SARS-COV-2的不断循环导致新型病毒sublineages的连续出现。在这里,我们隔离和表征xbb.1,xbb.1.5,xbb.1.9.1,xbb.1.16.1,eg.5.1.1,eg.5.1.1,eg.5.1.3,xbf,xbf,ba.2.86.1 and jn.1 and jn.1变体,repre- sept> 80%comprie-seding> 80%的循环变体1月2024.XBB子变量在尖峰中很少但复发突变,而BA.2.86.1和JN.1 Harbour> 30其他更改。这些变体在IGROV-1中复制,但在Vero E6中不再复制,并且不明显融合。他们有效地感染了鼻皮细胞,例如5.1.3表现出最高的功能。抗病毒药保持活跃。与BA.1相比,疫苗和BA.2感染个体的中和抗体(NAB)反应明显低,而变体之间没有重大差异。XBB突破性感染增强了针对XBB和BA.2.86变体的NAB反应。jn.1与BA.2.86.1相比,ACE2的较低属性和较高的免疫逃避特性。因此,尽管不同,但这些变体的进化轨迹结合了增加的效果和抗体逃避。
SARS-COV-2 DELTA变体及其sublineages(B.1.617.2,ay.1,Ay.2,Ay.3; [1])可以引起高病毒载荷,高度可传播,并且包含赋予部分免疫逃生的突变[2,3]。使用来自单个大型合同实验室的PCR阈值周期(CT)数据,我们表明美国威斯康星州的个人在鼻拭子中具有类似的病毒载荷,无论疫苗状态如何,在较高且越来越多的Delta变体患病率的时期。感染性SARS-COV-2,来自接种疫苗和未接种疫苗的人的CT <25,这表明大多数CT值在此范围内具有CT值(Wilson 95%CI 83%-97%),损坏了感染性病毒。值得注意的是,尽管接种疫苗接种测试阳性,但有68%的人在测试时至少有8名无症状的人,其中包括至少8个。我们的数据证实了感染三角洲变体的接种个体可能有可能向他人传输SARS-COV-2的想法。接种疫苗的人应继续在室内和聚集环境中佩戴脸部覆盖物,同时,如果暴露或经历类似于共证的症状,也应对SARS-COV-2进行测试。
为了探索这一假设并描述全球变异转换速度、时间和幅度的异质性,我们对 2020 年 10 月至 2023 年 1 月中旬报告给全球流感数据共享倡议 (GISAID) 的 1400 多万个 SARS-CoV-2 序列进行了回顾性分析。12 我们使用多项回归样条模型来估计和总结 230 个国家和次国家区域以及 16 个 SARS-CoV-2 变异波的变异转换动态,包括最近出现的 Omicron 亚谱系 BA.2.75、XBB.1/XBB 和 BQ.1。10 我们的结果表明不同地点之间变异转换存在很大的异质性。对于 Omicron,我们根据地理位置的变异行为对其进行聚类,从而让我们能够识别具有相似转换动态的地点组。然后,我们利用临床和人口统计数据来探索变异波的特性与随时间变化的因素之间的关系,包括人口的疫苗接种状况、政府政策和竞争中的变异数量。这项研究证明了新出现的变异行为与人口的免疫学和人口背景之间的关联。此外,这项研究代表了迄今为止全球范围内对 SARS-CoV-2 变异转变的最全面描述。
冠状病毒疾病2019年(Covid-19)是由新型严重的急性呼吸综合症2(SARS-COV-2)引起的,它引起了全球大流行。Omicron变体(B.1.1.529)于2021年11月在南非博茨瓦纳收集的标本中首次发现。Omicron已成为全球的主要变体,最近已经确定了几种Sublineages或Subvariants。与其他突变体的变体相比,Omicron变体具有高度表达的氨基酸突变,整个基因组中有近60个突变,其中大多数在尖峰(S)蛋白质中,尤其是在受体结合结构域(RBD)中。这些突变增加了ACE2受体的Omicron变体的结合功能,而Omicron变体也可能导致免疫逃脱。尽管引起了较轻的症状,但流行病学证据表明,与原型菌株以及其他先前的变体相比,Omicron变体具有更高的可传播性,更高的再感染和更高的传播。此外,大量数据表明,在大多数疫苗接种人群中,针对Omicron变异的特定中和抗体的水平减少,尽管CD4 +和CD8 + T细胞响应得到了维持。因此,Omicron变体逃避的机制仍不清楚。在这篇综述中,我们调查了Omicron变体的当前流行病状态和潜在的免疫逃逸机制。,我们专注于病毒表位突变,抗原漂移,杂交免疫力和“原始抗原罪”在介导免疫逃避中的潜在作用。这些见解可能会为我们提供更多有价值的简洁信息,以了解Omicron变体的传播。
自 2019 年 12 月首次出现以来,严重急性呼吸综合征冠状病毒 2 (SARS-CoV-2) 一直在全球传播,尽管全球为遏制该病毒做出了诸多努力。截至 2024 年 2 月,全球每月报告约 500,000 例 2019 年冠状病毒病 (COVID-19) 病例和 10,000 例死于 COVID-19 的病例 (1)。自 2021 年底出现 Omicron 变体以来,其亚变体已广泛传播并持续存在 (2)。在公共卫生方面,接种疫苗是降低 COVID-19 发病率和死亡率最有效的措施。疫苗诱导的免疫力会因宿主和环境因素而有所不同,例如年龄、性别、合并症、先前存在的免疫状态、疫苗配方和接种间隔 (3 – 6)。针对野生型 (WT) SARS-CoV-2 和 Omicron 亚变体 (BA.4/BA.5 或 BA.1) 的二价 COVID-19 疫苗已被开发出来,以增强对 Omicron 亚变体的免疫力 (7)。2022 年 10 月,当二价 COVID-19 疫苗首次在韩国推出时,韩国的主要亚变体是 BA.5,后来逐渐被 BN.1 取代。BN.1 是 2022 年 12 月至 2023 年 3 月最流行的亚变体,此后被 XBB 亚谱系取代 (2)。研究发现,二价 COVID-19 疫苗的实际有效性因研究期而异 (8 – 10)。以色列 2022 年 9 月至 2023 年 1 月进行的一项研究发现,疫苗对住院率的有效性为 72% (8)。然而,2023 年 12 月至 4 月在英国进行的一项研究发现,疫苗对住院的有效性较低,从 29.7% 到 52.7% 不等,具体取决于传播的 SARS-CoV-2 变体的流行程度 ( 9 )。这些研究利用医疗保健数据库,有一个严重的缺点,即依赖于报告的病例。在没有严格监测 SARS-CoV-2 感染的情况下,大量 COVID-19 病例可能无法得到实验室确诊,特别是在有效抗病毒药物有限的环境中。因此,评估疫苗对 SARS-CoV-2 感染的有效性具有挑战性,这对于抑制正在进行的 COVID-19 大流行至关重要。考虑到 SARS-CoV-2 的快速进化和免疫力随时间的减弱,评估对病毒变体的长期和交叉反应免疫对于制定最佳疫苗接种策略至关重要。已知中和抗体 (NAb) 可预防 SARS-CoV-2 感染,而细胞免疫可能降低 SARS-CoV-2 感染的严重程度(11-13)。迄今为止,很少有研究分析接种二价 COVID-19 疫苗后的长期体液和细胞免疫,尤其是接种新型二价 COVID-19 疫苗后的长期体液和细胞免疫。在本研究中,我们的目的是评估接种疫苗后长达 9 个月的长期体液免疫以及双价 COVID-19 疫苗接种后对不同 Omicron 亚变体的交叉反应体液/细胞免疫。
Joseph A. Lewnard Sara Y. Tartof 2121 Way 100 South Los Robles Berkeley,California,加利福尼亚州94720 Pasadena,California,加利福尼亚州91101 jlewnard@berkeley.edu sara.edu sara.y.y.tartof@kp.org@kp.org 510-664-4050 626-626-26-26-626-4264-3001键入 进化。许多SARS-COV-2谱系的出现与逃避疫苗接种和感染导致种群免疫力的能力的提高有关。在这里,我们显示了新兴XBB/XBB.1.5 Omicron Lineage的疫苗来源和感染衍生的免疫力的逃逸趋势。Among 31,739 patients tested in ambulatory settings in Southern California from December, 2022 to February, 2023, adjusted odds of prior receipt of 2, 3, 4, and ≥5 COVID-19 vaccine doses were 10% (95% confidence interval: 1-18%), 11% (3-19%), 13% (3-21%), and 25% (15-34%) lower, respectively, among cases被XBB/XBB.1.5感染的情况比感染了其他共同循环谱系的情况。类似地,与非-XBB/XBB/XBB.1.5病例相比,先前的疫苗接种与对Xbb/XBB.1.5病例的进展更大的保护有关,比非XBB/XBB.1.5病例(分别为70%[30-87%]和48%[7-71%],[7-71%],对于≥4剂量的受体)。相比之下,感染XBB/XBB.1.5的病例分别具有17%(11-24%)和40%(19-65%)的调整后几率,分别经历了1和≥2个先前记录的感染,包括前疗法变体。由于从SARS-COV-2感染中获得的免疫力变得越来越普遍,因此与XBB/XBB.1.5中疫苗敏感性增强相关的适应性成本可能会因避免感染衍生的宿主反应的能力而抵消。宿主免疫反应是影响病原体进化动力学的选择性压力的关键来源。1–3在扩大人口免疫力的背景下,连续的SARS-COV-2谱系显示,在整个COVID-19-19的大流行过程中,逃避疫苗衍生和感染衍生的免疫反应的能力增加了。4,5,而对Epsilon,Gamma,Delta和其他早期变体的保护减少通常被认为是适度的,6-9的Omicron Ba.1谱系与≥1.8倍的差异相关,与Delta相比,通过感染效率高于10–13的效果,以及效率低下的效率高于1.8倍,以及效率低下的效果,以及标志性的效果。 保护。14–16尽管流行病学研究并未发现疫苗衍生或感染衍生的对BA.BA.2谱系的差异证据。2与BA.1相比,随后的BA.4和BA.5谱系与早期相对于早期的OMICRON LINEA的重新感染的风险增加了效果,以及效果效率均可降低。21,22监测新兴谱系逃避免于疫苗接种或事先感染的免疫力的能力,这对于旨在减轻SARS-COV-2负担的持续努力是至关重要的,类似于针对流感,23肺炎,24肺炎,24和其他感染性疾病患者的疫苗经验。25,26 XBB/XBB.1.5 OMICRON通过重组BA.2.10.1和BA.2.75 Sublineages并超过BQ.1/bq.1.1,以及其他BA.5与其他BA.5相关的血统,以及1月下旬的我们的主要原因。27虽然XBB/XBB.1.5通过感染衍生的抗体逃避中和,但28,29例早期观察性研究报告说,更新的(双重)Covid-19促进疫苗赋予了对症状性XBB/XBB.1.1.5感染的实质性保护。30尚不清楚XBB/XBB.1.5是否与BA.5相关谱系有所不同,其对通过先前疫苗接种或感染获得的宿主反应的敏感性。