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使用Cupriavidus Necator H16提供了提高非模型细菌电穿孔效率的路线图
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ABF 行业参与实验室电话会议 - Kiverdi
• 针对 C. necator 的遗传工具有限，导致代谢工程缓慢而费力 • C. necator 的 DNA 转化效率低下 • 目前尚无将途径整合到 C. necator 染色体中的通用方法 • 基因表达的控制元件有限且尚未完善 • 难以使 C. necator 中的多个基因失活 • 达到 C. necator 中非本地产品的生产力目标一直具有挑战性
超高分子量基于乳酸的聚酯lahb
摘要：Polylactide（PLA）是具有不同商业应用的生物基合成聚酯。然而，由于PLA的加工性约束，抗性性和生物降解性，PLA被认为是不利的。因此，这项研究旨在基于高性手性对映射D-乳酸（D-LA）的聚酯（称为poly [d-la-co-（r）-3-羟基丁酸（3hb）]（LAHB）（LAHB）的新型可生物降解修饰剂，以改善PLA的物理特性。高分子重量（HMW）LAHB是从大量的化学自动营养性杯状囊泡中合成的。通过使用含有葡萄糖的最小培养基并在C. necator中保留3HB均聚物的固有合成途径，从而实现了LAHB的量身定制过量生产，该培养基的固有合成途径可产生最高的产率，达到27 g/l/48 h。 LAHB的分子量实质上升高至1.1×10 6 g/mol，称为超高分子量（UHMW）LAHB。通过乳酸脱氢酶和丙酰基辅酶A转移酶变体的协同优化组合以及通过D-LA逃生途径的有效关闭来调节LAHB中的LA派系。PLA和两个选定的可生物降解的UHMW-/HMW-LAHB作为需求的可生物降解修饰符的组合允许提高PLA的加工性和影响抗性，同时保持透明度。LAHB的这些好处与传统生物基修饰剂（包括3HB基聚合物）的好处。关键字：杯状固定剂，聚乳酸，聚酯酸，聚羟基烷酸，LAHB，PLA，工程生物学，合成生物学■简介
热解生物油易于微生物转化为添加值？ 1
酸伏烷温度PE1 1---- 1 1 Povolo等，2012 Acinetobacter sp。 div>BT1 1 - - - - 1 Povolo et al., 2012 Fogravidus DSM 545 1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 Povolo et al., 2013 Pseudomonas Hydrogenovora DSM 1749 1 - - - - 1 1 Samori et al., 2014 Pseudomonas Oleovorans DSM 1045 1 1 1 Favaro等，2019c div>BT1 1 - - - - 1 Povolo et al., 2012 Fogravidus DSM 545 1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 1 Povolo et al., 2013 Pseudomonas Hydrogenovora DSM 1749 1 - - - - 1 1 Samori et al., 2014 Pseudomonas Oleovorans DSM 1045 1 1 1 Favaro等，2019c div>
土壤传播的蠕虫消除是什么样的......
摘要背景：日本是少数几个被认为已经消灭了土源性蠕虫 (STH) 的国家之一。1949 年，全国蛔虫感染率为 62.9%，由于基础设施和社会经济状况的改善以及国家 STH 控制措施的实施，1973 年该感染率降至 0.6%。《寄生虫病防治法》于 1994 年终止，日本停止了人口筛查；因此，目前日本 STH 的传播状况尚不明确。仍有零星的 STH 感染病例报告，这增加了 STH 感染大规模复发的可能性。鉴于传统的显微镜检测方法对低强度 STH 感染不敏感，我们使用敏感的基于 PCR 的检测方法进行了有针对性的流行率调查，以评估当前的 STH 传播状况并描述日本被认为已实现历史性 STH 消灭的地区的流行病学特征。方法：从日本六个 STH 患病率较高的地区采集了 682 名学龄前和学龄儿童的粪便样本。参与者的看护者完成一份问卷，以确定他们能否获得水、环境卫生和个人卫生 (WASH) 以及是否可能接触到环境污染。对于粪便检测，使用多平行实时 PCR 检测来检测蛔虫、美洲钩虫、十二指肠钩虫和鞭虫的感染。结果：在 682 名儿童中，未发现阳性样本，参与者报告的 WASH 标准很高。结论：据我们所知，这是日本第一项使用灵敏的分子技术检测 STH 的 STH 监测研究。结果表明，STH 感染没有复发，并且在采样地区患病率持续下降。这些发现表明，患病率降至消除阈值以下是可能的，这表明传播中断。此外，本研究还提供了间接证据，表明多重平行实时 PCR 方法适用于评估 STH 流行率极低地区的消除状况。关键词：土源性蠕虫、STH、蛔虫、十二指肠钩虫、美洲钩虫、毛首线虫、有针对性的流行率调查、多重平行实时 PCR、WASH
CRISPR复制
摘要 CRISPR/Cas 系统已成为代谢工程和人类基因治疗中基因组编辑的有力工具。然而，使用 CRISPR/Cas 系统在染色体上定位整合异源基因的最佳位点仍是一个悬而未决的问题。选择合适的基因整合位点需要考虑多个复杂的标准，包括与 CRISPR/Cas 介导的整合、遗传稳定性和基因表达相关的因素。因此，在特定或不同的染色体位置上识别此类位点通常需要大量的表征工作。为了应对这些挑战，我们开发了 CRISPR-COPIES，这是一种用于识别 CRISPR/Cas 促进的整合位点的计算流程。该工具利用 ScaNN，这是一种基于嵌入的最近邻搜索的先进模型，可快速准确地进行脱靶搜索，并可在几分钟内识别大多数细菌和真菌基因组的全基因组基因间位点。作为概念验证，我们利用 CRISPR-COPIES 表征了三种不同物种中的中性整合位点：酿酒酵母、Cupriavidus necator 和人类细胞系。此外，我们还为 CRISPR-COPIES 开发了一个用户友好的 Web 界面 (https://biofoundry.web.illinois.edu/copies/)。我们预计 CRISPR-COPIES 将成为靶向 DNA 整合的宝贵工具，并有助于表征合成生物学工具包，实现快速菌株构建以生产有价值的生化物质，并支持人类基因和细胞治疗应用。
组合组学揭示了杜罗葡萄酒产区真菌和细菌的微生物生态位与葡萄酒挥发性特征之间的关联
葡萄酒微生物群落建立了复杂的生态系统，调节香气化合物的形成，但只有少数研究寻求特定微生物与葡萄酒挥发性物质之间的相关性。本研究结合了代谢条形码和代谢组学，以识别与杜罗河标志性地区 3 个著名品种的葡萄酒挥发性特征相关的真菌和细菌微生物生态位。在整个自然发酵过程中，鉴定了三个主要的微生物生态位，并且 Hanseniaspora - Saccharomyces 的演替时间取决于品种。最大的生态位包括 Hansenias pora、Aureobasidium、Alternaria、Rhodotorula、Sporobolomyces、Massilia、Bacillus、Staphylococcus 和 Cutibacterium，它们与 7 种代谢物呈正相关，即乙偶姻、乙酸异戊酯、丙酸乙酯、c-3-己烯醇、苯乙醚和 4-乙基苯酚。发酵酵母S. cerevisiae、Torulaspora delbrueckii和Meyerozyma caribbica与γ-丁内酯、t-威士忌内酯、异戊醇、癸酸乙酯、异丁酸乙酯、琥珀酸二乙酯、异戊酸、4-乙基愈创木酚和4-丙基愈创木酚呈强相关性。 Lachancea quebecensis 与几种致病真菌（青霉菌、白粉病菌、核盘菌、曲霉菌、Mycosphaerella tassiana）和细菌（假单胞菌属、酸拟杆菌、泛菌、Steno trophomonas 和 Enhydrobacter）聚类，与各种单萜醇和降异戊二烯类化合物（包括芳樟醇和 β-紫罗兰酮）呈正相关，此外还与苯甲醇、二乙酰、乙酸异丁酯、乙基香草酸酯和甲基香草酸酯呈正相关。代谢物-微生物群相关性表明品种特异性可能是区域芳香特征的基础。
CRISPR-COPIES：一个用于发现 CRISPR/Cas 促进基因整合的中性整合位点的计算机平台
摘要 CRISPR/Cas 系统已成为代谢工程和人类基因治疗中基因组编辑的有力工具。然而，使用 CRISPR/Cas 系统在染色体上定位整合异源基因的最佳位点仍然是一个悬而未决的问题。选择合适的基因整合位点需要考虑多个复杂的标准，包括与 CRISPR/Cas 介导的整合、遗传稳定性和基因表达相关的因素。因此，在特定或不同的染色体位置上识别此类位点通常需要大量的表征工作。为了应对这些挑战，我们开发了 CRISPR-COPIES，一种用于识别 CRISPR/Cas 促进的整合位点的计算流程。该工具利用 ScaNN，一种基于嵌入的最近邻搜索的先进模型，可快速准确地进行脱靶搜索，并可在几分钟内识别大多数细菌和真菌基因组的全基因组基因间位点。作为概念验证，我们利用 CRISPR-COPIES 来表征三个不同物种中的中性整合位点：Saccharom y ces cere visiae、Cupria vidus necator 和 HEK293T 细胞。此外，我们还为 CRISPR-COPIES 开发了一个用户友好的网页界面（https://biof oundry.web.illinois.edu/copies/）。我们预计 CRISPR-COPIES 将成为靶向 DNA 整合的宝贵工具，并有助于表征合成生物学工具包，实现快速菌株构建以生产有价值的生化产品，并支持人类基因和细胞治疗应用。
crispr/cas9介导的VVMLO3诱变会增强葡萄藤（Vitis Vinifera）对白粉病的耐药性
摘要葡萄（Vitis Vinifera）是世界上最重要的水果作物之一，遭受了白粉病的产量损失，这是由Erysiphe Necator引起的主要真菌疾病。除了抑制宿主免疫外，植物病原体还调节宿主蛋白所称为易感性因素以促进其在植物中的增殖。在这项研究中，CRISPR/CAS9（群集定期间隔短的短文重复序列/CRISPR相关9）技术用于使MLO的靶向诱变（霉菌抗性基因座O）家族基因被认为是粉状霉菌真菌的S因子。在两个或两个葡萄树Mlo基因VVMLO3和VVMLO4的等位基因中诱导的小缺失或插入，在粉状霉菌敏感的品种Thompson无生物的转基因植物中。使用不同的CRISPR/CAS9构建体获得的编辑效率从0％到38.5％不等。在获得的20个VVMlo3/4编辑的线中，一个是单个突变的纯合子，三个备有的双重突变，突变中有7个是杂合的，九个是嵌合，嵌合是嵌合，如每个线路中有两个以上突变的等位基因所示。在20个VVMLO3/4编辑的葡萄藤线中，有6条显示出正常的生长，而其余的线则表现出衰老样的氯症和坏死。重要的是，四个VVMLO3编辑线显示出对白粉病的耐药性，这与宿主细胞死亡，细胞壁的伴侣（CWA）和H 2 O 2积累有关。综上所述，我们的结果表明，CRISPR/CAS9基因组编辑技术可成功地用于诱导感兴趣基因的靶向突变，以提高经济重要性的特征，例如葡萄藤中的抗病性。
使用
摘要。由重金属造成的污染是我们环境的主要问题，因为这些金属的高水平对野生动植物，植被和人类健康产生有害后果。即使在痕量中，几种重金属，包括铅，汞，镉，锌，砷和镍，不仅具有致癌特性，而且具有引起遗传突变的能力。在这项研究中，总共分离了150种细菌，其中25种用于次级筛查。次级筛选后，根据其最大公差水平进一步处理五个菌株。根据表型和基因型特征分离并鉴定出所需的本土金属固醇菌株并鉴定。系统图的表型特征和拓扑结构证实细菌分离株1磅是kingella sp。，2磅是李斯特菌。，3磅是芽孢杆菌。，4磅是假单胞菌putida，而5磅是Cupriavidus Necator。根据结果，在使用LB培养基时，所有细菌分离株均显示出对不同重金属浓度的最高公差水平，即1 lb和4 lb细菌分离株显示对铜（CU）的耐受速率最高，而2LB和5LB细菌分离物显示出对铬的最大耐受性（CR）抗病率（CR）和3LB细菌率（peb）和3LB细菌率（peb）和3LB细菌。因此，将LB培养基用于优化生物修复目的。关键字：可朗吉工业区，重金属污染的土壤，土壤污染，金属固醇的土著细菌，生物修复用于对重金属污染的土壤进行生物修复，最大去除效率为PB的4磅细菌菌株的83.80％，CU的5磅细菌菌株的90.49％，YPG培养基中CR的1磅和2LB细菌菌株的81.87％和81.87％。因此，结果表明该地区的土著重金属耐受性细菌菌株可用于生物修复重金污染的土壤，这是最有效，经济和环保的方法，可作为传统方法的替代方法。