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摘要 CRISPR/Cas 系统已成为代谢工程和人类基因治疗中基因组编辑的有力工具。然而，使用 CRISPR/Cas 系统在染色体上定位整合异源基因的最佳位点仍是一个悬而未决的问题。选择合适的基因整合位点需要考虑多个复杂的标准，包括与 CRISPR/Cas 介导的整合、遗传稳定性和基因表达相关的因素。因此，在特定或不同的染色体位置上识别此类位点通常需要大量的表征工作。为了应对这些挑战，我们开发了 CRISPR-COPIES，这是一种用于识别 CRISPR/Cas 促进的整合位点的计算流程。该工具利用 ScaNN，这是一种基于嵌入的最近邻搜索的先进模型，可快速准确地进行脱靶搜索，并可在几分钟内识别大多数细菌和真菌基因组的全基因组基因间位点。作为概念验证，我们利用 CRISPR-COPIES 表征了三种不同物种中的中性整合位点：酿酒酵母、Cupriavidus necator 和人类细胞系。此外，我们还为 CRISPR-COPIES 开发了一个用户友好的 Web 界面 (https://biofoundry.web.illinois.edu/copies/)。我们预计 CRISPR-COPIES 将成为靶向 DNA 整合的宝贵工具，并有助于表征合成生物学工具包，实现快速菌株构建以生产有价值的生化物质，并支持人类基因和细胞治疗应用。
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