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基于S-三嗪的MMP- ...
摘要：本研究通过全面的分子动力学（MD）仿真探讨了新型S-三嗪基于S-三嗪的MMP-10抑制剂的动态行为和结合稳定性。所研究的化合物，称为化合物（i），表现出有效的抗大肠癌活性（HCT-116; IC 50 =0.018μm）。从机械上讲，标题化合物（i）超过了参考MMP抑制剂NNGH对MMP-10（IC 50 =0.16μm），HCT-116细胞中的GSH耗尽（相对折叠降低= 0.81），使用适度的GPX4抑制作用，诱导的脂质过氧化物和1.32相对倍数。使用Gromacs计划进行100 ns进行MD模拟，以评估复合物的均方根偏差（RMSD），均方根均方根波动（RMSF），旋转半径（RG）（RG），溶剂可访问的表面积（SASA），SASA（SASA），配体相互作用网络，触点频率分析，触点和分子机械构成 - 型 - 分子机械范围（MM MM MM），阐明负责其抗直肠癌活性的分子原则。结果表明，化合物（i）在MMP-10活性位点具有稳定且一致的相互作用，该相互作用支持其有前途的抑制作用和在结直肠癌治疗中的前瞻性治疗应用。结直肠癌（CRC）是第三常见的恶性肿瘤，也是癌症相关死亡率的第四大原因。
晶格仪场模拟的扩散模型
相关的工作最近的生成模型进展引入了晶格场理论模拟的新可能性[12]。基于流动的模型是一种突出的显式可能性估计方法，由于其可逆性和显式使用量规能量的使用[12-17]，因此引起了人们对晶格模拟进行全局采样的关注。此外，最近还开发了一些归一化流的变体，例如连续归一化流[18-21]和随机归一化流[22，23]。扩散模型最近在各种领域中生成高质量的样本[24,25]，包括高能物理学[26-29]。参考文献中启动了晶格场理论的应用。[30,31]，其中突出显示了与随机量化的连接[9-11]；稍后提出了Feynman Path的积分公式[32]。
使用MATLAB，COMSOL和PYTHON等软件的数学建模和仿真
本研究探讨了MATLAB，COMSOL和PYTHON在精确工程中数学建模和模拟中的应用。这些工具在处理各种工程挑战（从控制系统到多物理模拟和自定义算法开发）方面的优势进行了分析。该研究还研究了人工智能（AI）的作用，在通过自动编码，提供概念解释和协助模型结构来支持数学建模任务中的作用。通过比较计算性能，准确性和可用性，该研究旨在确定适合不同模拟类型的最佳软件，例如热流体动力学和结构分析。调查结果强调了选择合适的软件来优化计算资源，验证模型并实现可靠，有效的仿真的重要性。本研究为弥合理论模型和实际应用之间的差距，提高生产率并促进精确工程的创新而贡献了实用指南。
使用替代辐射转移模型增强3D行星大气模拟
a b s t r a c t这项工作引入了一种方法，可以通过将机器学习的替代模型整合到OASIS全球循环模型（GCM）中来增强3D大气模拟的计算效率。传统的GCM基于反复整合物理方程的传统GCM在一系列时间段的大气过程中进行了大气过程，这是时间密集的，导致了模拟的空间和时间分辨率的妥协。这项研究赋予了这一限制，从而在实际时间范围内实现了更高的分辨率模拟。加速3D模拟在多个域中具有显着含义。首先，它促进了将3D模型集成到系外行星推理管道中，从而从以前从JWST和JWST Instruments预期的大量数据中对系外行星进行了良好的表征。其次，3D模型的加速度将使地球和太阳系行星的更高分辨率模拟，从而更详细地了解其大气物理和化学。我们的方法用基于仿真输入和输出的训练的基于神经网络的复发模型代替了绿洲中的辐射传输模块。辐射转移通常是GCM最慢的组件之一，因此为整体模型加速提供了最大的范围。替代模型在金星大气的特定测试案例上进行了训练和测试，以基准在非生物大气的情况下基于这种方法的实用性。这种方法产生了令人鼓舞的结果，与在一个图形处理单元（GPU）上相比，与使用匹配的原始GCM在金星样条件下相比，在一个图形处理单元（GPU）上表明，ABO V E 99.0％的精度和147个速度的因子。
在理想的银河流出中，辐射传输模拟的公共网格
绝大多数星形星系都被星际介质弹出的大量气体包围。紫外线的吸收和发射线代表强大的诊断，以通过氢和金属离子的谐振过渡来限制这些流量的凉爽相。对这些观察结果的解释通常很困难，因为它需要对气体中连续性和发射线传播的详细建模。为了实现这一目标，我们提供了一个大约20000个模拟光谱的大型公共网格，其中包括与Mg II，C II，C II，SI II和Fe II相关的H ilyα和五个金属过渡，可在线访问。光谱已经使用Rascas Monte Carlo辐射传输代码计算出5760个理想化的球形对称配置，围绕中心点源发射，并以其柱密度，多普勒参数，尘埃不透明，风速，风速以及各种密度和速度渐变为特征。旨在预测和解释LYα和金属线专利线，我们的网格表现出广泛的谐振吸收和发射特征，以及荧光线。我们说明了如何通过对观察到的LYα，C II和SI II光谱进行关节建模来帮助更好地限制风质。使用多云的模拟和病毒缩放关系，我们还表明，即使培养基被高度离子化，也有望成为T≈104-10 5 K的气体的忠实示踪剂。发现C II探测与LYα相同的温度范围，而其他金属线仅痕迹冷却器相（T≈104 K）。由于它们的气体不透明度在很大程度上取决于气体温度，入射辐射场，金属性和粉尘耗尽，因此我们要警告光学上的金属线不一定源自低H I柱密度，并且可能不会准确探测Lyman Continuum Continuum Continuum泄漏。
Aramis：由Geant4模拟构建的火星辐射环境模型
摘要 - 已经建立了火星表面辐射环境的新模型：用于火星表面（Aramis）电离光谱的大气辐射模型。基于蒙特卡洛计算，它为表面频谱提供了很高的计算功能，其中有几个GEANT4物理学列表，这些列表测试了不同的暴露和任务场景。Aramis与任何暴露场景独立进行蒙特卡洛模拟，以确定可以使用参数气氛的几何形状来确定可以将其卷积到任何输入频谱的表面响应函数，从而避免了模拟重复，同时保持结果的准确性。尤其是，采用的方法使二级光谱可以通过类型和来源区分，以观察到不同原发性孔成分对表面剂量计算的影响。ARAMIS模型已通过RAD（辐射评估检测器）仪器的实验测量进行了验证，火星科学实验室（MSL）好奇心漫游车，并针对文献中其他模型进行了标记。使用几何和跟踪（GEANT4）工具箱的11.1.0版构建，并建立了银河宇宙射线（GCR）或太阳能粒子事件（SEP）光谱的模型，Aramis提供的表面中子和光子光谱显示出，与其他模型相比，与其他模型相比，具有更好的一致性，该模型具有高昂的实验性数据，降低了用于降低电视模型的高射图。
全原子模拟阐明了RNA膜相互作用的分子机制
。cc-by-nc 4.0国际许可（未获得同行评审证明），他授予Biorxiv授予Biorxiv的许可，以永久显示预印本。这是该版本的版权持有人，该版本发布于2024年11月1日。 https://doi.org/10.1101/2024.11.01.618995 doi：biorxiv preprint
小鼠前肢的新型生物力学模型可预测伸展运动最佳控制模拟中的肌肉活动
。CC-BY-NC-ND 4.0 国际许可证（未经同行评审认证）是作者/资助者，他已授予 bioRxiv 永久展示预印本的许可。它是此预印本的版权持有者此版本于 2024 年 10 月 26 日发布。；https://doi.org/10.1101/2024.09.05.611289 doi：bioRxiv 预印本
