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tagada：使用RNA-Seq数据改善基因组注释的可扩展管道
显着性阈值。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。4 S3标记转录本，基因编码和新颖性分类。。。。。。。。。。。。。。。5 S4研究中考虑的各种转录组分析的概述。 输入和输出注释均为每个注释，管道名称以及所处理的转录组数据。 ISOSEQ注释是在基因开关项目的上下文中生成的，并从ENA检索（配件ERZ15610616和ERZ15610622）。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。 。5 S4研究中考虑的各种转录组分析的概述。输入和输出注释均为每个注释，管道名称以及所处理的转录组数据。ISOSEQ注释是在基因开关项目的上下文中生成的，并从ENA检索（配件ERZ15610616和ERZ15610622）。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。。6 S5雷尼斯鸡肉图集基因的来源每个基因生物型。。。。。。。。。。。。。。。。。。7 s6 tau值的eNembl注释基因的分布。。。。。。。。。。。。。。8
用于缓解量子误差的开销基准测试管道
零噪声外推 (ZNE) 是一种量子经典混合技术。它运行噪声水平不断增加的量子电路，提取每个电路的期望值，然后使用经典拟合外推无噪声环境中的理想期望值。在 Mitiq 的 ZNE 实现中，有两个相关的经典变量：(1) 用于查找 y 截距（理想期望值）的外推或拟合类型和 (2) 噪声缩放值，它们决定了噪声在运行的每个附加电路中如何增长 [3]。
基于卷积神经网络的胸部X射线图像动态肺场的三阶段注册管道
1 1，深圳Lanmage医疗技术公司，有限公司，深圳市，广东，中国广东，2 Neusoft Medical System Co.，2.中国申阳大学的生命与健康管理学院，第6次放射学系，广州医科大学第二附属医院，中国广州，7七国卫生科学与环境工程学院，宁岑技术大学，宁岑，宁津，中国，8工程学研究中心，医学成像研究中心，<1，深圳Lanmage医疗技术公司，有限公司，深圳市，广东，中国广东，2 Neusoft Medical System Co.，2.中国申阳大学的生命与健康管理学院，第6次放射学系，广州医科大学第二附属医院，中国广州，7七国卫生科学与环境工程学院，宁岑技术大学，宁岑，宁津，中国，8工程学研究中心，医学成像研究中心，<
一种新型的逐步整合分析管道揭示了不同的微生物群相互作用，并与肠易激综合征的症状联系起来
尽管未完全理解，但假定肠易激综合征（IBS）的微生物群 - 宿主相互作用改变了。因此，我们旨在开发针对微生物群 - 宿主相互作用和症状关联的整合分析而定制的新分析管道，并证明其在飞行员队列中的效用。开发了多层逐步整合分析管道，以可视化复杂的变量关联。在IBS患者和健康对照组的数据集（HC）的数据集中，使用R软件包来分析结肠宿主mRNA和粘膜菌群（16S rRNA基因测序）以及胃肠道（GI）和心理症状。总共包括42名IBS患者（57％女性，平均年龄33.6（范围18-58））和20 HC（女性60％，平均年龄26.8（范围23-41））。仅在IBS患者中，Toll样受体4的mRNA表达以及与屏障功能（PAR2，OCLN，TJP1）相关的基因紧密相关，表明潜在的功能关系。这个基于宿主基因的“渗透性簇”与粘膜粘膜和宽叶氏菌有关，此外，与饱腹感以及焦虑，抑郁和疲劳有关。在IBS患者和HC中，铬烷蛋白，泌尿素蛋白和TLR聚集在一起。 在IBS患者中，该基于宿主基因的“免疫 - 肠内分泌簇”与Firmicutes的特定成员有关，并且与抑郁症和疲劳有关，而在HC中，与微生物群没有明显的关联。 该分析管道可能有助于促进对健康和疾病中复杂可变关联的理解。在IBS患者和HC中，铬烷蛋白，泌尿素蛋白和TLR聚集在一起。在IBS患者中，该基于宿主基因的“免疫 - 肠内分泌簇”与Firmicutes的特定成员有关，并且与抑郁症和疲劳有关，而在HC中，与微生物群没有明显的关联。 该分析管道可能有助于促进对健康和疾病中复杂可变关联的理解。在IBS患者中，该基于宿主基因的“免疫 - 肠内分泌簇”与Firmicutes的特定成员有关，并且与抑郁症和疲劳有关，而在HC中，与微生物群没有明显的关联。该分析管道可能有助于促进对健康和疾病中复杂可变关联的理解。我们已经开发了逐步的整合分析管道，该管道允许鉴定独特的宿主 - 微生物互相关模式以及与IBS患者症状的关联。
dix-seq：快速扩增子数据分析的集成管道
8 DeepBiome。Co. Ltd.，上海200031，中国 *通信：yongjunwei@zzu.edu.cn（y.w. ）; liming@henau.edu.cn（M.L。 ）; zhanglei@logictek.cn（L.Z.） 收到：2024年10月18日；接受：2025年2月21日；在线发布：2025年2月22日； https://doi.org/10.59717/j.xinn-life.2024.100120©2025作者。 这是CC下的开放访问文章（https://creativecommons.org/licenses/4.0/）。 引用：Dong P.，Chen Y.，Wei Y.等。 （2025）。 dix-seq：用于快速扩增子数据分析的集成管道。 创新生活3：100120。 在过去十年中，测序技术的快速进步推动了Amplicon Metagenome的广泛采用。 但是，当前的Amplicon数据分析软件/管道通常需要手动干预跨越多个步骤，因此需要清楚了解参数，并阻碍缺乏经验的用户自动化其工作流程。 在这里，我们介绍了Dix-Seq，这是一种完全容器化的工具，用于快速，自动化和可扩展的扩增子数据分析。 使用一个单个命令，DIX-Seq可以将原始扩增子序列处理为各种统计和可视化结果，生成基于HTML的报告和恢复的日志文件。 dix-seq利用单个参数表可以大大简化其命令行接口，从而使其不受欢迎的用户更容易实现，同时改善了研究可重复性。 DIX-SEQ的模块化设计使得将新方法和数据库的快速采用到其软件框架中。Co. Ltd.，上海200031，中国 *通信：yongjunwei@zzu.edu.cn（y.w.）; liming@henau.edu.cn（M.L。）; zhanglei@logictek.cn（L.Z.）收到：2024年10月18日；接受：2025年2月21日；在线发布：2025年2月22日； https://doi.org/10.59717/j.xinn-life.2024.100120©2025作者。这是CC下的开放访问文章（https://creativecommons.org/licenses/4.0/）。引用：Dong P.，Chen Y.，Wei Y.等。（2025）。dix-seq：用于快速扩增子数据分析的集成管道。创新生活3：100120。在过去十年中，测序技术的快速进步推动了Amplicon Metagenome的广泛采用。但是，当前的Amplicon数据分析软件/管道通常需要手动干预跨越多个步骤，因此需要清楚了解参数，并阻碍缺乏经验的用户自动化其工作流程。在这里，我们介绍了Dix-Seq，这是一种完全容器化的工具，用于快速，自动化和可扩展的扩增子数据分析。使用一个单个命令，DIX-Seq可以将原始扩增子序列处理为各种统计和可视化结果，生成基于HTML的报告和恢复的日志文件。dix-seq利用单个参数表可以大大简化其命令行接口，从而使其不受欢迎的用户更容易实现，同时改善了研究可重复性。DIX-SEQ的模块化设计使得将新方法和数据库的快速采用到其软件框架中。当前，已将21个以上的算法，软件和第三方程序集成到DIX-Seq中的八个模块中，而越来越多。这种方法还允许经验丰富的用户微调工作流程，从而促进定制分析。在实际案例研究的数据集上执行的基准测试了DIX-Seq的能力，该功能在生成统计信息和提取生物学上有意义的模式的完整数字中生成了发布的数字。此外，它在检测模拟测序深度下降的方差方面仍然非常有效，结果在所有和某些方面（例如植物网络多样性和Pearson的相关性），结果保持稳健至11000和1000的深度。总而言之，Dix-Seq是用于扩增数据分析的方便但高度可自定义的工具，使其成为入门级和经验丰富的用户的理想选择。
立法将阻止伊利诺伊州的二氧化碳管道，长达两年
对政府和纳税人的保护措施包括碳存储所有者在储存完成后至少30年监视其网站的要求。该立法还为碳管道和存储设施，存储运营商的财务和保险要求以及州资金设定了费用，以支付监控和检查
满足管理层：早期管道演示
本演示文稿可能包含前瞻性语句。前瞻性陈述给出了集团当前的期望或对未来事件的预测。投资者可以通过与历史或当前事实无关的事实来识别这些陈述。他们使用诸如“预期”，“估计”，“期望”，“打算”，“愿意”，“ project”，“ plan”，“ plan”，“相信”，“目标”以及与未来经营或财务绩效的任何讨论有关的类似含义的词。尤其包括与未来行动，潜在产品或产品批准有关的陈述，当前和预期产品的未来绩效或结果，销售工作，费用，诸如法律诉讼，股息付款和财务业绩等意外事件的结果。
肥胖治疗中的范式转移：当前管道剂的广泛审查
1。引言肥胖是一种复杂的疾病，是中枢体重控制失调引起的公共卫生挑战[1,2]。复杂的调节机制控制体重，偏爱捍卫脂肪质量。但是，这种机制在现代时代提出了挑战，因为它可以保护异常升高的体重，从而阻碍了可持续的脂肪减少努力。净负能量平衡激活大脑中的反馈回路，从而恢复体重。解决肥胖症的当前治疗策略主要是通过调节饮食行为来减少能量调节的生理倾向[1]。对胃肠道途径的最新发现影响了饱腹感以及外周代谢和中枢神经系统元素之间的相互作用导致肥胖治疗的转化范式转移[1,2]。先前的体重管理策略增加了基础能量消耗，例如管理多余的甲状腺激素或二硝基苯酚，已受到阻碍
balrog-mon：用于基因组牛津纳米孔
宏基因组测序是一种最近可行的方法，可以同时表征样品中的ARG，微生物组和病原体的数据，与分离和培养细菌相比，它是一种更有效，更全面的方法。对宏基因组数据的典型分析涉及一种基于组装的方法或基于读取的方法，每种方法都有其自身的好处和限制。宏基因组装配允许对ARGS进行上游或下游研究，并提供对其起源的准确识别。但是，这种方法可能导致信息丢失，因为低覆盖的基因组通常不会组装。相比之下，基于读取的方法可实现所有可用数据的映射，但缺乏探索周围基因组环境或提供准确分类分类的能力。为了应对这些挑战，我们开发了Balrog-mon，这是一种多功能且可重现的NextFlow管道，用于测量病原体和元基因组长阅读测序的ARG，提供“组装”和“无装配”工作流程选项。