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基质金属蛋白酶9（MMP-9）是锌，依赖钙的蛋白水解酶，参与细胞外基质降解。MMP-9的过度表达已在几种疾病中得到证实，包括癌症，阿尔茨海默氏病，自身免疫性疾病，有氧运动血管疾病和龋齿。因此，建议将MMP-9抑制作作为对抗各种疾病的治疗策略。肉桂酸衍生物在不同的癌症，阿尔茨海默氏病，心血管疾病和龋齿中表现出治疗作用。进行了一种计算药物发现方法，以评估选定的肉桂酸衍生物与MMP-9活性位点的结合亲和力。还检查了对顶级化合物的停靠姿势的稳定姿势。使用Autodock 4.0工具测试了12种草药肉桂酸衍生物可能抑制MMP-9。通过10纳秒模拟中，通过分子动力学（MD）评估了最有效的MMP-9抑制剂的停靠姿势的稳定性。在MMP-9活性位点中，在MD模拟之前和之后研究了本研究中最佳的MMP-9抑制剂与在MMP-9活性位点中掺入的残基之间的相互作用。cynarin，绿原酸和马链酸与MMP-9催化结构域具有相当大的结合亲和力（δg结合<–10 kcal/ mol）。在皮摩尔尺度上计算了cynarin和绿原酸的抑制恒定值，并将其分配为肉桂酸衍生物中最有效的MMP-9抑制剂。在10 NS模拟中，cynarin和绿原酸的根平方偏差低于2Å。cynarin，绿原酸和红氨酸酸可能是MMP-9抑制作用的候选药物。
分子对接和动力学模拟
主要关键词
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