XiaoMi-AI文件搜索系统
World File Search Systemreproducible
开放且可重复的神经影像学：从研究开始到发表
3 美国新罕布什尔州汉诺威达特茅斯学院心理与脑科学系；4 德国柏林马克斯普朗克人类发展研究所适应性理性中心；5 美国德克萨斯州奥斯汀德克萨斯大学奥斯汀分校心理学系；6 瑞士洛桑洛桑大学医院和洛桑大学放射科；7 美国加利福尼亚州斯坦福大学心理学系，8 美国密苏里州圣路易斯华盛顿大学圣路易斯心理与脑科学系；9 波兰托伦尼古拉哥白尼大学现代跨学科技术中心；10 丹麦哥本哈根 Rigshospitalet 神经生物学研究部；11 哥本哈根大学计算机科学系
肿瘤免疫微环境的患者来源的肿瘤外植体模型揭示了明显且可再现的免疫疗法反应
Patient-derived tumor explant Models of tumor immune Microenvironment Reveal Distinct and Reproducible Immunotherapy Responses Rita Turpin * 1.2, Karita Peltonen 3.4,5 *, Jenna H. Coast 2, Ruixian Juo 1, Anita N. Kumari 3,4 1, Moon Hee Lee 3,4, Minna Mutka 6, Panu E. Kovanen 6, Laura Niinikoski 7，Tuomo Meretoja 7，Johanna Mattson 8，PetrusJärvinen9，Kanerva Lahdensuo 9，RiikkaJärvinen9，Sara Tornberg 9，Tuomas Mirtti 10，PiaBostrti 10，PiaBoström11，Ilkka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskkivuo 12。 Pouwels 1，MaijaHollmén2 **，Satu Mustjoki 3,4,5 **，JuhaKlefström1,14,15,16** 1癌细胞巡回赛实验室，转化癌症医学，医学院，赫尔辛基大学医学院。
ciftistorm管道：促进可再现的脑电图/meg源连接
我们提出了ciftistorm，这是一种电生理源成像（ESI）管道，该管道结合了最近开发的改善正向和逆溶液的方法。Ciftistorm管道产生人类连接组项目（HCP）和符合空间分辨率程度的数据集输入的MegConnectome兼容输出。输入数据的范围可以从没有结构磁共振成像（SMRI）的低传感器密度脑电图（EEG）或磁脑电图（MEG）录制到具有HCP多模态SMRI符合SMRI的HCP EEG/ MEG记录。ciftistorm将铅场和几何校正的数字质量控制引入了正向建模的头部和源模型。对于反向建模，我们提出了基于多个先验的源头光谱的贝叶斯估计。我们促进了从单个SMRI获得的T1W/fsaverage32k高分辨率空间中的ESI。我们通过比较来自HCP MEG和MRI标准化数据集前十年中获得的CUBAN HUMEN BRAIN MAPPICS项目（CHBMP）的EEG和MRI数据的Ciftistorm输出来验证此功能。
可重复的 WiSDM：使用标准化开放数据在气候变化情景下绘制可重复的外来入侵物种风险图的工作流程
方法：我们开发了 WiSDM，这是一种半自动化工作流程，旨在使创建开放、可重复、透明的外来入侵物种风险地图变得民主化。为了方便使用 WiSDM 制作外来入侵物种风险地图，我们统一并公开发布了分辨率为 1 平方公里、覆盖欧洲的气候和土地覆盖数据。我们的工作流程能够减轻空间采样偏差，识别高度相关的预测因子，创建集成模型来预测风险，并量化空间自相关性。此外，我们还提出了一个新颖的应用程序，通过量化和可视化模型预测的置信度来评估模型的可迁移性。所有建模步骤、参数、评估统计数据和其他输出也均自动生成，并保存在一个 R markdown 笔记本文件中。
一种高效、可重复的农杆菌介导的观赏单子叶植物虎眼万年青的遗传转化方法
悬浮培养物对光照作出反应并开始分化，我们确定了光照后接种农杆菌的最佳时间。为此，将 O. dubium 细胞培养物在接种农杆菌前 0、5、10、15 和 20 天转移到光照下（图 3b）。接种农杆菌后，培养物在选择培养基中再生长十周。值得注意的是，虽然暗生长培养物的转化产生了两个转化子，但接种前 5、10、15 和 20 天暴露在光照下的培养物分别产生了 15、6、19 和 14 个卡那霉素抗性芽，其中 4、6、6 和 5 个芽（共 21 个芽）从第 21 天开始显示出弱的 RFP 荧光（图 4a、b、c）。经过挑选，绿色健康
einprot：用于定量蛋白质组学数据统计分析的灵活，易于使用，可再现的工作流程
定量蛋白质组学已经走了很长一段路 - 过去在蛋白质组学研究小组中进行的专门分析是许多蛋白质组学核心设施中的常规服务，并且可以提供大量复杂的量化和分析工具。然而，必要的报告任务，包括对所得数据的统计分析，以及描述所有数据处理步骤，提供质量控制，探索机会和以用户友好方式发布的可视化，通常不是常规或自动化的，并且可以想象许多不同的分析工程（Peng等，20233）。此外，通常需要进行其他下游分析并与其他类型的数据集成，并且当常规数据分析工作流程的所有步骤透明且记录良好时，这些分析更有可能成功。
研究文章Linguaphylo：一种可再现的系统发育分析的概率模型规范语言
系统发育模型已经变得越来越复杂，系统发育数据集在规模和丰富度方面都扩大了。但是，当前的推理工具缺乏模型指定语言，可以简单地描述完整的系统发育分析，同时独立于实施细节。我们引入了一种新的轻巧和简洁的模型规范语言“ lphy”，该语言被设计为人类和机器可读性。图形用户界面伴随“ lphy”，允许用户构建模型，模拟数据并创建描述模型的自然语言叙述。这些叙述可以作为手稿方法部分的基础。此外，我们提出了一个命令行界面，用于将LPHY指定模型转换为与BEAST2软件平台兼容的分析规范文件（XML格式）。总的来说，这些工具旨在增强植物研究中描述的清晰度和概率模型的报告，最终促进结果的可重复性。
据报道的P47phox/p22phox抑制剂的化学合成及其不稳定性和不可再生活性的表征
烟酰胺腺嘌呤二核苷酸磷酸氧化酶2（NOX2）多亚基复合物是活性氧的高度丰富而中心的来源。nox2是涉及抗菌反应的先天免疫系统的关键酶，但是在许多疾病中，氧化应激和炎症涉及过多的NOX2活性。抑制NOX2作为一种治疗策略具有很大的潜力。抑制NOX2的有趣的药理学方法是靶向P47phox亚基，从而阻止蛋白质 - 蛋白质与P22Phox的相互作用，从而预防NOX2的组装和激活。但是，p47phox的浅结合袋使得开发类似药物的P47phox/p22phox抑制剂。最近，据报道，小分子LMH001抑制p47phox/p22phox相互作用，降低内皮NOX2活性，并保护小鼠免受血管紧张素II诱导的血管氧化应激的影响。这些值得注意的结果可能会对NOX2药理学领域产生重大影响，因为特定和有效的抑制剂很少。在这里，我们合成并测试了LMH001作为阳性对照。我们为提供LMH001提供了可靠的合成途径，但随后我们经历了LMH001在水性缓冲液中化学不稳定。此外，LMH001及其分解产物都不能抑制非细胞荧光极化测定法中的P47phox/ p22phox相互作用。但是，LHM001在功能性细胞测定中是NOX2的弱抑制剂，但与其分解产物之一相同的低效力。这些发现质疑LMH001的活性和建议的机制，并为对研究NOX2生物学的化学探针感兴趣的其他研究人员构成了重要信息。
科学论坛 一项由社区主导的可重复研究培训计划
为什么需要进行可重复性培训？可重复性和可复制性是科学的核心。可重复性是指使用原始研究中使用的数据集和数据分析工作流程重新生成结果的能力，而可复制性是指在不同实验系统中获得类似结果的能力（Leek 和 Peng，2015 年；Schloss，2018 年）。尽管它们很重要，但研究表明，重现和复制同行评审的结果可能相当具有挑战性（Baker 和 Penny，2016 年；Freedman 等人，2015 年）。在过去的几年中，多个多中心项目评估了各个科学领域的可重复性和可复制性水平，并确定了对重复和确认科学结果至关重要的主要因素（Alsheikh-Ali 等人，2011 年；Amaral 等人，2019 年；Baker 等人，2014 年；Button 等人，2013 年；Cova 等人，2021 年；Errington 等人，2014 年；Friedl，2019 年；Hardwicke 等人，2018 年；Lazic，2010 年；Marque´s 等人，2020 年；开放科学合作，2015 年；Shen 等人，2012 年；Stevens，2017 年；
通过 BET 方程计算的表面积的可重复性如何？
Johannes WM Osterrieth, James Rampersad, David Madden, Nakul Rampal, Luka Skoric, Bethany Connolly, Mark D. Allendorf, Vitalie Stavila, Jonathan L. Snider, Rob Ameloot, João Marreiros, Conchi Ania, Diana Azevedo, Enrique Vilarrasa-Garcia, Xinca F, Buan, Buan, Hanze, Hanze, Neil. R. Champness, Sarah L. Griffin, Banglin Chen, Rui-Biao Lin, Benoit Coasne, Seth Cohen, Jessica C. Moreton, Yamil J. Colón, Linjiang Chen, Rob Clowes, François-Xavier Coudert, Yong Cui, Bang Hou, Deanna M. D'Alessandro, Payne Dohen, Doen, Doe, Sun, Christian. Michael Thomas Huxley, Jack D. Evans, Paolo Falcaro, Raffaele Ricco, Omar Farha, Karam B. Idrees, Timur Islamoglu, Pingyun Feng, Huajun Yang, Ross S. Forgan, Dominic Bara, Shuhei Furukawa, Eli Sanchez, Jorge Gascon, Selvedin Telalović, Sukho Khamed, Khammed Murji, Murji Murji, Matthew R. Saum. diq, Patricia Horcajada, Pablo Salcedo-Abraira, Katsumi Kaneko, Radovan Kukobat, Jeff Kenvin, Seda Keskin, Susumu Kitagawa, Ken-ichi Otake, Ryan P. Lively, Stephen JA DeWitt, Phillip Llewellyn, Bettina V. Lotsch, Sebastian T. Ender, Alexander M. Pati M. Pati M. al, Javier García-Martínez, Noemi Linares, Daniel Maspoch, Jose A. Suárez del Pino, Peyman Moghadam, Rama Oktavian, Russel E. Morris, Paul S. Wheatley, Jorge Navarro, Camille Petit, David Danaci, Matthew J. Rosseinsky, Alexandros P., Kat Schunder, Martin Xu, Sergeant, Sergian, Sergeant. s Mouchaham, David S. Sholl, Raghuram Thyagarajan, Daniel Siderius, Randall Q. Snurr, Rebecca B. Goncalves, Shane Telfer, Seok J. Lee, Valeska P. Ting, Jemma L. Rowlandson, Takashi Uemura, Tomoya Iiyuka, Monique A. van der Revere, David Revere, Speed, M.J. and Lamaire, Krista S. Walton, Lukas W. Bingel, Stefan Wuttke, Jacopo Andreo, Omar Yaghi, Bing Zhang, Cafer T. Yavuz, Thien S. Nguyen, Felix Zamora, Carmen Montoro, Hongcai Zhou, Angelo Kirchon, and David Fairen-Jimenez*