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无细胞试验表明 HIV-1 衣壳可保护逆转录产物免受 cGAS 免疫感应的影响
逆转录病毒可被先天免疫传感器环鸟苷酸环磷酸腺苷合酶 (cGAS) 检测到，该合酶可识别逆转录 DNA 并激活抗病毒反应。然而，HIV-1 保护其基因组免受 cGAS 识别的程度仍不清楚。为了详细研究这一过程的机制，我们在无细胞系统中重建了 HIV-1 的逆转录、基因组释放和先天免疫感应。我们发现，即使在完成逆转录后，野生型 HIV-1 衣壳也能保护病毒基因组免受 cGAS 的侵害。病毒 DNA 可能因热应激、衣壳突变或肌醇六磷酸 (IP6) 浓度降低而“脱保护”，这些因素会使衣壳不稳定。令人惊讶的是，衣壳抑制剂 lenacapavir 也会破坏病毒核心并显著增强 cGAS 活性，无论是在体外还是在细胞感染中。我们的研究结果提供了生化证据，表明 HIV-1 衣壳晶格隐藏了 cGAS 的基因组，而病毒核心的化学或物理破坏可以暴露 HIV-1 DNA 并激活先天免疫信号。
人类疱疹病毒 6A 和 6B 基因组的全面注释揭示了新的和保守的基因组特征
摘要 人类疱疹病毒 6 (HHV-6) A 和 B 是普遍存在的β-疱疹病毒，感染了大多数人类。它们包含大型基因组，我们对它们的蛋白质编码潜力的了解还远未完成。在这里，我们采用核糖体分析和系统转录分析来实验性地定义 HHV-6 翻译产物。我们确定了数百个新的开放阅读框 (ORF)，包括上游 ORF (uORF) 和内部 ORF (iORF)，从而生成了完整的 HHV-6 蛋白质组无偏图谱。通过整合原型β-疱疹病毒人类巨细胞病毒的系统数据，我们发现了在β-疱疹病毒中保守的大量 uORF 和 iORF，并且我们表明 uORF 在晚期病毒基因中富集。我们鉴定出三种含量丰富的 HHV-6 编码长非编码 RNA，其中一种可产生非多聚腺苷酸化的稳定内含子，这似乎是 β 疱疹病毒的保守特征。总体而言，我们的研究揭示了 HHV-6 基因组的复杂性，并突出了 β 疱疹病毒之间保守的新特征，为未来的功能研究提供了丰富的资源。
相关的光学 - 电化学测量结果揭示了在超密机电极上石墨烯纳米骨骼碰撞的双向电流步骤
摘要：纳米颗粒形成的合成方法产生了异质种群的纳米颗粒，在研究反应性时，可以研究单纳米颗粒的化学植物学特性的技术。虽然单一实体电化学实验已被充分记录在包括球形金属纳米颗粒，乳液液滴和细胞在内的对称对象的，但由于碰撞过程中物体方向的自由度增强，因此不对称物体为额外的挑战提供了额外的挑战。最近，由于高电荷密度能力，机械稳定性和生物相容性的结合，石墨烯已成为一种突出的电极材料，其应用范围从体内感应到工业能量转换反应。石墨烯纳米片（GNP）是一种准二维导电纳米材料，其在微米尺度上具有两个尺寸，而在纳米尺度上有一个，在功能上充当平面材料。在与铁甲醇（外球氧化还原介体）存在下与电极表面碰撞后，观察到广泛的电流响应，这些反应被观察到对称对象的广泛电流响应。在这里，我们介绍了相关的电化学和光学显微镜，以同时在单个实体级别探测化学和空间信息，以完全了解石墨烯纳米片的纳米级的碰撞动力学。此外，这种相关的技术允许对复杂电流响应的反卷积，从而揭示了数十秒范围内耦合的瞬态事件。从这些测量值中，稳态电流的变化用于氧化亚甲醇的氧化可能与GNP碰撞时电极表面积的变化直接相关，从而深入了解了单一实体的几何形状|没有两种组合技术的电极界面，否则将无法访问。
肿瘤免疫微环境的患者来源的肿瘤外植体模型揭示了明显且可再现的免疫疗法反应
Patient-derived tumor explant Models of tumor immune Microenvironment Reveal Distinct and Reproducible Immunotherapy Responses Rita Turpin * 1.2, Karita Peltonen 3.4,5 *, Jenna H. Coast 2, Ruixian Juo 1, Anita N. Kumari 3,4 1, Moon Hee Lee 3,4, Minna Mutka 6, Panu E. Kovanen 6, Laura Niinikoski 7，Tuomo Meretoja 7，Johanna Mattson 8，PetrusJärvinen9，Kanerva Lahdensuo 9，RiikkaJärvinen9，Sara Tornberg 9，Tuomas Mirtti 10，PiaBostrti 10，PiaBoström11，Ilkka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskka Koskkivuo 12。 Pouwels 1，MaijaHollmén2 **，Satu Mustjoki 3,4,5 **，JuhaKlefström1,14,15,16** 1癌细胞巡回赛实验室，转化癌症医学，医学院，赫尔辛基大学医学院。
范围范围的定量转录组和蛋白质组揭示了酵母中基因表达变异的明显遗传控制
基因表达的调节对应于基因组中编码的信息转化为表型的过程中的关键步骤。尽管已经对转录水平变化的遗传起源进行了广泛的分析，但我们的知识仍然非常有限，因为人群水平上蛋白质丰度变异的遗传起源。在这里，我们生成了近一千个天然酵母菌株的定量蛋白质组。通过与其转录组相比，我们的分析共同表明，转录组和蛋白质组显然是两种不同的调节水平，受自然种群中不同遗传基础的控制。在一起，我们的结果突出了访问这两个级别的基因表达以更好地理解基因型 - 表型关系的相关性。
来自Cronkhite-Canada综合征患者的人类肠癌揭示了5-羟色胺与增殖之间的联系
引言在1955年，伦纳德·克朗克（Leonard Cronkhite）和加拿大威尔玛（Wilma Canada）记录了一种与胃肠道（GI）的非腺瘤性囊性息肉相关的一种罕见的非遗传性疾病（1-4）。ccs出现腹泻，体重减轻，腹痛，厌食症，hematochezia，恶心，呕吐和dysgeusia（2，5，6）。自1955年以来，全世界有500多人被诊断出患有CCS（7），使用FDA标准将其归类为一种罕见疾病。在成年中间至后期主要影响个体（2），由于疾病的稀有性，病因很难阐明。CCS中没有种系突变的联系（8，9）；取而代之的是，类似于受感染触发的自身免疫反应的免疫失调，维生素
双向基因组CRISPR筛选揭示了调节SARS-COV-2，MERS-COV和季节性HCOV的宿主因素
ARS-COV-2是冠状病毒疾病2019（COVID-19）大流行的病因学药。SARS-COV-2是在2002 - 2003年SARS-COV-1之后的第21世纪越过物种障碍的第三个高度致病性冠状病毒（参考文献。1 - 3）和2012年的MERS-COV（参考4）。已知另外四个HCOV（HCOV-229E，HCOV-NL63，HCOV-OC43和HCOV-HKU1）在人类的季节性循环中循环，大约有三分之一的常见冷感染感染5。像SARS-COV-1和HCOV-NL63一样，SARS-COV-2进入靶细胞的进入是由血管紧张素转化酶2（ACE2）受体6-10介导的。SARS-COV-1和SARS-COV-2使用细胞丝氨酸蛋白酶跨膜蛋白酶丝氨酸2（TMPRSS2）用于质膜6，11的尖峰蛋白启动。组织蛋白酶还参与SARS-COV峰蛋白裂解和融合肽暴露于进入时（参考文献。12 - 15）。已经报道了几个用于鉴定冠状病毒调节剂的全基因组KO CRISPR屏幕16 - 21。这些屏幕使用肾脏起源的自然允许的Simian Vero E6细胞20；肝脏起源的人类HuH7细胞（或衍生物）（非定位表达ACE2和TMPRSS2）16、18、19;和A549肺部的细胞，异位表达ACE2 17，21。在这里，我们进行了全基因组，功能丧失的CRISPR KO屏幕和功能获得的CRISPRA屏幕，包括生理学上
全球群体基因组学揭示关键海洋植物线粒体基因组结构的长期稳定性
花植物的线粒体基因组 (mitogenome) 由多条染色体组成。线粒体染色体内和染色体之间的重组可能产生称为异构体的多种 DNA 分子。由于不均匀的复制和同源重组，异构体的拷贝数和组成在单个植物内和单个植物之间可能是动态的。尽管如此，尽管它们具有功能重要性，但物种内线粒体基因组的保守水平仍未得到充分研究。个体发育变异是否会导致线粒体基因组组成的世代进化目前尚不清楚。在这里，我们表明，海草 Zostera marina 的线粒体基因组组成在大约 35 万年前分化的全球种群中是保守的。使用长读测序，我们表征了 Z. marina 线粒体基因组并推断出重组诱导配置的库。为了描述全球线粒体基因组结构并研究其进化，我们研究了从太平洋和大西洋的 16 个种群中取样的 Z. marina 分生区域的线粒体基因组。我们的研究结果显示，同工型相对拷贝数具有惊人的相似性，这表明尽管在个体发育过程中存在显著的变化，但远亲种群和植物种系中的线粒体基因组组成具有高度的保守性。我们的研究为在植物个体水平上对动态线粒体基因组的观察与长期线粒体进化之间提供了联系。
颅内脑电图和深度神经网络揭示面部身份和表情表征的共同基础
根据面部感知的经典观点（ Bruce and Young, 1986 ; Haxby et al., 2000 ），面部身份和面部表情识别由不同的神经基质（分别为腹侧和外侧颞叶面部选择区域）执行。然而，最近的研究挑战了这一观点，表明表达效价也可以从腹侧区域解码（ Skerry and Saxe, 2014 ; Li et al., 2019 ），身份也可以从外侧区域解码（ Anzellotti and Caramazza, 2017 ）。如果专门负责一项任务（身份或表情）的区域包含另一项任务的少量信息（从而实现高于机会的解码），则这些发现可以与经典观点相一致。在这种情况下，我们预计侧面区域的表征与经过训练以识别面部表情的深度卷积神经网络 (DCNN) 中的表征更相似，而不是经过训练以识别面部身份的 DCNN 中的表征（对于腹侧区域，情况应该相反）。我们通过分析对不同身份和表情的面部的神经反应来检验这一假设。将从人类颅内记录（n = 11 名成年人；7 名女性）计算得出的表征相异矩阵 (RDM) 与经过训练以标记身份或表情的 DCNN 的 RDM 进行了比较。我们发现，在所有测试区域中，经过训练以识别身份的 DCNN 的 RDM 与颅内记录的相关性更强——即使在传统上假设专门用于表情的区域也是如此。这些结果偏离了传统观点，表明面部选择性腹侧和侧面区域有助于身份和表情的表征。
无间隙的基因组组装和CYP450基因家族分析揭示了黄霉菌中花色苷的生物合成
Lamiaceae家族的成员Baicalaria Baicalensis Georgi是一家广泛使用的药用植物。从黄葡萄球菌中提取的黄酮促成了许多健康益处，包括抗炎，抗病毒和抗肿瘤活性。但是，不完全的基因组组装阻碍了对黄链树的生物学研究。这项研究通过PACBIO HIFI，纳米孔超长和HI-C技术的整合，提出了第一台端粒到核（T2T）间隙 - 无链球菌的基因组组装。获得了384.59 MB的基因组大小，其重叠群N50为42.44 MB，所有序列均固定在没有任何间隙或不匹配的9个假色体中。此外，我们使用广泛靶向的代谢组方法分析了与蓝紫花花的测定有关的主要氰化素和delphinidin的花青素。基于整个基因组的鉴定（CYP450）基因家族，三个基因（SBFBH1、2和5）编码类黄酮3'-羟基酶（F3'HS）（F3'HS）和一个基因（SBFBH7）（SBFBH7）（SBFBH7）（SBFBH7）编码F3'''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''''' - 羟基化类黄酮的B环。我们的研究丰富了可用于Lamiaceae家族的基因组信息，并提供了一种用于发现类黄酮装饰涉及的CYP450基因的工具包。