GPS 的轨道周期使它们距离地心约 4.2 个地球半径,如图 5 中三脚架的脚所示。航天器 (SV) 时钟的相对论速度使它们相对于地球每天损失约 7.2 百万分之一秒(7.2 微秒)。另一方面,它们的高度(通常称为引力红移)使它们每天增加 45.6 微秒。净收益为每天 38.4 微秒。与系统所需的几纳秒同步精度相比,这种积累是巨大的,因为微秒是纳秒的 1,000 倍。SV 时钟在地球上建造,每天会误差 38.4 微秒,因此当它们在太空中时,它们似乎以正确的速率运行。
CMR¼心血管磁共振; ECG¼心电图; EDV¼末期量; ef¼射血分数; LV¼左心; RV¼右心室; SV¼单脑室。
结果:在此概念证明中,我们将基因组剃须 - seq应用于小鼠胚胎干细胞和人类癌细胞,每实验产生并绘制数百至数千个SV。我们发现,通过CRE介导的对称LOXP位点产生SVS的细胞是迅速决定的,这可能是由于CRE和/或SVS本身的毒性所致。相比之下,在非对称attb/p位点,通过BXB1介导的重组产生SV的细胞是稳定的。这种稳定性使我们能够研究作用于不同类别BXB1诱导的SV的选择压力,并开始表征其功能后果。首先,我们发现带有较大缺失但没有反转的细胞是从增殖的细胞种群中预先损失的,这部分归因于不容忍中心粒损失。第二,我们观察到,尽管平衡的易位在体外耐受,不平衡的易位,尤其是那些敏感的易位,但迅速耗尽了。最后,通过在基因组洗牌细胞的瓶颈种群中共同合并转录组和盒式盒式条形码配对,我们证明我们可以确保特异性,诱导的SVS对基因表达的后果。
Cyclonic Ross Gyre(RG)占据了南大洋的西南太平洋地区(图1A)。水文数据(Gouretski,1999),卫星高度测定(Dotto等,2018)和建模(Rickard等,2010)的证据表明,RG在海面以下3,000 m以上,延伸了约20 sv,运输于约20 sv,占据了约20 sv的运输,占主导地位的大型热热结构。水平RG范围受到南部的大陆架断裂和北部和西部的太平洋 - 北极山脊(PAR)的限制(图1A)。RG的向南流动的东部肢体受地形的强烈约束(Patmore等,2019),其位置更可变(Dotto等,2018; Sokolov&Rintoul,2009)。东部RG肢体和邻近的南极圆极电流(ACC),向Amundsen Sea(AS)架子供应温暖的圆形深水(CDW)(Jenkins等,2016; Nakayama等,2018),在到达冰架腔时,它可以快速融化。这种海洋驱动熔化的增加会导致附近的Amundsen-Bellingshausen海洋中的冰盖变薄(Depoorter等,2013; Jenkins等,2016)。
Cyclonic Ross Gyre(RG)占据了南大洋的西南太平洋地区(图1A)。水文数据(Gouretski,1999),卫星高度测定(Dotto等,2018)和建模(Rickard等,2010)的证据表明,RG在海面以下3,000 m以上,延伸了约20 sv,运输于约20 sv,占据了约20 sv的运输,占主导地位的大型热热结构。水平RG范围受到南部的大陆架断裂和北部和西部的太平洋 - 北极山脊(PAR)的限制(图1A)。RG的向南流动的东部肢体受地形的强烈约束(Patmore等,2019),其位置更可变(Dotto等,2018; Sokolov&Rintoul,2009)。东部RG肢体和邻近的南极圆极电流(ACC),向Amundsen Sea(AS)架子供应温暖的圆形深水(CDW)(Jenkins等,2016; Nakayama等,2018),在到达冰架腔时,它可以快速融化。这种海洋驱动熔化的增加会导致附近的Amundsen-Bellingshausen海洋中的冰盖变薄(Depoorter等,2013; Jenkins等,2016)。
通信调度员主管 COM DIS SV 主管 002753 BPP 025 2,637.00 $ 3,429 $ 4,220.00 $ 优先现金 12 个月
结构变异(SV)是重大的基因组改变,在包括癌症在内的遗传多样性,进化和各种疾病中起着至关重要的作用。检测SVS的传统方法通常在计算效率,准确性和可扩展性方面面临挑战,尤其是在处理大型基因组数据时。近年来,图形处理单元(GPU)和机器学习(ML)的出现已经开发了解决这些挑战的新途径。本文探讨了GPU加速度和ML技术的整合,以增强结构变体的检测和分析。我们提出了一个全面的框架,该框架利用深度学习模型(用于在GPU上并行处理)以高精度实现实时SV检测。我们的方法不仅减轻了计算负担,而且还提高了与常规方法相比,SV检测的敏感性和特异性。通过在各种基因组数据集上进行广泛的基准测试,我们在速度,准确性和可扩展性方面证明了我们的GPU加速ML框架的出色性能。这些发现强调了将GPU和ML技术相结合以革新基因组研究的潜力,并为在临床和研究环境中更有效,更精确的结构变体分析铺平道路。
摘要:粘膜黑色素瘤(MM)是一种罕见且侵略性的临床癌症,主要发生在头部,颈部和肛门生殖器区域。尽管遗传学最近的进步和革命治疗的发展,例如免疫疗法,但MM的预后仍然很差。犬MM与人类对应物共享几种临床,组织学和遗传特征,提供了相关的自发和免疫能力模型,以破译遗传基础并探索人类MM的治疗选择。我们对32个犬MM样品进行了整合基因组和转录组分析,这使我们能够鉴定出微环境和结构变体(SV)含量不同的两个分子亚组。与微环境和T细胞反应相关的基因的过表达与具有较低的结构变体含量的肿瘤有关,而与色素沉着相关的途径和癌基因(如TERT)的过表达与高SV负担相关。详细介绍了SV,尤其是那些具有局灶性扩增的SV,在四个犬MM细胞系上进行了全基因组测序。我们表明,焦点放大表征了靶向癌基因的复杂染色体重排,例如MDM2或CDK4,以及犬30犬30上的一个经常放大的区域,其中包含TRPM7,GABPB1,USP8和SPPL2A的基因,是MMMM的候选。我们表明这些基因的拷贝数与它们的表达水平显着相关。最后,我们证明了TRPM7,GABPB1和SPPL2A基因在细胞增殖中起作用。因此,这些可能被视为人类MM的新候选癌基因。我们的发现表明存在可能受益于专用疗法的两个MM分子亚组,例如免疫检查点抑制剂或靶向疗法。这些结果说明了自发MM中狗模型对解密遗传机制的相关性,并有可能筛选人类中罕见和侵略性癌症有效的靶向疗法。。
图 1.1. 天蓝色链霉菌线性基因组的表示。 ........................................................................... 2 图 1.2. 天蓝色链霉菌的发育生命周期 .............................................................................. 4 图 1.3. 来自链霉菌的抗生素的主要发现和日期。 ...................................................................... 11 图 1.4. 放线菌紫红素的生物合成。 ............................................................................................. 15 图 1.5. 普罗地金胺的生物合成。 ............................................................................................. 18 图 1.6. 参与调节天蓝色链霉菌次级代谢的双组分系统。 ............................................................................................. 22 图 1.7. 参与调节天蓝色链霉菌次级代谢的单组分和多组分系统。 ............................................................................................. 26 图 1.8. 激活次级代谢产物产生的遗传策略。 ............................................................................................. 31 图 1.9.激活次级代谢产物产生的合成策略。................................................................................................................ 33 图 1.10. 激活次级代谢产物产生的生态策略。...................................................................................................... 36 图 1.11. 激活次级代谢产物产生的化学策略。...................................................................................................... 38 图 2.1. ARC2 系列抑制脂肪酸生物合成途径中的 FabI (Craney 等,2012)。............................................................................................................................................. 43 图 2.2. ARC2 全面改变天蓝色链霉菌 M145 中的基因表达。............................................................................................. 45 图 3.1. 天蓝色链霉菌中涉及 AfsK/R/S 的信号转导途径的当前模型............................................................................................. 88 图 3.2. 响应 ARC2,P afsS - lux 和 P actII-ORF4 - lux 活性增加。 .................. 89 图 3.3. D afsR 和 D afsS 中的放线菌紫素生成受到影响 .............................................. 90 图 3.4. D afsK 中的放线菌紫素生成不受影响 ........................................................ 90 图 3.5. D afsR 和 D afsS 中的 ARC2 反应受到影响 ............................................................. 92 图 3.6. D afsK 中的 ARC2 反应不受影响 ............................................................................. 93 图 4.1. 天蓝色链霉菌基因组上的 afsK 、 afsR 和 afsS 基因的组织以及 AfsS 蛋白序列。 ............................................................................................................. 99 图 4.2. AfsS 是一种具有三个序列重复的保守蛋白。 ............................................................................. 100 图 4.3.AfsS 被预测为一种高度无序的蛋白质。 ........................................................................................... 101 图 4.4. AfsS 序列重复中的点突变损害了基础的放线菌素产生。 ......................................................................................................................... 102 图 4.5. D afsS[ermE *: afsS D31A ] 中的 ARC2 反应受到损害。 ............................................................................. 103 图 A1.1. 小家鼠 PkA 和结核分枝杆菌 PknB 的催化激酶结构域的一级序列比对 . ................................................................................................ 156 图 A1.2. 天蓝色链霉菌 M600 D SCO3820::apr 中的 ARC2 反应受到损害。 ......................................................................................................................... 160 图 A1.3. SCO6219 催化激酶结构域与天蓝色链霉菌的丝氨酸/苏氨酸激酶没有高度同源性。 ........................................................................................... 162 图 A1.4. AfsK、PkaG 和 SCO6219 中的蛋白质结构域预测摘要。 ............................................................................................. 167 图 A1.5. SCO3820 的缺失呈现天蓝色链霉菌 M145 的两种不同表型。 ........................................................................................................................... 168 图 A2.1. 委内瑞拉链霉菌基因组上的 afsR 和 afsS 直系同源物以及 AfsS Sv 蛋白序列的组织。 ........................................................................................... 183 图 A2.2. AfsS Sv 样蛋白在链霉菌中是保守的。 ........................................................................... 185 图 A2.3. AfsS Sv 被预测为一种无序蛋白质。................................................................ 186AfsK、PkaG 和 SCO6219 中的蛋白质结构域预测摘要。 ...................................................................................................................................... 167 图 A1.5. SCO3820 的缺失呈现了天蓝色链霉菌 M145 的两种不同表型。 ............................................................................................................................................. 168 图 A2.1. 委内瑞拉链霉菌基因组上的 afsR 和 afsS 直系同源物的组织以及 AfsS Sv 蛋白序列。 ............................................................................................................. 183 图 A2.2. AfsS Sv 样蛋白在链霉菌中是保守的。 ............................................................................................. 185 图 A2.3. AfsS Sv 被预测为无序蛋白。 ............................................................................................................. 186AfsK、PkaG 和 SCO6219 中的蛋白质结构域预测摘要。 ...................................................................................................................................... 167 图 A1.5. SCO3820 的缺失呈现了天蓝色链霉菌 M145 的两种不同表型。 ............................................................................................................................................. 168 图 A2.1. 委内瑞拉链霉菌基因组上的 afsR 和 afsS 直系同源物的组织以及 AfsS Sv 蛋白序列。 ............................................................................................................. 183 图 A2.2. AfsS Sv 样蛋白在链霉菌中是保守的。 ............................................................................................. 185 图 A2.3. AfsS Sv 被预测为无序蛋白。 ............................................................................................................. 186
19. Mur, VD, Popruzhenko, SV & Popov, VS 强激光辐射电离条件下光电子的能量和动量谱(椭圆偏振的情况)。《实验与理论物理杂志》92,777(2001 年)。