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细菌群落结构中的精细尺度一致性，来自iLlumina上的短读和纳米孔上的长阅读的海洋沉积物
在开发高通量测序仪后，环境原核生物群落通常是通过在16S域上用遗传标记来描述的。然而，由于底漆的选择和读取长度，简短读取测序遇到了系统发育覆盖率和分类分辨率的局限性。在这些关键点上，纳米孔测序（一种适用于长读的元编码的上升技术）被低估了，因为其每读的错误率相对较高。在这里，我们比较了模拟社区中的原核生物群落结构和两个对比的红树林遗址的52个沉积物样本，由16SV4-V5标记上的短读描述（Ca。0.4kpb）通过Illumina测序分析（Miseq，v3），由长读细菌对细菌的描述几乎完整16s（Ca。1.5 kpb）由牛津纳米孔（Minion，R9.2）分析。短读和长阅读从模拟中检索了所有细菌属，尽管两者都显示出与所期待的比例相似的偏差。从沉积物样品中，具有覆盖范围的读数稀有性，在单例过滤后，共同恩赐和Procrustean测试表明，从短读和长长读取的细菌社区结构显着相似，表明位点之间的相当对比度和站点内相干的海岸方向是可比的。在我们的数据集中，分别将84.7和98.8％的短阅读分别分别分配给了相同的物种和属，而不是长阅读所检测到的物种和属。长期16的底漆特异性使其能够检测到309个家庭中的92.2％，而在短16SV4-V5检测到的448属中，有87.7％。长阅读记录了973个未检测到的额外分类单元，其中91.7％被确定为该属等级，其中一些属于11个独家门，尽管仅占长期读数的0.2％。
全基因组的比较分析密码子用法偏置在三个测序的麻疹curcas
摘要。麻黄酸姜黄素最近成为一种重要的生物能源植物，是化石燃料的理想替代品。考虑其潜在的经济利益和各种公用事业，分析密码子的使用偏置（CUB）并进一步评估了亚洲三个J. Curcas的遗传差异。在本研究中，系统地比较了幼崽的模式，并在J. Curcas的所有三个基因组中都鉴定了塑造幼崽的因子。我们的观察结果表明，在所有三个基因组中都存在对A/T核苷酸和A/T结束密码子的偏爱。此外，确定了11个相同的高频密码子以及最佳表达受体notiana tabacum。此外，观察到幼崽是由于自然选择和突变压力的综合作用而产生的，而自然选择是决定因素。最终，基于相对同义密码子用法（RSCU）值的相似性指数暗示了三个亚洲J. Curcas中低个性遗传差异。这项研究提供了有用的线索，可通过在J. Curcas中通过分子辅助育种来提高外源基因的表达水平并优化育种程序。