机构名称：
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经典原子模拟，尤其是分子动力学（MD）模拟，已成为研究聚合物[1]和（生物 - ）分子系统的特性的常见工具[2,3,4,4,5,6,7]。由于它们在空间（单个原子），时间（飞秒）和能量方面的显着分辨率，它们代表了对实验技术的强大补充，从而为实验观察到的过程提供了机械洞察力。然而，与实验的直接比较是，施加在模拟系统上的边界条件与实验条件有关。此处使用术语边界条件表示在模拟过程中在整个系统中强制执行的任何几何或热力学约束。可以区分硬边界和软边界条件。硬边界条件表示对给定的Instantable的约束，即在模拟过程中，它可以精确地在任何时间点上满足。软边界条件表示对观测值的平均值的约束，即允许相应的瞬时值在指定的平均值左右发出。软边界条件的定义通常还需要一个时间尺度的规范，平均可观察值应与指定值匹配。模拟中存在四种主要边界条件类型：
分子动力学模拟的恒温算法
主要关键词
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