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利用 RNA 测序数据分析，构建阿尔茨海默病药物再利用和 microRNA 识别流程
引言：阿尔茨海默病 (AD) 是一种进行性神经退行性疾病，全球至少有 2700 万人受其影响。这种疾病不仅严重影响患者及其家人的生活，还给社会带来沉重的经济负担。目前尚无明确的疾病改良疗法，各种疗法已被开发用于控制 AD 的症状。药物再利用是一种有价值的替代方法，可以发现已获批或正在研究的药物在其原有适应症之外的新用途。RNA 测序 (RNA-seq) 是发现疾病异质性基因表达的一种实用方法。因此，我们的研究应用了一种计算药物再利用流程，基于从 RNA-seq 数据中提取的 AD 差异基因表达特征来探索候选药物。方法与材料：从 GEO 数据库 (https://www.ncbi.nlm.nih.gov/geo/) 获取了 10 例对照和 8 例 AD 死后人类海马脑组织（登录号为 GSE173955）的表达谱。使用 GEO2R 识别 AD 与正常组织之间的差异表达基因 (DEG)。接下来，使用 LINCS 数据库识别 AD 疾病的潜在候选药物。然后，通过大量文献综述和药物研究，筛选出排名靠前的 FDA 批准药物。反过来，将 DEG 导入 STRING 数据库，以识别蛋白质之间的相互作用关联。之后，选择所有显著性综合评分为 0.7 的相互作用进行进一步分析。选择连接度最高的合适基因作为枢纽基因。靶标扫描数据库是一个专门收集 microRNA-mRNA 靶向关系的数据库。这些数据库用于获取枢纽基因相关的 miRNA。结果：本研究鉴定出 1,878 个 |log2FC| ≥ 1 且 p 值 ≤ 0.05 的基因为 DEG：909 个基因上调，969 个基因下调。能够逆转 AD 表达模式的显著改变的药物谱包括奥沙利德、莫米洛替尼和恩扎妥林。此外，S100A8 已被确定为 Cytoscape 中最突出的枢纽基因之一，在 AD 的背景下它可以被 miR-98-5p 抑制。结论和讨论：在本研究中，我们提出了几种潜在的可重新利用的候选药物，莫沙必利、莫米洛替尼和恩扎斯塔林，以及 miR-9-5p，用于治疗 AD 进展。莫沙必利目前用于治疗 2 型糖尿病、功能性消化不良、功能性便秘和上腹痛综合征。莫米洛替尼是一种 Janus 激酶 1 和 2 抑制剂，用于治疗骨髓纤维化。恩扎斯塔林已用于治疗复发性多形性胶质母细胞瘤。我们的研究结果可能指导针对不同疾病进展阶段的进一步重新利用研究。此外，我们报告 S100A8 充当炎症介质，其水平随着大脑年龄的增长而增加。MiR-98-5p 有可能抑制 AD 中的 S100A8 表达。
标题：肠道菌群脑瘤诱导的肠道菌群失调调节1
体细胞变体检测是癌症基因组学分析的组成部分。尽管大多数方法都集中在短阅读测序上，但长阅读技术现在在重复映射和变体相位方面具有潜在的优势。我们提出了一种深度学习方法，一种深度学习方法，用于从短读和长阅读数据中检测体细胞SNV，插入和缺失（indels），具有用于全基因组和外显子组测序的模式，并且能够以肿瘤正常，唯一的肿瘤正常，ffpe pppe的样本进行运行。为了帮助解决公共可用培训的缺乏和基准测试数据以进行体细胞变体检测，我们生成并公开提供了一个与Illumina，Pacbio Hifi和Oxford Nanopore Technologies的五个匹配的肿瘤正常细胞线对的数据集，以及基准的变体。在样本和技术（短读和长阅读）中，深度态度始终优于现有呼叫者，特别是对于Indels而言。
无细胞的DNA下一代测序...
©作者2025。Open Access本文在创意共享属性下获得许可 - 非商业 - 非洲毒素4.0国际许可证，该许可允许以任何中等或格式的任何非商业用途，共享，分发和复制，只要您与原始作者提供适当的信誉，并为您提供了符合创造性共识许可的链接，并提供了持有货物的启动材料。您没有根据本许可证的许可来共享本文或部分内容的适用材料。本文中的图像或其他第三方材料包含在文章的创意共享许可中，除非在信用额度中另有说明。如果本文的创意共享许可中未包含材料，并且您的预期用途不受法定法规的允许或超过允许的用途，则您需要直接从版权所有者那里获得许可。要查看此许可证的副本，请访问h t p p：//c r e a t i v e c o m m o ns。or g/l i c e n s e s/b y-n c-n c-n c-n d/4。0/。
纳米孔测序的空气监测
尽管空气微生物组及其多样性对于人类健康和生态系统的弹性至关重要，但全面的空气微生物多样性监测仍然很少见，因此对空气微生物组的组成，分布或功能知之甚少。在这里我们表明，基于纳米孔测序的元基因组学可以通过液体撞击和量身定制的计算分析来稳健地评估空气微生物组与主动空气采样相结合。我们为空气微生物组分析提供快速，便携式实验室和计算方法，我们将利用这些方法来稳健地评估受控温室环境的核心空气微生物组和自然室外环境的分类学组成。我们表明，长阅读测序可以通过从头元基因组组件来解决物种级注释和特定的生态系统功能，尽管用作纳米孔测序的输入的碎片DNA量较低。然后，我们使用我们的管道来评估以西班牙巴塞罗那为例的城市空气微生物组的多样性和可变性；该随机实验使人们对城市边界内的高度稳定位置特异性空气微生物组的存在提供了首先见解，并展示了可通过自动，快速和便携式纳米孔测序技术来实现的强大微生物评估。
对Ern-Ithaca的1522例索引病例的基于溶液-RD Clinvar的重新分析揭示了外显子测序中常见的陷阱和误解。
目的：在Solve-RD项目（https://solve-rd.eu/）内，欧洲智力残疾，远程医疗，自闭症和先天性异常智力网络旨在调查基于Clinvar案例的未解决病例的外来分析是否可以建立其他诊断。我们介绍了“ Clinvar低悬一起”重新分析的结果，先前分析失败的原因以及学习的经验教训。方法：来自欧洲智力残疾，远程医疗，自闭症和先天性异常的欧洲参考网络收集的第一个3576个外来的数据（1522个证券和2054个亲戚）通过Solve-rd Consortium重新分析，通过评估单核位变种和临床插入式（cline clinient and Simplerient and Silkerions and Silkeriptions and in Simples和delersert ins in to noce）和多种插入率（clience intery contence in Cline）和多种插入率（涉及单核）。根据频率，基因型和遗传模式和重新解释的频率，基因型和模式进行过滤。结果：我们确定了59例（3.9％）的因果变异，其中50例也由其他诉讼和9例导致了新的诊断，突出了解释挑战：在第一次分析时与人类疾病相关的基因的变异，或者误导了局部局部局部变化（变异型），该变异属于人类疾病的变化（变异）（变化型）。 lters，低等位基因平衡或高频）。结论：“ Clinvar低悬挂水果”分析代表了一种从外显子组测序数据中恢复因果变异的有效，快速且简单的方法，这也有助于减少诊断僵局。©2023作者。由Elsevier Inc.代表美国医学遗传与基因组学院出版。这是CC下的开放访问文章（http://creativecommons.org/licenses/4.0/）。
使用牛津纳米孔技术（ONT）
。cc-by 4.0国际许可（未经Peer Review尚未获得认证）是作者/资助者，他已授予Biorxiv的许可证，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2025年1月12日。 https://doi.org/10.1101/2025.01.10.632410 doi：Biorxiv Preprint
FFPE-DNA测序范式上的关键聚光灯
1 Institute of Clinical Molecular Biology, Christian-Albrechts-University and University Medical Center Schleswig-Holstein, Kiel 24105, Germany, 2 Center for Genomic Regulation, Centro Nacional de An ´alisis Gen ´omico, Barcelona 08028, Spain, 3 Department of Gynaecology and Obstetrics, University Medical Center Schleswig-Holstein, Campus Kiel,基尔24105，德国，4勒中心，d'Erence，d'Ennovation，d'Expertance et transpert（crefix），PFMG 2025，´evry 91057，法国5，5中心国家de recherche en g'eng en g·eNomique humaine（Cnrgh）巴黎 - 萨克莱，“法国Evry 91057，6，6诊断与研究中心，分子生物医学中心，诊断与研究研究所，格拉兹医科大学，格拉兹医科大学，格拉斯8010，奥地利7号，奥地利7，大学医疗中心Schleswig-Holstein，Schleswig-Holstein，Kiel Kiel Kiel Kiel，Kiel Kiel 24105，surrying surrying，8 Noregian Pssrant forserpl of Norigian Pss toprant of Norigian Pressurant of Norigian Pressurant of Norigian Pressuration。奥斯陆大学医院Rikshospitalet，奥斯陆0372，挪威9号胃肠病学部分，奥斯陆大学医院Rikshospitalet，Oslo 0372，诺斯洛大学，俄勒冈州司法部，俄勒冈大学，司法部，施用疾病和移植，10372 0372, Norway, 11 Department of Gastroenterology, Hepatology and Endocrinology, Hannover Medical School, Hanover 30625, Germany, 12 Institute of Pathology, University Hospital Heidelberg, Heidelberg 69120, Germany, 13 Institute of Pathology and Neuropathology, RKH Klinikum Ludwigsburg, Ludwigsburg 71640, Germany and 14德国罗斯托克大学医学总外科系罗斯托克，罗斯托克
外显子组和基因组测序，用于先天性免疫误差
2010年下一代测序（NGS）的出现已经改变了医学，尤其是单基因先天性免疫误差（包括原发性免疫缺陷）（PID）的生长领域。ngs促进了引起疾病的新基因的发现和PID患者的遗传诊断。全外观测序（WES）目前是PID研究和诊断的最具成本效益的方法，尽管整个基因组测序（WGS）具有多种优势。科学或诊断挑战是在数千个NGS调用中选择一个或两个候选变体。变体和基因级计算方法以及免疫学假设可以帮助缩小整个基因组搜索的范围。成功的关键是关于三个关键方面的良好信息遗传假设：遗传方式，临床渗透率和病情的遗传异质性。这确定了搜索策略和候选等位基因的频率截止。随后对候选变异的致病作用的功能验证至关重要。即使没有调味的湿实验室，即使是最新的干燥实验室也无法获得此验证。变化的多种性需要
使用重生方法的方法，用于在结核分枝杆菌中对全基因胺抗性的全基因组测序预测的改进目录。
。CC-BY 4.0国际许可证。根据作者/资助人提供了预印本（未经同行评审的认证）提供的，他已授予Biorxiv的许可证，以在2025年2月25日发布的此版本中在版权所有者中显示预印本。 https://doi.org/10.1101/2025.01.30.635633 doi：biorxiv preprint
循环肿瘤DNA测序的临床实用性在患有晚期软组织肉瘤的患者中
到编辑软组织肉瘤（STS）代表了包括100多种不同亚型的非常异构的稀有肿瘤组[1]。 手术和新/辅助放射疗法代表了STS治疗的基石。 然而，尽管肿瘤最佳切除，但多达40％的患者会出现转移性复发，并死于疾病[1]。 阿霉素代表自1970年代以来患有晚期疾病患者的一线护理标准，尽管有几次尝试确定更好的治疗方法。 转移性疾病患者的总体生存期（OS）<18个月，在过去20年中仅适度改善[2]。 我们和其他人先前已经报道说，肿瘤组织的下一代测序（NGS）允许鉴定基因组畸变，并可能影响高达50％的晚期STS患者的潜力和个性化治疗[3，4]。 循环肿瘤DNA（CTDNA）的基因组分析越来越多地用于调整癌症患者的治疗。 的确，这种液体活检具有多个优点：无侵入性，减少周转时间以获得更快的结果，以及完全捕获肿瘤异质性景观的能力[5]。 本研究的目的是研究ctDNA分析在两种前瞻性精确医学研究中包含的大量晚期STS患者中的影响，并破译肉瘤的ctDNA分子景观。 他们的角色 -到编辑软组织肉瘤（STS）代表了包括100多种不同亚型的非常异构的稀有肿瘤组[1]。手术和新/辅助放射疗法代表了STS治疗的基石。然而，尽管肿瘤最佳切除，但多达40％的患者会出现转移性复发，并死于疾病[1]。阿霉素代表自1970年代以来患有晚期疾病患者的一线护理标准，尽管有几次尝试确定更好的治疗方法。转移性疾病患者的总体生存期（OS）<18个月，在过去20年中仅适度改善[2]。我们和其他人先前已经报道说，肿瘤组织的下一代测序（NGS）允许鉴定基因组畸变，并可能影响高达50％的晚期STS患者的潜力和个性化治疗[3，4]。循环肿瘤DNA（CTDNA）的基因组分析越来越多地用于调整癌症患者的治疗。的确，这种液体活检具有多个优点：无侵入性，减少周转时间以获得更快的结果，以及完全捕获肿瘤异质性景观的能力[5]。本研究的目的是研究ctDNA分析在两种前瞻性精确医学研究中包含的大量晚期STS患者中的影响，并破译肉瘤的ctDNA分子景观。他们的角色 -在2020年12月至2021年8月之间，有98例晚期ST患者被包括在两项正在进行的机构分子概况研究中（Bergonie Institute Propiling，BIP：NCT02534649; Gustave Roussy Propiling，Sting，Sting：NCT049322525）。