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ds@gt clef2024 bionne竞赛工作说明
可能彼此包含的嵌套命名实体的抽象识别可以增强发现命名实体的覆盖范围。此功能对于诸如关系提取，实体链接和知识图种群等任务特别有用。本文介绍了组织者关于Bionne竞赛的报告，该报告的重点是英语和俄语的医学文本中嵌套的名为实体识别系统。比赛包括三个子任务：双语，面向英语和面向俄语。培训和验证集源自Nerel-Bio数据集的一个子集，该数据集是PubMed摘要的语料库。对于Bionne评估，从原始数据集中选择了八种最常见的医疗实体类型。此外，为共享任务开发了一个新颖的测试集，其中包括英语和俄语的154个摘要。在BioASQ研讨会的框架内举行，竞争旨在推进生物医学领域内嵌套的研究。
产前早期接触空气污染物与先天性心脏病：一项嵌套病例对照研究
摘要背景：先天性心脏病是人类最常见的先天畸形之一。现有关于空气污染与先天性心脏病关系的研究结果不一致。本研究旨在评估妊娠期空气污染物暴露与先天性心脏病的关联，并探索先天性心脏病的关键暴露窗。方法：采用嵌套病例对照研究收集了中国天津市妇女儿童保健中心的出生记录和以下健康数据。选取2013年至2015年的所有先天性心脏病病例，每个病例匹配5名健康对照者。根据每日空气污染数据，使用反距离加权估计个体暴露量。此外，还进行了具有分布滞后非线性模型的条件逻辑回归，以确定妊娠期空气污染暴露与先天性心脏病之间的关联。结果：共计 8,748 对母婴被纳入分析，其中 1,458 名婴儿患有先天性心脏病。妊娠期 PM 2.5 暴露量每增加 10 µg/m 3，妊娠第 1 至第 2 周的 OR（95% 置信区间，95%CI）范围为 1.008（1.001 – 1.016）至 1.013（1.001 – 1.024）。妊娠前 1 周的 O 3 暴露和妊娠前 6 至第 7 周的 SO 2 暴露与先天性心脏病风险相似，但风险有所增加，而其他空气污染物没有显著相关性。结论：本研究强调，妊娠期接触 PM 2.5、O 3 和 SO 2 对先天性心脏病有滞后影响。我们的研究结果支持了孕妇在早期减少空气污染暴露可能带来的好处，尤其是当空气污染物的关键暴露时间窗口可能先于心脏发育时。
DNA甲基化与冠心病的表观基因组分析：一项嵌套病例对照研究
背景：识别与冠心病 (CHD) 相关的 DNA 甲基化环境反应基因位点可能揭示 CHD 的新途径或治疗靶点。我们对亚洲人群中与发病 CHD 相关的 DNA 甲基化进行了首次前瞻性表观基因组范围分析。方法：我们进行了一项嵌套病例对照研究，包括发病 CHD 病例和从中国嘉道理生物库的 10 年随访中确定的 1:1 匹配对照。通过 Infinium Methylation EPIC BeadChip 测量基线血液白细胞 DNA 的甲基化水平。我们进行了单胞嘧啶-磷酸-鸟嘌呤 (CpG) 位点关联分析和网络方法来识别与 CHD 相关的 CpG 位点和共甲基化基因模块。结果：经过质量控制，保留了 982 名参与者（平均年龄 50.1 岁）。基因组中 25 个 CpG 位点的甲基化水平与 CHD 发病率相关（全基因组错误发现率 [FDR] < 0.05 或模块特定 FDR < 0.01）。已识别 CpG 的甲基化水平每增加一个标准差，CHD 风险就会有所不同，从降低 47% 到增加 118% 不等。中介分析显示，与吸烟相关的 CHD 风险增加的 28.5% 是由 ANKS1A 基因启动子区域的甲基化水平介导的（中介效应的 P = 0.036）。SNX30 启动子区域的甲基化水平与血压和随后的 CHD 风险相关，中介比例为 7.7%（P = 0.003），通过
幽门螺杆菌血清流行率与心肌梗死发生率 - 一项基于瑞典人群的嵌套病例对照研究
目的：幽门螺杆菌 (H. pylori) 及其细胞毒素相关基因 A (CagA) 与心肌梗死 (MI) 有关，但现有数据存在矛盾，可能是由于研究设计的局限性和缺乏重要混杂因素的数据。本研究旨在确定 H. pylori 或 CagA 血清阳性是否与 MI 发病率（包括 MI 表型）相关，并描述时间趋势。方法：我们使用了瑞典北部健康与疾病研究，这是一项前瞻性生物库，数据来自 1986 年至 2006 年期间参加健康检查的人群队列中的居民。截至 2006 年，共发现 826 例首次 MI 病例，并可提供其指数健康检查的血液样本。每个病例与对照组按年龄、性别、取样日期和地理区域进行 1:2 匹配。使用 ELISA 分析血液样本以确定 H. pylori 和 CagA 的血清流行率，然后使用它们研究与 MI 发病率的关联。结果：基线时中位年龄为 50 岁，71% 的参与者为男性。病例组的 H. pylori 和 CagA 血清流行率分别为 46.5% 和 32.1%，而对照组分别为 43.7% 和 30.6%。总体而言，H. pylori 流行率在研究期间下降。经过多变量调整后，H. pylori 血清阳性与 MI 发病率之间未观察到显著关联（风险比：1.15，95% CI 0.94 – 1.42），CagA 阳性的 H. pylori 与 MI 发病率之间也未观察到显著关联。结论：在瑞典人群队列中，H. pylori 或 CagA 血清阳性与 MI 发病率之间未观察到显著关联。
语言模型可以处理递归嵌套的语法结构吗？比较模型和人类的案例研究
我们应该如何比较语言模型（LMS）和人类的能力？在本文中，我从比较心理学到这些比较中的挑战。i的重点是案例研究：递归嵌套的语法结构的处理。先前的工作表明，LMS无法尽可能可靠地处理这些结构。但是，为人类提供了指令和大量培训，而LMS则进行了零射击。i因此更加匹配评估。提供一个简单提示的大型LM（比人类培训的含量要少得多），即使在更深厚的嵌套条件下，LMS也比人类测试更深切的条件。此外，提示的效果对提示中使用的特定结构和词汇量是强大的。最后，重新分析现有的人类数据表明，人类最初可能不会在困难的结构上执行以上机会。因此，当对比较评估时，大的LMS确实可以像人类一样可靠地递归嵌套的语法结构。此案例研究强调了评估方法中的差异如何混淆语言模型和人类的比较。我通过反映了比较人类和模型能力的更广泛挑战，并突出了评估认知模型和基础模型之间的重要区别。
炎症性血浆蛋白水平在结节病诊断之前数年升高：瑞典的一项嵌套病例 - 对照研究
1 Karolinska Institutet，医学系SOLNA，临床流行病学部，瑞典斯德哥尔摩。2 Karolinska Institutet，瑞典斯德哥尔摩医学流行病学与生物统计学系。3哥本哈根大学，丹麦哥本哈根公共卫生系生物统计学科。 4 Karolinska Institutet，医学系Solna，呼吸医学部，瑞典斯德哥尔摩。 5 Karolinska大学医院，呼吸医学，主题炎症和衰老，斯德哥尔摩，瑞典。 6 Karolinska Institutet，医学系SOLNA，免疫学和过敏部，瑞典斯德哥尔摩。 7 Karolinska大学医院和瑞典斯德哥尔摩分子医学中心的Karolinska Institutet。 8Umeå大学，瑞典Umeå公共卫生与临床医学系。3哥本哈根大学，丹麦哥本哈根公共卫生系生物统计学科。4 Karolinska Institutet，医学系Solna，呼吸医学部，瑞典斯德哥尔摩。5 Karolinska大学医院，呼吸医学，主题炎症和衰老，斯德哥尔摩，瑞典。 6 Karolinska Institutet，医学系SOLNA，免疫学和过敏部，瑞典斯德哥尔摩。 7 Karolinska大学医院和瑞典斯德哥尔摩分子医学中心的Karolinska Institutet。 8Umeå大学，瑞典Umeå公共卫生与临床医学系。5 Karolinska大学医院，呼吸医学，主题炎症和衰老，斯德哥尔摩，瑞典。6 Karolinska Institutet，医学系SOLNA，免疫学和过敏部，瑞典斯德哥尔摩。7 Karolinska大学医院和瑞典斯德哥尔摩分子医学中心的Karolinska Institutet。 8Umeå大学，瑞典Umeå公共卫生与临床医学系。7 Karolinska大学医院和瑞典斯德哥尔摩分子医学中心的Karolinska Institutet。8Umeå大学，瑞典Umeå公共卫生与临床医学系。8Umeå大学，瑞典Umeå公共卫生与临床医学系。
精神分裂症的环境风险因素和从儿童期到诊断的躁郁症：瑞典嵌套案例 - 对照研究
背景：。精神分裂症（SCZ）和躁郁症（BD）之间共有遗传风险是良好的，但是它们共享环境风险因素的程度尚不清楚。我们比较了儿童时期/疾病发作之前的环境暴露与发展SCZ和BD的风险之间的关联。方法：。我们进行了基于瑞典寄存器的嵌套案例 - 使用4184例SCZ病例和18 681 BD案件诊断为1988 - 2013年。案件与出生年度，出生地和性别的五个对照相匹配。每次暴露的SCZ和BD的有条件逻辑回归用于估计发病率比（IRR）（严重的儿童感染，不良儿童经历（ACE），药物使用障碍（SUDS），Urban Birth/list Longes居住）。结果：。所有SUD类型都与非常高的风险（IRR 4.9 - 25.5）以及两种疾病风险更高的ACE（IRR 1.5 - 4.3）相关。在相互调整的模型中，ACE显示出BD的风险略高（SCZ IRR 1.30，1.19-1.42; BD IRR 1.49，1.44 - 1.55），而对于SUD，SCZ的风险较高（SCZ IRR 9.43，8.15 - 10.15 - 10.92； BD IRR 5.50，5.50，5.50，5.15 - 5.15 - 5.15 - 5.15 - 5.88）。感染与BD风险增加有关（IRR 1.21，1.17 - 1.26），但与SCZ无关。城市诞生和城市最长的住所与SCZ的较高风险有关（IRR 1.19，1.03 - 1.37），而仅城市出生和最长居住的居民的组合显示出更高的BD风险（IRR 1.24，1.13 - 1.35）。结论：。既有共同又有独特的环境风险因素：SUD和ACE是两种疾病的危险因素，而感染与BD和SCZ的城市性更加密切相关。
研究文章的质子泵抑制剂对帕金森氏病的潜在风险：全国范围的病例对照研究
1 ewha womans大学，韩国首尔，韩国共和国，胃肠病学系2号，阿乔大学医学院，苏旺，大韩民国苏旺，苏旺医学院，内科共和国3号，甘尼格·阿桑医院，哥伦斯大学医学院，甘尼群岛医学院，甘尼群岛，内科医学院，内科群岛，内科医学院。 Seongnam, Gyeonggi-do, Republic of Korea, 5 Department of Internal Medicine, Inje University Ilsan Paik Hospital, Goyang, Republic of Korea, 6 Department of Internal Medicine, Gangnam Severance Hospital, Yonsei University College of Medicine, Seoul, Republic of Korea, 7 Institute of Health and Environment, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea, 8 RexSoft Corp., Seoul, Republic of Koreaewha womans大学，韩国首尔，韩国共和国，胃肠病学系2号，阿乔大学医学院，苏旺，大韩民国苏旺，苏旺医学院，内科共和国3号，甘尼格·阿桑医院，哥伦斯大学医学院，甘尼群岛医学院，甘尼群岛，内科医学院，内科群岛，内科医学院。 Seongnam, Gyeonggi-do, Republic of Korea, 5 Department of Internal Medicine, Inje University Ilsan Paik Hospital, Goyang, Republic of Korea, 6 Department of Internal Medicine, Gangnam Severance Hospital, Yonsei University College of Medicine, Seoul, Republic of Korea, 7 Institute of Health and Environment, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea, 8 RexSoft Corp., Seoul, Republic of Koreaewha womans大学，韩国首尔，韩国共和国，胃肠病学系2号，阿乔大学医学院，苏旺，大韩民国苏旺，苏旺医学院，内科共和国3号，甘尼格·阿桑医院，哥伦斯大学医学院，甘尼群岛医学院，甘尼群岛，内科医学院，内科群岛，内科医学院。 Seongnam, Gyeonggi-do, Republic of Korea, 5 Department of Internal Medicine, Inje University Ilsan Paik Hospital, Goyang, Republic of Korea, 6 Department of Internal Medicine, Gangnam Severance Hospital, Yonsei University College of Medicine, Seoul, Republic of Korea, 7 Institute of Health and Environment, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea, 8 RexSoft Corp., Seoul, Republic of Koreaewha womans大学，韩国首尔，韩国共和国，胃肠病学系2号，阿乔大学医学院，苏旺，大韩民国苏旺，苏旺医学院，内科共和国3号，甘尼格·阿桑医院，哥伦斯大学医学院，甘尼群岛医学院，甘尼群岛，内科医学院，内科群岛，内科医学院。 Seongnam, Gyeonggi-do, Republic of Korea, 5 Department of Internal Medicine, Inje University Ilsan Paik Hospital, Goyang, Republic of Korea, 6 Department of Internal Medicine, Gangnam Severance Hospital, Yonsei University College of Medicine, Seoul, Republic of Korea, 7 Institute of Health and Environment, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea, 8 RexSoft Corp., Seoul, Republic of Koreaewha womans大学，韩国首尔，韩国共和国，胃肠病学系2号，阿乔大学医学院，苏旺，大韩民国苏旺，苏旺医学院，内科共和国3号，甘尼格·阿桑医院，哥伦斯大学医学院，甘尼群岛医学院，甘尼群岛，内科医学院，内科群岛，内科医学院。 Seongnam, Gyeonggi-do, Republic of Korea, 5 Department of Internal Medicine, Inje University Ilsan Paik Hospital, Goyang, Republic of Korea, 6 Department of Internal Medicine, Gangnam Severance Hospital, Yonsei University College of Medicine, Seoul, Republic of Korea, 7 Institute of Health and Environment, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea, 8 RexSoft Corp., Seoul, Republic of Koreaewha womans大学，韩国首尔，韩国共和国，胃肠病学系2号，阿乔大学医学院，苏旺，大韩民国苏旺，苏旺医学院，内科共和国3号，甘尼格·阿桑医院，哥伦斯大学医学院，甘尼群岛医学院，甘尼群岛，内科医学院，内科群岛，内科医学院。 Seongnam, Gyeonggi-do, Republic of Korea, 5 Department of Internal Medicine, Inje University Ilsan Paik Hospital, Goyang, Republic of Korea, 6 Department of Internal Medicine, Gangnam Severance Hospital, Yonsei University College of Medicine, Seoul, Republic of Korea, 7 Institute of Health and Environment, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea, 8 RexSoft Corp., Seoul, Republic of Koreaewha womans大学，韩国首尔，韩国共和国，胃肠病学系2号，阿乔大学医学院，苏旺，大韩民国苏旺，苏旺医学院，内科共和国3号，甘尼格·阿桑医院，哥伦斯大学医学院，甘尼群岛医学院，甘尼群岛，内科医学院，内科群岛，内科医学院。 Seongnam, Gyeonggi-do, Republic of Korea, 5 Department of Internal Medicine, Inje University Ilsan Paik Hospital, Goyang, Republic of Korea, 6 Department of Internal Medicine, Gangnam Severance Hospital, Yonsei University College of Medicine, Seoul, Republic of Korea, 7 Institute of Health and Environment, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea, 8 RexSoft Corp., Seoul, Republic of Koreaewha womans大学，韩国首尔，韩国共和国，胃肠病学系2号，阿乔大学医学院，苏旺，大韩民国苏旺，苏旺医学院，内科共和国3号，甘尼格·阿桑医院，哥伦斯大学医学院，甘尼群岛医学院，甘尼群岛，内科医学院，内科群岛，内科医学院。 Seongnam, Gyeonggi-do, Republic of Korea, 5 Department of Internal Medicine, Inje University Ilsan Paik Hospital, Goyang, Republic of Korea, 6 Department of Internal Medicine, Gangnam Severance Hospital, Yonsei University College of Medicine, Seoul, Republic of Korea, 7 Institute of Health and Environment, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea, 8 RexSoft Corp., Seoul, Republic of Koreaewha womans大学，韩国首尔，韩国共和国，胃肠病学系2号，阿乔大学医学院，苏旺，大韩民国苏旺，苏旺医学院，内科共和国3号，甘尼格·阿桑医院，哥伦斯大学医学院，甘尼群岛医学院，甘尼群岛，内科医学院，内科群岛，内科医学院。 Seongnam, Gyeonggi-do, Republic of Korea, 5 Department of Internal Medicine, Inje University Ilsan Paik Hospital, Goyang, Republic of Korea, 6 Department of Internal Medicine, Gangnam Severance Hospital, Yonsei University College of Medicine, Seoul, Republic of Korea, 7 Institute of Health and Environment, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea, 8 RexSoft Corp., Seoul, Republic of Koreaewha womans大学，韩国首尔，韩国共和国，胃肠病学系2号，阿乔大学医学院，苏旺，大韩民国苏旺，苏旺医学院，内科共和国3号，甘尼格·阿桑医院，哥伦斯大学医学院，甘尼群岛医学院，甘尼群岛，内科医学院，内科群岛，内科医学院。 Seongnam, Gyeonggi-do, Republic of Korea, 5 Department of Internal Medicine, Inje University Ilsan Paik Hospital, Goyang, Republic of Korea, 6 Department of Internal Medicine, Gangnam Severance Hospital, Yonsei University College of Medicine, Seoul, Republic of Korea, 7 Institute of Health and Environment, Seoul National University, Seoul, Republic of Korea, 8 RexSoft Corp., Seoul, Republic of Korea
泛欧儿童期癌症幸存者心力衰竭的危险因素：pancaresurfup和procardio队列和嵌套病例对照研究
C. of Baat，MD 1;是。信仰，博士1； Raoul C. Reul，博士2； St. Allodji's Rodrigue，博士3：4,5;法国Bagsco，博士6； Bardi，医学博士，博士7.8； Fabial N. Belle博士9.10；朱利安·伯恩（Julianne Byrne），博士11； Elvira C. van Dan，医学博士，博士1； Ghazi Debiche，博士3：4.5；易卜拉欣达·达洛（Ibrahima Dallo），博士学位3：4,5;欲望抢，博士学位12； Lars Hjorth，医学博士，博士13； Momical Jankovic，医学博士，博士14； Claudia E. Kuehni，医学博士，博士9：15;吉尔·莱维特（Gill Levitt），医学博士16； Llanas Damien，MSC 3.4.5； Jacqueline Loon，医学博士，博士17； Lorna Z. Salt，医学博士，博士18； M. Maule，博士学位19；露西亚·米利格（Lucia Milig），博士20； Helena J.H. 去医学博士，博士1；例如M. Ronckers，博士1； Sacerdote，博士学位19；罗德里克·斯金纳（Roderick Skinner），医学博士，博士21.22；雅各布，医学博士，医学博士，博士23;克里斯蒂娜（Cristina）经文，理学硕士3.4.5； Haddy Nadia博士3.4.5； David L. Winter，MSC 2；浴室佛罗伦萨博士，3：4,4;迈克尔·霍金斯（Michael M. Hawkins），博士学位2；和Leontien C.M. 信用，医学博士，博士1.24C. of Baat，MD 1;是。信仰，博士1； Raoul C. Reul，博士2； St. Allodji's Rodrigue，博士3：4,5;法国Bagsco，博士6； Bardi，医学博士，博士7.8； Fabial N. Belle博士9.10；朱利安·伯恩（Julianne Byrne），博士11； Elvira C. van Dan，医学博士，博士1； Ghazi Debiche，博士3：4.5；易卜拉欣达·达洛（Ibrahima Dallo），博士学位3：4,5;欲望抢，博士学位12； Lars Hjorth，医学博士，博士13； Momical Jankovic，医学博士，博士14； Claudia E. Kuehni，医学博士，博士9：15;吉尔·莱维特（Gill Levitt），医学博士16； Llanas Damien，MSC 3.4.5； Jacqueline Loon，医学博士，博士17； Lorna Z. Salt，医学博士，博士18； M. Maule，博士学位19；露西亚·米利格（Lucia Milig），博士20； Helena J.H.去医学博士，博士1；例如M. Ronckers，博士1； Sacerdote，博士学位19；罗德里克·斯金纳（Roderick Skinner），医学博士，博士21.22；雅各布，医学博士，医学博士，博士23;克里斯蒂娜（Cristina）经文，理学硕士3.4.5； Haddy Nadia博士3.4.5； David L. Winter，MSC 2；浴室佛罗伦萨博士，3：4,4;迈克尔·霍金斯（Michael M. Hawkins），博士学位2；和Leontien C.M.信用，医学博士，博士1.24
维生素D状况在怀孕的头三个月与妊娠糖尿病的关系 - 嵌套病例 - 控制研究
Eleanor Salakos，Tioka Rabeony，Marie Courbaisse，JoëlleTaieb，Vassilis Tsatsaris和Al。临床营养，2021，40，pp.79-86。10.1016/j.clnu.2020.04.04.028。