与容量衰减有关的氧化还原机制和降解机制提供了额外的深入分析。